A poluição no Rio Tejo é principalmente causada por resíduos orgânicos de fábricas, estações de tratamento de águas, centrais eléctricas e esgotos. Isto causa problemas graves na Reserva Natural do Estuário, onde muitas espécies de seres vivos consomem a água poluída e ficam doentes ou morrem. Embora tenha havido esforços para despoluir o rio durante a Expo 98, o processo nunca foi concluído devido a desentendimentos, e as estações de tratamento existentes são