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COSMOMC インストール手順覚え書き
                                                              1


                 COSMOMC インストール手順覚え書き

                                                                           沼田 哲史
                                                                     2009年5月20日

1. はじめに

     Intel Mac 上の Mac OS X 10.5.7 以降でインストールを行うことを前提とする。Mac OS
   X 10.5 に付属の Developer Tools を事前にインストールしておくことが必要である。なお、
   できれば最新版を Apple の公式サイトよりダウンロードして利用されたい。

     COSMOMC では、線形代数計算のための LAPACK が必要であるが、Mac OS X 10.5 に
   はデフォルトで LAPACK がインストールされている。なお、Mac OS X にデフォルトでイン
   ストールされている OpenMPI は Fortran 90 をサポートしていないので、OpenMPI を利用し
   たプログラミングはできないことに留意されたい。


2. Fortran コンパイラのインストール

     F o r t r a n 9 0 互 換 の F o r t r a n コ ンパ イ ラ を イ ンス ト ール す る 。 筆 者 は 、 「 G 9 5
   (http://www.g95.org/)」を用いた。


 2.1. パッケージのダウンロード

     http://www.g95.org/downloads.shtml より、「x86 OSX」をダウンロードする。

     使用した G95 のバージョンは、G95 0.92(2009.05.06 ビルド版)である。なお、ソース
   コードからコンパイルするのは、特定のバージョンの gcc を利用したり、パッチを当ててい
   く必要があるらしいのでパスした。


 2.2. パッケージの解凍

     パッケージは、「ターミナル」アプリケーションから、「tar」コマンドを使用して解凍
   する(以下すべてのケースで同様)。Finder 上でのダブルクリックによる解凍は避けた方が
   良い。


           % tar xzvf g95-x86-osx.tgz




 2.3. インストール先の用意

     /usr/local/bin フォルダがない場合、作成する。
COSMOMC インストール手順覚え書き
                                                               2



           % sudo mkdir /usr/local/bin


     パスが通っていない場合、このフォルダにパスを通す。

                                      ~/.bash_profile

           if [ -f ~/.bashrc ]
           then
                . ~/.bashrc
           fi


                                         ~/.bashrc

           export PATH="$PATH:/usr/local/bin"




 2.4. ファイルの移動

     解凍して出てくる「g95-install」フォルダを /usr/local フォルダに移動する。


           % sudo mv g95-install /usr/local/g95




 2.5. シンボリックリンクの作成

     実行ファイルへのシンボリックリンクを作成する。


        % sudo ln -s /usr/local/g95/bin/*g95* /usr/local/bin/g95




3. WMAP5 を利用できるようにする

     WMAP5 を利用するために、CFITSIO のインストールと、「WMAP Likelihood Software
   With Data」のインストールが必要となる。


 3.1. CFITSIO のインストール

   3.1.1. パッケージのダウンロード
       公式ホームページ (http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/) より、「Latest fully
     s u p p o r t e d r e l e a s e 」 の バー ジョ ン を ダ ウ ン ロ ー ド す る 。 こ れ を 書 い た 時 点 で
     は、cfitsio3140.tar.gz をダウンロードした。
COSMOMC インストール手順覚え書き
                                                                    3


   3.1.2. パッケージの解凍

        % tar xzvf cfitsio3140.tar.gz
        % cd cfitsio



   3.1.3. ビルドとインストール
       http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/ より、「Latest fully supported release」の
     バージョンをダウンロードする。これを書いた時点では、cfitsio3140.tar.gz をダウン
     ロードした。

        % ./configure --prefix=/usr/local
        % make
        % sudo make install


       なお make 時に、Mac OS X 10.5.7 の Intel Mac 上では以下の警告メッセージが表
     示されるが、無視して構わない。


         ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols
         ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols




 3.2. WMAP Likelihood Software With Data のインストール

   3.2.1. パッケージのダウンロード
       公式ホームページ (http://lambda.gsfc.nasa.gov/) より、「PRODUCTS」-
     「WMAP」-「Software」と                  っ て 、 「 L i k e l i h o o d C o d e 」 の 「 D o w n-
     load」より「Likelihood Software With Data」をダウンロードする。

       これを書いた時点では、wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz の1.0GB のファイルをダ
     ウンロードした。

   3.2.2. パッケージの解凍

         % tar xzvf wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz



   3.2.3. 適当なフォルダへの移動

         % sudo mv likelihood_v3 /usr/local/
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   3.2.4. 設定ファイルの編集
      /usr/local/likelihood_v3/WMAP_5yr_options.F90 を編集し、12行目を次のように
     変更する。

        character(len=*), parameter :: WMAP_data_dir = '/usr/
        local/likelihood_v3/data/'



   3.2.5. 必要なファイルのコンパイル
      /usr/local/likelihood_v3/Makefile を、以下のように書き換える。

      先頭の CFITSIO のパス設定を次のようにする。

         CFITSIO=/usr/local
         #CFITSIO=/home/nolta/local



      デフォルトの F90 および FFLAGS、INCS、LIBS などの設定をすべてコメントアウ
     トし、G95 用の次の設定を書き加える。

         F90 = g95
         FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge



      all ターゲットを、次のように変更する。

         all: $(WMAPLIB) test
           ↓
         all: $(OBJS)



      次のようにして、必要なファイルをビルドする。

         % cd /usr/local/lib
         % make all
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4. COSMOMCのインストール

 4.1. パッケージのダウンロード

       公式ホームページ (http://cosmologist.info/cosmomc/) より、「ReadMe」-
     「Downloading and Compiling」より、ダウンロード場所をメールで送ってもら
     い、cosmomc.tar.gz をダウンロードする。


 4.2. パッケージの解凍

         % tar xzvf cosmomc.tar.gz




 4.3. camb の Makefile ファイルの編集

       camb フォルダの Makefile ファイルを開き、先頭の2行をコメントアウトする。

         #F90C     = ifort
         #FFLAGS = -openmp -O2 -ip -W0 -WB -fpp2 -vec_report0


       G95 に関する部分のコメントアウトを外す。

         #G95 compiler
         F90C   = g95
         FFLAGS = -O2




 4.4. camb のビルド

         % cd camb
         % make all




 4.5. source の ビルド

   4.5.1. Makefile の編集
       source フォルダの Makefile ファイルを開き、以下のように編集する。

       CFITSIO のパス設定を変更する。
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                                              6



           cfitsio = /usr/local/cfitsio/intel10/64/3.040
             ↓
           cfitsio = /usr/local


       WMAP のパス設定を変更する。

           WMAP = /home/aml1005/WMAP5/likelihood_v3
             ↓
           WMAP = /usr/local/likelihood_v3


       Intel MPI のための設定をすべてコメントアウトする。

           #F90C     = mpif90
           #FFLAGS = -O2 -ip -W0 -WB -openmp -fpp -DMPI -vec_re-
           port0
           #LAPACKL = -L/usr/local/intel/mkl/9.1/lib/em64t
           -lmkl_lapack -lmkl_em64t -lguide -lpthread


       G95 のための設定を、その下あたりに追加する。

           F90C     = g95
           FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge
           LAPACKL = -llapack -lblas



   4.5.2. source をビルドする。

            % cd ../source
            % make all




 4.6. 完了

     以上で「cosmomc」フォルダに「cosmomc」という実行ファイルが出来ているので、以
   下のようにしてこれを実行する。


            % cd ..
            % ./cosmomc params.ini
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                                         7


                              COSMOMC の実行例


       % ./cosmomc params.ini
        Random seeds:      0, 22989 rand_inst:     0
        Computing tensors: F
        Doing CMB lensing: T
        lmax           = 2100
        Number of C_ls =     3
        Varying 7 parameters ( 0 fast)
        reading: params_CMB.covmat
        starting Monte-Carlo
        reading WMAP5 data
        Initializing WMAP likelihood, version    v3
        0 rat: 0.3968254 in 126 (M) best:        1393.514
        0 rat: 0.3773585 in 265 (M) best:        1337.2715
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Cosmomc Install

  • 1. COSMOMC インストール手順覚え書き 1 COSMOMC インストール手順覚え書き 沼田 哲史 2009年5月20日 1. はじめに Intel Mac 上の Mac OS X 10.5.7 以降でインストールを行うことを前提とする。Mac OS X 10.5 に付属の Developer Tools を事前にインストールしておくことが必要である。なお、 できれば最新版を Apple の公式サイトよりダウンロードして利用されたい。 COSMOMC では、線形代数計算のための LAPACK が必要であるが、Mac OS X 10.5 に はデフォルトで LAPACK がインストールされている。なお、Mac OS X にデフォルトでイン ストールされている OpenMPI は Fortran 90 をサポートしていないので、OpenMPI を利用し たプログラミングはできないことに留意されたい。 2. Fortran コンパイラのインストール F o r t r a n 9 0 互 換 の F o r t r a n コ ンパ イ ラ を イ ンス ト ール す る 。 筆 者 は 、 「 G 9 5 (http://www.g95.org/)」を用いた。 2.1. パッケージのダウンロード http://www.g95.org/downloads.shtml より、「x86 OSX」をダウンロードする。 使用した G95 のバージョンは、G95 0.92(2009.05.06 ビルド版)である。なお、ソース コードからコンパイルするのは、特定のバージョンの gcc を利用したり、パッチを当ててい く必要があるらしいのでパスした。 2.2. パッケージの解凍 パッケージは、「ターミナル」アプリケーションから、「tar」コマンドを使用して解凍 する(以下すべてのケースで同様)。Finder 上でのダブルクリックによる解凍は避けた方が 良い。 % tar xzvf g95-x86-osx.tgz 2.3. インストール先の用意 /usr/local/bin フォルダがない場合、作成する。
  • 2. COSMOMC インストール手順覚え書き 2 % sudo mkdir /usr/local/bin パスが通っていない場合、このフォルダにパスを通す。 ~/.bash_profile if [ -f ~/.bashrc ] then . ~/.bashrc fi ~/.bashrc export PATH="$PATH:/usr/local/bin" 2.4. ファイルの移動 解凍して出てくる「g95-install」フォルダを /usr/local フォルダに移動する。 % sudo mv g95-install /usr/local/g95 2.5. シンボリックリンクの作成 実行ファイルへのシンボリックリンクを作成する。 % sudo ln -s /usr/local/g95/bin/*g95* /usr/local/bin/g95 3. WMAP5 を利用できるようにする WMAP5 を利用するために、CFITSIO のインストールと、「WMAP Likelihood Software With Data」のインストールが必要となる。 3.1. CFITSIO のインストール 3.1.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/) より、「Latest fully s u p p o r t e d r e l e a s e 」 の バー ジョ ン を ダ ウ ン ロ ー ド す る 。 こ れ を 書 い た 時 点 で は、cfitsio3140.tar.gz をダウンロードした。
  • 3. COSMOMC インストール手順覚え書き 3 3.1.2. パッケージの解凍 % tar xzvf cfitsio3140.tar.gz % cd cfitsio 3.1.3. ビルドとインストール http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/ より、「Latest fully supported release」の バージョンをダウンロードする。これを書いた時点では、cfitsio3140.tar.gz をダウン ロードした。 % ./configure --prefix=/usr/local % make % sudo make install なお make 時に、Mac OS X 10.5.7 の Intel Mac 上では以下の警告メッセージが表 示されるが、無視して構わない。 ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols 3.2. WMAP Likelihood Software With Data のインストール 3.2.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://lambda.gsfc.nasa.gov/) より、「PRODUCTS」- 「WMAP」-「Software」と っ て 、 「 L i k e l i h o o d C o d e 」 の 「 D o w n- load」より「Likelihood Software With Data」をダウンロードする。 これを書いた時点では、wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz の1.0GB のファイルをダ ウンロードした。 3.2.2. パッケージの解凍 % tar xzvf wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz 3.2.3. 適当なフォルダへの移動 % sudo mv likelihood_v3 /usr/local/
  • 4. COSMOMC インストール手順覚え書き 4 3.2.4. 設定ファイルの編集 /usr/local/likelihood_v3/WMAP_5yr_options.F90 を編集し、12行目を次のように 変更する。 character(len=*), parameter :: WMAP_data_dir = '/usr/ local/likelihood_v3/data/' 3.2.5. 必要なファイルのコンパイル /usr/local/likelihood_v3/Makefile を、以下のように書き換える。 先頭の CFITSIO のパス設定を次のようにする。 CFITSIO=/usr/local #CFITSIO=/home/nolta/local デフォルトの F90 および FFLAGS、INCS、LIBS などの設定をすべてコメントアウ トし、G95 用の次の設定を書き加える。 F90 = g95 FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge all ターゲットを、次のように変更する。 all: $(WMAPLIB) test   ↓ all: $(OBJS) 次のようにして、必要なファイルをビルドする。 % cd /usr/local/lib % make all
  • 5. COSMOMC インストール手順覚え書き 5 4. COSMOMCのインストール 4.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://cosmologist.info/cosmomc/) より、「ReadMe」- 「Downloading and Compiling」より、ダウンロード場所をメールで送ってもら い、cosmomc.tar.gz をダウンロードする。 4.2. パッケージの解凍 % tar xzvf cosmomc.tar.gz 4.3. camb の Makefile ファイルの編集 camb フォルダの Makefile ファイルを開き、先頭の2行をコメントアウトする。 #F90C = ifort #FFLAGS = -openmp -O2 -ip -W0 -WB -fpp2 -vec_report0 G95 に関する部分のコメントアウトを外す。 #G95 compiler F90C = g95 FFLAGS = -O2 4.4. camb のビルド % cd camb % make all 4.5. source の ビルド 4.5.1. Makefile の編集 source フォルダの Makefile ファイルを開き、以下のように編集する。 CFITSIO のパス設定を変更する。
  • 6. COSMOMC インストール手順覚え書き 6 cfitsio = /usr/local/cfitsio/intel10/64/3.040   ↓ cfitsio = /usr/local WMAP のパス設定を変更する。 WMAP = /home/aml1005/WMAP5/likelihood_v3   ↓ WMAP = /usr/local/likelihood_v3 Intel MPI のための設定をすべてコメントアウトする。 #F90C = mpif90 #FFLAGS = -O2 -ip -W0 -WB -openmp -fpp -DMPI -vec_re- port0 #LAPACKL = -L/usr/local/intel/mkl/9.1/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_em64t -lguide -lpthread G95 のための設定を、その下あたりに追加する。 F90C = g95 FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge LAPACKL = -llapack -lblas 4.5.2. source をビルドする。 % cd ../source % make all 4.6. 完了 以上で「cosmomc」フォルダに「cosmomc」という実行ファイルが出来ているので、以 下のようにしてこれを実行する。 % cd .. % ./cosmomc params.ini
  • 7. COSMOMC インストール手順覚え書き 7 COSMOMC の実行例 % ./cosmomc params.ini Random seeds: 0, 22989 rand_inst: 0 Computing tensors: F Doing CMB lensing: T lmax = 2100 Number of C_ls = 3 Varying 7 parameters ( 0 fast) reading: params_CMB.covmat starting Monte-Carlo reading WMAP5 data Initializing WMAP likelihood, version v3 0 rat: 0.3968254 in 126 (M) best: 1393.514 0 rat: 0.3773585 in 265 (M) best: 1337.2715 0 rat: 0.3579952 in 419 (M) best: 1329.9503 0 rat: 0.36166364 in 553 (M) best: 1329.6683 ...