La bandera de la Institución Educativa Técnica Francisco de Paula Santander está compuesta por tres franjas horizontales de color azul, blanco y verde. La franja azul superior simboliza los recursos naturales como el río Magdalena y el cielo, así como la unión de las costumbres y valores. La franja blanca del medio representa la transparencia, amor, responsabilidad y respeto. La franja verde inferior denota la esperanza en el triunfo a través de la virtud, la ciencia y la tecnología.