1. PROTEÔMICA Ferramentas para identificação de antígenos e imunógenos 10/06/2008

3. A nomenclatura ômica… Genômica DNA (Gene) Genômica Funcional Transcriptômica RNA Proteômica PROTEÍNA Metabolômica METABÓLITOS Transcrição Tradução Reação enzimática

6. Por que estudar a expressão de proteínas? DNA Transcrito de RNA Primário mRNA mRNA proteína Proteína Controle Transcricional Controle do Proces De RNA Controle Transport RNA mRNA inativo Controle Degradação RNA Controle de Tradução Controle Pós-Transducional

13. A segunda dimensão (separação por massa) -pH gel strip e colocado em um gel SDS -SDS desnatura a proteína (movimento somente devido a massa) e elimina carga. 2D-SDS PAGE gel A primeira dimensão (separação por ponto isoelétrico) - Gel com um gradiente de pH imobilizado - Corrente elétrica leva aproteínas carregadas a mover até alcançar o ponto isoelétrico

14. 2D-SDS PAGE gel

15. Exemplo de técnica de 2D-gel

17. Exemplo de experimento 2-D gel

18. Exemplo de experimento 2-D gel

19. Exemplo de experimento 2-D gel Gautam et al, 2007

20. Exemplo de experimento 2-D gel Gautam et al, 2007

21. Exemplo de experimento 2-D gel Gautam et al, 2007

22. Exemplo de experimento 2-D gel Thomas et al, 2005

28. Esquema típico de um TOF-MS

32. Espectometria de massas é uma metodologia poderosa para analisar a estrutura de compostos orgânicos, mas tem algumas limitações: Nada pode ser caracterizado se não estiver em uma solução DEVIDAMENTE LIMPA A técnica não tem abilidade de apresentar uma análise seletiva de uma mistura complexa Para moléculas grandes, resultados são difíceis de interpretar.

33. Tandem MS ou MS/MS tem 2 mass spec em série: O primeiro (MS1) é usado para selecionar, de uma fonte primária de íons, aqueles que possuem um m/z particular, o qual passa para a região de fragmentação, onde ocorrerá a dissociação. No segundo (MS2), haverá a análise dos íons gerados. Na verdade, MS1 é uma fonte de íons para MS2. MS2 MS1

36. Identificação de proteínas por MS Database de sequências (ex. SwissProt) Espectro dos Fragmentos MATCH Library Espectro artificial Tripsinizado artificialmente Spot removido do gel Fragmentação com tripsina

38. Bioinformática e Integração de técnicas e conhecimentos

39. Exemplo de Experimento com MS Gautam et al, 2007

40. Exemplo de Experimento com MS Gautam et al, 2007

42. Após a proteômica….. Genômica funcional ProteinChip TM .