une petite recherche sur la flore intestinale humaine

1. S
• Présenter par:
• KOUIDER ELOUAHED ASMAA
• AIT HAMOUDA KAMILIA
REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET
POPULAIRE
Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche
Scientifique
Université de HASSIBA BEN BOUALI –Chlef-Niveau: Master 2
Option : Microbiologie

2. Plan du travail

3. Introduction
Tout au long de notre vie, plusieurs tonnes d'aliments
pénètrent dans notre corps via le système digestif. Et
comme vous le savez, nous possédons un "deuxième
cerveau" situé au sein de nos intestins. Dans cet endroit
"intime" se joue notre Santé et notre Bien-être, reposant
sur un écosystème: la flore digestive, nommée aussi
microbiote intestinal.
Cette flore est constituée de milliards de bactéries, qui
exercent en permanence un travail CONSIDERABLE au
sein de notre organisme.

4. ce que le microbiote

5. Écosystème intestinal
S Fore dominante
(aquise):
S 99%Bactreis
anaerobies
S constituée de micro-
organismes implantés
de façon permanente
est éliminée
difficilement et se
reforme vite
S Flore sous dominante
(lieé à notre environment)
S 1% bactries aerobies
S Présentes de façon
temporaire
S Elle est changeante tout le
long de notre vie selon
notre environnement,
notre culture, nos
conditions socio-
professionnelles.

6. Flore intestinal humain
We are born 100% human, but we die 90% bacterial
S 1014 bactéries : De plus de 10 fois le nombre
total de cellules humaines (1013 cellules)
S Presque 500 espèces : reparties le long du
système digestif

7. Caractérisation du
microbiote intestinal
S Bactéries normalement présentes sur des sujets
sains.
S Caractéristique de chaque espèce animale.
S Composition précise est impossible à déterminer.
(nombreuses espèces anaérobies, non cultivables).
S Acquise à la naissance.
S Dépendante de facteurs tel que l’alimentation.
l’environnement.
S En équilibre avec l’organisme.

8. L’equilibre de la flore
intestinale

9. Composition du microbiote

10. Microbiote intestinal
S Ces bactéries se
répartissent de
façon non
homogène tout le
long du tube digestif
et sont plus
nombreuses au
niveau du côlon
qu’au niveau de
l’intestin grêle.

11. S Phylum Firmicute, ≈ 125 espèces
S Gram+
S Morphologie bâtonnet
S Anaérobie facultative
S Fermentation homolactique Utilisé
comme probiotique

12. S Agissent contre les diarrhées,
S Limitent et combattent la croissance de bactéries par
sécrétion de substances (peroxyde d’oxygène,
bactériocines) réduisent les putréfactions,
S Aident la dégradation des protéines et sucres complexes
S Favorisent aussi une bonne flore vaginale chez les
femmes (flore de Döderlein).
Lactobacillus
acidophilus

13. S Phylum Bacteroidetes, ≈ 20 espèces
S Morphologie bâtonnet Anaérobie
S Dégradation des polysaccharides d'origine
végétale
S Fermentation et production d'acide gras à
courte chaine utilisable par l'homme
(Acétate, succinate)

14. S Phylum Actinobacteria, ≈ 30
espèces
S Morphologie ramifiée
S Anaérobie stricte
S Dégradation des oligosaccharides
par une voie spécifique = "Bifid
shunt »
S Stimulent les défenses de
l’organisme,
S Protègent contre les
empoisonnements, les diarrhées, les
Gastroentérites,
S Régulent le transit.
S Grâce à l’allaitement maternel, ces
bactéries vont coloniser le tube
digestif des nouveaux nés afin de le
protéger.

15. Les streptococcus
thermophilus
S Renforcent les défenses naturelles.
S Réduisent les intolérances
alimentaires.
S Facilite l’absorption du lactose et
l’assimilation de la caséine.
S Régulent les cellules intestinales et
rétablissent la flore endogène lors
de traitements Médicamenteux
longs et lourds.

16. Prébiotiques
Les prébiotiques sont des fibres alimentaires
non digestibles: inuline, galacto- ou fructo-
oligo-saccharides qui parviennent
inchangées jusqu’au gros intestin.
La dégradation de ces substances de ballast
par la flore intestinale stimule la croissance et
l’activité des micro-orga- nismes

17. Quelques types de
prébiotiques
S Fructo oligo sacharides
S L’inuline
S Reprsente un reservoir en hydrate de
carbon ex:
S Fruits (banane) ; céréales (seigle,
blé) et Lait maternelle

18. Stimule la prolifération des bactéries lactiques,
surtout des Bifidobactéries.
Bifidobactérie
s.
bactéries fermentent les fibres prébiotiques et
les réduisent à des acides gras à chaîne
courte.
Se forment ainsi acétate,
butyrate, lactate et
propionat
Effet des prébiotiques

19. Effets hypothétiques des
prébiotiques
• La protection contre les infections
gastrointestinales
• une prophylaxie contre les allergies,
une diminution du cholestérol,
• une prophylaxie du diabète et du
carcinome du colon.

20. Effets secondaires des
prébiotiques
S Par la fermentation bactérienne des oligo-
saccharides prébiotiques se forment
aussi des gaz (H2, méthane et d’autres
)qui peuvent lors d’un dosage trop élevé.
S provoquer des ballonnements, des
douleurs abdominales et des diarrhées.

21. Probiotique
Micro-organismes vivants qui
lorsqu’ils sont ingérés en
quantité adéquoite produisent
un bénéfice pour la santé de
l’homme
Les plus connus sont
les bactéries lactiques et
les bifidobactéries largement
utilisées dans les yaourts et
d'autres produits laitiers
fermentés.

22. Probiotique
S On prend les probiotique lorsque on est affecté par
des facteurs exogène ou endogène telque:
S Maladies
S Prise d’ATB
S Stresse persistant
Les caractéristiques de ces organismes :
 De rester vivants pendant leur
conservation
 De survivre à leur passage à travers
la partie supérieure du tube digestif.
 En revanche ils ne colonisent pas
durablement l'intestin.

23. Les probiotiques les plus
utilisés
S Lactobassilus ; Lactobacillus bulgaricus
Lactobacillus plantarum
S Bifidobacterium
S Streptococcus; Streptococcus thermophilus
S E. coli-Nissle
S Saccharomyces; Saccharomyces boulardii
Bacteries
lactiques
Acide lactique

24. Aliments naturellement
riches en probiotiques
S Laitages: Yaourts et le lait fermenté. Préférer
ceux enrichis en Lactobacillus casei.
S Fromages, Fruits et légumes: choucroute (crue
si possible), jus de fruits
S Produits de la mer: poissons fumés, filet frais
S Viandes: saucisses
S Aliments lactofermentés vendus en magasins
bio : olives,pain au levain …

25. Quelque produits disponible
Yagourt Activia
Yoptimal
Bio K+
Lactibiane Saché de poudre
Probaclac Capsules
vaginales et
orales
Balacta,
ofibid
Capsules orale

26. Effets potentiels des
probiotiques
S Renforcement de la fonction de barrière de la
muqueuse intestinale
S Prévention d’une colonisation bactérienne
indésirable
S Diminution du pH intestinal
S Stimulation des défenses immunitaires
S Effet anti-inflammatoire (inhibition ou modification de
la production de cytokines)
S Amélioration des performances de la digestion par la
stimulation du péristaltisme intestinal
S Augmentation de la dégradation des glucides et des
fibres alimentaires
S Augmentation de la digestion du lactose par la
lactase contenue dans les bactéries lactiques qui
permettrait d’augmenter une hydrolyse insuffisante
du lactose

27. Implantation du microbiote
intestinal à la naissance
• Les facteures qui
influence sur la
composition de la flore
intestinale qui
s’implante :
 L’âge gestationnel
 Le mode
d’accouchement:
• voie vaginale
• Césarienne
 L’environnement du
lieu de naissance.

28. (2 à 3 ) ans
L’équilibre est
atteint enter
2eme a 3eme
année en
fonction de
l’alimentation et
l’enveronnemen
t
1 semaine
Le niveau
quantitatif de
l’ordre de:
109-1011
bact/g dans le
côlon.
2 j à 3 j
Microorganisme
anaerobie stricte
colonisent le colon
• Bifidobacterium
établie en premier
• Suivé par :
Bacterioides ,
Clostredium,
Fusobacterium
1j
Établissement
de
microorganism
e aerobie
• Streptocoque
• Enterobacteri
e
modification progressive du microbiote
intestinal vers le microbiote intestinal

29. Colonisation narurelle de
l’intestin d’un nouveau-né au
cours de 10 premier jours de vie

30. Modifications de la flore
intestinale au cours de la vie

31. Le type
intestinale
S Un nouveau-né allaité par sa mère développe une
flore riche en bactéries de type Bifidobacterium.
S La flore des nouveau-nés nourris au lait de vache
adapté est significativement moins riche en
Bifidobacterium, étant plutôt caractérisée par une
richesse en bactéries de type Clostridium.
S Modification progressive du microbiote intestinal
vers le microbiote intestinal adulte en fonction des
aliments.

32. Interactions entre notre microbiote et le bol
alimentaire
Fermentation de la partie non digérée
Détoxication de composés nocifs
Régulation de l’appétit et stockage des
graisses
Interactions entre notre microbiote et nos
cellules
Stimulation du système immunitaire
Développement des tissus
Interaction avec le SNC

33. La connection esprit-intestin
ENS Cerveau
Nerf
vague
Intestin
Désiquilibres:
• Inflammation
• Infection
État
emotionnelMicrobe présent
dans l’intestin
modifié
Le
comportement et
l’humeur

34. Timide
(avec)
Espiège
(avec)
Microbiote
intestnaux
différents
Espiège
(sans)
Timide
(sans)
Sans Microbiote
intestnaux
Insémination
Balb/c NIH suisse

35. Audacieuse Timide
Comportement
exploratoire
Timide
(avec)
Espiège
(avec)
Espiège
(sans)
Timide
(sans)

37. Lactobacillu
s
Bifidobactre
um
Consommation
d’aliments riche en
probiotiques tels que
le yogourt l kéfir, le
kombucha et les
légumes fermentés
_ou un supplément de
probiotiques
encouragent
l’équilibre de l’humeur
et de brillantes
perspectives
Bacillus
Serratia
(Dopamine)
Neurotransmetteur qui
active les centres du
cerveau de la
récompense et du plaisir
Neurotransmetteur
facteur de relaxation
appelé GABA

38. Aide à la maturation du
système
immunitaire
L'absence de flore
intestinale diminue
fortement le
nombre de cellules
du système
immunitaire au
niveau de la
muqueuse
intestinale.

39. S Lorsque cet équilibre est perturbé, nous voyons
condition de dysbiose, qui peut être très dangereux
Dysbiose

40. Facteurs conduisant à la
dysbiose
Microbiote
intestinale
stressePhysiologie de
l’hote

41. Facteurs conduisant à la
dysbiose
S Déséquilibre de flore :
S prolifération de bactéries normalement
sous- dominantes
• prolifération de Clostridium difficile
toxinogène multi-R aux ATB si
antibiothérapie => colite
pseudomembraneuse

42. S Maladies Inflammatoires Chroniques de l'Intestin
(MICI) du type maladie de Crohn ou rectocolite
hémorragique
S L'obésité
S Le syndrome métabolique, et avec plus de prudence,
S L'autisme ou les troubles du comportement.

43. souris axéniques
Mice
(-) 40% poids
Le microbiote intestinal comme un facteur
environnemental qui régule le stockage des
graisses
Backhed et al. Proc Natl Acad Sci USA. 2004 1001:15718-15723
Souris normal
Obese
(+) 47% poids
Transplantation de
microbiotre intestinal
2semaines
Gagne 60% de poid
Obésité d'origine alimentaire
La transplantation d'un microbiote
"obèse" induit une prise de poids
supérieure

44. Obesity alters gut microbial
ecology
Ley et al. Proc Natl Acad Sci USA. 2005 102:11070-11075
Souris mince
Souris
génetiquement
modifier (Obese)
Meme % de
type de
bacterie
intestinale
% Bcteroides
faible
% fermecute
impprtant
Obésité induite
génétiquement

45. Microbes intestinaux humains
liés à l'obésité
Ley et al. Nature. 2006;444:1022-1023
S Analyse de microbiote intestinale de12 patients
Obeses participants dans un traitement de regime
alimentaire
%Fermicutes de
diminue
% bacteroide
augmente
On conclut que
le changement
de microbiote
intestinale des
obeses vis a vis
les minc

46. Microbes intestinaux
humains liés à l'obésité
L'obésité est associée à une modification du
microbiote
Augmentation du taux de Firmicutes Baisse de celui de
Bacteroidetes
Le déséquilibre firmicutes/bacteroidetes modifie la
fonction métabolique du microbiote
a - Libération d'acides gras à courtes chaines
b - Extraction de l'énergie à partir des aliments

47. Liens entre le
microbiote intestinal et
maladies
Le cas de
Clostridium difficile

48. Clostridium difficile
S Gram positive
S Sporulente
S Anaerobie stricte
S Fait partie de
microbiote intestinale

49. Pathogenecité de
Clostridium difficile
Diarrhé associé au ATB Colites Pseudomembraneus

50. Transplantation
S L'objectif est d'émettre un certain
nombre de recommandations liés à
la mise en place d'un tel traitement
dans nos hôpitaux pour lutter contre
les colites à C. difficile.

51. S Les techniques
classiques de culture
des bactéries:
S 22% seulement des
bactéries présentes qui
sont détecté.
S 78% qui restent qu’elles
sont viables mais non
cultivables.
• Séquençage de l’ARN 16S:
• Séquençage de tout l’ADN
bactérien
• Clonage des grands fragments
d’ADN pour identifier les
fonctionnalités.

52. 1. Par culture sur milieu riche
Diagnostic
Étalement
MAIS
La morphologie des colonies ne permet pas
nécessairement l'identification de l'espèce

53. Diagnostic
2. Par culture sur milieu sélectif
MAIS
A chaque espèce ne correspond pas
nécessairement une condition de culture

54. Rôles favorables du microbiote
intestinal
S Elle régule le transit,
S Elle synthétise des vitamines : B1, B2, B6, B9, B12,
la vit K, des enzymes, et métabolise des hormones,
S Empêche les germes pathogènes de se fixer sur la
muqueuse : c’est l’effet barrière qui joue un rôle de
défense.
• Dégrade les FOS (Fructo-Oligo-Saccharides),
permettant la synthèse du N- butyrate dans le
colon, qui favorise le développement d’une
muqueuse de bonne qualité et protège du cancer
du colon.
• Elle participe à la digestion car les bactéries
possèdent elles aussi beaucoup d’enzymes.