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1. LES ARBRES PHYLOGÉNÉTIQUES

3. Expliquer les principes de reconstruction phylogénétique (choix des données, analyse).

4. Montrer comment les arbres peuvent être comparés.

6. Cette histoire n’a pas pu être observée directement.

10. CARACTÈRES ET ÉTATS Transition: Changement d’état. Différentes façons de représenter les transitions:

12. Déterminé sur la base des données paléontologiques…Aquatiques Figure tirée de Bininda-Emonds et al., 1999.

13. CARACTÈRES ET ÉTATS Aquatique = dérivé Temps LIGNÉE Terrestre = primitif Changement

14. CARACTÈRES ET ÉTATS Aquatique = apomorphique Temps LIGNÉE Terrestre = plésiomorphique Changement

15. CARACTÈRES ET ÉTATS Si on veut parler des taxons qui présentent ces caractères: Aquatique = descendant Temps LIGNÉE Terrestre = ancestral Changement

16. CARACTÈRES ET ÉTATS Caractère dérivé unique. Autapomorphie Caractère dérivé partagé.Synapomorphie Origine indépendante Homoplasie

20. Ensuite, on cartographie les changements nécessaires le long de l’arbre.F&H, Fig. 4.6a

21. RECONNAÎTRE LES HOMOPLASIES F&H, Fig. 4.6b

24. Sur la base de leur similarité et de traits caractéristiques.

25. Proximité dans la création divine.

28. Les caractères importants sont les caractères dérivés partagés = les synapomorphies.

29. Les taxons sont définis sur la base de leurs synapomorphies.

31. CLASSIFICATION DES ORGANISMES Futuyma, Fig. 2.4

32. Figure tirée de Campbell, Biology, 6th ed. CLASSIFICATION DES ORGANISMES

33. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Clade : Groupe de taxons descendant d’un ancêtre commun. F&H, Fig. 4.1

34. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES 2 3 Reptiles : pas un clade 1 Clade : Groupe de taxons descendant d’un ancêtre commun. Taxons frères : Plus proches parents. Figure tirée de Campbell, Biology, 6th ed.

35. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Monophylétique Paraphylétique Polyphylétique Futuyma, Fig. 3.2

38. Cause: Évolution convergente

39. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Dernier Ancêtre Commun (DAC)

40. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Einae † † Les noeuds terminaux sont les espèces vivantes. Groupe couronne : Le clade qui inclut toutes les espèces vivantes et leur DAC.

41. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Einae † † Groupe tige : Groupe d’espèces éteintes qui sont plus proche du groupe couronne que d’aucun autre groupe.

42. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Aves (Oiseaux) Moa Fossile Groupe total : Couronne + Tige Archaeopteryx Tyranosaurus

45. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Groupe à l’étude = Groupe interne : On assume ce groupe monophylétique.

46. DESCRIPTION DES RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES Groupe externe: Groupe d’organismes plus ou moins éloignés du groupe interne.

49. L’ANALYSE PHYLOGÉNÉTIQUE

50. L’ANALYSE PHYLOGÉNÉTIQUE But : Estimer le plus fidèlement possible la phylogénie d’un groupe. Méthode classique La parcimonie : Approche qui consiste à minimiser le nombre de transitions sur un arbre.

51. L’ANALYSE PHYLOGÉNÉTIQUE Exemple: Futuyma, Fig. 2.6

52. L’ANALYSE PHYLOGÉNÉTIQUE Exemple: Futuyma, Fig. 2.6