More Related Content Similar to JetPoint meeting @JetBrains on bioinformatics (20) JetPoint meeting @JetBrains on bioinformatics2. JetBrains
At JetBrains, we have a passion for making
people more productive through smart
software solutions that help them focus more
on what they really want to accomplish, and
less on mundane, repetitive "computer busy
work".
3. ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ°
ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ° (Π³ΡΠ΅Ρ. Ξ΅ΟΞ― β Π½Π°Π΄, Π²ΡΡΠ΅,
Π²Π½Π΅ΡΠ½ΠΈΠΉ) β Π² Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ, Π² ΡΠ°ΡΡΠ½ΠΎΡΡΠΈ, Π²
Π³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ΅ ΠΏΡΠ΅Π΄ΡΡΠ°Π²Π»ΡΠ΅Ρ ΡΠΎΠ±ΠΎΠΉ ΠΈΠ·ΡΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅
Π·Π°ΠΊΠΎΠ½ΠΎΠΌΠ΅ΡΠ½ΠΎΡΡΠ΅ΠΉ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠ³ΠΎ
Π½Π°ΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ β ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΡ ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΠΈ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΈΠ»ΠΈ ΡΠ΅Π½ΠΎΡΠΈΠΏΠ° ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠΈ, Π²ΡΠ·Π²Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΌΠ΅Ρ
Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ°ΠΌΠΈ, Π½Π΅ Π·Π°ΡΡΠ°Π³ΠΈΠ²Π°ΡΡΠΈΠΌΠΈ
ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°ΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΠΈ ΠΠΠ.
4. ΠΡΡΠΎΡΠΈΡ
β Π’Π΅ΡΠΌΠΈΠ½ Β«ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ°Β» Π±ΡΠ» ΠΏΡΠ΅Π΄Π»ΠΎΠΆΠ΅Π½ ΠΠΎΠ½ΡΠ°Π΄ΠΎΠΌ Π£ΠΎΠ΄Π΄ΠΈΠ½Π³ΡΠΎΠ½ΠΎΠΌ Π² 1942 Π³ΠΎΠ΄Ρ,
ΠΊΠ°ΠΊ ΠΏΡΠΎΠΈΠ·Π²ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ΅ ΠΎΡ ΡΠ»ΠΎΠ² Π³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ° ΠΈ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅Π·. ΠΠΎΠ³Π΄Π° Π£ΠΎΠ΄Π΄ΠΈΠ½Π³ΡΠΎΠ½ Π²Π²Π΅Π» ΡΡΠΎΡ
ΡΠ΅ΡΠΌΠΈΠ½, ΡΠΈΠ·ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠ°Ρ ΠΏΡΠΈΡΠΎΠ΄Π° Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π½Π΅ Π±ΡΠ»Π° Π΄ΠΎ ΠΊΠΎΠ½ΡΠ° ΠΈΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½Π°, ΠΏΠΎΡΡΠΎΠΌΡ ΠΎΠ½
ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π» Π΅Π³ΠΎ Π² ΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅ ΠΊΠΎΠ½ΡΠ΅ΠΏΡΡΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ ΡΠΎΠ³ΠΎ, ΠΊΠ°ΠΊ Π³Π΅Π½Ρ ΠΌΠΎΠ³ΡΡ
Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡΠ²ΠΎΠ²Π°ΡΡ ΡΠΎ ΡΠ²ΠΎΠΈΠΌ ΠΎΠΊΡΡΠΆΠ΅Π½ΠΈΠ΅ΠΌ ΠΏΡΠΈ ΡΠΎΡΠΌΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ ΡΠ΅Π½ΠΎΡΠΈΠΏΠ°.
β
5. ΠΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡ
β ΠΠ΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠ°Ρ β ΠΠΠ, ΠΎΠ΄ΠΈΠ½Π°ΠΊΠΎΠ²Π° Π²ΠΎ Π²ΡΠ΅Ρ
ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠ°Ρ
ΠΎΡΠ³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ°
β ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠ°Ρ β ΡΠΏΠ΅ΡΠΈΡΠΈΡΠ½Π° Π΄Π»Ρ ΠΊΠΎΠ½ΠΊΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠΉ
ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠΈ
ΠΠ°ΠΆΠ΄ΡΠΉ Π²ΠΈΠ΄ ΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΈ ΠΎΠ±Π΅ΡΠΏΠ΅ΡΠ΅Π½ ΡΠ²ΠΎΠΈΠΌΠΈ
ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΠ°ΠΌΠΈ:
β ΠΠΎΠ΄ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ
β Π₯ΡΠ°Π½Π΅Π½ΠΈΡ
β ΠΠ΅ΡΠ΅Π΄Π°ΡΠΈ
6. ΠΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΡ
ΠΠ΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅ ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅
β ΠΠ΅ΠΎΠ±ΡΠ°ΡΠΈΠΌΡ (ΠΌΡΡΠ°ΡΠΈΠΈ) β ΠΠ±ΡΠ°ΡΠΈΠΌΡ
β ΠΠ΅ Π·Π°ΡΡΠ°Π³ΠΈΠ²Π°ΡΡ
β ΠΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΡ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠΉ
ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°ΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΠΈ ΠΠΠ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°ΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΠΈ
ΠΠΠ
β Π‘ΡΠ°Π±ΠΈΠ»ΡΠ½ΠΎ Π½Π°ΡΠ»Π΅Π΄ΡΠ΅ΠΌΡΠ΅
β ΠΠΎΠ»Π³ΠΎΠ²ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΡΠ΅ ΠΈΠ»ΠΈ
ΠΊΡΠ°ΡΠΊΠΎΠ²ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΡΠ΅
7. ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½ΠΎΠΌ
ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½ΠΎΠΌ - ΡΡΠΎ ΡΠΎΠ²ΠΎΠΊΡΠΏΠ½ΠΎΡΡΡ Π²ΡΠ΅Ρ
ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠ°ΡΠΊΠ΅ΡΠΎΠ², ΠΎΠ±ΡΡΠ»ΠΎΠ²Π»ΠΈΠ²Π°ΡΡΠΈΡ
ΡΠΊΡΠΏΡΠ΅ΡΡΠΈΡ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π² Π΄Π°Π½Π½ΠΎΠΉ
ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠ΅.
8. ΠΠΈΠ΄Ρ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ
β ΠΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΠΠ
β ΠΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΈ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²
β ΠΠΈΠ΄ΡΠΎΠΊΡΠΈΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΠΠ
β ?
9. Π‘Π²ΡΠ·Ρ
β ΠΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΠΠ ->
Π΄Π΅Π°ΡΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ² ->
ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π³Π΅ΡΠ΅ΡΠΎΡ
ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΠ½Π°
β ΠΠ΅ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΠΠ ->
Π°ΡΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ² ->
ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΡΡΡ
ΡΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΠ½Π°
13. Open Data
- ΠΠΎΠΊΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΡ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΉ
- Π§Π°ΡΡΠΎ ΠΎΡΠ΅Π½Ρ ΡΡΠΌΠ½ΡΠ΅
- Π§Π°ΡΡΠΎ Π½Π΅ Π²Π΅ΡΠΈΡΠΈΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡ
+ ΠΠ½ΠΎΠ³ΠΎ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
Π² ΠΎΡΠΊΡΡΡΠΎΠΌ Π΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ΅
14. Wet Labs problems
- ΠΠ°Π³ΡΡΠ·Π½Π΅Π½ΠΈΡ ΠΏΡΠΎΠ±
- ΠΠ΅ΡΠΎΠ±Π»ΡΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΡΠΎΡΠΎΠΊΠΎΠ»ΠΎΠ²
- ΠΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΡΠΎΡΡΠΎΡΠ΅Π½Π½ΡΡ
ΡΠ΅Π°Π³Π΅Π½ΡΠΎΠ²
ΠΈΠ»ΠΈ ΠΈΡ
Π·Π°ΠΌΠ΅Π½ΠΈΡΠ΅Π»Π΅ΠΉ
15. Academic software
β ΠΠ½ΠΎΠ³ΠΎ Π½ΠΈΠ·ΠΊΠΎΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΡΠΎΡΡΠ°, Π½ΡΠΆΠ½ΠΎΠ³ΠΎ
ΡΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π΄Π»Ρ ΠΏΡΠ±Π»ΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΈ.
β ΠΡΡΡ ΡΠ΅Π°Π»ΡΠ½ΡΠ΅ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅ΡΡ ΡΠΎΡΡΠ°, Π² ΠΊΠΎΡΠΎΡΠΎΠΌ
ΠΎΡΡΡΡΡΡΠ²ΡΠ΅Ρ Π·Π°ΡΠ²Π»Π΅Π½Π½Π°Ρ ΡΡΠ½ΠΊΡΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΡ,
Π½ΠΎ Π½Π° ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠΉ Π΅ΡΡΡ ΡΡΡΠ»ΠΊΠΈ Π² ΡΡΠ°ΡΡΡΡ
.
β A Farewell to Bioinformatics
http://madhadron.com/a-farewell-to-bioinformatics
βFuck you, bioinformatics. Eat shit and die.β
16. JetBrains BioLabs
ΠΡ ΠΏΡΡΠ°Π΅ΠΌΡΡ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΡΡ ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄Ρ
ΡΡΠ°ΡΠΈΡΡΠΈΠΊΠΈ ΠΈ ΠΌΠ°ΡΠΈΠ½Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΎΠ±ΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ Π΄Π»Ρ
Π²ΡΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΡ ΡΡΠ½Π΄Π°ΠΌΠ΅Π½ΡΠ°Π»ΡΠ½ΡΡ
ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠ΅Ρ
Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ²
20. ΠΠ°Π΄Π°ΡΠΈ
β ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π·Π°ΠΊΠΎΠ½ΠΎΠΌΠ΅ΡΠ½ΠΎΡΡΠ΅ΠΉ Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅
β ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ
β ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½Π½ΡΡ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ
β ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΏΡΠΈΡΠΈΠ½Π½ΠΎ-ΡΠ»Π΅Π΄ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΡΡ
ΡΠ²ΡΠ·Π΅ΠΉ
β Π Π°Π·ΡΠ°Π±ΠΎΡΠΊΠ° ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡ ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ²
21. ΠΠΎΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄Ρ ΠΊ ΠΈΠ·ΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ
β ΠΠΎΡΡΡΠΎΠ΅Π½ΠΈΠ΅ Π°Π΄Π΅ΠΊΠ²Π°ΡΠ½ΡΡ
ΠΌΠ°ΡΠ΅ΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Π΅ΠΉ ΠΏΠΎ ΠΈΠΌΠ΅ΡΡΠΈΠΌΡΡ Π΄Π°Π½Π½ΡΠΌ
β ΠΡΠΈΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠ΅Ρ
Π½ΠΈΠΊ ΠΌΠ°ΡΠΈΠ½Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΎΠ±ΡΡΠ΅Π½ΠΈΡ
Π΄Π»Ρ ΠΎΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΡ ΡΠ΅Π³ΠΈΠΎΠ½ΠΎΠ² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°, Π³Π΄Π΅
ΠΏΡΠΎΠΈΡΡ
ΠΎΠ΄ΡΡ Π²Π°ΠΆΠ½ΡΠ΅ Ρ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ ΡΠΎΡΠΊΠΈ
Π·ΡΠ΅Π½ΠΈΡ ΡΠΎΠ±ΡΡΠΈΡ.
β ΠΠ΅ΡΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΡ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
Ρ ΠΏΠΎΠΌΠΎΡΡΡ ΠΊΠΎΠ»Π»Π΅Π³
-Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΎΠ²
22. ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΡΠΎΠΌΠΎΡΡΠ΅ΡΠΎΠ²
β ΠΡΡΠΈΡΠ»ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½Π°Ρ Π·Π°Π΄Π°ΡΠ°, Π½Π΅ ΠΈΠΌΠ΅ΡΡΠ°Ρ
ΡΠΎΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΡΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈΡ
β SVM + Ada Boost ML. ΠΡΠΎΡΡΠ΅ΠΉΡΠΈΠ΅
ΠΊΠ»Π°ΡΡΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΎΡΡ β n-ΠΌΠ΅Ρ ΠΈ Π΅Π³ΠΎ ΠΏΠΎΠ·ΠΈΡΠΈΡ Π½Π°
ΡΡΠ°ΡΡΠΊΠ΅. ΠΠ±ΡΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΈ Π²Π΅ΡΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΡ Π½Π°
ΡΠ΅Π°Π»ΡΠ½ΡΡ
Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
.
β Tradeoff: ΠΏΠΎΠ»Π½ΠΎΡΠ° ΠΈ ΡΠΎΡΠ½ΠΎΡΡΡ
β Π’ΠΎΡΠ½ΠΎΡΡΡ ~ 80%
25. ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ
β ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ BS-Seq Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
β Π²ΡΡΠ²Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅
ΠΏΠ°ΡΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠ² ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ
β ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠ°ΡΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠ² Π² ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ Π²
ΡΠ°Π·Π»ΠΈΡΠ½ΡΡ
ΡΠ΅Π³ΠΈΠΎΠ½Π°Ρ
Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°, smRNA, PiRNA, lncRNA,
etc
β ΠΠΎΡΡΠ΅Π»ΡΡΠΈΡ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΠΈ Π΄ΡΡΠ³ΠΈΡ
ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ
β ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΡΠ°Π·Π»ΠΈΡΠΈΠΉ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ Π²
Π³ΠΎΠΌΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡΠ½ΡΡ
ΡΡΠ°ΡΡΠΊΠ°Ρ
ΡΠ°Π·Π½ΡΡ
ΠΆΠΈΠ²ΠΎΡΠ½ΡΡ
β ΠΠΎΡΡΡΠΎΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠ°ΡΠ΅ΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Π΅ΠΉ, ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠ΅
ΠΎΠΏΠΈΡΡΠ²Π°ΡΡ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π² ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠ΅
β Π‘ΡΠ°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠ°Π·Π½ΡΡ
ΠΊΠ»Π΅ΡΠΎΡΠ½ΡΡ
Π»ΠΈΠ½ΠΈΠΉ
26. Illumina450K
β Infinium Methylation 450K is a hybrid of two different
assays, Infinium I and II.
β Due to its design, Infinium Methylation 450K technology
generates a dataset that should be viewed as two distinct
datasets. Infinium II data are less accurate and
reproducible than Infinium I data.
β Peak-based correction makes it possible to treat Infinium
I and Infinium II data as a single dataset.
β Infinium Methylation 450K is one of the most attractive
powerful and cost-effective tool currently available for
generating quantitative DNA methylomes for health and
disease, notably in the framework of large biomarker
discovery studies.
29. Illumina450K
β ΠΠ°Π³ΡΡΠ·ΠΊΠ°
β Π€ΠΈΠ»ΡΡΡΠ°ΡΠΈΡ
β SNP-ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡΠΈΠ½Π³
β Subset Quantile Normalization
β Batch effects
β Π‘ΡΠ°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ Π»ΠΎΠΊΡΡΠΎΠ² (genes, gene regions,
etc) Ρ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ Mann-Whitney U-test
β Π Π΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°Ρ: NDA
30. ΠΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²
β ΠΠΎΡΡΡΠΎΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΌΠ°ΡΠ΅ΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Π΅ΠΉ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²
β Π‘ΡΠ°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠ°Π·Π½ΡΡ
ΠΊΠ»Π΅ΡΠΎΡΠ½ΡΡ
Π»ΠΈΠ½ΠΈΠΉ
β Π‘Π²ΡΠ·Ρ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ² Ρ Π΄ΡΡΠ³ΠΈΠΌΠΈ
ΠΎΡΠ³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠ°ΠΌΠΈ
β ΠΠΎΠΈΡΠΊ ΡΡ
ΠΎΠΆΠΈΡ
ΠΏΠ°ΡΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠ² ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ
Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²
31. ΠΠ°ΡΠ΅ΠΌΠ°ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠ΅ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²
β ΠΠ°Π½Π½ΡΠ΅ β ΠΏΠΎΠΊΡΡΡΠΈΠ΅ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° ΠΏΠΎΡΠ»Π΅ ChIP-seq
β ΠΠΎΠ»ΡΡΠΈΠ½ΡΡΠ²ΠΎ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° Π½Π΅ ΠΏΠΎΠΊΡΡΡΠΎ
β Π Π°ΡΡΠΌΠ°ΡΡΠΈΠ²Π°Π΅ΠΌ ΠΏΠΎΠΊΡΡΡΠΈΠ΅ ΠΏΠΎ ΠΊΠΎΡΠ·ΠΈΠ½Π°ΠΌ
β ΠΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΠΏΡΠ΅Π΄ΠΏΠΎΠ»Π°Π³Π°ΡΡ, ΡΡΠΎ ΠΏΠΎΠΊΡΡΡΠΈΠ΅ ΡΠ°Π·Π½ΡΡ
ΠΊΠΎΡΠ·ΠΈΠ½ ΠΏΠΎΡΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΎ Π½Π΅Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΡΠΌΠΈ
ΡΠ»ΡΡΠ°ΠΉΠ½ΡΠΌΠΈ Π²Π΅Π»ΠΈΡΠΈΠ½Π°ΠΌΠΈ
β ΠΠ»ΠΎΡΠ½ΠΎΡΡΡ ΡΠ°ΡΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΡ
32. Poisson Mixture
β ΠΠΈΠΌΠΎΠ΄Π°Π»ΡΠ½ΠΎΠ΅ ΡΠ°ΡΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅
β Π Π°ΡΡΠΌΠ°ΡΡΠΈΠ²Π°Π΅ΠΌ ΠΊΠ°ΠΊ ΡΠΌΠ΅ΡΡ Π΄Π²ΡΡ
ΠΡΠ°ΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²ΡΠΊΠΈΡ
ΡΠ°ΡΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠΉ
β ΠΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠΌ ΠΎΡΠ΅Π½ΠΊΠΈ ΠΌΠ°ΠΊΡΠΈΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ
ΠΏΡΠ°Π²Π΄ΠΎΠΏΠΎΠ΄ΠΎΠ±ΠΈΡ ΠΏΠΎΠ»ΡΡΠ°Π΅ΠΌ ΡΠΊΡΡΡΡΠ΅
ΡΠΎΡΡΠΎΡΠ½ΠΈΡ ΠΊΠΎΡΠ·ΠΈΠ½
β Π‘ΠΊΡΡΡΡΠ΅ ΡΠΎΡΡΠΎΡΠ½ΠΈΡ β Π΅ΡΡΡ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½Π½Π°Ρ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΡ ΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅Ρ?
33. Poisson Mixture + HMM
β Π Π²Π΄ΡΡΠ³ ΡΠΎΡΠ΅Π΄Π½ΠΈΠ΅ ΠΊΠΎΡΠ·ΠΈΠ½Ρ Π½Π΅ Π½Π΅Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΡ?
ΠΠ²Π΅Π΄Π΅ΠΌ ΡΠΊΡΡΡΡΡ ΠΠ°ΡΠΊΠΎΠ²ΡΠΊΡΡ ΡΠ΅ΠΏΡ Ρ
Π²Π΅ΡΠΎΡΡΠ½ΠΎΡΡΡΠΌΠΈ ΠΏΠ΅ΡΠ΅Ρ
ΠΎΠ΄ΠΎΠ².
β ΠΡΠ΅Π½ΠΊΠ° ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠΌ ΠΌΠ°ΠΊΡΠΈΠΌΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠ³ΠΎ
ΠΏΡΠ°Π²Π΄ΠΎΠΏΠΎΠ΄ΠΎΠ±ΠΈΡ + Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌ ΠΠΈΡΡΠ΅ΡΠ±ΠΈ Π΄Π»Ρ
ΠΎΡΠ΅Π½ΠΊΠΈ Π²ΡΠ΅Ρ
ΠΏΠ°ΡΠ°ΠΌΠ΅ΡΡΠΎΠ² ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡ
β ΠΡΡΡ ΠΈ Π±ΠΎΠ»Π΅Π΅ ΡΠ»ΠΎΠΆΠ½ΡΠ΅ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ, Π½Π°ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅Ρ
Π΄Π»Ρ ΡΡΠ°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΡ Π΄Π²ΡΡ
ΠΈΠ·ΠΌΠ΅ΡΠ΅Π½ΠΈΠΉ
35. ΠΠΎΠ»ΡΡΠ΅ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Π΅ΠΉ!
β ΠΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ, Π³Π΄Π΅ 2 ΡΡΠ΅ΠΊΠ° ΡΠ°ΡΡΠΌΠ°ΡΡΠΈΠ²Π°ΡΡΡΡ, ΠΊΠ°ΠΊ
Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΡΠ΅. ΠΠ°ΠΊΡΠΎΠ²ΡΠΊΠ°Ρ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Ρ Ρ 4
ΡΠΎΡΡΠΎΡΠ½ΠΈΡΠΌΠΈ. (ΠΌΠ°Π»ΠΎ-ΠΌΠ°Π»ΠΎ, ΠΌΠ°Π»ΠΎ-ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ,
ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ-ΠΌΠ°Π»ΠΎ, ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ-ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ).
β ΠΠ³ΡΠ°Π½ΠΈΡΠ΅Π½Π½ΡΠ΅ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ, Π²Π΅ΡΠΎΡΡΠ½ΠΎΡΡΡ Π΄Π»Ρ
ΠΊΠ°ΠΆΠ΄ΠΎΠ³ΠΎ ΡΡΠ΅ΠΊΠ° βΠΌΠ°Π»ΠΎβ ΠΈΠ»ΠΈ βΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎβ Π΄ΠΎΠ»ΠΆΠ½Ρ
ΡΠΎΠ²ΠΏΠ°Π΄Π°ΡΡ Π΄Π»Ρ 4 ΠΊΠΎΠΌΠ±ΠΈΠ½Π°ΡΠΈΠΉ Π²ΡΡΠ΅.
β ΠΠ³ΡΠ°Π½ΠΈΡΠ΅Π½Π½Π°Ρ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Ρ Π»ΡΡΡΠ΅ ΠΏΠΎ ΠΊΡΠΈΡΠ΅ΡΠΈΡ
ΠΠΊΠ°ΠΉΠΊΠ΅!
β Π Ρ.Π΄.
36. Chromasig
β ΠΠ°Ρ
ΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΡ
ΠΎΠΆΠΈΡ
ΠΏΠ°ΡΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠ²
ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΠΈ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΈ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ²
β ΠΠ½ΡΡΡΡΠΌΠ΅Π½Ρ Π΄Π»Ρ ΠΏΠΎΠΈΡΠΊΠ° ΠΌΠΎΡΠΈΠ²ΠΎΠ² Π΄Π»Ρ ChIP-
Seq Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
- Chromasig
39. Π Π°Π·ΡΠ°Π±ΠΎΡΠΊΠ° ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡ
ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ²
β ΠΠ°Π½Π½ΡΠ΅: ΠΎΠΏΠΈΡΡΠ²Π°ΡΡ Π²Ρ
ΠΎΠ΄Π½ΡΠ΅ Π΄Π°Π½Π½ΡΠ΅, Ρ
ΡΠ΄ΠΎΠ±Π½ΠΎΠΉ ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΠΎΠΉ Ρ
ΡΠ°Π½Π΅Π½ΠΈΡ ΠΈ Π΄ΠΎΡΡΡΠΏΠ°,
ΡΠ°Π·Π΄Π΅Π»ΡΡΡ Π΄Π°Π½Π½ΡΠ΅ ΠΏΠΎΠ»ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΠ΅ Π½Π°ΠΌΠΈ ΠΈ ΠΈΠ·
ΡΡΠΎΡΠΎΠ½Π½ΠΈΡ
ΠΈΡΡΠΎΡΠ½ΠΈΠΊΠΎΠ², ΠΏΠ΅ΡΠ΅ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅
Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
β ΠΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΡ: ΠΎΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΠ΅ Π²Ρ
ΠΎΠ΄Π½ΡΠ΅ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
,
ΠΎΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΠ΅ ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ², ΡΠΎΡΠΌΠ°Ρ Π΄Π»Ρ
ΠΏΠ΅ΡΠ΅ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ
β ΠΠΌΠ΅ΡΡΠΈΠ΅ΡΡ ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΡ Π³ΡΠΎΠΌΠΎΠ·Π΄ΠΊΠΈ
β ΠΠ΅ ΡΠ΄ΠΎΠ²Π»Π΅ΡΠ²ΠΎΡΡΡΡ Π·Π°ΠΏΡΠΎΡΠ°ΠΌ
40. Tools
β Java
β R
β Big server computations (Linux)
β Confluence, Bamboo, Crucible
β Continuous integration, tests
41. ΠΡΠΎΠ΅ΠΊΡΡ JetBrains Π²
Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠ΅
β JetBrains BioLabs
β LabBook - ΡΠ»Π΅ΠΊΡΡΠΎΠ½Π½ΡΠΉ Π»Π°Π±ΠΎΡΠ°ΡΠΎΡΠ½ΡΠΉ
ΠΆΡΡΠ½Π°Π». ΠΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° ΡΠ°Π·ΡΠΎΠ·Π½Π΅Π½Π½ΠΎΡΡΠΈ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
.
ΠΠΎΠ»ΡΡΠΈΠ½ΡΡΠ²ΠΎ ΠΎΡΡΠ΅ΡΠΎΠ² Π² Excel.
ΠΠ΅ΡΠΎΠΎΡΠ²Π΅ΡΡΡΠ²ΠΈΠ΅ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΈ
ΠΈΠ½ΡΡΡΡΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ².
β Genome query β ΡΡΡΠ΄Π΅Π½ΡΠ΅ΡΠΊΠΈΠΉ ΠΏΡΠΎΠ΅ΠΊΡ.
β Genestack Platform - universal collaborative
ecosystem for bioinformatics research and
development. http://genestack.com
42. JetBrains BioLabs
β ΠΠ»Π΅ΠΊΡΠ΅ΠΉ ΠΠΈΠ΅Π²ΡΠΊΠΈΠΉ
β Π‘Π΅ΡΠ³Π΅ΠΉ ΠΠΌΠΈΡΡΠΈΠ΅Π²
β ΠΠ²Π³Π΅Π½ΠΈΠΉ ΠΡΡΠ±Π°ΡΠΊΠΈΠΉ
β Π‘Π΅ΡΠ³Π΅ΠΉ ΠΠ΅Π±Π΅Π΄Π΅Π²
β Π ΠΎΠΌΠ°Π½ Π§Π΅ΡΠ½ΡΡΡΠΈΠΊ
β ΠΠ»Π΅Π³ Π¨ΠΏΡΠ½ΠΎΠ²
Editor's Notes Π― ΡΠ°Π±ΠΎΡΠ°Ρ Π² ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ°Π½ΠΈΠΈ Jetbrains ΠΈ Π½Π°ΡΠ° ΡΠ΅Π»Ρ β ΡΠ΄Π΅Π»Π°ΡΡ ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡ ΡΠ°Π·ΡΠ°Π±ΠΎΡΠΊΠΈ ΠΏΡΠΎΠ΄ΡΠΊΡΠΈΠ²Π½Π΅Π΅, ΠΏΠΎΠ·Π²ΠΎΠ»ΠΈΡΡ ΡΡΠΎΠΊΡΡΠΈΡΠΎΠ²Π°ΡΡΡΡ Π½Π° ΡΠ΅Π°Π»ΡΠ½ΡΡ
Π·Π°Π΄Π°ΡΠ°Ρ
Π±ΠΈΠ·Π½Π΅Ρ Π»ΠΎΠ³ΠΈΠΊΠΈ, ΠΈ ΠΏΠΎΠ·Π²ΠΎΠ»ΠΈΡΡ ΠΊΠΎΠΌΠΏΡΡΡΠ΅ΡΡ ΡΠ΄Π΅Π»Π°ΡΡ Π²ΡΠ΅ ΠΎΡΡΠ°Π»ΡΠ½ΠΎΠ΅. Π£ΠΏΡ, Π½Π΅ ΡΠ° ΠΏΡΠ΅Π·Π΅Π½ΡΠ°ΡΠΈΡ :) ΠΡΠ°ΠΊ, ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ°. ΠΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΈΠ· ΠΠΈΠΊΠΈΠΏΠ΅Π΄ΠΈΠΈ Π²Ρ ΠΌΠΎΠΆΠ΅ΡΠ΅ Π²ΠΈΠ΄Π΅ΡΡ Π½Π° ΡΠΊΡΠ°Π½Π΅, ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ° β Π½Π°ΡΠΊΠ°, ΠΈΠ·ΡΡΠ°ΡΡΠ°Ρ Π½Π΅ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΡ ΠΌΠ΅ΡΠ°ΡΠ°Π·ΠΌΠ΅ΡΠΊΡ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ°, ΠΊΠΎΡΠΎΡΠ°Ρ Π²Π»ΠΈΡΠ΅Ρ Π½Π° ΡΠ°Π±ΠΎΡΡ ΡΠ΅Ρ
ΠΈΠ»ΠΈ ΠΈΠ½ΡΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ². ΠΠ΅ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΎΠ± ΠΈΡΡΠΎΡΠΈΠΈ, Π²ΠΏΠ΅ΡΠ²ΡΠ΅ ΡΠ΅ΡΠΌΠΈΠ½ Π±ΡΠ» ΠΏΡΠ΅Π΄Π»ΠΎΠΆΠ΅Π½ ΠΠΎΠ½ΡΠ°Π΄ΠΎΠΌ Π£ΠΎΠ΄ΠΈΠ½ΡΠΎΠ½ΠΎΠΌ Π² 1942, Π½ΠΎ Π½Π° ΡΠΎΡ ΠΌΠΎΠΌΠ΅Π½Ρ Π±ΡΠ»ΠΎ Π½ΠΈΡΠ΅Π³ΠΎ Π½Π΅ ΠΈΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½ΠΎ ΠΏΡΠΎ ΡΡΡΡΠΊΡΡΡΡ ΠΠΠ, ΡΠ΅Π½ΡΡΠ°Π»ΡΠ½ΡΡ Π΄ΠΎΠ³ΠΌΡ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½ΠΎΠΉ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ, ΠΈΡΠ΄. ΠΡΠΎΡΠΎΠ΅ ΡΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠ° ΠΏΠΎΠ»ΡΡΠΈΠ»Π° ΡΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π² Π½Π°ΡΠ°Π»Π΅ 2000Ρ
. ΠΠΈΠ·Π½Ρ β ΡΠΏΠΎΡΠΎΠ±Π½ΠΎΡΡΡ ΠΊ ΡΠ°ΠΌΠΎΡΡΠΎΡΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΠΌΡ Π²ΠΎΡΠΏΡΠΎΠΈΠ·Π²ΠΎΠ΄ΡΡΠ²Ρ, ΠΈ ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠ° β Π½ΠΎΡΠΈΡΠ΅Π»Ρ ΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΈ. Π‘ΠΎΠΎΡΠ²Π΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΠΎ Π²ΡΡ ΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΡ ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΡΠ°Π·Π΄Π΅Π»ΠΈΡΡ Π½Π° 2 ΠΊΠ»Π°ΡΡΠ°. ΠΠΏΠΈΠ³Π΅Π½ΠΎΠΌ Π½Π° ΡΠ°ΠΌΠΎΠΌ Π΄Π΅Π»Π΅ ΠΎΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»ΡΠ΅Ρ Π²Π½Π΅ΡΠ½ΠΈΠΉ Π²ΠΈΠ΄ Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌ, ΠΈΠ½Π°ΠΊΡΠΈΠ²Π°ΡΠΈΡ X-Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌΡ, ΠΈΡΠ΄. Π Π°ΡΡΠΌΠΎΡΡΠΈΠΌ ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π½ΡΠ΅ Π²ΠΈΠ΄Ρ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ. ΠΠΈΠ΄ΡΠΎΠΊΡΠΈΠΌΠ΅ΡΠ΅Π»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ β Π±ΡΠ»ΠΎ ΠΎΡΠΊΡΡΡΠΎ ΡΠΎΠ²ΡΠ΅ΠΌ Π½Π΅Π΄Π°Π²Π½ΠΎ, Π½Π΅ Π²ΠΎΡΠΏΡΠΎΠΈΠ·Π²ΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡ ΠΏΡΠΈ ΡΠ΅ΠΏΠ»ΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΈ, ΠΎΠ΄Π½Π°ΠΊΠΎ ΠΏΠΎΠ΄Π°Π²Π»ΡΠ΅Ρ ΡΡΠ°Π½ΡΠΊΡΠΈΠΏΡΠΈΡ. ΠΠΎΡΠ»Π΅Π΄Π½ΠΈΠΉ ΠΏΡΠ½ΠΊΡ β Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ Π΅ΡΡΡ ΠΈ Π½Π΅ΠΈΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½ΡΠ΅ Π΄ΠΎ ΡΠΈΡ
ΠΏΠΎΡ. Π ΡΠΎΠ²ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΡΡ
ΡΡΠ΅Π±Π½ΠΈΠΊΠ°Ρ
ΠΏΠΎ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡΠ»ΡΡΠ½ΠΎΠΉ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ ΡΡΠ°Ρ, ΡΡΠΎ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΈ Π΄Π΅ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΠΠ ΡΠΏΡΠ°Π²Π»ΡΠ΅Ρ Π°ΡΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½Π°ΠΌΠΈ, ΠΎΠ΄Π½Π°ΠΊΠΎ ΡΠΆΠ΅ Π΅ΡΡΡ ΡΡΠ°ΡΡΠΈ, Π΄Π΅ΠΌΠΎΠ½ΡΡΡΠΈΡΡΡΡΠΈΠ΅ ΠΈ ΠΎΠ±ΡΠ°ΡΠ½ΡΡ Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΠΎΡΡΡ. ΠΠΎΠΎΠ±ΡΠ΅ Π² Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ Π½Π΅ ΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠΉ Π°ΠΊΡΠΈΠΎΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠΈ ΠΈ ΠΏΡΠ°Π²ΠΈΠ» Π²ΡΠ²ΠΎΠ΄Π°, ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ Π»ΠΈΡΡ ΡΡΡΠΎΠΈΡΡ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈ, ΠΎΡΠ΅Π½ΠΈΠ²Π°ΡΡ ΠΎΡΠΈΠ±ΠΊΠΈ ΠΏΠ΅ΡΠ²ΠΎΠ³ΠΎ ΠΈ Π²ΡΠΎΡΠΎΠ³ΠΎ ΡΠΎΠ΄Π°, p-Value ΠΈΡΠ΄. Π ΠΊΠ°ΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅ΡΠ° Π·Π½Π°ΡΠΈΠΌΠΎΡΡΠΈ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠΈ, ΡΠ°ΡΡΠΌΠΎΡΡΠΈΠΌ ΠΏΡΠΎΡΠ΅ΡΡ ΡΠΌΠ±ΡΠΈΠΎΠ³Π΅Π½Π΅Π·Π° β Ρ.Π΅. Π Π°Π·Π²ΠΈΡΠΈΠ΅ ΡΠΌΠ±ΡΠΈΠΎΠ½Π°. ΠΠ° Π³ΡΠ°ΡΠΈΠΊΠ΅.... ΠΠ΄Π½Π°ΠΊΠΎ, ΡΠΎΠ»Ρ ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΠΊΠΈ ΡΡΠΈΠΌ Π½Π΅ ΠΎΠ³ΡΠ°Π½ΠΈΡΠΈΠ²Π°Π΅ΡΡΡ. ΠΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½Ρ ΡΡΠ½ΠΊΡΠΈΠΈ Π² .... ΠΠ°ΠΊΠΆΠ΅ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅ΡΡΡΡ ΠΈ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΡΡΡ? ΠΠΈΡΡΠ»ΡΡΠ°ΡΠ½ΠΎΠ΅ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ - .. ChIP-Seq - ΠΈΠΌΠΌΡΠ½ΠΎΠΏΡΠ΅ΡΠΈΠΏΠΈΡΠ°ΡΠΈΡ Ρ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΡΡΡΠΈΠΌ ΡΠ΅ΠΊΠ²Π΅Π½ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ. ΠΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΠΌΠ΅ΡΠΈΡΡ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ²ΡΠ΅ΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎ ΠΈ ΡΠΎ, ΠΈ Π΄ΡΡΠ³ΠΎΠ΅, ΡΡΠΎΠ±Ρ ΠΈΠ·Π±Π΅ΠΆΠ°ΡΡ ΡΡΠΌΠ° ΠΎΡ ΠΆΠΈΠ·Π½Π΅Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΡΠΈΠΊΠ»Π° ΠΊΠ»Π΅ΡΠΊΠΈ, ΠΈΡΠ΄. ΠΡΠΏΠΎΠ»ΡΠ·ΡΠ΅ΠΌΡΠ΅ Π΄Π°Π½Π½ΡΠ΅. ΠΠΊΡΠΏΠΎΠ½Π΅Π½ΡΠΈΠ°Π»ΡΠ½ΡΠΉ ΡΠΎΡΡ Π² ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄Π½Π΅Π΅ Π²ΡΠ΅ΠΌΡ, ΠΏΡΠΎΠ΅ΠΊΡΡ ΡΠΈΠΏΠ° Encode, Atlas, ΠΈΡΠ΄ β ΠΏΠΎΠΏΡΡΠΊΠ° Π²Π΅ΡΠΈΡΠΈΡΠΈΡΠΎΠ²Π°ΡΡ ΠΈ ΠΊΠ°ΡΠ°Π»ΠΎΠ³ΠΈΠ·ΠΈΡΠΎΠ²Π°ΡΡ. ΠΡΠΌΠ΅Π½ΠΊΠ»Π°ΡΡΡΠ° GEO ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ². ΠΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΡ ΠΎΠ±ΡΡΠ»ΠΎΠ²Π»Π΅Π½Ρ Π½Π΅ ΡΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Π½Π΅Π²Π΅ΡΠ½ΡΠΌ ΡΠΎΠ»ΠΊΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ, Π½ΠΎ ΠΈ ΡΠ°ΠΊΠΈΠΌΠΈ ΡΠ°ΠΊΡΠΎΡΠ°ΠΌΠΈ Π² ΡΠ΅Π°Π»ΡΠ½ΠΎΠΉ Π»Π°Π±ΠΎΡΠ°ΡΠΎΡΠΈΠΈ (wet lab), ΠΊΠ°ΠΊ .... Π’Π°ΠΊΠΈΠΌ ΠΎΠ±ΡΠ°Π·ΠΎΠΌ ΠΊ ΠΎΠΆΠΈΠ΄Π°Π΅ΠΌΡΠΌ ΡΡΠΌΠ°ΠΌ ΠΏΠΎ ΡΠ΅Ρ
Π½ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠ° ΠΏΡΠΈΡΠΎΠ΅Π΄ΠΈΠ½ΡΡΡΡΡ ΡΡΠΌΡ Π½Π΅ΠΈΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½ΠΎΠΉ ΠΏΡΠΈΡΠΎΠ΄Ρ ΠΈ ΡΠ°ΡΠΏΡΠ΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ΠΈΡ. ΠΡΠ΅ ΠΎΠ΄Π½Π° ΡΡΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½Π°Ρ ΠΏΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ°, ΡΡΠΎ Π±ΠΎΠ»ΡΡΠΈΠ½ΡΡΠ²ΠΎ ΡΠΎΡΡΠ° Π΄Π»Ρ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠΈ β ΡΠΈΡΡΠΎ Π°ΠΊΠ°Π΄Π΅ΠΌΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΎΠ³ΠΎ Ρ
Π°ΡΠ°ΠΊΡΠ΅ΡΠ°, Ρ.Π΅. Π Π΅Π·ΡΠΌΠΈΡΡΡ, ΠΏΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΡ Π΅ΡΡΡ, ΠΈ ΠΎΠ½ΠΈ ΠΎΡΠ»ΠΈΡΠ½ΠΎ ΠΎΠΏΠΈΡΠ°Π½Ρ Π² ΠΏΠΎΡΠ»Π°Π½ΠΈΠΈ ΠΏΠΎΠ΄ Π½Π°Π·Π²Π°Π½ΠΈΠ΅ΠΌ A Farewell to Bioinformatcs, Π½ΠΈΠΆΠ΅ ΠΏΡΠΈΠ²Π΅Π΄Π΅Π½Π° ΡΠΈΡΠ°ΡΠ°. ΠΠΎΠ½Π΅ΡΠ½ΠΎ Π΅ΡΡΡ ΠΏΡΠΎΠ΅ΠΊΡΡ ΠΏΠΎΡΠ²ΡΡΠ΅Π½Π½ΡΠ΅ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Ρ ΡΠ΅Ρ
ΠΈΠ»ΠΈ ΠΈΠ½ΡΡ
ΡΠΏΠΈΠ³Π΅Π½Π΅ΡΠΈΡΠ΅ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΉ, Π½ΠΎ ΠΊΠ°ΠΊ ΠΏΡΠ°Π²ΠΈΠ»ΠΎ ΠΎΠ½ΠΈ ΡΡΠΎΠΊΡΡΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½Ρ Π½Π° ΠΊΠΎΠ½ΠΊΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠΉ ΡΠ·ΠΊΠΎΠΉ ΠΎΠ±Π»Π°ΡΡΠΈ, ΠΈ ΠΎΡΠ΅Π½Ρ ΠΏΠ»ΠΎΡ
ΠΎ ΠΎΠ±ΠΎΠ±ΡΠ°ΡΡΡΡ. Π‘Π½Π°ΡΠ°Π»Π°, ΡΡΠΈΡΠ°ΡΠΎΡΡ, ΡΡΠΎ Π±ΠΎΠ»Π΅Π΅ 95% ΠΏΡΠΎΡΠ΅Π½ΡΠΎΠ² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ° (Π²Π½Π΅ ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΡ
Π±Π΅Π»ΠΊΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠ²) β ΡΠ²Π»ΡΠ΅ΡΡΡ ΠΌΡΡΠΎΡΠΎΠΌ, ΠΎΠ΄Π½Π°ΠΊΠΎ Π² ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄Π½Π΅Π΅ Π²ΡΠ΅ΠΌΡ ΠΎΠ±ΡΠ΅ΡΡΠ²Π΅Π½Π½ΠΎΡΡΡ ΡΠΊΠ»ΠΎΠ½ΡΠ΅ΡΡΡ ΠΊ ΠΌΠ½Π΅Π½ΠΈΡ, ΡΡΠΎ ΡΡΠΎ Π½Π΅ ΡΠ°ΠΊ. Π Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΠΈΠΌΠ΅Π½Π½ΠΎ ΡΠ°ΠΌ Π·Π°ΠΏΠΈΡΠ°Π½Π° Π½Π΅ΠΊΠΎΡΠΎΡΠ°Ρ ΠΏΡΠΎΠ³ΡΠ°ΠΌΠΌΠ° ΡΠΏΡΠ°Π²Π»Π΅Π½ΠΈΡ ΠΊΠ»Π΅ΠΊΡΠΈ. ΠΠΎΡΠΈΠ²Π°ΡΠΈΠ΅ΠΉ ΠΊ Π΄Π°Π½Π½ΠΎΠΉ Π³ΠΈΠΏΠΎΡΠ΅Π·Π΅ Π±ΡΠ»Π° ΠΎΡΠΊΡΡΡΠ°Ρ Ρ ΡΠ°ΡΡΠ΅Π½ΠΈΠΉ ΡΠ²ΡΠ·Ρ ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρ ΠΌΠ°Π»ΡΠΌΠΈ Π½Π΅ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΠΌΠΈ Π ΠΠ ΠΈ ΡΡΠΎΠ²Π½Π΅ΠΌ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ Π² ΠΎΠ±Π»Π°ΡΡΡΡ
, Π³Π΄Π΅ ΠΏΡΠΎΠΈΡΡ
ΠΎΠ΄ΠΈΡ Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡΠ²ΠΈΠ΅. ΠΠ° ΠΊΠ°ΡΡΠΈΠ½ΠΊΠ΅ ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π½ΠΎ, ΡΡΠΎ Π² ΠΌΠ΅ΡΡΠ΅ Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡΠ²ΠΈΡ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΉ Π½ΠΈΡΠΈ ΠΠΠ Π±ΠΎΠ»ΡΡΠ΅, ΡΠ΅ΠΌ Π΄ΡΡΠ³ΠΎΠΉ. ΠΠ°Π΄Π°ΡΠΈ, ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠ΅ ΠΌΡ ΠΏΡΡΠ°Π΅ΠΌΡΡ ΡΠ΅ΡΠ°ΡΡ Π² ΡΠ°ΠΌΠΊΠ°Ρ
Π½Π°ΡΠ΅ΠΉ Π»Π°Π±ΠΎΡΠ°ΡΠΎΡΠΈΠΈ: ΠΠ°ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅Ρ ΠΠΎΠ»ΡΡΠ°Ρ ΡΠ°ΡΡΡ ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΡ
Π³Π΅Π½ΠΎΠ² β ΠΏΡΠ΅Π΄ΡΠΊΠ°Π·Π°Π½Π°, Π° ΠΈΡ
ΠΏΠΎΡΡΠ΄ΠΊΠ° 40ΡΡΡΡΡ ΡΡΡΠΊ Π΄Π»Ρ ΡΠ΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ°. ΠΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½ΠΎ, ΡΡΠΎ Π³ΡΠ°Π½ΠΈΡΠ° ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρ ΠΈΠ½ΡΡΠΎΠ½Π°ΠΌΠΈ ΠΈ ΡΠΊΠ·ΠΎΠ½Π°ΠΌΠΈ Π² Π³Π΅Π½Π°Ρ
Ρ Π°Π»ΡΡΠ΅ΡΠ½Π°ΡΠΈΠ²Π½ΡΠΌ ΡΠΏΠ»Π°ΠΉΡΠΈΠ½Π³ΠΎΠΌ ΠΎΠ±ΡΡΠ½ΠΎ ΠΌΠ°ΡΠΊΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½Π° Π½Π΅ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠΌ Π½Π΅ΡΠ»ΡΡΠ°ΠΉΠ½ΡΠΌ ΠΌΠΎΡΠΈΠ²ΠΎΠΌ. ΠΡ ΡΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈ ΠΏΡΠΎΠ²Π΅ΡΠΈΡΡ Π°Π»Π³ΠΎΡΠΈΡΠΌ AdaBoost Π½Π° ΡΡΠΎΠΌ ΠΏΡΠΈΠΌΠ΅ΡΠ΅, ΠΈ ΠΏΠΎΠ»ΡΡΠΈΠ»ΠΈ Π½Π΅ΠΏΠ»ΠΎΡ
ΠΈΠ΅ ΡΠ΅Π·ΡΠ»ΡΡΠ°ΡΡ. ΠΡΡΠ°ΡΠΈ ΠΈΠ·Π²Π΅ΡΡΠ½Ρ Π»ΡΠ±ΠΎΠΏΡΡΠ½ΡΠ΅ ΠΏΠ°ΡΡΠ΅ΡΠ½Ρ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ Π½Π° Π³ΡΠ°Π½ΠΈΡΠ΅ β ΡΠ΅Π·ΠΊΠΈΠ΅ ΡΠΊΠ°ΡΠΊΠΈ! ΠΡΠ΅ ΠΎΠ΄ΠΈΠ½ ΠΈΠ· ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ², ΠΊΠΎΡΠΎΡΡΠΉ Ρ
ΠΎΡΠ΅Π»ΠΎΡΡ Π±Ρ ΡΠΏΠΎΠΌΡΠ½ΡΡΡ β ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΡΠ΅Π³ΠΈΠΎΠ½ΠΎΠ² Π²Π·Π°ΠΈΠΌΠΎΠ΄Π΅ΠΉΡΡΠ²ΠΈΡ Ρ ΠΌΠ°Π»ΡΠΌΠΈ Π½Π΅ΠΊΠΎΠ΄ΠΈΡΡΡΡΠΈΠΌΠΈ Π ΠΠ. ΠΡΡΠ°Π²Π½ΠΈΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ Ρ ΠΎΡΠΈΠ±ΠΊΠ°ΠΌΠΈ. ΠΠΎΡΡΡΠΎΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΊΠ»Π°ΡΡΠ΅ΡΠΎΠ². ΠΡΡΠ°Π²Π½ΠΈΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΊΠ»Π°ΡΡΠ΅ΡΠΎΠ². ΠΠ½Π°Π»ΠΈΠ· ΠΏΠΎ ΡΡΠ°ΠΊΡΠΈΡΠΌ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°ΡΠ΅Π»ΡΠ½ΠΎΡΡΠ΅ΠΉ ΠΊΠ»Π°ΡΡΠ΅ΡΠΎΠ². ΠΠ° Π³ΡΠ°ΡΠΈΠΊΠ΅ ΠΆΠ΅ β ΠΏΠΎΠΊΠ°Π·Π°Π½Π° Π·Π½Π°ΡΠΈΠΌΠΎΡΡΡ ΡΠ°Π·Π½ΡΡ
3ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ². ΠΡΡΠ°Π½ΠΎΠ²ΠΈΠΌΡΡ ΠΏΠΎΠΏΠΎΠ΄ΡΠΎΠ±Π½Π΅Π΅ Π½Π° Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π΅ Microarray Illumina450k. ΠΠ°Π½Π½ΡΠ΅ Beta Π·Π½Π°ΡΠ΅Π½ΠΈΠΉ Π΄ΠΎ ΠΊΠΎΡΡΠ΅ΠΊΡΠΈΠΈ. Π’Π°ΠΊ Π²ΡΠ³Π»ΡΠ΄ΡΡ Β Beta Π·Π½Π°ΡΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅ ΡΠΈΠ»ΡΡΡΠ°ΡΠΈΠΈ, ΠΈ Peak-Based correction ΠΌΠ΅ΡΠΎΠ΄ΠΎΠΌ Subset Quantile Normalization ΠΠ°Ρ ΠΏΠ°ΠΉΠΏΠ»Π°ΠΉΠ½ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
. ΠΡ ΡΠΎΡΡΡΠ΄Π½ΠΈΡΠ°Π΅ΠΌ Ρ Π»Π°Π±ΠΎΡΠ°ΡΠΎΡΠΈΠ΅ΠΉ Laboratory of Stem Cell Biology ΠΠ½ΡΡΠΈΡΡΡΠ° ΠΠ°Π²ΠΈΠ»ΠΎΠ²Π° Π ΠΠ. ΠΠ±ΡΠ°ΡΠΈΠΌΡΡ ΠΊ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½Π°ΠΌ. 1974 Π³ΠΎΠ΄. ΠΠΎΠΏΡΡΠΊΠ° Π²ΡΠ±ΡΠ°ΡΡ ΠΈΠ· Π½Π΅ΡΠΊΠΎΠ»ΡΠΊΠΈΡ
ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»Π΅ΠΉ Π½Π°ΠΈΠ±ΠΎΠ»Π΅Π΅ ΠΏΠΎΠ΄Ρ
ΠΎΠ΄ΡΡΡΡ. Π ΠΎΠ±ΡΠ΅ΠΌ Π²ΠΈΠ΄Π΅ ΡΠΎΡΠΌΡΠ»Π° ΠΏΡΠΈΠ²Π΅Π΄Π΅Π½Π° Π½Π° ΡΠ»Π°ΠΉΠ΄Π΅. ΠΠ½Π°ΡΠ΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΊΡΠΈΡΠ΅ΡΠΈΡ Π΄Π»Ρ ΡΠ°Π·Π½ΡΡ
Ρ
ΡΠΎΠΌΠΎΡΠΎΠΌ Π² Π·Π°Π²ΠΈΡΠΈΠΌΠΎΡΡΠΈ ΠΎΡ ΡΠ°Π·ΠΌΠ΅ΡΠ° ΠΊΠΎΡΠ·ΠΈΠ½Ρ. ΠΡΠ΅ ΠΎΠ΄Π½Π° Π·Π°Π΄Π°ΡΠ° β ΡΡΠΎ Π½Π°Ρ
ΠΎΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΡ
ΠΎΠΆΠΈΡ
ΠΏΠ°ΡΡΠ΅ΡΠ½ΠΎΠ² ΡΡΠ΅Π΄ΠΈ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
ΠΊΠ°ΠΊ ΠΌΠ΅ΡΠΈΠ»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ, ΡΠ°ΠΊ ΠΈ ΠΌΠΎΠ΄ΠΈΡΠΈΠΊΠ°ΡΠΈΠΈ Π³ΠΈΡΡΠΎΠ½ΠΎΠ². Π‘Π»Π°ΠΉΠ΄ Ρ ΠΠΎΡΠ°Π»ΡΡ. ΠΠ΅ΠΏΠΎΠ½ΡΡΠ½ΠΎ ΠΊΠ°ΠΊ ΡΠ΅Π°Π»ΠΈΠ·ΠΎΠ²ΡΠ²Π°ΡΡ, Π½Π΅ΠΏΠΎΠ½ΡΡΠ½ΠΎ, ΠΊΠ°ΠΊ ΠΎΡΠ΅Π½ΠΈΠ²Π°ΡΡ, ΡΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ ΠΌΠΎΠ΄Π΅Π»ΠΈΡΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠ΅. ΠΠ°ΠΊ ΡΠΎΠ»ΡΠΊΠΎ Ρ Π½Π°Ρ ΠΏΠΎΡΠ²ΠΈΠ»ΠΎΡΡ Ρ Π΄Π΅ΡΡΡΠΎΠΊ Π²ΡΡΠΈΡΠ»ΠΈΡΠ΅Π»ΡΠ½ΡΡ
ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ², ΠΏΠΎΡΠ²ΠΈΠ»Π°ΡΡ ΠΏΡΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° ΡΠΈΡΡΠ΅ΠΌΠ°ΡΠΈΠ·Π°ΡΠΈΠΈ Π΄Π°Π½Π½ΡΡ
, ΡΠΊΡΠΏΠ΅ΡΠΈΠΌΠ΅Π½ΡΠΎΠ² ΠΈ Π²ΡΠ΅ΠΉ ΠΈΠ½ΡΡΠ°ΡΡΡΡΠΊΡΡΡΡ. ΠΠΎΠ³ΠΎΠ²ΠΎΡΠΈΠΌ, ΠΏΡΠΎ ΠΎΡΡΠ°Π»ΡΠ½ΡΠ΅ ΠΏΡΠΎΠ΅ΠΊΡΡ JetBrains Π² ΠΎΠ±Π»Π°ΡΡΠΈ Π±ΠΈΠΎΠΈΠ½ΡΠΎΡΠΌΠ°ΡΠΈΠΊΠΈ.