FONTAGRO FLAR, VIII Taller de Seguimiento Técnico de Proyectos FONTAGRO

1. VIII Taller de Seguimiento Técnico de Proyectos FONTAGRO
Julio 23 al 25 de 2013, Montevideo - Uruguay
Proyecto FTG-8009/08:“Selección asistida por marcadores moleculares para
tolerancia al frío del arroz en el cono sur latinoamericano; una estrategia para
enfrentar la inestabilidad climática”

2. Leve incremento de las temperaturas mínimas
Aumento en la variabilidad que puede provocar
imprevisibilidad y eventos extremos

3. Componentes
Componente 1
_ Validación y estandarización de marcadores y metodologías de SAM
desarrolladas en Japón y las que están disponibles al público.
Componente 2
_ Implementación de la SAM en los programas de mejoramiento de las
instituciones del consorcio.
Componente 3
_ Evaluación en condiciones naturales de estrés de frío de las poblaciones
obtenidas por SAM.
Componente 4
_ Capacitación y divulgación.

4. VALIDACIÓN Y ESTANDARIZACIÓN
NaOH
Calor
Protocolo de Extracción de
ADN
Tris,HCl,
NP40
Calor
Guía Práctica de Laboratorio
Quintero y otros
Protocolos Fenotipado en Floración
I= IT x CP
Índice de Duque & Cruz

5. SAM: IMPLEMENTACIÓN
Termociclador 384
Hasta 3
placas/equipo/día
Cámara de electroforesis vertical
Acrilamida – Nitrato Plata
Hasta 192 muestras/ gel
Cámara de electroforesis
horizontal
Agarosa - SYBRsafe
Hasta 240 muestras / gel
Micropipetas 8- canales
ARGENTINA
- Vegetativo
URUGUAY
-Reproductivo
BRASIL- IRGA
CHILEIntegración
CIAT-FLAR-NARO

6. EVALUACIÓN EN CONDICIONES
NATURALES DE ESTRÉS POR FRÍO
INTA- Argentina: Selección de siete líneas BC2F4.
INIA-Uruguay: Evaluación al frío en floración de BC2F2
Evaluación en Chile, de población BC2F2
VIVERO FONTAGRO
Argentina-Brasil-Chile-Uruguay

7. Oportunidades
Confianza : Facilita el flujo de información para agilizar procesos
Capacitación – Integración - Recursos
Quintero, C

8. Capacidad Logística
Incremento del 16% en la capacidad de evaluación fenotípica en floración
Incorporación de alternativas de riego
Ventajas comparativas a disponibilidad de la comunidad
Fenotípado en condiciones controladas
Fenotipado en campo y genotipado plántula
Fenotipado en Campo y genotipado floración
Genotipado y actualización de técnicas

9. Impacto
S
i
l
e
w
a
h
Silewah IRGA 424 FL11375-18-137 FL12378-2-58
1,5 – 3,0
7,0 - 12
t/ha

10. LECCIONES
Integración de RRHH
y técnicas
Instituciones:
FONTAGRO
Centros Internacionales
Programas Nacionales
Apropiación del
conocimiento

11. GRACIAS
Proyecto FTG-8009/08:“Selección asistida por marcadores moleculares para
tolerancia al frío del arroz en el cono sur latinoamericano; una estrategia para
enfrentar la inestabilidad climática”

13. TestigoslosdefríoalTolerancia
ipoGenotidelfríoalTolerancia
IT
IT
IT
C
i

normalesscondicioneeniGenotipo
fríodescondicioneenipoGenoti
G
G
IT
i
c
i
i

normalesscondicioneentestigogenotiposdepromedio
fríoentestigogenotiposdepromedio
C
C
IT c
c 
normalesscondicioneentestigoGenotipos
normalesscondicioneenipoGenoti
C
G
CP i

I= IT x CP donde:
Índice de Duque & Cruz

14. Regiones asociadas con Tolerancia al frio
20cM
Tolerancia en etapa reproductiva
Tolerancia en germinacion
Chr1
qCTB1
Chr2
qCTB2
Chr3
Chr4 Chr5
Chr9
Chr12
qCTB12
qCTS12qCTB9
qCTB5
qCTS4
Ctb1
Ctb2
qCTB3
Quintero, C.
Saito, et al

15. Evaluación genotípica de población
BC2F3 en proceso
200 Materiales:
 181 líneas BC2F3
 19 progenitores + controles
11 Marcadores moleculares:
 9 marcadores en QTLs Ctb1 y
Ctb2, que se han usado en la
selección de progenies desde
BC1F1.
 Integración de 3 nuevos
marcadores del QTL llamado
qCTB3-Silewah, reportado por
Mori et.al. (2011).

17. Concepto Expresión Interpretación
Prevalencia
(prevalence)
Proporción de observados “ + ” (aceptables)
Potencia global de
diagnóstico
(overall disgnostic power)
Proporción de observados “ – ” (no aceptables)
Tasa de clasificación
correcta
(Correct classification rate)
Proporción de predicciones correctas (aceptables + no
aceptables)
Tasa de clasificación errada
(Missclasification rate)
Proporción de predicciones incorrectas (aceptables + no
aceptables)
Nba )( 
Ndc )( 
Nda )( 
Ncb )( 
Matriz de confusión
(frecuencias absolutas)
PREDICCIÓN
(GENOTIPO)
“ + “
AAB
“ - “
BB
MARGINALES
OBSERVACIÓN
(FENOTIPO)
“ + “
aceptable a b a + b
“ - “
no aceptable c d c + d
MARGINALES a + c b + d N
MC Duque E -- CIAT
Indicadores:

18. Probabilidades
condicionales:
conoce fenotipo (fila) =
p(f y g) / p(f)
PREDICCIÓN
GENOTIPO
AAB BB MARGINAL
OBSERVACI
ÓN
FENOTIPO
aceptable
p(AAB/a )
S
p(BB/a)
TF(BB)
1.00
no
aceptable
p(AA B/na)
TF(AAB)
p(B B/na)
E
1.00
MARGINAL
Dado que el fenotipo es aceptable, cuál es la
probabilidad de tener genotipo AAB ?
SENSIBILIDAD
Dado que el fenotipo es aceptable, cuál es la
probabilidad de tener genotipo BB ?
TASA DE FALSO GENOTIPO BB
Dado que el fenotipo no es aceptable, cuál es la
probabilidad de tener genotipo AAB ?
TASA DE FALSO GENOTIPO AAB
Dado que el fenotipo no es aceptable, cuál es la
probabilidad de tener genotipo BB ?
ESPECIFICIDAD
Matriz de confusión
(frecuencias absolutas)
PREDICCIÓN
(GENOTIPO)
“ + “
AAB
“ - “
BB
MARGINALES
OBSERVACIÓN
(FENOTIPO)
“ + “
aceptable a b a + b
“ - “
no aceptable c d c + d
MARGINALES a + c b + d N
MC Duque E -- CIAT