FreeBSD ofrece dos métodos para instalar software: los puertos, que automatizan la compilación desde el código fuente, y los paquetes binarios. Los puertos se descargan desde el árbol de puertos y se instalan ejecutando make en su directorio. Los paquetes se instalan y desinstalan con las herramientas pkg_add y pkg_delete, y se almacena información sobre ellos en /var/db/pkg.