ENZIM RESTRIKSI SMA KELAS XII

1. Enzim restriksi
• Enzim Restriksi adalah suatu enzim yang bisa
memotong untaian DNA secara spesifik sesuai
dengan urutan yang dikenalinya. Setiap enzim
mempunyai sekuens pengenalan yang unik pada
utas DNA, biasanya sepanjang 4-6pasang basa.
• Urutan nukleotida yang dikenali tersebut bersifat
palindromik, yaitu suatu urutan DNA yang sama
jika dibaca dengan arah berlawanan pada setiap
untaiannya. Contohnya adalah HindIII dengan
situs pengenalan 5’-AAGCTT-3’ (utas atas)/3’TTCGAA-5’ (utas bawah).

2. • Sekuen pengenalan atau sering disebut juga situs
pengenalan merupakan sekuen DNA yang
menjadi tempat menempelnya enzim restriksi
dan melakukan pemotongan pada sekuen
tersebut.
• Enzim restriksi yang berbeda, dapat mempunyai
situs pengenalan yang sama, contohnya: SacI dan
SstI. Enzim yang mempunyai situs pengenalan
yang sama disebut dengan istilah isoschizomers.
Dalam beberapa kasus, isoschizomers juga
memotong DNA pada tempat yang sama, namun
beberapa tidak demikian.

4. • Enzim restriksi yang mempunyai sekuen
pengenalan yang pendek akan menghasilkan
banyak potongan DNA; sedangkan jika
mempunyai sekuen pengenalan yang panjang,
akan dihasilkan potongan DNA yang lebih
sedikit.

5. Jenis-Jenis Enzim Retriksi
• Secara umum, enzim restriksi dapat dibedakan ke
dalam 3 tipe, berdasarkan pada komposisi sub
unit, posisi pemotongan, spesifisitas sekuen DNA,
dan perlu tidaknya kofaktor.
1. Enzim tipe I merupakan enzim yang kompleks,
multisubunit, kombinasi antara restriksi dan
pemodifikasi yang memotong DNA pada area
random yang jauh dari sisi pengenalan. Enzim ini
secara biokimia mungkin banyak berfungsi di
dalam sel, tetapi kurang menguntungkan untuk
digunakan dalam percobaan di laboratorium.

6. 2. Enzim tipe II memotong DNA pada posisi tertentu
yang dekat atau berada di antara sekuen yang
dikenalnya. Enzim ini menghasilkan fragmenfragmen tertentu dengan pola pita-pita yang
spesifik pada gel agarosa. Enzim tipe inilah yang
dipakai untuk berbagai percobaan dalam analisis
DNA dan kloning gen.
3. Enzim tipe III juga merupakan kombinasi restriksi
dan enzim pemodifikasi. Enzim ini memotong
DNA di luar sekuen yang dikenal dan memerlukan
2 sekuen yang sama pada orientasi yang
berlawanan pada untai DNA yang sama untuk
dapat memotong. Enzim-enzim ini jarang
menghasilkan potongan yang sempurna.

7. Enzim Restriksi yang umum
digunakan berasal dari tipe II

8. • Mekanisme Kerja Enzim Restriksi
Enzim restriksi memotong DNA dalam dua cara dan hasil yang
berbeda, yaitu:
1. Hasil pemotongan berujung tumpul (blunt atau flush
end), Enzim ini memotong secara simetris antara kedua utas
DNA sehingga menghasilkan ujung tumpul. Contoh enzim
yang menghasilkan pola seperti ini adalah SmaI

9. 2.
Hasil pemotongan berujung lancip atau lengket
(sticky atau cohesive ends), Pola seperti ini lebih mudah
menempel (annealing) dengan pasangan DNA nya karena
adanya ikatan basa antara ujung-ujung yang menggantung.
a. Ujung menggantung 5’, Enzim ini memotong
secara asimetris pada situs pemotongan, menghasilkan hasil
pemotongan memanjang pada ujung 5’. Contoh enzim yang
menghasilkan ujung menggantung 5’ adalah BamHI

10. b. Ujung menggantung 3’, Enzim ini juga memotong
secara asimetris pada situs pengenalan, namun
menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada
ujung 3’. Contoh enzim yang menghasilkan pola
seperti ini adalah KpnI

11. • Penamaan Enzim Restriksi
Pada dasarnya, penamaan enzim restriksi diambil dari
nama bakteri yang menghasilkan enzim tersebut.
Seperti contohnya enzim EcoRI yang memiliki pola:

12. Berikut adalah contoh daftar mikroba penghasil enzim
retriksi beserta sekuen pengenalnya.