ce cours de systématique virale s'adresse aux étudiants de graduation de médecine et de pharmacie et s'intéresse a la famille des coronaviridae , famille importante notamment en matières de virus émergeant

1. LES CORONAVIRIDAE
Dr T.DJERBOUA
Pharmacien maitre assistant en microbiologie
CHEF DE SERVICE DU LABORATOIRE DE BIOLOGIE MEDICALE
HOPITAL BELLOUA-CHU TIZI-OUZOU
Année universitaire : 2016-2017
Email : drtaoufik123@hotmail.fr
UNIVERSITE MOULOU-MAAMERI DE TIZI-OUZOU
FACULTE DE MEDECINE
DEPARTEMENT DE PHARMACIE
COURS DE 4ème ANNEE PHARMACIE
MODULE DE MICROBIOLOGIE

2. PLAN
• GENERALITES SUR LES CORONAVIRIDAE
• LES CORONAVIRUS : DES VIRUS EMERGEANTS
(cas du SRAS-CoV et du MERS-CoV)
• ASPECTS CLINIQUES
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• PREVENTION ET SURVEILLANCE

3. LES CORONAVIRIDAE GENERALITES
Virus peu étudiés jusqu’à l’épidémie
SRAS
Petit virus , enveloppés , a ARN simple
brun , polarité positive, le plus gros
génome des virus a ARN
Regroupe plusieurs genres de virus
pouvant atteindre l’homme et l’animal
(large spectre d’hote : mammifères ,
oiseaux …)
Infection le plus souvent bénignes ,
entériques et respiratoires , possibles
cas sévères.
Potentiel épidémique et de

4. LES CORONAVIRIDAE :CLASSIFICATION
 la famille regroupe
plusieurs genres dont le
GCornavirus est le plus
interessant actuellement
chez l’homme
GCoronvirus regroupe
plusieurs espèces capables
d’infecter l’homme EH-
Cov (la lettre ou le préfixe
indique l’hote)
Capacité de
franchissement de barrière
d’espèce

5. LES CORONAVIRIDAE :Structure
 virus pléomorphes, surtout
sphérique , capside a symétrie
hélicoïdale, l’enveloppe est hérissée de
larges spicules lui donnant un aspect
caractéristique en couronne
Le virus compte 4 protéines
structurales:
*S (spike) : attachement et fusion
*M : membrane (assemblage)
*N : protéine de la nucléocapside
E : enveloppe
Le génome code aussi pour des
protéines non-structurals dont le rôle
n’est pas complètement élucidé

6. Expression cellulaire du CD13) selon le type de tissus
2 récepteurs identifiés chez l’homme
* L’amino-peptidase N (APN=CD-13)
*Enzyme de conversion de l’angiotensine II (ACE II)
=) large spectre de cellules hôte
LES CORONAVIRIDAE : cibles cellulaires

7. Le cycle viral complet dure 3 a 4h
Apres pénétration par fusion des
membranes le génome est
directement traduit en protéines
(phase précoce)
Parmi les protéines traduites on
trouve les réplicases (ARN
polymérase/ARN dépendantes) qui
répliquent l’ ARN+ en ARN-
Les ARN – seront répliqués en
ARN+ qui serviront soit a
*Amplifier la synthèse protéique
*synthèse de nouveaux virions après
assemblage et libération
LES CORONAVIRIDAE :
réplication

8. Pouvoir pathogène des H-CoV
Les infections a H-CoV sont bénignes le plus souvent ,
d’ordre respiratoire essentiellement , puis d’ordre gastro-
intestinal, l’implication dans les troubles neurologiques n’a
pas été complètement établi
L’infection respiratoire est dominé par le Rhume commun
(2ème agent après le Rhinovirus)
Les symptômes sont surtout dues a la réponse immunitaire
s’expliquent par une atteinte de l’appreil respiratoire
supérieur puis descendant vers les poumons
Les formes sévères sont retrouvés chez le sujet fragilisé

9. QUESTION : j’ai un rhume ou une
Grippe :’( ?

11. CORONAVIRIDAE : DES VIRUS EMERGEANTS
LA PANDEMIE SRAS
• 2002-2003
• 8,098 cas probables, 774 morts
• Pertes economiques>$30B
• Facteurs de propagation accélérée ont aidé a la
pandémisation de l’évenement (voyage autour de la terre
ne prend que 2h)
• Stratégies de controle :
- Surveillance clinique et screening des symptomes
- Isolation des cas potentials
- Quarantaine des cas exposés
- INFECTION BIEN CONTROLEE

13. CHAINE EPIDEMIOLOGIQUE DE L’INFECTION MERS-CoV
Middle East Respiratory Syndrome
Reservoir : animal ? (Camélidae , Chauves souris … )
Transmission :
non complètement élucidée , probablement par contacte étroite
avec une personne infectée (famille , personnel soignant )

14. CHAINE EPIDEMIOLOGIQUE DE L’INFECTION MERS-CoV
Middle East Respiratory Syndrome
• Premier cas identifié en Arabie Saoudite en Septembre 2012
• L’épidémie aurait commencé en Jordanie (Avril 2012)
• 1980 confirmés ,693 décés , 27 pays touchés
• Gender: sex ratio de 1.5 prédominance masculine (63%)
• Age médian 52 ans , avec des extremes de moins de 1 ans a 92 ans .
• NOTION DE FACTEUR DE RISQUE OU CO-MORBIDITE (la plupart des
malades )
• plusieurs des malades sont du corps médical exposé.
• Les cas algériens : deux hommes algériens, âgés de 66 et 59 ans,
ayant séjourné en Arabie saoudite pour l’accomplissement de la
Omra, selon la même source. Les deux cas ont été enregistrés à
Tipasa et Tlemcen (2014 , pas de nouveaux chiffre depuis !)

16. CLINIQUE DE L’INFECTION MERS-CoV
Middle East Respiratory Syndrome
• DONNES CLINIQUES LIMITES , la plupart des symptomes étant décrits
chez des patients en état critique.
• De l’asymptomatique a la pneumonie aigue severe (DRA , choc septique
et defaillance multiviscerale)
• Peut toucher toutes les catégories d’age.
• Prédominance des formes associés a une tarre sous jacente
• Mortalité de 30%
• A l’admission : les symptomes communs sont fievre,frissons , céphalés ,
myalgies ,toux non productive, dyspnée,
• Plus rarement douleurs de la gorge , coryza, , toux productive nausées ,
vomissements , diarrhées , douleurs abdominales ,étourdissement
• Les présentations atypiques incluent une gastro-entérite précédant une
pneumonie , , ceux ayant necessité une hospitalisation en USI ont
présenté une pneumonie aigue rapidement progressive.

17. Coronavirus : Diagnostic
1) Indications :
-Diagnostic d’une infection respiratore haute
ou basse de symptomatology compatible (si
forms sévères, épidémique)
- Diagnostic d’une gastro-entérite virale
2) Prélèvements :
Diagnostic direct : secretions respiratoires,
LBA , Selles ,sang (sérologie a but
épidemiologique, pas d’interet diagnostic)
3) Techniques : IFI, RT-PCR, microscopie
électronique (selles+++), culture cellulaire
trés difficile reserve aux laboratoires
spécialisés

18. PREVENTION
• Pas de traitement spécifique (corticoides-
Ribavirine Dans les formes sévères ?)
• Bien aérer les locaux
• Port de masque ou de bavette en cas de
symptômes respiratoires
• Hygiène des mains (virus fragile)
• Hygiène des locaux
• Education du personnel et des patients