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Classificação e Nomenclatura


A classificação é o processo básico da
  taxonomia.
   Define os conceitos de taxon
   Agrupa os conceitos
A nomenclatura é secundária a classificação
   Define as regras dos nomes dos taxa e grupos
Taxonomia
 A ciência da classificação dos organismos
 Proporciona nomes universais dos
  organismos
 Proporciona uma referencia para identificar
  os organismos
Terminologia Taxonômica
 Taxon- um grupo taxonômico de qualquer nível (plural:
    taxa).
   Sinônimo- dois ou mais nomes que se aplicam ao
    mesmo taxon.
   Basionômio- o nome original de um taxon.
   Autor(es)- a(s) primeira(s) pessoa(s) de descrever o
    taxon.
   Revisionary author/s- a(s) pessoa(s) que modificaram
    o nome.
   Etimologia- a derivação, origem, ou historia de uma
    palavra.
   Espécime tipo- a espécime designado para servir
    como ponto de referencia para um nome científico.
     Holótipo
     Lectótipo
Sistemática


                       Musgos Samambaias                Ipês
O estudo científico                        Pinheiros

  da diversidade                                       Flores
  biológica e sua                               Sementes
  historia evolutiva                         Madeira
                                            Xiloma e floema

                                    Embrião
Os Princípios dos Códigos

Existem princípios com a intenção de
  proporcionar um sistema estável de
  nomeação por meio de:
   Rejeitar nomes errados e nomes que podem
    causar cause ambiguidade ou confusão
   Evitar a criação supérflua de nomes novos
   Promover a precisão e certeza gramática
Os Códigos Diferentes
1) Os códigos tinham datas diferentes de
   implementação
  •   Botânico : Species Plantarum : Linnaeus, 1753.
  •   Zoológico : Systema Naturae : Linnaeus, 1758; Araneae
      swecici Clerck, 1757,…
  •   Bacteriológico : 1 de janeiro de 1980 (nomes mais velhos
      somente quando incluídos na lista
2) Os códigos são independentes
  => homônimos entre códigos são possíveis,
   permitidos, e comum

  Lactarius nonfungus Nolf e Bajpai 1992: peixe
  Lactarius nonpiscis Verbeken 1996: fungo
Os Códigos Diferentes

 Princípio da coordenação:
  Nomes estabelecidos a qualquer nível dentro dos
        grupos de Família, Gênero ou Espécie são
       considerados estabelecidos a qualquer nível
                    dentro do grupo

       Grupo de Família: Super-,Família, sub-, Tribo, sub-
       Grupo de Gênero: Gênero, sub-
       Grupo de Espécie: Espécie, sub-


                 Somente na Zoologia
Os Códigos Diferentes

Princípio da coordenação
Tautônomios
   (Bison bison, Glis glis, Mops mops...)
   permitido na zoologia;
Os Códigos Diferentes

    Princípio da coordenação
    Tautônomios
    Diagnose de Latim
    Aplicação e sufixos padronizados
Códigos de Nomenclatura
 Códigos em andamento
Comitê Internacional da Taxonomia de Vírus (ICTV)



Código Internacional da Nomenclatura de Plantas Cultivadas
(ICNCP)




Sociedade Internacional da Nomenclatura Filogenética
Princípios da Nomenclatura

Nomenclatura = ferramenta de dar nome
Tipificação

 A identidade taxonômica de um nome é
        determinado pelo seu tipo
Por que a nomenclatura?
Meta fundamental da nomenclatura científica: evitar o Tore de
Babel

“Os objetivos do Código são de promover estabilidade e
universabilidade dos nomes científicos de animais e garantir
que o nome de cada taxon é único e distinto.
Todas as provisões e recomendações são subservientes a
esses objetivos e nenhuma restringe a liberdade de
pensamento ou ação taxonomicoss”


                                           (ICZN 1999:2)
Regras para dar nomes aos
organismos
 O Código Internacional da Nomenclatura Binomial
   contem as regras para nomear os organismos
 Todos os nomes precisam ser aprovados por
   Congressos Interacionais de Nomenclatura
 Esse processo evita a duplicação de nomes




                                                   14
Nomenclatura dos Procariontes

Os nomes de Bactéria e Arqueia tem um conjunto
  oficial de regras:
   “O Código Internacional da Nomenclatura dos
    Procariotos”
   Cobra os níveis de Classe a subespécie.
   Níveis de Reino e Filo (Domínio) não são tratados no
    código.
Taxonomia de Bactéria e Arqueia
A taxonomia moderna tem essas características:

   Nomenclatura: dando nomes do nível taxonômico
    apropriado aos organismos classificados.
   Classificação: a teoria e processo de ordenação de
    organismos, a base de propriedades
    compartilhadas, em grupos.
   Identificação: obtenção de dados sobre as
    propriedades do organismo (caracterização) e a
    determina a qual espécie pertence. Isso se baseia na
    comparação direta de grupos taxonômicos
    conhecidos.
Nomenclatura de Bactéria e Arqueia
Existem um conjunta de regras complicados para nomear
   Bactéria e Arqueia. Precisam ter dois nomes: o primeiro
   se refere ao gênero, e o segundo se refere a espécie.
Os nomes podem ser derivados de qualquer idioma mas
   precisam ser latinizados. Por exemplo Staphylococcus
   aureus. O nome do gênero e capitalizado e o nome da
   espécie está escrito em minúsculos. O nome é escrito em
   italicos para indicar que foi Latinizado. Staphyl é
   derivado do Grego staphyle querendo dizer um ”grupo
   de frutos” e coccus do Grego e que quer dizer ”fruto”.
   Aurous é de Latim e quer dizer ”dourado”. Um grupo de
   frutos dourados.
Os níveis taxonômicos superiores são família, ordem,
   classe, filo e domínio mas com exceção do domínio são
   usados raramente.
Taxonomia dos Procariotos

Não existe uma taxonomia formal dos Procariotos
  Taxonomia é coisa de opinião!
As mudanças em opinião podem exigir mudanças
  na nomenclatura
   Rhizobium meliloti -> Ensifer meliloti
Cada taxon precisa ser circunscrito

Classificação de Bactéria e Arqueia
 Os Procariotos podem ser classificados usando sistemas
   artificiais ou naturais (filogenéticos).

 Historicamente, os procariotos eram classificados a base de
    seu fenótipo (morfologia, reações a coloração,
    bioquímica, substratos/produtos, antígenos, e outros).
    Por isso, a caracterização fenotípica era a base da
    informação carregada nos produtos dos genes. Esses
    sistemas de classificação eram artificiais.

 A caracterização moderna é a base da informação
    carregada nos genes ou seja a genoma. Essa informação
    genética pode ser usada para inferir a evolução do
    organismo, ou sua filogenia.
Códigos de Nomenclatura
  Código Internacional da Nomenclatura de Bactéria (ICNB)




• Governa os nomes científicos de bactéria
• Código bacteriológico inicial em 1947 descartado, e o ICNB foi
  estabelecido em 1980
• Fixa 1 de janeiro de 1980 como começo oficial
• Governado pelo Comitê Internacional da Sistemática dos
  Procariotos (ICSP)
Classificação de Bactéria
1735 Reinos Plantae e Animalia
1857 Bactéria e fungos alocados no Reino Plantae –“Flora”
1866 Reino Protista proposto para bactéria, protozoa, alga, e fungo
1937 Prokaryote introduzido para células “sem um núcleo"
1961 Prokaryote definida como uma célula na qual a nucleoplasma
       não é rodeada por uma membrana nuclear
1959 Reino Fungi
1968 Reino Procarioto proposto
1969 1978 Dois tipos de células procariotas encontradas
Espécies de Bactéria

Uma cepa da espécie é designada como a “cepa
  do tipo”. Outras cepas com parentesco alto
  são da mesma espécie.
Não existe um método completamente
  objetivo para delimitar espécies.
O padrão aceito atualmente é uma hibridização
  de 70% DNA-DNA (DDH)
Nomes de Bactéria

 Bacillus subtilis (Ehrenberg 1835) Cohn 1872


 Rhizobium meliloti Dangeard 1926
 Sinorhizomium meliloti (Dangeard 1926) De Lajudie   et
  al. 1994
 Ensifer meliloti (Dangeard 1926) Young 2003


 Actinobacteria Stackenbrandt et al. 1997
Sinônimos
9612 Nomes de Espécies mas somente 8062
Espécies?


        Combinação Nova (mudança taxonomica)
           Rhizobium meliloti -> Ensifer meliloti

       Sinônimo Homotipico (mesma cepa do tipo)
          Aeromonas caviae = Aeromonas punctata

      Sinônimo Heterotipico (cepa diferente do tipo)
         Wautersia eutropha => Cupriavidis necator
Definição de Espécies de
 Bactéria
O conceito de espécie na bactéria não é bem
  definido.
Como medida ad hoc, 70% DHH tem muitas
  limitações.
Uma similaridade de menos de 98.5% 16S indica
  espécies diferentes, mas uma similaridade maior
  de 98.5% não indica a mesma espécie.
ANI pode ser um candidato bom para substituir
  DHH como uma definição ad hoc de espécies.
Hibridização de DNA
   DNA de organismo 1                               DNA de organismo 2




                            Difícil separar cepas




                                                    Combinar cadeias
                                                    Separadas de DNA

                                                    Esfria para permitir a
                                                    Renaturalização de DNA
                                                    De duas cadeias
   Determinar o grau
   De hibridização



Hibridização completa Hibridização parcial     Sem hibridização
Organismos idênticos Organismos com parentesco Organismos sem parentesco
DDH e a similaridade de 16S




Stackebrandt, E. and J. Ebers. (2006) Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiology Today :152-155.
DDH e a similaridade do genoma




Goris, J., Konstantinidis, K.T., Klappenbach, J.A., Coenye, T., Vandamme, P., Tiedje, J.M. (2007) DNA–
DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities. IJSEM 57:81–91.
doi:10.1099/ijs.0.64483-0
Referencias da Nomenclatura dos
Procariotos

 O Código Internacional da Nomenclatura dos
    Procariotos:
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=i
    cnb
 Lista dos Nomes dos Procariotos com sua posição
    na Nomenclatura
    http://www.bacterio.cict.fr/index.html
 A Nomenclatura da Bactéria Atualizada
    http://www.dsmz.de/microorganisms/bacterial_
    nomenclature.php
Referencias de Taxonomia

 NCBI Taxonomy
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/
 TOBA
  http://www.taxonomicoutline.org/
 Bergey’s Taxonomy
  http://www.bergeys.org/outlines.html
Códigos de Nomenclatura
Código Internacional da Nomenclatura Botânica
(ICBN)
•   Governa os nomes científicos das plantas e fungos
•   Estabelecido em 1867, e formalizado em 1930
•   Fixa 1 de maio de 1753 como começo oficial (Species Plantarum)
•   Governado pelo Congresso Internacional de Botânica (IBC)
•   Conduzido pela Associação Internacional da Taxonomia vegetal
•   Revisada a cada 6 anos no IBC (atualmente 2006 Código de
    Viena)
Nomenclatura Botânica

As regas da nomenclatura vegetal são
  enunciados no Código Internacional da
  Nomenclatura Botânica (ICBN)

Angiospermas,Gimnospermas, Pteridófitos,
  Briófitas, Algas, Fungos, Cianobactéria,
  Protistas fotossintéticas, Fosseis e híbridos
Regras e Códigos
As primeiras regras da nomenclatura vegetal
  eram propostas por A.P. De Candolle em
  1867.
As regras atuais são coordenadas pela Comitê
  de Nomenclatura do Congresso Internacional
  de Botânica (IBC)
O primeiro congresso do IBC foi realizado em
  Viena em 1908
O último código foi publicado em 2000
  resultante do congresso em 1999 do IBC
Código Internacional da
  Nomenclatura Botânica (ICBN)
Objetivo- proporcionar um método estável de dar
  nomes dos grupos taxonômicos.
   Princípio I- a nomenclatura botânica é
     independente da nomenclatura zoológica e
     bacteriológica.
   Princípio II- os nomes dos grupos taxonômicos
     são determinados pelos tipos.
   Princípio III- nomenclatura do grupo
     taxonômico se baseia na prioridade da
     publicação.
Dar nome- o propósito de dar nome a um grupo
  taxonômico não é indicar que seus atributos ou
  historia, mas sim fornecer uma maneira de ser
  referenciada e indicar seu nível taxonômico.
Os seis princípios do código
internacional da nomenclatura
botânica
1)   A nomenclatura botânica é independente das
     nomenclaturas de zoologia e bactéria
2)   A aplicação de nomes de grupos taxonômicos ids
     determined by means de tipos da nomenclatura
3)   A nomenclatura de um grupo taxonômico se
     baseia na prioridade da publicação
4)   Cada grupo taxonômico with a particular
     circumscription posição e nível podem ter
     somente um nome coreto
5)   Os nomes científicos são escritos em Latim
     independentemente de sua derivação
6)   As regras da nomenclatura são retroativas ao
     menos que são limitadas expressamente
Os Códigos

Existem códigos de nomenclatura
 para outros grupos maiores de
 organismos:

  Plantas cultivadas  (International code of
                    Nomenclature of cultivated plants)

  Animais          (International Code of Zoological
                                     Nomenclature)

  Bactéria         (International Code of Bacterial
                                     Nomenclature)
Mudanças nos Códigos

As mudanças nos códigos são realizadas por
  votação dos membros dos congressos.
As propostas para mudança precisam ser
  publicadas no taxon antes dos congressos
  onde serão discutidas.
As mudanças concordados nos congressos são
  incorporados nos códigos pela Comitê
  Editorial
O conceito do tipo botânico

 O conceito e designação de tipos da
   nomenclatura é tratado nos artigos 7 a 10.

 O tipo da nomenclatura (Latim: typus) é o
   elemento a qual um nome se ancora
   permanentemente.
O conceito do tipo botânico

  Designação de tipos
    Aceito definitivamente como um tipo pelo autor
    O elemento tipo precisa ser indicado claramente no
     texto usando a palavra “typus” ou “holotypus”
    Após de 1 de janeiro de 2001 a designação precisa
     incluir a frase “aqui designado”
    O trabalho precisa ser publicado efetivamente
    A designação se aplica somente ao nível do taxon
     publicado
O conceito do tipo

 A cadeia do tipo


   Família   Gênero   Espécie
Princípio da Tipificação
Art. 61.1 Cada taxon nominal nos grupos de família,
gênero ou espécie tem atualmente ou potencialmente um
tipo que leva o nome. A fixação do tipo que leva o nome de
um taxon nominal proporciona o padrão objetivo da
referencia da aplicação do nome que leva.
   61.1.1. O nome válido do taxon é determinado pelo(s)
   tipo(s) que levam o nome
   61.1.2. Objetividade pela tipificação é continua na
   hierarquia dos nomes, do grupo de espécies a famílias
   61.1.3. Tipos que levam o nome (geralmente) são
   estáveis e proporcionam uma continuidade objetiva na
   aplicação de nomes
                                                    (ICZN)
  => Identidade de um nome depende somente de seu
        tipo,e não de sua descrição ou diagnose
Princípio da Tipificação
        Tipos de tipos que levam nomes (no grupo
                      de espécies)

    Designação original                  Designação subsequente
   (Fixada na publicação original)        (Não fixada na publicação original)


Holótipo: um só espécime no qual         Lectotipo: um sintipo designada
o taxon que leva o nome de espécie é s   como o espécime de tipo que leva o
baseada na publicação original (veja     nome único do tipo
isótipo)                                 Paralectotipos: cada
Parátipos: outros espécimes da           espécime da serie dos sintipos que
                                         sobram após a designação do
serie original do tipo (veja alótipo)
                                         lectotipo (= isolectotipo)
Sintipos: espécimes de uma serie         Neotipo: o único espécime
do tipo que constituem coletivamente
                                         designado como o tipo que leva o
o tipo que leva o nome
                                         nome quando acredita que não existe
Hapantotipo: (caso especial)             o espécime do tipo mas
Princípio da Tipificação
          Termos não regulados pelos Códigos
Alótipo: uma espécime designada do sexo oposto do
holótipo
Cotipo: um termo anteriormente usado para sintipo ou
parátipo
Genótipo: um termo anteriormente usado para designar
o espécie tipo de um gênero (generotipo)
Topótipo: uma espécime originando da localidade do
tipo da espécie ou subespécie, independentemente de
se a espécime é parte da serie de tipos

Casos particulares: Cleptotipo, Iconotipo, …
             Tipo do nome de família = Gênero
           Tipo do nome de um gênero = espécie
Como funciona?

Gênero Pinus Lineu, 1753 (pinheiros)
Taxonomia: cinco gêneros distintos
      Gênero 1 : P. cedrus
      Gênero 2 : P. larix
      Gênero 3 : P. picea, P. balsamea
      Gênero 4 : P. abies
       Gênero 5 : P. sylvestris, P. pinea, P. cembra, P. strobus,
  P. taeda.


             Q: Qual é o verdadeiro Pinus?
Como funciona?
  Gênero Pinus Lineu, 1753 (pinheiros)
  Taxonomia: cinco distinct gêneros
   distintos
      Gênero 1 : P. cedrus
      Gênero 2 : P. larix
      Gênero 3 : P. picea, P. balsamea
      Gênero 4 : P. abies
      Gênero 5 : P. sylvestris, P. pinea, P. cembra, P.
      strobus, P. taeda.

1. Tipo de Pinus : P. sylvestris. = (5)
2. Outros: nomes novos (Cedrus, Larix, Abies e
   Picea, respectivamente).
O conceito do tipo botânico

    Tipos de tipos – definidos no Artigo
     9
       Holótipo
       Isotipo
       Parátipo
       Sintipo
       Lectótipo
       Neótipo
       Epítipo
Princípio da Tipificação

Tipo: único que carrega a identidade de um
                    nome

        Descrição, diagnose,… sãrios,
              mas irrelevantes
     (para propósitos da nomenclatura)
O Conceito de Basiônimo
Na Zoologia:
Anthias ventralis Randall 1979
Anthias hawaiiensis Lubbock 1985
Pseudanthias ventralis (Randall 1979)
Pseudanthias hawaiiensis (Lubbock 1985)




Na Botânica:
Anthias ventralis Rand.
Anthias hawaiiensis Lub.
Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle
Pseudanthias hawaiiensis (Lub.) R.Pyle
Requerimentos Formais do ICZN

  Novos requerimentos para nomes de grupo de
   espécies publicado após 1999:
     Indicação explícita do nome como novo
      intencionalmente
      (n. sp., gen. nov., nom. nov.,…)
     Fixação explícita de tipos que levam o nome
      designação e deposição
Prioridade botânica

Família e Gênero
   O nome correto é o nome legitimo mais antigo ao
    nível designado.
Espécie e inferior
   O nome correto é a combinação do gênero ou
    espécie designado e o epíteto final do nome
    legitimo mais antigo
Para ser aplicado quando a circunscrição de um
  taxon contêm mais de um tipo
Usado mais frequentemente quando existe
  uma união entre dois taxa
O Conceito de Autoridade
Na Zoologia:
Anthias ventralis Randall 1979
Anthias hawaiiensis Lubbock 1985
Pseudanthias ventralis (Randall 1979)
Pseudanthias hawaiiensis (Lubbock 1985)

Anthias ventralis Randall 1979 ex Thompson


Na Botânica:
Anthias ventralis Rand.
Anthias hawaiiensis Lub.
Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle
Pseudanthias hawaiiensis (Lub.) R.Pyle

Anthias ventralis Thomp. ex Rand.
Autoridade
O autor da publicação que tem a descrição
  vira o autor do nome do taxon
A data da descrição é a data da publicação
  foi disponível ao público
   Não necessariamente a mesma da data da capa
    da publicação
     Revistas tem tendência de serem publicados
      tardiamente
     Diferencias de calendários (Rússia no começo do século
      20)
Autoridade
A autoridade é muito importante na
  taxonomia, frequentemente adicionado
  ao nome
   Em muitos revistas é mandatório para taxa
    do nível de gênero e espécie
   Homo sapiens Linnaeus, 1758
    Zoologia: com ano de publicação
   Zostera noltii Hornemann
     Botânica: sem ano
Níveis Infraespecíficos
Na Zoologia:
Anthias ventralis Randall 1979
Anthias hawaiiensis Lubbock 1985
Pseudanthias ventralis (Randall 1979)
Pseudanthias hawaiiensis (Lubbock 1985)

Anthias ventralis Randall 1979 ex Thompson 1950
Anthias ventralis hawaiiensis Lubbock 1985

Na botânica:
Anthias ventralis Rand.
Anthias hawaiiensis Lub.
Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle
Pseudanthias hawaiiensis (Lub.) R.Pyle

Anthias ventralis Thomp. ex Rand.
Anthias ventralis subsp. hawaiiensis (Lub.) J.Smith
Anthias ventralis var. hawaiiensis (Lub.) B.Jones
Anthias ventralis subsp. hawaiiensis var. typus (Br.) Rand.
Anthias ventralis subsp. typus (Br.) R.Pyle
Anthias hawaiiensis subsp. typus (L.) R.Pyle
Princípios de Nomeação

   Nomenclatura = ferramenta para dar nome
   Tipificação
   Princípio do Sinônimo
   Princípio de Homonomio
 Princípio da Prioridade

    “o bobo mais velho é sempre tem razão”
Princípio da nomenclatura binominal


      Os nomes superiores ao nível de
       espécie: uninominal: Hominidae,
        Homo


      Os nomes do nível de espécie:
       binominal: Homo sapiens
Assim:

   Testudinella tridentata Smirnov, 1931
         f. curvata Wulfert 1965
                    vira
       Testudinella greeni Koste 1981

                     e


     Brachionus variabilis Hempel, 1896
      var. novae-zelandiae Morris, 1913
                    vira
   Brachionus novaezelandiae Morris, 1913
Formação de Nomes Científicos

    Formação dos nomes
     científicos:
     - Por atributos: adjetivos
     e.g.:
        - Lepadella minuta
        - Scaridium grande
        - S. longicaudum
        - Brachionus bidentatus
        - Keratella taurocephala
Formação de Nomes Científicos

Formação dos nomes científicos:
  - Por atributos: adjetivos
  - Por outras espécies: substantivo e oposiçãon,
    adjetivo

exemplos, Trichocerca tigris, T.
rattus, T. cavia, T. mus, T.
musculus, T. porcellus, T. orca.
também: Seison nebaliae.
Formação de Nomes Científicos

Formação dos nomes científicos:
  - Por features: adjectives
  - Por other species: noun in apposition, adjective
  - Por pessoas: noun in genitive case
      one man: Lecane ludwigii
      one woman: Brachionus josefinae
      several man/woman: L. gallagherorum
      several woman: stem + arum
Formação de Nomes Científicos

Formação dos nomes científicos:
  - After features: adjectives
  - After other species: noun in apposition, adjective
  - After people: noun in genitive case
  - After places: adjectival toponym
      e.g., Lecane papuana
      Brachionus budapestinensis
Formação de Nomes Científicos

Formação dos nomes científicos:
Nenhuma marca diacrítica ou de outro tipo,
  ligadura, apostrofes, etc…:
- Trichocerca dixon-nutalli vira T. dixonnutalli;
- Dicranophorus lütkeni vira D. luetkeni;
- Filinia novaezaelandiae;
-   (ñ eira n, ø vora o, …)
Mas
- Zygiella x-notata
Uni-, bi- et multinomens
Os nomes do nível de gênero ou super consistem
  de uma parte única
   Exemplo. ‘Hominidae’, ‘Homo’
Os nomes do nível da espécie ou inferior consistem
  de várias partes
   E.g. ‘Homo sapiens’
A subespécie… indicada com partes extras
   Exemplo. ‘Homo sapiens erectus’

As várias partes do nome, um nome
Sinônimos
 Sinônimos Objetivos
   Nome preocupado…
     Sinônimos objetivos tem o mesmo tipo
 Sinônimos Subjetivos
   Um autor descreve um taxon, e depois outro autor
    afirma que as espécimes da espécie pertencem a
    um taxon que foi descrito anteriormente
Alguns homônimos binominais
  Poria cocos: Coleoptera e Fungo;
  Pieris japonica: borboleta e planta;
  Culcita novaeguineae: estrela do mar, e Culcita novae-guineae:
    samabaia

    Lactarius nonfungus Nolf e Bajpai 1992: peixe
    Lactarius nonpiscis Verbeken 1996: fungo
Sinônimos e Homônomos

 Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon

                   Lecane ludwigii (Eckstein, 1883)
                   Lecane stokesi (Pell, 1890)
                   Lecane ohioensis (Herrick, 1885)



                         « Bobo mais velho »:
                     Lecane ludwigii (Eckstein, 1883)
Sinônimos e Homônomos

Homônomos: 1 name = 2 or more taxa

            Lecane ornata (Harring & Myers, 1926)
            Lecane ornata (Daday, 1897)
                (syn. van L. ludwigii (Eckstein, 1883)
            Problema: nome de L. ornata (Harring e
                Myers, 1926) non (Daday, 1897)?

             Nenhum “Bobo mais velho” disponível!
                  Nomen novum necessário:
                     Solução: L. myersi
Sinônimos e Homônomos

 Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon
 Homônomos: 1 nome = 2 ou maix taxa

                Quem tem razão?
         Princípio da Prioridade:
    “o bobo mais velho sempre tem razão”
      Mas isso pode causar Problemas
         A comissão pode intervenir!
      (nomina rejicienda, conservanda)
Sinônimos e Homônomos
 Sinônimos: 2 or more names = 1 taxon
   Nomenclatural (= objective, homotypic)
    synonyms
   Taxonomic (= subjective, heterotypic) synonyms




                        Lecane ludwigii (Eckstein,
                           1883) ou
                        Lecane stokesi (Pell, 1890) ou
                        Lecane ohioensis (Herrick,
                           1885) ?
Sinônimos e Homônomos

 Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon
 Homônomios: 1 nome = 2 ou mais taxa

             Lecane ornata (Harring & Myers, 1926)
             Lecane ornata (Daday, 1897)
                 (sinônimo de L. ludwigii (Eckstein,
                1883))
             Problema: nome de L. ornata (Harring e
                 Myers, 1926) não (Daday, 1897)?
Sinônimos e Homônomos

   Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon
   Homônomios: 1 nome = 2 ou mais taxa

Argus Bohadsch, 1761(gastropodo);   Argus Lamarck, 1817 (Hesperidae);
Argus Scopoli, 1763 (borboleta);    Argus Boisduval, 1832 (Lycaenidae);
Argus Scopoli, 1777 (borboleta);    Argus Walckenaer, 1836 (aranha);
Argus Poli, 1791 (molusco);         Argus Gray, 1847(molusco);
Argus Temminck, 1807 (ave);         Argus Gerhard, 1850 (Lycaenidae))
Sinônimos e Homônomos

 Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon
 Homônomios: 1 nome = 2 ou mais taxa

                Quem tem razão?
         Principio da Prioridade:
    “o bobo mais velho sempre tem razão”
Disponibilidade

  Estabelecido como válido
  Estabelecido como « variedade »
   ou « forma »
    Antes de 1961: disponível se
      Não explicitamente de nível
       infrasubespecífico
      Usado ao nível de subespécie antes de
       1985 (Kutikova 1970!)
    Após 1961: não disponível
Publicação
Os nomes precisam ser publicados para
 serem validos
   Regras da validade são parte do código
     Nenhuma tese, ou WWW!
   Data da publicação determine senioridade do
   nome
     Importante in case of dispute
Começo da nomenclatura:
   Zoologia: Linnaeus (1758). Systema naturae…
    10th ed.
   Botânica: Linnaeus (1753). Species plantarum.
    1st ed.
Publicação de nomes botânicas
Validade /invalidade – provisões especiais
     Após o 1 de janeiro de 1958 um nome
      válido ao nível do gênero o inferior se cria
      somente se foi publicado com indicação do
      tipo.
     Após o 1 de janeiro de 1990 ao publicar
      um nome ao nível do gênero ou inferior a
      indicação do tipo precisa incluir o termo
      “typus” ou “holo typus”.
     Após o 1 de janeiro de 1990 ao publicar
      um nome ao nível de espécie ou inferior a
      indicação do tipo precisa incluir uma
      indicação do herbário no qual o tipo is
      conservado.
Publicação de nomes botânicas


Validade /invalidade
   Os autores que usam nomes novos em floras,
    catálogos, e outros, escritos numa idioma moderna
    devem simultaneamente aderir os requerimentos
    da publicação válida.
Publicação

Validade /invalidade
   Provavelmente a parte mais complexa do Código
Publicação

 Validade /invalidade - requerimentos
  O nome precisa ser publicado efetivamente
  O nome precisa ser de forma correta
  A publicação precisa conter uma descrição ou uma
    diagnose do taxon. (Nomem Nudem)
  Ser conforme com as provisões especiais
Publicação
Validade /invalidade – provisões especiais
   Para os nomes publicados antes de 1908 uma ilustração com
     analise é uma alternativa aceitável a descrição ou
     diagnose.
   Os nomes novos, excluindo para algas e taxa fosseis
     publicados após o 1 de janeiro de 1935 precisam incluir
     uma descrição ou diagnose em Latim ou conter uma
     referencia a uma descrição ou diagnose publicado
     efetivamente.
   Para nomes de algas, com exceção das algas fosseis,
     publicados após do 1 de janeiro de 1958 uma descrição ou
     diagnose em Latim é necessária para uma publicação
     válida.
   Para nomes de plantas fosseis publicados após o 1 de janeiro
     de 1996 uma descrição ou diagnose em Latim é necessária
     para uma publicação válida.
Publicação
Validade/invalidade – provisões especiais
  Os nomes nos níveis alistados na in Apêndice V do
    código são inválidos.
  Os epítetos específicos quando publicados precisam
    conter uma referencia clara do gênero ao qual
    são designados.
  O nome precisa ser aceita explicitamente pelo
    autor.
  Após o 1 de janeiro de 1953 precisa existir uma
    indicação clara do nível do nome
Publicação de nomes botânicas


 Legitimidade/ilegitimidade
   Nomes supérfluos
   Homônimos
Publicação

Publicação Efetiva
   Disseminação precisa ser via matéria impressa
    (após 1953)
   Precisa ser disponível ao público geral
  Ou
   Precisa ser registrado numa biblioteca botânica
    acessível aos botânicos
Publicação

As três barreiras da publicação



    Publicado       Publicado     Legítimo
    Efetivamente    Validamente
Níveis Extras

 ‘Super-’, ‘Sub-’, ‘Infra-’
   Subordem, infraordem, superfamília…
   Não para gêneros e espécies ( com exceção de
     subespécies)
 Tribo: entre família e gênero
 Infraespecífico
   A subespécie é o único nível reconhecido na zoologia
   Botânica: variedades, formas
 Botânica: ‘Divisão em vez de ‘Filo’
Sufixos padronizados dos nomes científicos
Nível :            Zoologico   Botanico                Bacteriologico

Filo/divisão       *           - phyta/-mycota1
classe             *           - opsida/-mycetes1/ -
                               phyceae²
subclasse          *           - idea/-mycetidae1/-
                               phycidae2
superordem         *           - anae
ordem              *           - ales                  - ales
subordem           *           - ineae                 - ineae
superfamilia       - oidea     (nao usado)             (não usado)
familia            - idae      - aceae                 - aceae
subfamilia         - inae      - oideae                - oideae
tribo              - ini       - eae                   - eae
subtribo           - ina       - inae                  - inae
     1:   fungos; ²: algas
Sufixos Padronizados
Nível          Botânica          Bacteriologia Zoologia
Divisio        (-phyta/-mycota)
Subdivisio     (-phytina/-mycotina)
Classis        (-phyceae/-mycetes/-opsida)
Subclassis     (-phycidae/-mycetidae/-idae)
Ordo           -ales                    -ales
Subordo        -ineae                   -ineae
Superfamilia                                    (-oidea)
Familia        -aceae                   -aceae           -idae
Subfamilia     -oideae                  -oideae          -inae
Tribus         -eae                     -eae             (-ini)
Subtribus      -inae                    -inae
Homônomos entre Códigos
               Nomes de     Homônomos no
               gêneros      Zoological
               botânicos    Record

Total
               64,419
Em uso comum                8,784 (13.6%)
               28,041
               Nomes de     3,554 (12.7%)   Homônomos    Homônomos em
               Gêneros de                   em ING       ambos
               Bactéria     Homônomos na    (Botânico)
                            Zoologia
Total          739          50 (6.8%)       29 (3.9%)    15
Em uso comum   701          48 (6.9%)       27 (3.9%)    14
Mais Diferencias que Confundem
Na Zoologia:                          Na Botânica:
 “Disponível”                          “Publicada com validez”
 “Valido”                              “Nome correto”
 “Sinônimo Junior”                     “Sinônimo Homotipico”
 “Sinônimo Senior”                     “Sinônimo Heteroptipico”
Anthias ventralis Randall 1979           Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle
 = Anthias hawaiiensis Lubbock 1985       = Anthias ventralis Rand.
                                          = Anthias hawaiiensis Lub.
Os rotíferos: variantes e formas?

 As categorias infrasubespecíficas não são tratadas pelo ICZN
 Para pesquisadores de rotiferos:
                   Brachionus calyciflorus Pallas 1766
                     f. amphiceros Ehrenberg, 1838

 Mas se?
     Testudinella tridentata Smirnov, 1931 f. curvata Wulfert 1965
     Brachionus variabilis Hempel, 1896 var. novae-zelandiae Morris, 1913
Códigos de Nomenclatura
  Greuter, W., et al. (eds), 2000. International Code of
     Botanical Nomenclature (St Louis Code). Regnum
     Vegetabile 138. Koeltz Scientific Books, Königstein.
     ISBN 3-904144-22-7

  Trehane, P., et al. (eds). 1995. International Code of
     Nomenclature for Cultivated Plants. Adapted by the
     International Committee for the Nomenclature of
     Cultivated Plants of the I.U.B.S. Regn. Veget. 133.

  Sneath, P.H.A., et al. (eds), 1992. International Code of
     Nomenclature of Bacteria. Washington (+ : Skerman, V.D.B.
     et al., 1980. Approved Lists of Bacterial Names).

  International Commission on Zoological Nomenclature, 1999.
     International Code of Zoological Nomenclature, 4th edition.
     Adopted by the I.U.B.S. The International Trust for
     Zoological Nomenclature, London.

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Códigos de nomenclatura

  • 1. Ecologia de Populações popecologia@hotmail.com
  • 2. Classificação e Nomenclatura A classificação é o processo básico da taxonomia.  Define os conceitos de taxon  Agrupa os conceitos A nomenclatura é secundária a classificação  Define as regras dos nomes dos taxa e grupos
  • 3. Taxonomia  A ciência da classificação dos organismos  Proporciona nomes universais dos organismos  Proporciona uma referencia para identificar os organismos
  • 4. Terminologia Taxonômica  Taxon- um grupo taxonômico de qualquer nível (plural: taxa).  Sinônimo- dois ou mais nomes que se aplicam ao mesmo taxon.  Basionômio- o nome original de um taxon.  Autor(es)- a(s) primeira(s) pessoa(s) de descrever o taxon.  Revisionary author/s- a(s) pessoa(s) que modificaram o nome.  Etimologia- a derivação, origem, ou historia de uma palavra.  Espécime tipo- a espécime designado para servir como ponto de referencia para um nome científico.  Holótipo  Lectótipo
  • 5. Sistemática Musgos Samambaias Ipês O estudo científico Pinheiros da diversidade Flores biológica e sua Sementes historia evolutiva Madeira Xiloma e floema Embrião
  • 6. Os Princípios dos Códigos Existem princípios com a intenção de proporcionar um sistema estável de nomeação por meio de:  Rejeitar nomes errados e nomes que podem causar cause ambiguidade ou confusão  Evitar a criação supérflua de nomes novos  Promover a precisão e certeza gramática
  • 7. Os Códigos Diferentes 1) Os códigos tinham datas diferentes de implementação • Botânico : Species Plantarum : Linnaeus, 1753. • Zoológico : Systema Naturae : Linnaeus, 1758; Araneae swecici Clerck, 1757,… • Bacteriológico : 1 de janeiro de 1980 (nomes mais velhos somente quando incluídos na lista 2) Os códigos são independentes => homônimos entre códigos são possíveis, permitidos, e comum Lactarius nonfungus Nolf e Bajpai 1992: peixe Lactarius nonpiscis Verbeken 1996: fungo
  • 8. Os Códigos Diferentes Princípio da coordenação: Nomes estabelecidos a qualquer nível dentro dos grupos de Família, Gênero ou Espécie são considerados estabelecidos a qualquer nível dentro do grupo  Grupo de Família: Super-,Família, sub-, Tribo, sub-  Grupo de Gênero: Gênero, sub-  Grupo de Espécie: Espécie, sub- Somente na Zoologia
  • 9. Os Códigos Diferentes Princípio da coordenação Tautônomios (Bison bison, Glis glis, Mops mops...) permitido na zoologia;
  • 10. Os Códigos Diferentes  Princípio da coordenação  Tautônomios  Diagnose de Latim  Aplicação e sufixos padronizados
  • 11. Códigos de Nomenclatura Códigos em andamento Comitê Internacional da Taxonomia de Vírus (ICTV) Código Internacional da Nomenclatura de Plantas Cultivadas (ICNCP) Sociedade Internacional da Nomenclatura Filogenética
  • 12. Princípios da Nomenclatura Nomenclatura = ferramenta de dar nome Tipificação A identidade taxonômica de um nome é determinado pelo seu tipo
  • 13. Por que a nomenclatura? Meta fundamental da nomenclatura científica: evitar o Tore de Babel “Os objetivos do Código são de promover estabilidade e universabilidade dos nomes científicos de animais e garantir que o nome de cada taxon é único e distinto. Todas as provisões e recomendações são subservientes a esses objetivos e nenhuma restringe a liberdade de pensamento ou ação taxonomicoss” (ICZN 1999:2)
  • 14. Regras para dar nomes aos organismos O Código Internacional da Nomenclatura Binomial contem as regras para nomear os organismos Todos os nomes precisam ser aprovados por Congressos Interacionais de Nomenclatura Esse processo evita a duplicação de nomes 14
  • 15. Nomenclatura dos Procariontes Os nomes de Bactéria e Arqueia tem um conjunto oficial de regras:  “O Código Internacional da Nomenclatura dos Procariotos”  Cobra os níveis de Classe a subespécie.  Níveis de Reino e Filo (Domínio) não são tratados no código.
  • 16. Taxonomia de Bactéria e Arqueia A taxonomia moderna tem essas características:  Nomenclatura: dando nomes do nível taxonômico apropriado aos organismos classificados.  Classificação: a teoria e processo de ordenação de organismos, a base de propriedades compartilhadas, em grupos.  Identificação: obtenção de dados sobre as propriedades do organismo (caracterização) e a determina a qual espécie pertence. Isso se baseia na comparação direta de grupos taxonômicos conhecidos.
  • 17. Nomenclatura de Bactéria e Arqueia Existem um conjunta de regras complicados para nomear Bactéria e Arqueia. Precisam ter dois nomes: o primeiro se refere ao gênero, e o segundo se refere a espécie. Os nomes podem ser derivados de qualquer idioma mas precisam ser latinizados. Por exemplo Staphylococcus aureus. O nome do gênero e capitalizado e o nome da espécie está escrito em minúsculos. O nome é escrito em italicos para indicar que foi Latinizado. Staphyl é derivado do Grego staphyle querendo dizer um ”grupo de frutos” e coccus do Grego e que quer dizer ”fruto”. Aurous é de Latim e quer dizer ”dourado”. Um grupo de frutos dourados. Os níveis taxonômicos superiores são família, ordem, classe, filo e domínio mas com exceção do domínio são usados raramente.
  • 18. Taxonomia dos Procariotos Não existe uma taxonomia formal dos Procariotos Taxonomia é coisa de opinião! As mudanças em opinião podem exigir mudanças na nomenclatura Rhizobium meliloti -> Ensifer meliloti Cada taxon precisa ser circunscrito 
  • 19. Classificação de Bactéria e Arqueia Os Procariotos podem ser classificados usando sistemas artificiais ou naturais (filogenéticos). Historicamente, os procariotos eram classificados a base de seu fenótipo (morfologia, reações a coloração, bioquímica, substratos/produtos, antígenos, e outros). Por isso, a caracterização fenotípica era a base da informação carregada nos produtos dos genes. Esses sistemas de classificação eram artificiais. A caracterização moderna é a base da informação carregada nos genes ou seja a genoma. Essa informação genética pode ser usada para inferir a evolução do organismo, ou sua filogenia.
  • 20. Códigos de Nomenclatura Código Internacional da Nomenclatura de Bactéria (ICNB) • Governa os nomes científicos de bactéria • Código bacteriológico inicial em 1947 descartado, e o ICNB foi estabelecido em 1980 • Fixa 1 de janeiro de 1980 como começo oficial • Governado pelo Comitê Internacional da Sistemática dos Procariotos (ICSP)
  • 21. Classificação de Bactéria 1735 Reinos Plantae e Animalia 1857 Bactéria e fungos alocados no Reino Plantae –“Flora” 1866 Reino Protista proposto para bactéria, protozoa, alga, e fungo 1937 Prokaryote introduzido para células “sem um núcleo" 1961 Prokaryote definida como uma célula na qual a nucleoplasma não é rodeada por uma membrana nuclear 1959 Reino Fungi 1968 Reino Procarioto proposto 1969 1978 Dois tipos de células procariotas encontradas
  • 22.
  • 23.
  • 24.
  • 25.
  • 26.
  • 27.
  • 28. Espécies de Bactéria Uma cepa da espécie é designada como a “cepa do tipo”. Outras cepas com parentesco alto são da mesma espécie. Não existe um método completamente objetivo para delimitar espécies. O padrão aceito atualmente é uma hibridização de 70% DNA-DNA (DDH)
  • 29. Nomes de Bactéria  Bacillus subtilis (Ehrenberg 1835) Cohn 1872  Rhizobium meliloti Dangeard 1926  Sinorhizomium meliloti (Dangeard 1926) De Lajudie et al. 1994  Ensifer meliloti (Dangeard 1926) Young 2003  Actinobacteria Stackenbrandt et al. 1997
  • 30. Sinônimos 9612 Nomes de Espécies mas somente 8062 Espécies? Combinação Nova (mudança taxonomica) Rhizobium meliloti -> Ensifer meliloti Sinônimo Homotipico (mesma cepa do tipo) Aeromonas caviae = Aeromonas punctata Sinônimo Heterotipico (cepa diferente do tipo) Wautersia eutropha => Cupriavidis necator
  • 31. Definição de Espécies de Bactéria O conceito de espécie na bactéria não é bem definido. Como medida ad hoc, 70% DHH tem muitas limitações. Uma similaridade de menos de 98.5% 16S indica espécies diferentes, mas uma similaridade maior de 98.5% não indica a mesma espécie. ANI pode ser um candidato bom para substituir DHH como uma definição ad hoc de espécies.
  • 32. Hibridização de DNA DNA de organismo 1 DNA de organismo 2 Difícil separar cepas Combinar cadeias Separadas de DNA Esfria para permitir a Renaturalização de DNA De duas cadeias Determinar o grau De hibridização Hibridização completa Hibridização parcial Sem hibridização Organismos idênticos Organismos com parentesco Organismos sem parentesco
  • 33. DDH e a similaridade de 16S Stackebrandt, E. and J. Ebers. (2006) Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiology Today :152-155.
  • 34. DDH e a similaridade do genoma Goris, J., Konstantinidis, K.T., Klappenbach, J.A., Coenye, T., Vandamme, P., Tiedje, J.M. (2007) DNA– DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities. IJSEM 57:81–91. doi:10.1099/ijs.0.64483-0
  • 35. Referencias da Nomenclatura dos Procariotos O Código Internacional da Nomenclatura dos Procariotos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=i cnb Lista dos Nomes dos Procariotos com sua posição na Nomenclatura http://www.bacterio.cict.fr/index.html A Nomenclatura da Bactéria Atualizada http://www.dsmz.de/microorganisms/bacterial_ nomenclature.php
  • 36. Referencias de Taxonomia  NCBI Taxonomy http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/  TOBA http://www.taxonomicoutline.org/  Bergey’s Taxonomy http://www.bergeys.org/outlines.html
  • 37. Códigos de Nomenclatura Código Internacional da Nomenclatura Botânica (ICBN) • Governa os nomes científicos das plantas e fungos • Estabelecido em 1867, e formalizado em 1930 • Fixa 1 de maio de 1753 como começo oficial (Species Plantarum) • Governado pelo Congresso Internacional de Botânica (IBC) • Conduzido pela Associação Internacional da Taxonomia vegetal • Revisada a cada 6 anos no IBC (atualmente 2006 Código de Viena)
  • 38. Nomenclatura Botânica As regas da nomenclatura vegetal são enunciados no Código Internacional da Nomenclatura Botânica (ICBN) Angiospermas,Gimnospermas, Pteridófitos, Briófitas, Algas, Fungos, Cianobactéria, Protistas fotossintéticas, Fosseis e híbridos
  • 39. Regras e Códigos As primeiras regras da nomenclatura vegetal eram propostas por A.P. De Candolle em 1867. As regras atuais são coordenadas pela Comitê de Nomenclatura do Congresso Internacional de Botânica (IBC) O primeiro congresso do IBC foi realizado em Viena em 1908 O último código foi publicado em 2000 resultante do congresso em 1999 do IBC
  • 40. Código Internacional da Nomenclatura Botânica (ICBN) Objetivo- proporcionar um método estável de dar nomes dos grupos taxonômicos.  Princípio I- a nomenclatura botânica é independente da nomenclatura zoológica e bacteriológica.  Princípio II- os nomes dos grupos taxonômicos são determinados pelos tipos.  Princípio III- nomenclatura do grupo taxonômico se baseia na prioridade da publicação. Dar nome- o propósito de dar nome a um grupo taxonômico não é indicar que seus atributos ou historia, mas sim fornecer uma maneira de ser referenciada e indicar seu nível taxonômico.
  • 41. Os seis princípios do código internacional da nomenclatura botânica 1) A nomenclatura botânica é independente das nomenclaturas de zoologia e bactéria 2) A aplicação de nomes de grupos taxonômicos ids determined by means de tipos da nomenclatura 3) A nomenclatura de um grupo taxonômico se baseia na prioridade da publicação 4) Cada grupo taxonômico with a particular circumscription posição e nível podem ter somente um nome coreto 5) Os nomes científicos são escritos em Latim independentemente de sua derivação 6) As regras da nomenclatura são retroativas ao menos que são limitadas expressamente
  • 42. Os Códigos Existem códigos de nomenclatura para outros grupos maiores de organismos:  Plantas cultivadas (International code of Nomenclature of cultivated plants)  Animais (International Code of Zoological Nomenclature)  Bactéria (International Code of Bacterial Nomenclature)
  • 43. Mudanças nos Códigos As mudanças nos códigos são realizadas por votação dos membros dos congressos. As propostas para mudança precisam ser publicadas no taxon antes dos congressos onde serão discutidas. As mudanças concordados nos congressos são incorporados nos códigos pela Comitê Editorial
  • 44. O conceito do tipo botânico O conceito e designação de tipos da nomenclatura é tratado nos artigos 7 a 10. O tipo da nomenclatura (Latim: typus) é o elemento a qual um nome se ancora permanentemente.
  • 45. O conceito do tipo botânico  Designação de tipos  Aceito definitivamente como um tipo pelo autor  O elemento tipo precisa ser indicado claramente no texto usando a palavra “typus” ou “holotypus”  Após de 1 de janeiro de 2001 a designação precisa incluir a frase “aqui designado”  O trabalho precisa ser publicado efetivamente  A designação se aplica somente ao nível do taxon publicado
  • 46. O conceito do tipo A cadeia do tipo Família Gênero Espécie
  • 47. Princípio da Tipificação Art. 61.1 Cada taxon nominal nos grupos de família, gênero ou espécie tem atualmente ou potencialmente um tipo que leva o nome. A fixação do tipo que leva o nome de um taxon nominal proporciona o padrão objetivo da referencia da aplicação do nome que leva. 61.1.1. O nome válido do taxon é determinado pelo(s) tipo(s) que levam o nome 61.1.2. Objetividade pela tipificação é continua na hierarquia dos nomes, do grupo de espécies a famílias 61.1.3. Tipos que levam o nome (geralmente) são estáveis e proporcionam uma continuidade objetiva na aplicação de nomes (ICZN) => Identidade de um nome depende somente de seu tipo,e não de sua descrição ou diagnose
  • 48. Princípio da Tipificação Tipos de tipos que levam nomes (no grupo de espécies) Designação original Designação subsequente (Fixada na publicação original) (Não fixada na publicação original) Holótipo: um só espécime no qual Lectotipo: um sintipo designada o taxon que leva o nome de espécie é s como o espécime de tipo que leva o baseada na publicação original (veja nome único do tipo isótipo) Paralectotipos: cada Parátipos: outros espécimes da espécime da serie dos sintipos que sobram após a designação do serie original do tipo (veja alótipo) lectotipo (= isolectotipo) Sintipos: espécimes de uma serie Neotipo: o único espécime do tipo que constituem coletivamente designado como o tipo que leva o o tipo que leva o nome nome quando acredita que não existe Hapantotipo: (caso especial) o espécime do tipo mas
  • 49. Princípio da Tipificação Termos não regulados pelos Códigos Alótipo: uma espécime designada do sexo oposto do holótipo Cotipo: um termo anteriormente usado para sintipo ou parátipo Genótipo: um termo anteriormente usado para designar o espécie tipo de um gênero (generotipo) Topótipo: uma espécime originando da localidade do tipo da espécie ou subespécie, independentemente de se a espécime é parte da serie de tipos Casos particulares: Cleptotipo, Iconotipo, … Tipo do nome de família = Gênero Tipo do nome de um gênero = espécie
  • 50. Como funciona? Gênero Pinus Lineu, 1753 (pinheiros) Taxonomia: cinco gêneros distintos Gênero 1 : P. cedrus Gênero 2 : P. larix Gênero 3 : P. picea, P. balsamea Gênero 4 : P. abies Gênero 5 : P. sylvestris, P. pinea, P. cembra, P. strobus, P. taeda. Q: Qual é o verdadeiro Pinus?
  • 51. Como funciona?  Gênero Pinus Lineu, 1753 (pinheiros)  Taxonomia: cinco distinct gêneros distintos Gênero 1 : P. cedrus Gênero 2 : P. larix Gênero 3 : P. picea, P. balsamea Gênero 4 : P. abies Gênero 5 : P. sylvestris, P. pinea, P. cembra, P. strobus, P. taeda. 1. Tipo de Pinus : P. sylvestris. = (5) 2. Outros: nomes novos (Cedrus, Larix, Abies e Picea, respectivamente).
  • 52. O conceito do tipo botânico Tipos de tipos – definidos no Artigo 9  Holótipo  Isotipo  Parátipo  Sintipo  Lectótipo  Neótipo  Epítipo
  • 53. Princípio da Tipificação Tipo: único que carrega a identidade de um nome Descrição, diagnose,… sãrios, mas irrelevantes (para propósitos da nomenclatura)
  • 54. O Conceito de Basiônimo Na Zoologia: Anthias ventralis Randall 1979 Anthias hawaiiensis Lubbock 1985 Pseudanthias ventralis (Randall 1979) Pseudanthias hawaiiensis (Lubbock 1985) Na Botânica: Anthias ventralis Rand. Anthias hawaiiensis Lub. Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle Pseudanthias hawaiiensis (Lub.) R.Pyle
  • 55. Requerimentos Formais do ICZN Novos requerimentos para nomes de grupo de espécies publicado após 1999:  Indicação explícita do nome como novo intencionalmente (n. sp., gen. nov., nom. nov.,…)  Fixação explícita de tipos que levam o nome designação e deposição
  • 56. Prioridade botânica Família e Gênero  O nome correto é o nome legitimo mais antigo ao nível designado. Espécie e inferior  O nome correto é a combinação do gênero ou espécie designado e o epíteto final do nome legitimo mais antigo Para ser aplicado quando a circunscrição de um taxon contêm mais de um tipo Usado mais frequentemente quando existe uma união entre dois taxa
  • 57. O Conceito de Autoridade Na Zoologia: Anthias ventralis Randall 1979 Anthias hawaiiensis Lubbock 1985 Pseudanthias ventralis (Randall 1979) Pseudanthias hawaiiensis (Lubbock 1985) Anthias ventralis Randall 1979 ex Thompson Na Botânica: Anthias ventralis Rand. Anthias hawaiiensis Lub. Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle Pseudanthias hawaiiensis (Lub.) R.Pyle Anthias ventralis Thomp. ex Rand.
  • 58. Autoridade O autor da publicação que tem a descrição vira o autor do nome do taxon A data da descrição é a data da publicação foi disponível ao público  Não necessariamente a mesma da data da capa da publicação  Revistas tem tendência de serem publicados tardiamente  Diferencias de calendários (Rússia no começo do século 20)
  • 59. Autoridade A autoridade é muito importante na taxonomia, frequentemente adicionado ao nome  Em muitos revistas é mandatório para taxa do nível de gênero e espécie  Homo sapiens Linnaeus, 1758  Zoologia: com ano de publicação  Zostera noltii Hornemann  Botânica: sem ano
  • 60. Níveis Infraespecíficos Na Zoologia: Anthias ventralis Randall 1979 Anthias hawaiiensis Lubbock 1985 Pseudanthias ventralis (Randall 1979) Pseudanthias hawaiiensis (Lubbock 1985) Anthias ventralis Randall 1979 ex Thompson 1950 Anthias ventralis hawaiiensis Lubbock 1985 Na botânica: Anthias ventralis Rand. Anthias hawaiiensis Lub. Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle Pseudanthias hawaiiensis (Lub.) R.Pyle Anthias ventralis Thomp. ex Rand. Anthias ventralis subsp. hawaiiensis (Lub.) J.Smith Anthias ventralis var. hawaiiensis (Lub.) B.Jones Anthias ventralis subsp. hawaiiensis var. typus (Br.) Rand. Anthias ventralis subsp. typus (Br.) R.Pyle Anthias hawaiiensis subsp. typus (L.) R.Pyle
  • 61. Princípios de Nomeação  Nomenclatura = ferramenta para dar nome  Tipificação  Princípio do Sinônimo  Princípio de Homonomio  Princípio da Prioridade “o bobo mais velho é sempre tem razão”
  • 62. Princípio da nomenclatura binominal Os nomes superiores ao nível de espécie: uninominal: Hominidae, Homo Os nomes do nível de espécie: binominal: Homo sapiens
  • 63. Assim: Testudinella tridentata Smirnov, 1931 f. curvata Wulfert 1965 vira Testudinella greeni Koste 1981 e Brachionus variabilis Hempel, 1896 var. novae-zelandiae Morris, 1913 vira Brachionus novaezelandiae Morris, 1913
  • 64. Formação de Nomes Científicos  Formação dos nomes científicos: - Por atributos: adjetivos e.g.: - Lepadella minuta - Scaridium grande - S. longicaudum - Brachionus bidentatus - Keratella taurocephala
  • 65. Formação de Nomes Científicos Formação dos nomes científicos: - Por atributos: adjetivos - Por outras espécies: substantivo e oposiçãon, adjetivo exemplos, Trichocerca tigris, T. rattus, T. cavia, T. mus, T. musculus, T. porcellus, T. orca. também: Seison nebaliae.
  • 66. Formação de Nomes Científicos Formação dos nomes científicos: - Por features: adjectives - Por other species: noun in apposition, adjective - Por pessoas: noun in genitive case one man: Lecane ludwigii one woman: Brachionus josefinae several man/woman: L. gallagherorum several woman: stem + arum
  • 67. Formação de Nomes Científicos Formação dos nomes científicos: - After features: adjectives - After other species: noun in apposition, adjective - After people: noun in genitive case - After places: adjectival toponym e.g., Lecane papuana Brachionus budapestinensis
  • 68. Formação de Nomes Científicos Formação dos nomes científicos: Nenhuma marca diacrítica ou de outro tipo, ligadura, apostrofes, etc…: - Trichocerca dixon-nutalli vira T. dixonnutalli; - Dicranophorus lütkeni vira D. luetkeni; - Filinia novaezaelandiae; - (ñ eira n, ø vora o, …) Mas - Zygiella x-notata
  • 69. Uni-, bi- et multinomens Os nomes do nível de gênero ou super consistem de uma parte única  Exemplo. ‘Hominidae’, ‘Homo’ Os nomes do nível da espécie ou inferior consistem de várias partes  E.g. ‘Homo sapiens’ A subespécie… indicada com partes extras  Exemplo. ‘Homo sapiens erectus’ As várias partes do nome, um nome
  • 70. Sinônimos  Sinônimos Objetivos  Nome preocupado…  Sinônimos objetivos tem o mesmo tipo  Sinônimos Subjetivos  Um autor descreve um taxon, e depois outro autor afirma que as espécimes da espécie pertencem a um taxon que foi descrito anteriormente
  • 71. Alguns homônimos binominais  Poria cocos: Coleoptera e Fungo;  Pieris japonica: borboleta e planta;  Culcita novaeguineae: estrela do mar, e Culcita novae-guineae: samabaia Lactarius nonfungus Nolf e Bajpai 1992: peixe Lactarius nonpiscis Verbeken 1996: fungo
  • 72. Sinônimos e Homônomos  Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon Lecane ludwigii (Eckstein, 1883) Lecane stokesi (Pell, 1890) Lecane ohioensis (Herrick, 1885) « Bobo mais velho »: Lecane ludwigii (Eckstein, 1883)
  • 73. Sinônimos e Homônomos Homônomos: 1 name = 2 or more taxa Lecane ornata (Harring & Myers, 1926) Lecane ornata (Daday, 1897) (syn. van L. ludwigii (Eckstein, 1883) Problema: nome de L. ornata (Harring e Myers, 1926) non (Daday, 1897)? Nenhum “Bobo mais velho” disponível! Nomen novum necessário: Solução: L. myersi
  • 74. Sinônimos e Homônomos  Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon  Homônomos: 1 nome = 2 ou maix taxa Quem tem razão? Princípio da Prioridade:  “o bobo mais velho sempre tem razão” Mas isso pode causar Problemas A comissão pode intervenir! (nomina rejicienda, conservanda)
  • 75. Sinônimos e Homônomos  Sinônimos: 2 or more names = 1 taxon  Nomenclatural (= objective, homotypic) synonyms  Taxonomic (= subjective, heterotypic) synonyms Lecane ludwigii (Eckstein, 1883) ou Lecane stokesi (Pell, 1890) ou Lecane ohioensis (Herrick, 1885) ?
  • 76. Sinônimos e Homônomos  Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon  Homônomios: 1 nome = 2 ou mais taxa Lecane ornata (Harring & Myers, 1926) Lecane ornata (Daday, 1897) (sinônimo de L. ludwigii (Eckstein, 1883)) Problema: nome de L. ornata (Harring e Myers, 1926) não (Daday, 1897)?
  • 77. Sinônimos e Homônomos  Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon  Homônomios: 1 nome = 2 ou mais taxa Argus Bohadsch, 1761(gastropodo); Argus Lamarck, 1817 (Hesperidae); Argus Scopoli, 1763 (borboleta); Argus Boisduval, 1832 (Lycaenidae); Argus Scopoli, 1777 (borboleta); Argus Walckenaer, 1836 (aranha); Argus Poli, 1791 (molusco); Argus Gray, 1847(molusco); Argus Temminck, 1807 (ave); Argus Gerhard, 1850 (Lycaenidae))
  • 78. Sinônimos e Homônomos  Sinônimos: 2 ou mais nomes = 1 taxon  Homônomios: 1 nome = 2 ou mais taxa Quem tem razão? Principio da Prioridade:  “o bobo mais velho sempre tem razão”
  • 79. Disponibilidade  Estabelecido como válido  Estabelecido como « variedade » ou « forma »  Antes de 1961: disponível se  Não explicitamente de nível infrasubespecífico  Usado ao nível de subespécie antes de 1985 (Kutikova 1970!)  Após 1961: não disponível
  • 80. Publicação Os nomes precisam ser publicados para serem validos  Regras da validade são parte do código  Nenhuma tese, ou WWW!  Data da publicação determine senioridade do nome  Importante in case of dispute Começo da nomenclatura:  Zoologia: Linnaeus (1758). Systema naturae… 10th ed.  Botânica: Linnaeus (1753). Species plantarum. 1st ed.
  • 81. Publicação de nomes botânicas Validade /invalidade – provisões especiais  Após o 1 de janeiro de 1958 um nome válido ao nível do gênero o inferior se cria somente se foi publicado com indicação do tipo.  Após o 1 de janeiro de 1990 ao publicar um nome ao nível do gênero ou inferior a indicação do tipo precisa incluir o termo “typus” ou “holo typus”.  Após o 1 de janeiro de 1990 ao publicar um nome ao nível de espécie ou inferior a indicação do tipo precisa incluir uma indicação do herbário no qual o tipo is conservado.
  • 82. Publicação de nomes botânicas Validade /invalidade Os autores que usam nomes novos em floras, catálogos, e outros, escritos numa idioma moderna devem simultaneamente aderir os requerimentos da publicação válida.
  • 83. Publicação Validade /invalidade  Provavelmente a parte mais complexa do Código
  • 84. Publicação  Validade /invalidade - requerimentos O nome precisa ser publicado efetivamente O nome precisa ser de forma correta A publicação precisa conter uma descrição ou uma diagnose do taxon. (Nomem Nudem) Ser conforme com as provisões especiais
  • 85. Publicação Validade /invalidade – provisões especiais Para os nomes publicados antes de 1908 uma ilustração com analise é uma alternativa aceitável a descrição ou diagnose. Os nomes novos, excluindo para algas e taxa fosseis publicados após o 1 de janeiro de 1935 precisam incluir uma descrição ou diagnose em Latim ou conter uma referencia a uma descrição ou diagnose publicado efetivamente. Para nomes de algas, com exceção das algas fosseis, publicados após do 1 de janeiro de 1958 uma descrição ou diagnose em Latim é necessária para uma publicação válida. Para nomes de plantas fosseis publicados após o 1 de janeiro de 1996 uma descrição ou diagnose em Latim é necessária para uma publicação válida.
  • 86. Publicação Validade/invalidade – provisões especiais Os nomes nos níveis alistados na in Apêndice V do código são inválidos. Os epítetos específicos quando publicados precisam conter uma referencia clara do gênero ao qual são designados. O nome precisa ser aceita explicitamente pelo autor. Após o 1 de janeiro de 1953 precisa existir uma indicação clara do nível do nome
  • 87. Publicação de nomes botânicas  Legitimidade/ilegitimidade  Nomes supérfluos  Homônimos
  • 88. Publicação Publicação Efetiva  Disseminação precisa ser via matéria impressa (após 1953)  Precisa ser disponível ao público geral Ou  Precisa ser registrado numa biblioteca botânica acessível aos botânicos
  • 89. Publicação As três barreiras da publicação Publicado Publicado Legítimo Efetivamente Validamente
  • 90. Níveis Extras  ‘Super-’, ‘Sub-’, ‘Infra-’  Subordem, infraordem, superfamília…  Não para gêneros e espécies ( com exceção de subespécies)  Tribo: entre família e gênero  Infraespecífico  A subespécie é o único nível reconhecido na zoologia  Botânica: variedades, formas  Botânica: ‘Divisão em vez de ‘Filo’
  • 91. Sufixos padronizados dos nomes científicos Nível : Zoologico Botanico Bacteriologico Filo/divisão * - phyta/-mycota1 classe * - opsida/-mycetes1/ - phyceae² subclasse * - idea/-mycetidae1/- phycidae2 superordem * - anae ordem * - ales - ales subordem * - ineae - ineae superfamilia - oidea (nao usado) (não usado) familia - idae - aceae - aceae subfamilia - inae - oideae - oideae tribo - ini - eae - eae subtribo - ina - inae - inae 1: fungos; ²: algas
  • 92. Sufixos Padronizados Nível Botânica Bacteriologia Zoologia Divisio (-phyta/-mycota) Subdivisio (-phytina/-mycotina) Classis (-phyceae/-mycetes/-opsida) Subclassis (-phycidae/-mycetidae/-idae) Ordo -ales -ales Subordo -ineae -ineae Superfamilia (-oidea) Familia -aceae -aceae -idae Subfamilia -oideae -oideae -inae Tribus -eae -eae (-ini) Subtribus -inae -inae
  • 93. Homônomos entre Códigos Nomes de Homônomos no gêneros Zoological botânicos Record Total 64,419 Em uso comum 8,784 (13.6%) 28,041 Nomes de 3,554 (12.7%) Homônomos Homônomos em Gêneros de em ING ambos Bactéria Homônomos na (Botânico) Zoologia Total 739 50 (6.8%) 29 (3.9%) 15 Em uso comum 701 48 (6.9%) 27 (3.9%) 14
  • 94. Mais Diferencias que Confundem Na Zoologia: Na Botânica: “Disponível” “Publicada com validez” “Valido” “Nome correto” “Sinônimo Junior” “Sinônimo Homotipico” “Sinônimo Senior” “Sinônimo Heteroptipico” Anthias ventralis Randall 1979 Pseudanthias ventralis (Rand.) R.Pyle = Anthias hawaiiensis Lubbock 1985 = Anthias ventralis Rand. = Anthias hawaiiensis Lub.
  • 95. Os rotíferos: variantes e formas? As categorias infrasubespecíficas não são tratadas pelo ICZN Para pesquisadores de rotiferos: Brachionus calyciflorus Pallas 1766 f. amphiceros Ehrenberg, 1838 Mas se?  Testudinella tridentata Smirnov, 1931 f. curvata Wulfert 1965  Brachionus variabilis Hempel, 1896 var. novae-zelandiae Morris, 1913
  • 96. Códigos de Nomenclatura Greuter, W., et al. (eds), 2000. International Code of Botanical Nomenclature (St Louis Code). Regnum Vegetabile 138. Koeltz Scientific Books, Königstein. ISBN 3-904144-22-7 Trehane, P., et al. (eds). 1995. International Code of Nomenclature for Cultivated Plants. Adapted by the International Committee for the Nomenclature of Cultivated Plants of the I.U.B.S. Regn. Veget. 133. Sneath, P.H.A., et al. (eds), 1992. International Code of Nomenclature of Bacteria. Washington (+ : Skerman, V.D.B. et al., 1980. Approved Lists of Bacterial Names). International Commission on Zoological Nomenclature, 1999. International Code of Zoological Nomenclature, 4th edition. Adopted by the I.U.B.S. The International Trust for Zoological Nomenclature, London.