Présentation de Pubmed (en 2h) pour les étudiants en L3 Sanitaire et Social

1. Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO
BU Santé
Medline via l’interface
Pubmed
L3 Sanitaire et social - novembre 2012
Novembre 2012 1

2. Retrouvez le support en
ligne sur
Http://formation.scd.univ-brest.fr/l3ss

3. Pourquoi utiliser Pubmed en
L3 Sanitaire et social?
 Accéder aux sources primaires de l'information
(études cliniques)
 Accéder aux résultats de la recherche dans le
monde entier (en anglais!)
 Se familiariser avec les mots-clefs en vigueur
dans la recherche biomédicale (Mesh)

4. Objectifs de la séance
 Connaître les principes de constitution de la
base Medline
 Se repérer dans Pubmed
 Savoir effectuer une requête pertinente dans
la base
 Savoir mettre en place des alertes sur un
thème

5. Bases de données
 Un éditeur privé ou un organisme
institutionnel
 Un référencement humain
 Pour un public précis
 Un thésaurus organisé
 Une interface d'interrogation

6. Cismef BDSP Pascal Medline Google
Producteur CHU Rouen EHESP INIST (France) Ministère de la Santé Google
(France) (Rennes, et Bibliothèque (Etats-Unis)
France) nationale de
Médecine (Etats-
Unis)
Public(s) Professionnels Professionnels Chercheurs en Chercheurs et Tous
visé(s) santé santé publique, sciences (dont professionnels de publics
francophones praticiens médecine), santé américains
francophones principalement
français
Contenu Documents issus Ouvrages, Articles de Articles de revues Tous
des sites web articles, thèses, revues scientifiques contenus
médicaux rapports etc scientifiques,
professionnels thèses, rapports
Texte OUI NON Lien proposé par Lien proposé si OUI
intégral (références l'UBO si disponible (web ou
seulement) disponible UBO filtre Brest)
Langue français français Français, anglais, anglais toutes
espagnol
Indexation documentalistes documentalistes documentalistes documentalistes robots
Index / Mesh français Thésaurus Index propre à la Mesh anglais Pas d'index
Thésaurus Santé publique base
v. 4
Interface de Cismef (libre BDSP (libre EBSCOHost PUBMED (libre Google.fr
consultatio accès) accès) (accès payé par accès)

7. Medline
 Qui? National Library of Medicine
Etats-Unis)
20 M de références
 Quoi? d'articles biomédicaux,
issues de 5200
périodiques
depuis 1948
 Thésaurus MESH
 Interface PUBMED
(il en existe d'autres)

8. Ne pas confondre
Medline ≠ Pubmed
Le contenu L'interface
(la base de données) d'interrogation

9. A la découverte de
Pubmed - 3 étapes
 L'interface d'interrogation
 La recherche avancée et le MESH
 Les services personnalisés

10. Vos premiers pas dans
Pubmed
 Recherche libre sur la grippe H1N1
chez les femmes enceintes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

11. Liste des résultats
 Par références courtes (summary)
 Avec le résumé (abstract)
 Possibilité de varier le nombre de
résultats affichés par page

12. Les filtres
 Liés au document cherché : date
de publication, disponibilité du texte
intégral, type d'article, langue
d'écriture...
 Liés à la population étudiée :
espèce, âge, genre...

13. Filtre par langue
 Triez vos résultats pour n'afficher que
les articles écrits en anglais ou en
français

14. Types d'articles
 Case report / étude de cas
 Clinical Trial / essai clinique
 Randomized Controlled Trial / essai clinique
en aveugle avec groupe contrôle
 Practice guideline / recommandation de
bonne pratique
 Review / revue de la littérature
 Systematic Review / revue systématique
 Meta-analysis / méta-analyse (Cochrane)

15. Types d'articles
 Précisez votre recherche en ne
sélectionnant que les revues de la
littérature

16. S'il te plaît, dessine-moi...
Vocabulaire normalisé
Descripteurs
Hiérarchie
...un thésaurus

17. Le thésaurus de Medline :
le MeSH
Medical Subject Headings
Mots-clefs uniquement en anglais
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

18. Exemple : la trisomie 21
Synonymes en anglais Un seul mot-clef
« officiel » pour tous
 Down Syndrome
 Syndrome, Down
 Down's Syndrome
 Downs Syndrome Down Syndrome
 Syndrome, Down's
 Mongolism
 Trisomy 21
 Trisomy 21, Meiotic Nondisjunction
 Trisomy 21, Mitotic Nondisjunction
 Down Syndrome, Partial Trisomy 21
 Partial Trisomy 21 Down Syndrome

19. Le MESH
 Descripteurs (>25 000)
 Qualificatifs (83)
 « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé
de l'interrogation de Medline »*
*(citation de Philippe Eveillard dans « Comment faire ses premiers pas sur
Pubmed » La Revue du praticien. Médecine générale A. 2007, n° 766-67,
pp. 411-412)

20. Formulation de la question
 Déterminer les termes à retenir pour
la formulation de la question
 Distinguer ce qui relève du mot
MESH, du qualificatif ou de l’option
de limitation
 Traduire ces termes en mots clés
MESH

21. Un exemple de recherche
Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-soigné
publiés les 10 dernières années

22. Un exemple de recherche
Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-
soigné publiés les 10 dernières années
"Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient
Relations"[Mesh]
+ Limits activated : English, French,
published in the last 10 years

23. Les opérateurs booléens
.

24. Chercher dans Medline,
c'est compliqué...
 On cherche les mots-clefs Mesh les
plus pertinents
 On les associe entre eux pour faire
une recherche sur PUBMED >
« équation de recherche »

25. Correspondances Mesh français –
Mesh anglais
=> « Mesh bilingue de l’INSERM » :
http://mesh.inserm.fr/mesh/
ou
=> « Portail terminologique de santé »
(CISMEF)
http://pts.chu-rouen.fr/

26. Exercice
1- Les troubles des comportements alimentaires
chez les adolescentes
(Limiter aux 5 dernières années de parution)

27. Exercice
2 – Les effets indésirables et la toxicité des OGM
Limiter aux essais cliniques

28. My NCBI : votre Pubmed
personnalisé
 Ouvrir un compte sur My NCBI
 « Sign in »
 « Register for an account »

29. My NCBI
 Paramétrer dans votre compte les
filtres suivants
 Anglais
 Français
 Texte intégral gratuit
 Texte intégral

30. Exercice
3 – Le traitement du diabète de type II chez les plus
de 45 ans. Exclure les traitements médicamenteux
et la prévention .
Limiter aux recommandations de bonnes pratiques
Mettre en place une veille mensuelle dans MY NCBI

31. Des mots MESH ?
.
Ne contient pas de
mots MESH
Contient des mots MESH

32. Exercice
4 - Trouvez les articles les plus récents
sur le diagnostic de la
mucoviscidose

33. Solution : le champ
Title/abstract ou [tiab]
« cystic fibrosis/diagnosis »[Mesh]
Devient
(« cystic fibrosis »[tiab] OR
« mucoviscidosis »[tiab]OR
« fibrocystic disease »[tiab]) AND
diagnos*[tiab]

34. Retrouvez le support en
ligne sur
Http://formation.scd.univ-brest.fr/l3ss

35. Prochaine séance
 Présenter une bibliographie
 Organiser vos références
bibliographiques avec le logiciel
Zotero
 Possibilité de venir avec votre propre
ordinateur (connecté au wifi UBO et
équipé du logiciel Firefox)