Presentación sobre las herramientas Representa y DIVmapas para la conservación y uso eficiente de los recursos fitogenéticos

1. Herramientas
Mauricio Parra Quijano
Consultor FAO
Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos
Para la Alimentación y la Agricultura
Coordinador Programa CAPFITOGEN

2. Representa
Evalúa la representatividad ecogeográfica de las
colecciones de germoplasma

3. Representatividad genética
A B C
accggtccc accggtcgc accggtctc
A B C
A A A
A B C
A
A
A
A
B
BB
B
C BA

4. Representatividad ecogeográfica
A BBBBBBB CCC
A B C Único
A BB CC Uniforme
A BBBB CC Proporcional

5. Representatividad usando un mapa ELC
y
x
Coordenadas de los datos de pasaporteMapa ELC de Cuba
Sitios donde se ha observado la especie
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Categorías ELCNo.entradas
100
200
300
Banco
germoplasma
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Categorías ELC
No.entradas
100
200
300
Fuentes
externas1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Categorías ELC
%celdas
25
50
75
Distribución total
categorías mapa
Pruebas Χ2
alta
media alta
media baja
baja
Cuartiles

6. Validación mediante caracterizaciones
-Evidentes
-No evidentes

7. DIV mapas
Obtención de mapas de diversidad de tipo fenotípico,
genotípico y/o ecogeográfico

8. Midiendo la diversidad de las colecciones
Caracterización
Morfológica
Bioquímica/
Molecular
Agronómica/
Fisiológica/
Fitosantiaria
Ecogeográfica

9. 1246711883124701247112472124731248312484114611247812479114811186823021186911401114051140611407114081183511832118331148411827118281154211539115401246811891124651149311494115081150611507114961149211490114911148911501115631150411502115031154311546115471247411838115341153211533115291152711528115351156411764115241152311522115211152011519115171151811854118411184212477124751247612469114731147211471114691147011477114741147511467114681151611514115151246111848124801154912466124621246311879118751187211874124551245611480124481146011458114591245312454124581245912452114551145311452114511144811450114541145611457124641146611465114621146412457118571185311852118501185112449124501245112440114121141011411114131141412436124371141612441124381243911417114191143111430114281142711426114251142411423114211142212435114321143311551114381143911550114371143611434114351244212443115561156011557115581244712444124451144711445114461144011441114441144211443114881148212283122841148511487
051015
Cluster analysis
hclust (*, "average")
Height
Como hemos visualizado la diversidad genética

10. -0.2 0.0 0.2 0.4
-0.3-0.2-0.10.00.10.20.3
PCO for genotypic characterization
PCO 1
PCO2
d = 2
1
2
3456
7891011
12
13 14
2526
3334353637
383940
414243444546
47
4849
505152
54555657
58596061626364
656667
69
74
75
767778
7980
81
82
838485
868788
899091
9293949596979899
100101102103104105
106
107108
109
113
120
121
122
123124
125126127
128
129130
131
132133134135
136
137
138
139
140141142143
144
145
148149
150
151
152
153 154
157158
159
160
161 162163
164
165166
167168
169
170171
172
173174
175
176
177
178
179
180
181
182
183184
185
186187188 189190
192193
X
alt
slope
bio_15
bio_12
bio_18
bio_17
bio_1
bio_9
t_sand
t_caco3
t_cec_clay
t_silt
t_ph_h2o
t_ece
Eigenvalues
Como hemos visualizado la diversidad genética

11. DIV mapas
Una forma diferente de visualizar la diversidad
 Sitios de recolección con una calidad mínima de georreferenciación

12. DIV mapas
 Superposición de cuadrículas (celdas de XxX km)

13. DIV mapas
 Selección de celdas donde tenemos sitios de recolección

14. DIV mapas
 Detección de celdas de vecindario (a un radio del centroide de X km)

15. DIV mapas
 Generación de áreas de influencia a partir de cada centroide
 Detección de entradas recolectadas dentro de la zona de influcencia

16. DIV mapas
OTU 89 233 152
89 0
233 10 0
152 15 14 0
OTU VAR1 VAR2 VAR3 VAR4 VAR5
89 233 0.56 13 600 0
233 198 1.43 13 700 0
152 201 0.88 10 600 1
Algoritmo de distancia
Promedio distancia = (10+15+14)/3
= 13
 Análisis multivariante/multivariado local

17. DIV mapas
 Igualmente para todas las celdas donde caen sitios de recolección

18. DIV mapas
 Igualmente para las celdas vecindario

19. DIV mapas
0 0 0 0 1 3 2
1 1 0 1 1 2 1
1 1 0 1 1 0 0
0 0 0 0 0 0 0
Resultado 1:
Número de entradas analizadas por celda

20. DIV mapas
0 13 8
0 0 0 0 2 0
0 0 0 0
Resultado 2:
Distancias promedio asignadas a cada celda

21. DIV mapas
 Sesgos en la recolección? Corrección por «bootstrapping»
1
2
.
.
.
.
.
.
n
Mediana = 2

22. DIV mapas aplicado
Colección ecuatoriana de
Arachis hipogaea L.

23. DIV mapas aplicado
Número de sitios de
Recolección por celda

24. DIV mapas aplicado
Promedio de la distancia
euclídea