Introdução a bioinformatica

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Introdução a bioinformatica

  1. 1. Introdução à Bioinformática
  2. 2. 2
  3. 3. 3
  4. 4. 4
  5. 5. 5
  6. 6. 6
  7. 7. 7
  8. 8. 8
  9. 9. 9
  10. 10. 10
  11. 11. 11
  12. 12. 12
  13. 13. 13
  14. 14. 14
  15. 15. 15
  16. 16. 16
  17. 17. Aprendizado de MáquinaFornece técnicas para lidar com os problemas acima 17
  18. 18. 18
  19. 19. 19
  20. 20. 20
  21. 21. Bioquímica Computacional 21
  22. 22. Crescimento exponencial das bases de dados22
  23. 23. Bioquímica Computacional 23
  24. 24. 24
  25. 25. Bioquímica Computacional 25
  26. 26. Banco de dados de sequênciasSequência “query” Alinhamento score Melhoramento do alinhamento até um score máximo 26
  27. 27. 28
  28. 28. Super-family:Probable common evolutionary origin - Proteins that havelow sequence identities, but with structural andfunctional features suggesting that a commonevolutionary origin.Family:Proteins clustered together into families areevolutionarily related with pair-wise residue identitiesbetween the proteins of 30% and greater. Some caseswith low identity could have similar folds and evolution.Fold:Major structural similarity. Similar in secondary structureelements with same topological connections. Proteinswith same fold may not have common evolutionaryorigin. 29
  29. 29. 30
  30. 30. 31
  31. 31. 32
  32. 32. 33
  33. 33. 34
  34. 34. 35
  35. 35. 36
  36. 36. 37
  37. 37. A Computação está para a Biologia damesma forma que a matemática está para física Harold Morowitz 38
  38. 38. Observa-se que a natureza é conservadora! Similaridade entre as seqüênciasTransmissão de informações sobre uma seqüência para outras similares com fidelidade razoável 3
  39. 39. ● 40
  40. 40. Duas seqüências são combinadas aleatoriamenteQualidade da combinação é avaliada e pontuada Uma seqüência é movida em relação a outra e a combinação é pontuada novamenteObtenção da melhor pontuação de alinhamento Método automatizado  Alinhamento entre as milhares de alternativas 4
  41. 41. : ■ 42
  42. 42. : Identidade X Similaridade X Homologia ► Identidade → Presença do mesmo ácido nucléico ou aminoácido na mesma posição em duas seqüências alinhadas; ► Similaridade → Apenas quando ocorrer substituições → Dois aminoácidos são considerados similares se um puder ser substituído por outro com propriedades químicas similares; ► Homologia → Relação evolutiva → Duas seqüências são homólogas se derivarem da mesma seqüência ancestral. 4
  43. 43. 44
  44. 44. 45
  45. 45. 46
  46. 46. 47
  47. 47. 48
  48. 48. 49
  49. 49. 50
  50. 50. 51
  51. 51. 52
  52. 52. 53
  53. 53. 54
  54. 54. 55
  55. 55. Redes Neurais, Algoritmos GenéticosBIOLOGIA COMPUTAÇÃO Bioinformática 56
  56. 56. 57
  57. 57. 58
  58. 58. 59
  59. 59. 60

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