Gobierno de Rafael Nuñes desde 1886 en Colombia.

1. SEGUNDA PRESIDENCIA Y LA
REGENERACIÓN
 En 1884 fue reelegido con el apoyo del Partido
Conservador. Para lograr este cometido, fundó el
Partido Nacional con la colaboración de Miguel
Antonio Caro.
 En 1885, tras las disputas electorales en el Estado
Soberano de Santander entre los generales Solón
Wilches y Eustorgio Salgar, los liberales radicales
iniciaron un movimiento que pronto se extendió por
todo el país y desencadenó una guerra civil con el
propósito de derrocar a Núñez. Tras la victoria. Con el
camino despejado, convocó el 10 de septiembre de
1885 a dos representantes de cada uno de los estados
soberanos para dar inicio a una Asamblea
Constituyente que se instaló el 11 de noviembre, cuyo
objetivo era redactar una nueva Constitución de
carácter centralista.

2. TERCERA PRESIDENCIA
 Debido al quebranto de su salud tras las alteraciones
nerviosas al afrontar la guerra civil, Núñez renunció a la
presidencia. Durante su ausencia se hicieron cargo de la
presidencia el designado José María Campo Serrano (1
de abril de 1886 a 6 de enero de 1887) y el
vicepresidente Eliseo Payán (desde enero hasta junio de
1887).

3.  En representación de Antioquia, Campo Serrano asistió
al Congreso Nacional de Delegatarios para la redacción
de la nueva Constitución Nacional. El Consejo eligió
como presidente a Rafael Núñez, vicepresidente, al
general Eliseo Payán, y designado, el general José María
Campo Serrano. El 30 de marzo de 1886, el Consejo de
Delegatarios, en sesión extraordinaria, aceptó la
separación del cargo de presidente a Rafael Núñez y el
general Campo Serrano, como designado, fue llamado
para reemplazarlo. Se posesionó el 1 de abril de 1886. Le
correspondió sancionar la Constitución Nacional de
1886, el 5 de agosto del mismo año. En esta Constitución
se estableció el principio de la centralización política y la
descentralización administrativa.
 De su gobierno se destacan obras como los contratos de
alumbrado eléctrico y agua potable para Bogotá y el
impulso que dio a los ferrocarriles de la Sabana y el
Magdalena. Posteriormente fue elegido senador por el
departamento del Magdalena, en 1888. Murió en 1915.

4. • Los liberales radicales, adversarios de Núñez, se
fueron acercando a Payán para cambiar el rumbo
político establecido, Núñez decide regresar a ejercer la
presidencia al conocer la noticia, Payán renunció al
cargo y se retiró, iniciando así el tercer período de
gobierno de Rafael Núñez, entre junio de 1887 y agosto
de 1888.
• Uno de los logros fundamentales de esta etapa fue la
firma del Concordato con la Santa Sede el 31 de
diciembre de 1887. A través de él se restablecieron las
relaciones entre el Estado y la Iglesia Católica, lo cual
era considerado como un elemento esencial de orden
social capaz de lograr la unificación del país.

5. • Núñez durante su gobierno acostumbró a solicitar la
organización de festejos para celebrar la fiesta patria de la
independencia de Cartagena. El director de teatro José Domingo
Torres, quien animaba las fiestas patrias, buscó al maestro
italiano Oreste Síndici para pedirle la composición de una
canción patriótica para la celebración de 1887. Para la letra de la
canción, Torres le presentó a Síndici el poema "Himno
Patriótico" escrito por Rafael Núñez en 1850. La interpretación se
realizó en el "Teatro de Variedades" de la escuela pública de
Santa Clara, con un coro de niños de tres escuelas, alumnos de
Oreste Síndici y fue anunciada como el himno nacional de
Colombia. El himno posteriormente se oficializó como símbolo
patrio a través de la ley 33 del 28 de octubre de 1920.
• En las elecciones del 20 de mayo de 1888 Carlos Holguín
Mallarino fue nombrado presidente por el Congreso de la
República por unanimidad de votos. Núñez entregó el poder el
día 7 de agosto, regresó a su casa en El Cabrero y se dedicó
nuevamente a escribir artículos en diversos periódicos del país.