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Anotação Automática   Integra informações de diversos bancos   Algoritmos de comparação (BLASTn)   Evidência do gene (p...
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Ocorrência de Erros   Anotação funcional automatizada se    baseia em similaridade – atribuições    errôneas de funções....
Corrigindo Erros   Regiões não cobertas;   Erro na montagem;   Utilização do Artemis e um visualizador    de alinhament...
Resultado do Blast
Frameshifts
Frameshifts   Realizar BLAST das duas CDSs   Verificar se possuem os mesmos    identificadores, tamanho, produto, etc. ...
1ª CDS
2ª CDS   Tamanho total igual   Mesmo Produto e identificador
Visualizar Alinhamento
Conclusões   A curadoria manual da anotação    permite corrigir:   Nomes de Genes e Produtos   Identificar se pseudogen...
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Anotação funcional de genomas procariotos

  1. 1. Curadoria da Anotação funcional de genomas procariotos Alex Ranieri J Lima Graduando em BiomedicinaLaboratório de Tecnologia Biomolecular – UFPA CIT - IEC
  2. 2. Anotação Funcional Processo que adiciona informações a uma sequência bruta de DNA. Automática (RAST, FgenesB_Annotator, MaGe) Curadoria manual (Editores de sequências, Artemis)
  3. 3. Anotação Automática Integra informações de diversos bancos Algoritmos de comparação (BLASTn) Evidência do gene (predito, confirmado) Regiões de RNA
  4. 4. Visualizando os Resultados Artemis ORFs (Open Read Frame) CDSs (CoDing Sequences) OriC (Genes de origem da replicação do cromossomo)
  5. 5. Ocorrência de Erros Anotação funcional automatizada se baseia em similaridade – atribuições errôneas de funções. Erro do “melhor hit”. Entradas errôneas nos bancos de dados.
  6. 6. Corrigindo Erros Regiões não cobertas; Erro na montagem; Utilização do Artemis e um visualizador de alinhamentos (CLC Genomics Workbench)
  7. 7. Resultado do Blast
  8. 8. Frameshifts
  9. 9. Frameshifts Realizar BLAST das duas CDSs Verificar se possuem os mesmos identificadores, tamanho, produto, etc. Verificar o alinhamento das leituras e tentar corrigir o problema – unir as CDSs
  10. 10. 1ª CDS
  11. 11. 2ª CDS Tamanho total igual Mesmo Produto e identificador
  12. 12. Visualizar Alinhamento
  13. 13. Conclusões A curadoria manual da anotação permite corrigir: Nomes de Genes e Produtos Identificar se pseudogenes são verdadeiros ou falsos, neste último caso corrigi-los Melhorar a qualidade da anotação

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