Uso do Cytoscape para Visualização e Análise de Redes

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Uso do Cytoscape para Visualização e Análise de Redes

  1. 1. Uso dopara Visualizaçãoe Análise de RedesLeandro de A. LimaDoutorando Bioinfo-USPLab. de Bioinformática eBioestatística(Hospital A.C. Camargo)
  2. 2. O que é o CytoscapeCytoscape é um software de bioinformática de códigoaberto para visualização de redes de interaçãomolecular e vias metabólicas, além de integrar essasredes com anotações, perfis de expressão gênica eoutros tipos de dados.> Das pesquisa biológicas para um uso geral> Ferramentas por padrão e por plugins(qualquer pessoa pode fazer e disponibilizar)
  3. 3. Instituições mantenedoras
  4. 4. Diretores
  5. 5. Motivos para usar (I)Suporta vários formatos Acesso bancos de dados públicos da web Salva sua sessão Interoperabilidade
  6. 6. Motivos para usar (II) VizMapper™ Exporta imagens em vários formatos
  7. 7. Motivos para usar (III) Vários layouts Busca fácil (* | ?) Filtros nos atributos de nós e arestas
  8. 8. Motivos para usar (IV) Encontra clusters Fácil controle e instalação de plugins
  9. 9. Algumas estatísticas- 1ª versão pública: julho de 2002 (v. 0.8)- Centenas de citações- 40.000+ usuários ~> 350.000+ downloads de plugins- Mais de 100 plugins- Versão em novembro de 2011: v. 2.8.2
  10. 10. Desenvolvimento de plugins- Fácil desenvolvimento (tutorial / modelos / wiki)http://wiki.cytoscape.org/cytoscape_developer_tutorialhttp://wiki.cytoscape.org/
  11. 11. Cytoscape Web - API para web- Visualização de redes na web (Flash + JavaScript)http://cytoscapeweb.cytoscape.org/ > Redes carregadas via código HTML/JavaScript em formato json ou xml > Possibilidade de relacionar estilos a atributos
  12. 12. Alguns plugins- FunNetViz- APID2NET: conexão com bancos de dados públicos(interatomas/Gene Ontology)- NetworkAnalyzer- Venn
  13. 13. Algumas funções (demonstração)- Mudar cor de vários nós- Importar atributos de várias tabelas- Tentar criar uma rede e importar atributos do APID p/ pegarGOs- Filtros (nós/arestas)- Integrar funções de diferentes plugins

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