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                    Importar de PUBMED Medline y
                    Exportar a Zotero con el Software
                    Herramienta de Documentalista




© hdd 2009 madera
DESCRIPCION Y OBJETIVOS DE ESTE TEMA
Exportar una selección de registros de PUBMED / MEDLINE en formato
medline e importarlos con la Herramienta de Documentalista.

Exportar desde la Herramienta de Documentalista en formato RIS e importarlos
desde el gestor bibliografico ZOTERO

Crear diferentes estilos de bibliografia con los estilos de cita que contempla
Zotero, tales como Vancouver, National Library of Medicine, Hardvard
Reference Format etc...
PubMed comprises more than 19                             Zotero [zoh-TAIR-oh] is a free,
million citations for biomedical articles                 easy-to-use Firefox extension
from MEDLINE and life science                               to help you collect, manage,
journals. Citations may include links                              and cite your research
to full-text articles from PubMed                         sources. It lives right where you
Central or publisher web sites.                                 do your work—in the web
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/                                          browser itself




                           Mas informacion sobre Herramienta de Documentalista
                           http://funciones.wordpress.com
Desde PUBMED exportar a
formato MEDLINE para importar
desde la Herramienta de
Documentalista
Realizamos una busqueda en PubMed, en esta caso gripe y pulsamos Search
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Pulsamos en Sent to, señalamos File, Format MEDLINE y pulsamos en Create File
Nos guardara en nuestro disco un fichero de texto con este formato, Es importante
recordar el directorio donde lo guardamos, para luego poder proceder a la importacion
PMID- 19698745
OWN - NLM
STAT- In-Process
DA - 20091012
IS - 1532-2742 (Electronic)
IS - 1532-2742 (Linking)
VI - 59
IP - 4
DP - 2009 Oct
TI - Potential therapeutic failure of generic vancomycin in a liver transplant patient
    with MRSA peritonitis and bacteremia.
PG - 277-80
AB - We report a case of generic vancomycin treatment failure in a liver transplant
    patient with MRSA peritonitis and bacteremia, followed by a rapid sterilization
    of blood and peritoneal fluid after switching to the branded product. It raises
    concern about therapeutic equivalence of generic vancomycin.
AD - GRIPE: Grupo Investigador de Problemas en Enfermedades Infecciosas, University of
   Antioquia Medical School, Medellin, Colombia.
FAU - Rodriguez, Carlos A
AU - Rodriguez CA
FAU - Agudelo, Maria
AU - Agudelo M
FAU - Catano, Juan C
AU - Catano JC
FAU - Zuluaga, Andres F
AU - Zuluaga AF
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LA - eng
PT - Journal Article
PT - Research Support, Non-U.S. Gov't
DEP - 20090819
PL - England
TA - J Infect
JT - The Journal of infection
JID - 7908424
SB - IM
Importar desde la Herramienta
de Documentalista
Pulsamos en el icono E (Entrada de Documentos)
y en la opcion de menu Importar formato PUBMED MEDLINE
Buscamos el directorio, donde guardamos el fichero de texto y pulsamos Abrir
Los registros son importados a nuestra base de datos y aparecen con este icono
en la columna Origen de Recolecion
Al introducirlos en nuestra base de datos podemos modificar y comprobar los datos
extraidos, asi como cualquier otra operación propia del programa
En la pestaña Ver nos muestra el contenido del documento
Exportar a formato RIS para
importar desde Zotero
Pulsamos en Buscar y elegimos la opcion filtrar por Origen de Recoleccion
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El procedimiento anterior nos creara un fichero de texto en el dirctorio que deseemos,
con el formato RIS que aquí se muestra
Desde la Herramienta de Documentalista es posible tambien generar un informe de
la bibliografia importada.
Importar desde Zotero
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12 Exportar de PUBMED Medline a Zotero con la Herramienta de Documentalista

  • 1. 12 Importar de PUBMED Medline y Exportar a Zotero con el Software Herramienta de Documentalista © hdd 2009 madera
  • 2. DESCRIPCION Y OBJETIVOS DE ESTE TEMA Exportar una selección de registros de PUBMED / MEDLINE en formato medline e importarlos con la Herramienta de Documentalista. Exportar desde la Herramienta de Documentalista en formato RIS e importarlos desde el gestor bibliografico ZOTERO Crear diferentes estilos de bibliografia con los estilos de cita que contempla Zotero, tales como Vancouver, National Library of Medicine, Hardvard Reference Format etc...
  • 3. PubMed comprises more than 19 Zotero [zoh-TAIR-oh] is a free, million citations for biomedical articles easy-to-use Firefox extension from MEDLINE and life science to help you collect, manage, journals. Citations may include links and cite your research to full-text articles from PubMed sources. It lives right where you Central or publisher web sites. do your work—in the web http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ browser itself Mas informacion sobre Herramienta de Documentalista http://funciones.wordpress.com
  • 4. Desde PUBMED exportar a formato MEDLINE para importar desde la Herramienta de Documentalista
  • 5. Realizamos una busqueda en PubMed, en esta caso gripe y pulsamos Search http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
  • 6. Pulsamos en Sent to, señalamos File, Format MEDLINE y pulsamos en Create File
  • 7. Nos guardara en nuestro disco un fichero de texto con este formato, Es importante recordar el directorio donde lo guardamos, para luego poder proceder a la importacion PMID- 19698745 OWN - NLM STAT- In-Process DA - 20091012 IS - 1532-2742 (Electronic) IS - 1532-2742 (Linking) VI - 59 IP - 4 DP - 2009 Oct TI - Potential therapeutic failure of generic vancomycin in a liver transplant patient with MRSA peritonitis and bacteremia. PG - 277-80 AB - We report a case of generic vancomycin treatment failure in a liver transplant patient with MRSA peritonitis and bacteremia, followed by a rapid sterilization of blood and peritoneal fluid after switching to the branded product. It raises concern about therapeutic equivalence of generic vancomycin. AD - GRIPE: Grupo Investigador de Problemas en Enfermedades Infecciosas, University of Antioquia Medical School, Medellin, Colombia. FAU - Rodriguez, Carlos A AU - Rodriguez CA FAU - Agudelo, Maria AU - Agudelo M FAU - Catano, Juan C AU - Catano JC FAU - Zuluaga, Andres F AU - Zuluaga AF FAU - Vesga, Omar AU - Vesga O LA - eng PT - Journal Article PT - Research Support, Non-U.S. Gov't DEP - 20090819 PL - England TA - J Infect JT - The Journal of infection JID - 7908424 SB - IM
  • 8. Importar desde la Herramienta de Documentalista
  • 9. Pulsamos en el icono E (Entrada de Documentos) y en la opcion de menu Importar formato PUBMED MEDLINE
  • 10. Buscamos el directorio, donde guardamos el fichero de texto y pulsamos Abrir
  • 11. Los registros son importados a nuestra base de datos y aparecen con este icono en la columna Origen de Recolecion
  • 12. Al introducirlos en nuestra base de datos podemos modificar y comprobar los datos extraidos, asi como cualquier otra operación propia del programa
  • 13. En la pestaña Ver nos muestra el contenido del documento
  • 14. Exportar a formato RIS para importar desde Zotero
  • 15. Pulsamos en Buscar y elegimos la opcion filtrar por Origen de Recoleccion
  • 16. Elegimos la opcion P PubMed MedLine y pulsamos en Aceptar
  • 17. Ahora nos aparecen en la rejilla los documentos. Seleccionamos todos o solo los que nos interesen marcando las casillas de verificacion
  • 18. Pulsamos en el icono Difusion y elegimos la opcion del menu Exportar a Formato RIS
  • 19. El procedimiento anterior nos creara un fichero de texto en el dirctorio que deseemos, con el formato RIS que aquí se muestra
  • 20. Desde la Herramienta de Documentalista es posible tambien generar un informe de la bibliografia importada.
  • 22. Iniciamos MOZILLA FIREFOX y abrimos ZOTERO
  • 23. Pulsamos en el icono Acciones y elegimos la opcion del menu Importar...
  • 24. Una vez elegido el fichero en formato RIS, Zotero comienza la importacion
  • 25. Una vez realizada la importacion, los documentos quedan incluidos en una carpeta de “Mi Biblioteca” del Gestor Bibliografico Zotero
  • 26. Seccion de Marcas, que coinciden con el campo Materia de HDD
  • 27. Con Zotero, podemos producir un informe a partir de la coleccion
  • 28. Crear una bibliografia a partir de la colección, eligiendo los diferentes estilos que proporciona Zotero. En este caso puede verse el resultado con el estilo de cita Chicago Manual Style
  • 29. La misma bibliografia en estilo de cita Vancouver
  • 30. Este documento se termino el 24 de diciembre de 2009 dia de Noche Buena