5. PCRとprimer
PCRとはPolymerase Chain Reactionの略で、
増幅したい遺伝子などの領域について、
DNA polymerase (DNA合成酵素)、鋳型 (genome DNA, cDNA)、primer、
塩基の材料 (dNTPs)の混合液を作り、
温度変化を繰り返すことにより増幅する反応のこと。
primer作成のポイント
・標的とする配列に特異的であること
・20mer程度の長さ
・GC%は50%以上
・Tm値が55-65℃程度になるように
・primer同士の3'末端が相補的にならない
・primer自体がpalindromeを作らない (palindromeの例 TCCATGTATACGCCATGGA)
などがある。 A
T C
A G
T C
G C
T A
A T
C G
C G
5
T A
13. 用語解説(9):BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
塩基配列やアミノ酸配列のalignmentを行うためのアルゴリズムのこと、
もしくはそのアルゴリズムを実装したプログラムのことである。
もっともよく使われるアルゴリズムのため「相同性検索をする」ことを
「BLASTをする」と表現することもあります。
プログラム名 query database memo Arg Ser Val
読み枠
blastn DNA DNA Thr Ser Gly
Tyr Val Arg
blastp アミノ酸 アミノ酸 5'-tacgtcaggta-3'
blastx DNA アミノ酸 読み枠は全て調べる 3'-atgcagtccat-5'
Met Gln Ser
読み枠は全て調べる
tblastn アミノ酸 DNA Cys Ser Pro
どちらもアミノ酸に翻訳 Ala Val His
tblastx DNA DNA
して比較
この他にPSI-BLAST (Position-Specific Iterated, 部位特異的に繰り返す)や
Primer-BLAST (Primer3 and BLAST)などがあります。
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