SlideShare uma empresa Scribd logo
1 de 40
Enzymen 5e deel
Bespreking 4 klassen van enzymen ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Bespreking 4 klassen van enzymen ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Carbonic anhydrases maakt een snelle reactie veel sneller.
Het enzym carbonic anhydrase bevat een gebonden zink-ion.
Enzym Carbonic Anhydrase. ,[object Object],[object Object],[object Object]
Effect pH op activiteit van carbonic anhydrase.
Welke invloed heeft het zink-complex op CO 2 -hydratatie. De binding van een watermolecuul aan het positief geladen zink centrum verlaagt de pK a  van water van 15,7 tot 7.
Mechanisme van carbonic anhydrase.
Mechanisme Carbonic Anhydrase. ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Protonation en deprotonation van zink-gebonden H 2 O k -1  kleiner dan 10 11 dan k 1  is kleiner dan 10 4 echter CO 2  wordt gehydrateerd met een snelheid van 10 6
Effect van bufferconcentratie op  de snelheid van CO 2 -hydratatie Wat zorgt in het enzym Carbonic anhydrase voor de buffercomponent?
Histidine proton shuttle
Bespreking 4 klassen van enzymen ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Restrictie-enzymen ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Bescherming door methylatie Herkenningssequentie voor EcoRV endonuclease. Methylering van adenine in herkenningssequentie door methylases.
Hydrolyse van fosfodiesterbinding. Binding tussen 3’ zuurstofatoom en het fosforatoom wordt verbroken.
Mechanisme 1 (covalent intermediate)
Mechanisme 2 (directe hydrolyse)
Model 1: Twee verplaatsinsreacties vinden plaats: dus de overall configuratie blijft gelijk. Model 2; Een verplaatsingsreactie vindt plaats: dus omgekeerde conformatie. Vraag: Is de stereochemie van fosforatoom veranderd na knippen?
Voor bepaling stereochemie fosforatoom: verander een zuurstof door zwavel
Mechanisme 2 correct
Restrictie-enzymen vereisen magnesium Het Mg 2+ -ion is gebonden aan twee Asp-groepen van het enzym en aan een zuurstofatoom van de fosfaatgroep.  Verder bindt het water.  Het activeert het watermolecuul.
Specificiteit van restrictie-enzymen De herkenningssequentie van vele restrictie-enzymen zijn inverted repeats: bevatten een tweetallige rotatie-as.  Restrictie-enzymen vertonen gelijksoortige symmetrie.
EcoRV plus DNA-molecuul De bindingsaffiniteit voor substraat bepaalt  meestal de specifiteit. Echter uit studies blijkt dat EcoRV endonuclease even goed bindt aan andere DNA-sequenties.  Vraag :  waar berust de specificiteit dan op?
Waterstof bindingsinteracties tussen EcoRV endonuclease en zijn DNA-substraat 5’ GATATC 3’ GA  en CT waarmee ze baseparen gaan waterstof bruggen aan met aminozuren in het enzym.  Gevolg: distortion van de DNA-helix.
Distortion van de herkenningssite
Gevolg distortion van helix ,[object Object]
Rood de specifieke herkenninssequentie. Oranje de non-specifieke. Ligt verder van Mg-ion af.
Verschil in bindingsenergie tussen specifiek en niet-specifiek
Methylation of adenine ,[object Object],[object Object]
Bespreking 4 klassen van enzymen ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Nucleoside-monofosfaatkinases
NTP binding domein ,[object Object],Centrale bètasheet omgeven door alfa-helices.
NTP binding domein ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
P-loop-interactie met ATP
ATP-Mg 2+ -substraat ,[object Object],[object Object],[object Object]
ATP-Mg 2+ -complex.
ATP-Mg 2+ -complex gebonden aan adenylaatkinase. MG gebonden aan 4 watermoleculen en aan de  β - en  γ -fosfaatgroep.
Induced-fit model.

Mais conteúdo relacionado

Mais de Biology, Utrecht University

Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)
Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)
Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)Biology, Utrecht University
 
Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)
Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)
Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)Biology, Utrecht University
 
Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)
Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)
Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)Biology, Utrecht University
 

Mais de Biology, Utrecht University (20)

Gedragsbiologie (2)
Gedragsbiologie (2)Gedragsbiologie (2)
Gedragsbiologie (2)
 
Gedragsbiologie (1)
Gedragsbiologie (1)Gedragsbiologie (1)
Gedragsbiologie (1)
 
Gedragsbiologie (3)
Gedragsbiologie (3)Gedragsbiologie (3)
Gedragsbiologie (3)
 
Gedragsbiologie (4)
Gedragsbiologie (4)Gedragsbiologie (4)
Gedragsbiologie (4)
 
Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)
Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)
Zintuigfysiologie (3) (elektromagnetiche receptoren, zien)
 
Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)
Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)
Zintuigfysiologie (2) (chemoreceptoren, smaak en geur)
 
Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)
Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)
Zintuigfysiologie (1) (mechanische receptoren, gehoor)
 
Ethiek en dierproeven voor onderwijs
Ethiek en dierproeven voor onderwijsEthiek en dierproeven voor onderwijs
Ethiek en dierproeven voor onderwijs
 
Zenuwstelsel
ZenuwstelselZenuwstelsel
Zenuwstelsel
 
Plantenbiologie college 2 deel 2
Plantenbiologie college 2 deel 2Plantenbiologie college 2 deel 2
Plantenbiologie college 2 deel 2
 
Plantenbiologie college 2 deel 1
Plantenbiologie college 2 deel 1Plantenbiologie college 2 deel 1
Plantenbiologie college 2 deel 1
 
Plantenbiologie college 1 deel 2
Plantenbiologie college 1 deel 2Plantenbiologie college 1 deel 2
Plantenbiologie college 1 deel 2
 
Plantenbiologie college 11
Plantenbiologie college 11Plantenbiologie college 11
Plantenbiologie college 11
 
Plantenbiologie college 1 deel 1
Plantenbiologie college 1 deel 1Plantenbiologie college 1 deel 1
Plantenbiologie college 1 deel 1
 
Plantenbiologie college 9 deel 2
Plantenbiologie college 9 deel 2Plantenbiologie college 9 deel 2
Plantenbiologie college 9 deel 2
 
Plantenbiologie college 9 deel 1
Plantenbiologie college 9 deel 1Plantenbiologie college 9 deel 1
Plantenbiologie college 9 deel 1
 
Plantenbiologie college 3 deel 2
Plantenbiologie college 3 deel 2Plantenbiologie college 3 deel 2
Plantenbiologie college 3 deel 2
 
Plantenbiologie college 7 deel 2
Plantenbiologie college 7 deel 2Plantenbiologie college 7 deel 2
Plantenbiologie college 7 deel 2
 
plantenbiologie college 3 deel 1
plantenbiologie college 3 deel 1plantenbiologie college 3 deel 1
plantenbiologie college 3 deel 1
 
Plantenbiologie college 7 deel 1
Plantenbiologie college 7 deel 1Plantenbiologie college 7 deel 1
Plantenbiologie college 7 deel 1
 

Enzymen 5e deel