Enviar pesquisa
Carregar
Hyper Guide Tieng Viet
•
1 gostou
•
425 visualizações
D
dodinhkhai
Seguir
www.k19.us
Leia menos
Leia mais
Educação
Tecnologia
Diversão e humor
Denunciar
Compartilhar
Denunciar
Compartilhar
1 de 268
Baixar agora
Baixar para ler offline
Recomendados
Hoc power point
Hoc power point
Ha Nguyen
Lý thuyết excel
Lý thuyết excel
Học Huỳnh Bá
Cach soan giao an dien tu
Cach soan giao an dien tu
honghoi
1727 win cc manual
1727 win cc manual
Du Phan
1 lenh tat cad
1 lenh tat cad
Tran Quyet
Tài liệu Catia ts nguyenhoaison
Tài liệu Catia ts nguyenhoaison
Cửa Hàng Vật Tư
Kt Mrs D Problems 1a
Kt Mrs D Problems 1a
dodinhkhai
Dieu Khien Qua Tinh PTTHA
Dieu Khien Qua Tinh PTTHA
dodinhkhai
Recomendados
Hoc power point
Hoc power point
Ha Nguyen
Lý thuyết excel
Lý thuyết excel
Học Huỳnh Bá
Cach soan giao an dien tu
Cach soan giao an dien tu
honghoi
1727 win cc manual
1727 win cc manual
Du Phan
1 lenh tat cad
1 lenh tat cad
Tran Quyet
Tài liệu Catia ts nguyenhoaison
Tài liệu Catia ts nguyenhoaison
Cửa Hàng Vật Tư
Kt Mrs D Problems 1a
Kt Mrs D Problems 1a
dodinhkhai
Dieu Khien Qua Tinh PTTHA
Dieu Khien Qua Tinh PTTHA
dodinhkhai
Giáo trình Solidworks
Giáo trình Solidworks
Dinh Quyet
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks _ nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks _ nguyễn hồng thái, 132 trang
Adobe Arc
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks nguyễn hồng thái, 132 trang
Cửa Hàng Vật Tư
Tanet tinhoc-phan2-msword-101219011810-phpapp02
Tanet tinhoc-phan2-msword-101219011810-phpapp02
Vinh Nguyen
Giao.trinh.solid work[bookbooming.com]
Giao.trinh.solid work[bookbooming.com]
bookbooming1
Giao trinh-solidwork[bookbooming.com]
Giao trinh-solidwork[bookbooming.com]
bookbooming1
Tai Lieu On Thi Cong Chuc Thue - MS word
Tai Lieu On Thi Cong Chuc Thue - MS word
Pham Ngoc Quang
Chuong 5 excel
Chuong 5 excel
dxdd1
Powerpoint
Powerpoint
Công Cảnh Nguyễn
1727 win cc manual
1727 win cc manual
ddbinhtdt
Hướng dẫn sử dụng tin học văn phòng rất chi tiết
Hướng dẫn sử dụng tin học văn phòng rất chi tiết
Ke Toan Ha Noi
Microsoft Powerpoint
Microsoft Powerpoint
duc phu
C Bai Tap Lon
C Bai Tap Lon
SamQuiDaiBo
Autocad 2007 - tài liệu hướng dẫn sử dụng autocad 2007 đầy đủ
Autocad 2007 - tài liệu hướng dẫn sử dụng autocad 2007 đầy đủ
Cửa Hàng Vật Tư
Tai lieu huong dan su dung autocad 2007
Tai lieu huong dan su dung autocad 2007
An Nam Education
Chuong 2 giao dien do hoa
Chuong 2 giao dien do hoa
Phi Phi
Giáo trình Photoshop căn bản Tiếng Việt full
Giáo trình Photoshop căn bản Tiếng Việt full
PixwaresVitNam
[Hoccokhi.vn] lap trinh gia cong mastercam 2d
[Hoccokhi.vn] lap trinh gia cong mastercam 2d
Học Cơ Khí
C5 chinh sua_vat_the
C5 chinh sua_vat_the
Đinh Công Thiện Taydo University
Bt 05 khung phuc tap
Bt 05 khung phuc tap
Thịnh Hoàng
SÁNG KIẾN ÁP DỤNG CLT (COMMUNICATIVE LANGUAGE TEACHING) VÀO QUÁ TRÌNH DẠY - H...
SÁNG KIẾN ÁP DỤNG CLT (COMMUNICATIVE LANGUAGE TEACHING) VÀO QUÁ TRÌNH DẠY - H...
Nguyen Thanh Tu Collection
TUYỂN TẬP 50 ĐỀ LUYỆN THI TUYỂN SINH LỚP 10 THPT MÔN TOÁN NĂM 2024 CÓ LỜI GIẢ...
TUYỂN TẬP 50 ĐỀ LUYỆN THI TUYỂN SINH LỚP 10 THPT MÔN TOÁN NĂM 2024 CÓ LỜI GIẢ...
Nguyen Thanh Tu Collection
Mais conteúdo relacionado
Semelhante a Hyper Guide Tieng Viet
Giáo trình Solidworks
Giáo trình Solidworks
Dinh Quyet
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks _ nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks _ nguyễn hồng thái, 132 trang
Adobe Arc
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks nguyễn hồng thái, 132 trang
Cửa Hàng Vật Tư
Tanet tinhoc-phan2-msword-101219011810-phpapp02
Tanet tinhoc-phan2-msword-101219011810-phpapp02
Vinh Nguyen
Giao.trinh.solid work[bookbooming.com]
Giao.trinh.solid work[bookbooming.com]
bookbooming1
Giao trinh-solidwork[bookbooming.com]
Giao trinh-solidwork[bookbooming.com]
bookbooming1
Tai Lieu On Thi Cong Chuc Thue - MS word
Tai Lieu On Thi Cong Chuc Thue - MS word
Pham Ngoc Quang
Chuong 5 excel
Chuong 5 excel
dxdd1
Powerpoint
Powerpoint
Công Cảnh Nguyễn
1727 win cc manual
1727 win cc manual
ddbinhtdt
Hướng dẫn sử dụng tin học văn phòng rất chi tiết
Hướng dẫn sử dụng tin học văn phòng rất chi tiết
Ke Toan Ha Noi
Microsoft Powerpoint
Microsoft Powerpoint
duc phu
C Bai Tap Lon
C Bai Tap Lon
SamQuiDaiBo
Autocad 2007 - tài liệu hướng dẫn sử dụng autocad 2007 đầy đủ
Autocad 2007 - tài liệu hướng dẫn sử dụng autocad 2007 đầy đủ
Cửa Hàng Vật Tư
Tai lieu huong dan su dung autocad 2007
Tai lieu huong dan su dung autocad 2007
An Nam Education
Chuong 2 giao dien do hoa
Chuong 2 giao dien do hoa
Phi Phi
Giáo trình Photoshop căn bản Tiếng Việt full
Giáo trình Photoshop căn bản Tiếng Việt full
PixwaresVitNam
[Hoccokhi.vn] lap trinh gia cong mastercam 2d
[Hoccokhi.vn] lap trinh gia cong mastercam 2d
Học Cơ Khí
C5 chinh sua_vat_the
C5 chinh sua_vat_the
Đinh Công Thiện Taydo University
Bt 05 khung phuc tap
Bt 05 khung phuc tap
Thịnh Hoàng
Semelhante a Hyper Guide Tieng Viet
(20)
Giáo trình Solidworks
Giáo trình Solidworks
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks _ nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks _ nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks nguyễn hồng thái, 132 trang
Bài giảng thiết kế kỹ thuật solidworks nguyễn hồng thái, 132 trang
Tanet tinhoc-phan2-msword-101219011810-phpapp02
Tanet tinhoc-phan2-msword-101219011810-phpapp02
Giao.trinh.solid work[bookbooming.com]
Giao.trinh.solid work[bookbooming.com]
Giao trinh-solidwork[bookbooming.com]
Giao trinh-solidwork[bookbooming.com]
Tai Lieu On Thi Cong Chuc Thue - MS word
Tai Lieu On Thi Cong Chuc Thue - MS word
Chuong 5 excel
Chuong 5 excel
Powerpoint
Powerpoint
1727 win cc manual
1727 win cc manual
Hướng dẫn sử dụng tin học văn phòng rất chi tiết
Hướng dẫn sử dụng tin học văn phòng rất chi tiết
Microsoft Powerpoint
Microsoft Powerpoint
C Bai Tap Lon
C Bai Tap Lon
Autocad 2007 - tài liệu hướng dẫn sử dụng autocad 2007 đầy đủ
Autocad 2007 - tài liệu hướng dẫn sử dụng autocad 2007 đầy đủ
Tai lieu huong dan su dung autocad 2007
Tai lieu huong dan su dung autocad 2007
Chuong 2 giao dien do hoa
Chuong 2 giao dien do hoa
Giáo trình Photoshop căn bản Tiếng Việt full
Giáo trình Photoshop căn bản Tiếng Việt full
[Hoccokhi.vn] lap trinh gia cong mastercam 2d
[Hoccokhi.vn] lap trinh gia cong mastercam 2d
C5 chinh sua_vat_the
C5 chinh sua_vat_the
Bt 05 khung phuc tap
Bt 05 khung phuc tap
Último
SÁNG KIẾN ÁP DỤNG CLT (COMMUNICATIVE LANGUAGE TEACHING) VÀO QUÁ TRÌNH DẠY - H...
SÁNG KIẾN ÁP DỤNG CLT (COMMUNICATIVE LANGUAGE TEACHING) VÀO QUÁ TRÌNH DẠY - H...
Nguyen Thanh Tu Collection
TUYỂN TẬP 50 ĐỀ LUYỆN THI TUYỂN SINH LỚP 10 THPT MÔN TOÁN NĂM 2024 CÓ LỜI GIẢ...
TUYỂN TẬP 50 ĐỀ LUYỆN THI TUYỂN SINH LỚP 10 THPT MÔN TOÁN NĂM 2024 CÓ LỜI GIẢ...
Nguyen Thanh Tu Collection
TÀI LIỆU BỒI DƯỠNG HỌC SINH GIỎI LÝ LUẬN VĂN HỌC NĂM HỌC 2023-2024 - MÔN NGỮ ...
TÀI LIỆU BỒI DƯỠNG HỌC SINH GIỎI LÝ LUẬN VĂN HỌC NĂM HỌC 2023-2024 - MÔN NGỮ ...
Nguyen Thanh Tu Collection
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
Nguyen Thanh Tu Collection
1.DOANNGOCPHUONGTHAO-APDUNGSTEMTHIETKEBTHHHGIUPHSHOCHIEUQUA (1).docx
1.DOANNGOCPHUONGTHAO-APDUNGSTEMTHIETKEBTHHHGIUPHSHOCHIEUQUA (1).docx
THAO316680
bài thi bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng.docx
bài thi bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng.docx
TrnHiYn5
Danh sách sinh viên tốt nghiệp Đại học - Cao đẳng Trường Đại học Phú Yên năm ...
Danh sách sinh viên tốt nghiệp Đại học - Cao đẳng Trường Đại học Phú Yên năm ...
hoangtuansinh1
Giới thiệu Dự án Sản Phụ Khoa - Y Học Cộng Đồng
Giới thiệu Dự án Sản Phụ Khoa - Y Học Cộng Đồng
Yhoccongdong.com
C6. Van de dan toc va ton giao ....pdf . Chu nghia xa hoi
C6. Van de dan toc va ton giao ....pdf . Chu nghia xa hoi
dnghia2002
powerpoint mẫu họp phụ huynh cuối kì 2 học sinh lớp 7 bgs
powerpoint mẫu họp phụ huynh cuối kì 2 học sinh lớp 7 bgs
Nmmeomeo
ĐỀ CHÍNH THỨC KỲ THI TUYỂN SINH VÀO LỚP 10 THPT CÁC TỈNH THÀNH NĂM HỌC 2020 –...
ĐỀ CHÍNH THỨC KỲ THI TUYỂN SINH VÀO LỚP 10 THPT CÁC TỈNH THÀNH NĂM HỌC 2020 –...
Nguyen Thanh Tu Collection
Bài tập nhóm Kỹ Năng Gỉai Quyết Tranh Chấp Lao Động (1).pptx
Bài tập nhóm Kỹ Năng Gỉai Quyết Tranh Chấp Lao Động (1).pptx
DungxPeach
Trắc nghiệm CHƯƠNG 5 môn Chủ nghĩa xã hội
Trắc nghiệm CHƯƠNG 5 môn Chủ nghĩa xã hội
NgocNguyen591215
GIÁO ÁN DẠY THÊM (KẾ HOẠCH BÀI DẠY BUỔI 2) - TIẾNG ANH 7 GLOBAL SUCCESS (2 CỘ...
GIÁO ÁN DẠY THÊM (KẾ HOẠCH BÀI DẠY BUỔI 2) - TIẾNG ANH 7 GLOBAL SUCCESS (2 CỘ...
Nguyen Thanh Tu Collection
Giáo trình nhập môn lập trình - Đặng Bình Phương
Giáo trình nhập môn lập trình - Đặng Bình Phương
hazzthuan
xemsomenh.com-Vòng Lộc Tồn - Vòng Bác Sĩ và Cách An Trong Vòng Lộc Tồn.pdf
xemsomenh.com-Vòng Lộc Tồn - Vòng Bác Sĩ và Cách An Trong Vòng Lộc Tồn.pdf
Xem Số Mệnh
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
Nguyen Thanh Tu Collection
xemsomenh.com-Vòng Thái Tuế và Ý Nghĩa Các Sao Tại Cung Mệnh.pdf
xemsomenh.com-Vòng Thái Tuế và Ý Nghĩa Các Sao Tại Cung Mệnh.pdf
Xem Số Mệnh
kinh tế chính trị mác lênin chương hai và hàng hoá và sxxhh
kinh tế chính trị mác lênin chương hai và hàng hoá và sxxhh
dtlnnm
SLIDE - Tu van, huong dan cong tac tuyen sinh-2024 (đầy đủ chi tiết).pdf
SLIDE - Tu van, huong dan cong tac tuyen sinh-2024 (đầy đủ chi tiết).pdf
hoangtuansinh1
Último
(20)
SÁNG KIẾN ÁP DỤNG CLT (COMMUNICATIVE LANGUAGE TEACHING) VÀO QUÁ TRÌNH DẠY - H...
SÁNG KIẾN ÁP DỤNG CLT (COMMUNICATIVE LANGUAGE TEACHING) VÀO QUÁ TRÌNH DẠY - H...
TUYỂN TẬP 50 ĐỀ LUYỆN THI TUYỂN SINH LỚP 10 THPT MÔN TOÁN NĂM 2024 CÓ LỜI GIẢ...
TUYỂN TẬP 50 ĐỀ LUYỆN THI TUYỂN SINH LỚP 10 THPT MÔN TOÁN NĂM 2024 CÓ LỜI GIẢ...
TÀI LIỆU BỒI DƯỠNG HỌC SINH GIỎI LÝ LUẬN VĂN HỌC NĂM HỌC 2023-2024 - MÔN NGỮ ...
TÀI LIỆU BỒI DƯỠNG HỌC SINH GIỎI LÝ LUẬN VĂN HỌC NĂM HỌC 2023-2024 - MÔN NGỮ ...
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
1.DOANNGOCPHUONGTHAO-APDUNGSTEMTHIETKEBTHHHGIUPHSHOCHIEUQUA (1).docx
1.DOANNGOCPHUONGTHAO-APDUNGSTEMTHIETKEBTHHHGIUPHSHOCHIEUQUA (1).docx
bài thi bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng.docx
bài thi bảo vệ nền tảng tư tưởng của Đảng.docx
Danh sách sinh viên tốt nghiệp Đại học - Cao đẳng Trường Đại học Phú Yên năm ...
Danh sách sinh viên tốt nghiệp Đại học - Cao đẳng Trường Đại học Phú Yên năm ...
Giới thiệu Dự án Sản Phụ Khoa - Y Học Cộng Đồng
Giới thiệu Dự án Sản Phụ Khoa - Y Học Cộng Đồng
C6. Van de dan toc va ton giao ....pdf . Chu nghia xa hoi
C6. Van de dan toc va ton giao ....pdf . Chu nghia xa hoi
powerpoint mẫu họp phụ huynh cuối kì 2 học sinh lớp 7 bgs
powerpoint mẫu họp phụ huynh cuối kì 2 học sinh lớp 7 bgs
ĐỀ CHÍNH THỨC KỲ THI TUYỂN SINH VÀO LỚP 10 THPT CÁC TỈNH THÀNH NĂM HỌC 2020 –...
ĐỀ CHÍNH THỨC KỲ THI TUYỂN SINH VÀO LỚP 10 THPT CÁC TỈNH THÀNH NĂM HỌC 2020 –...
Bài tập nhóm Kỹ Năng Gỉai Quyết Tranh Chấp Lao Động (1).pptx
Bài tập nhóm Kỹ Năng Gỉai Quyết Tranh Chấp Lao Động (1).pptx
Trắc nghiệm CHƯƠNG 5 môn Chủ nghĩa xã hội
Trắc nghiệm CHƯƠNG 5 môn Chủ nghĩa xã hội
GIÁO ÁN DẠY THÊM (KẾ HOẠCH BÀI DẠY BUỔI 2) - TIẾNG ANH 7 GLOBAL SUCCESS (2 CỘ...
GIÁO ÁN DẠY THÊM (KẾ HOẠCH BÀI DẠY BUỔI 2) - TIẾNG ANH 7 GLOBAL SUCCESS (2 CỘ...
Giáo trình nhập môn lập trình - Đặng Bình Phương
Giáo trình nhập môn lập trình - Đặng Bình Phương
xemsomenh.com-Vòng Lộc Tồn - Vòng Bác Sĩ và Cách An Trong Vòng Lộc Tồn.pdf
xemsomenh.com-Vòng Lộc Tồn - Vòng Bác Sĩ và Cách An Trong Vòng Lộc Tồn.pdf
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
30 ĐỀ PHÁT TRIỂN THEO CẤU TRÚC ĐỀ MINH HỌA BGD NGÀY 22-3-2024 KỲ THI TỐT NGHI...
xemsomenh.com-Vòng Thái Tuế và Ý Nghĩa Các Sao Tại Cung Mệnh.pdf
xemsomenh.com-Vòng Thái Tuế và Ý Nghĩa Các Sao Tại Cung Mệnh.pdf
kinh tế chính trị mác lênin chương hai và hàng hoá và sxxhh
kinh tế chính trị mác lênin chương hai và hàng hoá và sxxhh
SLIDE - Tu van, huong dan cong tac tuyen sinh-2024 (đầy đủ chi tiết).pdf
SLIDE - Tu van, huong dan cong tac tuyen sinh-2024 (đầy đủ chi tiết).pdf
Hyper Guide Tieng Viet
1.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Bμi 1 B¾t ®Çu sö dông phÇn mÒm NhÊp chuét vμo biÓu t−îng HyperChem, mμn h×nh lμm viÖc hiÖn lªn nh− sau: Thanh tiªu ®Ò (title bar) BiÓu diÔn tªn file ®ang biÓu diÔn trªn cöa sæ. NÕu ch−a l−u file th× tªn sÏ lμ untitled Thanh c«ng cô lùa chän (menu bar) Chøa c¸c c«ng cô tÝnh to¸n kh¸c: File, Edit (hiÖu chØnh), Build (x©y dùng), Databases (d÷ liÖu), Setup (®Æt ph−¬ng ph¸p tÝnh), Compute (tÝnh to¸n), Annotations (ghi chó, diÔn gi¶i), cancel (tho¸t), Script, vμ Help (trî gióp). Thanh biÓu t−îng c«ng cô (tool bar) Chøa c¸c c«ng cô cho phÐp ta vÏ, chän, biÓu diÔn, vμ di chuyÓn c¸c nguyªn tö, ph©n tö. PhÇn bªn ph¶i thanh c«ng cô cã chøa c¸c c«ng cô gióp ta ghi chó thªm, l−u nhanh, c¾t, d¸n, in, trî gióp. Mμn lμm viÖc (workspace) Lμ n¬i biÓu diÔn hÖ ph©n tö hiÖn t¹i. 1
2.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Dßng hiÖn tr¹ng tÝnh to¸n (status line) Cho ta biÕt th«ng tin nh− lμ sè nguyªn tö trong mét ph©n tö, hiÖn tr¹ng tÝnh to¸n, gi¸ trÞ tÝnh to¸n Trî gióp (help) Chøa c¸c h−íng dÉn thªm cho ng−êi sö dông. C¸ch sö dông chuét: Muèn thao t¸c trªn c«ng cô nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét (L-Click) vμo biÓu t−îng c«ng cô ®ã. VÝ dô muèn sö dông c«ng cô vÏ, ta di chuyÓn biÓu t−îng chuét ®Õn biÓu t−îng ®ã vμ nhÊp chuét: Sö dông bμn phÝm Thay v× ph¶i dïng chuét ta cã thÓ dïng bμn phÝm ®Ó di chuyÓn ®Õn nh÷ng lùa chän cÇn thiÕt. VÝ dô ®Ó më select menu ta nhÊn ®ång thêi hai phÝm [Alt] + [S] ([Alt] vμ [S]). §Ó chän c¸c lùa chän kh¸c trong hép tho¹i ta nhÊp tiÕp vμo ký tù t¾t ®−îc g¹ch d−íi trong mçi lùa chän. VÝ dô ®Ó chän tiÕp select all ta nhÊp ch÷ e trªn bμn phÝm. 2
3.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C¸c phÝm t¾t kh¸c: Ctrl + N T¹o trang lμm viÖc míi Ctrl + O Më file Ctrl + S L−u file (save) trong File menu Ctrl + X C¾t (cut) trong File menu Ctrl + C Copy (copy) trong Edit menu Ctrl + V D¸n (paste) trong Edit menu Alt + F4 Tho¸t khái HyperChem Ctrl + D Xo¸ (delete) trong Annotations menu Ctrl + K Lùa chän tiÕp (select next) trong Annotations menu Ctrl + L Lùa chän phÇn tr−íc (select previous) trong Annotations menu Ctrl + F Di chuyÓn tiÕp (move forward) trong Annotations menu Ctrl + B Di chuyÓn trë l¹i (move backward) trong Annotations menu Spacebar Di chuyÓn hÖ ph©n tö vμo trung t©m vμ biÓu diÔn theo tû lÖ mμn lμm viÖc. F2 Tr¶ l¹i kiÓu biÓu diÔn lóc tr−íc (last rendering) trong Display menu F9 Copy h×nh ¶nh (copy image) trong Edit menu Esc Nh− môc tho¸t (cancel) trªn thanh c«ng cô C¸c c«ng cô quan träng trªn thanh céng cô 3
4.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C¸c thao t¸c trªn HyperChem Më mét file vÝ dô: VÝ dô më file cã ®u«i HIN. 1. Di chuyÓn con trá chuét ®Õn File trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp tr¸i chuét (L-click) vμo File mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau: 3. NhÊp tr¸i chuét vμo Open. Mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau: 4
5.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 4. NÕu mμn h×nh list vÉn cßn c¸c chÊt kh¸c, cã thÓ kÐo thanh tr−ît ®Ó t×m kiÕm. §Ó kÐo thanh tr−ît ta nhÊp tr¸i biÓu t−îng chuét vμo thanh tr−ît, gi÷ nguyªn nh− thÕ vμ rª chuét theo chiÒu muèn kÐo. 5. Muèn më file nμo ta chØ cÇn nhÊp tr¸i (L-click) chuét vμo file ®ã råi nhÊn tiÕp vμo nót Open trªn list Trªn mμn h×nh sÏ hiÖn ra ph©n tö chøa trong file 5
6.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C¸ch sö dông Display Settings Display settings chøa c¸c lùa chän ®Ó biÓu diÔn hÖ ph©n tö trªn trang lμm viÖc §Ó më Display menu ta thùc hiÖn nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo biÓu t−îng Display trªn thanh c«ng cô. Mμn h×nh khi ®ã hiÖn ra nh− sau: Sö dông nh·n (Labels) 6
7.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display. Hép tho¹i Labels hiÖn ra víi c¸c lùa chän kh¸c nhau, ta cã thÓ lùa chän h×nh thøc nh·n biÓu hiÖn cña c¸c nguyªn tö trong hÖ. Atoms None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n. Symbol BiÓu t−îng nguyªn tö, vÝ dô C, O, N.. Name Tªn cña nguyªn tö theo ng©n hμng d÷ liÖu, vÝ dô CA, CB ®èi víi cacbon alpha vμ beta. Sè thø tù t¹o nguyªn tö. Number Type KiÓu nguyªn tö, theo t¸c ®éng cña tr−êng lùc, vÝ dô CT ®èi víi cacbon tø diÖn trong tr−êng lùc AMBER. Charge §iÖn tÝch thùc cña nguyªn tö. Spin Tæng spin thùc (alpha-beta) cña mét nguyªn tö Poputation Mass Khèi l−îng nguyªn tö Basis set TËp hîp hμm c¬ b¶n ¸p dông cho nguyªn tö Chirality R hoÆc S RMS Gradient GÝa trÞ v« h−íng cña vect¬ biÕn thiªn m« t¶ tr−êng lùc trªn mét nguyªn tö. Custom §Æt tuú chän. Residues None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n. Name Tªn hîp phÇn, vÝ dô: TRP, ILE. Sequence Thø tù hîp phÇn tõ hîp phÇn ®u«i N (N- teminus).1,2,3 Name+Seq C¶ tªn lÉn thø tù. Bonds 7
8.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 None Bá tÊt c¶ c¸c nh·n Bond Length §é dμi liªn kÕt gi÷a c¸c nguyªn tö Bond Order Thø tù liªn kÕt tÝnh to¸n theo c¬ häc l−îng tö. H×nh thøc biÓu diÔn ph©n tö: Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn c¸c ph©n tö kh¸c nhau trong hÖ. Thay ®æi h×nh thøc biÓu diÔn: 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Rendering trong Display menu Hép tho¹i lùa chän hiÖn ra nh− sau: NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong nh÷ng h×nh thøc biÓu diÔn, vÝ dô chän Balls and Cylinders (kiÓu h×nh cÇu vμ h×nh trô) th× trªn mμ h×nh c¸c nguyªn tö cña hÖ ®−îc biÓu diÔn d−íi d¹ng h×nh cÇu, liªn kÕt d¹ng h×nh trô nh− sau: 8
9.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: HyperChem cßn cã c¸c kiÓu biÓu diÔn kh¸c: - Sticks: KiÓu que. - Balls : KiÓu h×nh cÇu. - Overlapping Spheres: KiÓu h×nh cÇu chång lªn nhau. - Dots: KiÓu chÊm. - Sticks & Dots: KiÓu chÊm - g¹ch. §Æt mÇu nÒn trang lμm viÖc §Ó ®Æt mμu nÒn trang lμm viÖc ta lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Preferences trong File menu. 2. TÝch chän môc Window Color trong hép tho¹i Preferences. Mμu ngÇm ®Þnh cho trang lμm viÖc cña HyperChem lμ mμu ®en: 9
10.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 3. TÝch chän White råi nhÊp OK ®Ó xem biÓu diÔn mμu nÒn cña mμn lμm viÖc. Mμu nÒn lóc nμy lμ mμu tr¾ng: Chó ý: NÕu ta ®Æt mμu kh¸c th× nÒn sÏ cã mμu kh¸c: - Black: Mμu ®en. - Blue: Mμu xanh n−íc biÓn. - Green: Mμu xanh da trêi. - Cyan: Mμu lôc lam. - Red: Mμu ®á. - Violet: Mμu tÝa. - Yellow: Mμu vμng. - White: Mμu tr¾ng. §Æt mμu s¾c liªn kÕt trong ph©n tö 1. TÝch chän Preferences trong File menu. 10
11.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 2. Chän môc Bond Color trong hép tho¹i Preferences. TÝch chän mμu mμ ta muèn ®Æt cho liªn kÕt. VÝ dô ta chän mμu ®en (Black). H×nh ¶nh biÓu diÔn trªn mμn lμm viÖc sÏ nh− sau: Chó ý: Tuú theo ta chän mμu nμo, liªn kÕt sÏ ®−îc biÓu diÔn theo mμu Êy. HyperChem ngÇm ®Þnh mμu cho liªn kÕt theo c¸c nguyªn tè, nhê ®ã ta cã thÓ quan s¸t dÔ dμng c¸c liªn kÕt kh¸c nhau, tuy nhiªn ®iÒu ®ã kh«ng cã lîi trong khi ta ph¶i in ®en tr¾ng. Mμu s¾c cña nguyªn tè HyperChem ngÇm ®Þnh mμu s¾c cña c¸c nguyªn tè ®Æc tr−ng nh− sau: Nguyªn tè Mμu ngÇm ®Þnh 11
12.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Cacbon Lôc lam Nit¬ Xanh Oxy §á Flo Vμng L−u huúnh Vμng Natri TÝa Kali Týa S¾t §á Coban Xanh §ång Xanh l¸ c©y Brom Vμng Iot §á Vμng Vμng TÊt c¶ c¸c nguyªn Mμu tr¾ng tè cßn l¹i Ta cã thÓ ®Æt l¹i mμu s¾c biÓu diÔn c¸c nguyªn tè theo s¸u mμu chuÈn, céng víi mμu tr¾ng vμ mμu ®en. HyperChem sö dông mét tËp hîp mμu ngÇm ®Þnh. NÕu ta thay ®æi mμu s¾c cña mét nguyªn tè, ta vÉn cã thÓ trë l¹i víi mμu ngÇm ®Þnh b»ng c¸ch nhÊp vμo Revert trong hép tho¹i sau: §Ó ®Æt mμu míi cho nguyªn tè ta lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét chän Element color trong Display menu. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo tªn nguyªn tè muèn ®æi mμu. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo mμu muèn ®æi. 4. NhÊp OK ®Ó chän. 5. §Ó trë l¹i mμu ngÇm ®Þnh nhÊp Revert. §Æt chÕ ®é Copy h×nh ¶nh 12
13.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 §©y lμ phÇn kh¸ thó vÞ nÕu ta muèn lÊy h×nh ¶nh cña HyperChem chuyÓn qua tr×nh øng dông kh¸c, vÝ dô nh− tr×nh Word cña Microsoft. 1. NhÊp tr¸i chuét chän Preferences trong File menu. Chän môc Setup Image. H×nh ¶nh hép tho¹i lóc nμy nh− sau: 2. §Æt c¸c lùa chän nh− trªn h×nh vÏ. NhÊp OK ®Ó chän. 3. NhÊp F9 hoÆc nhÊp tr¸i chuét chän Copy Image trong Edit menu. 4. NhÊp OK nÕu HyperChem ®Æt ra c©u c¶nh b¸o nμo. C¶ cña sæ mμn lμm viÖc cña HyperChem sÏ ®−îc Copy. NÕu ta d¸n qua Word th× sÏ thÊy nh− sau: 13
14.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: HyperChem cho ta nhiÒu lùa chän ®Ó copy h×nh ¶nh. Top leve Copy c¶ c¸c hép tho¹i vμ menu kÐo Window xuèng nÕu ta nhÊp vμo Copy image (Cöa sæ) thay v× nhÊp F9. Workspace ChØ Copy phÇn mμn lμm viÖc. HyperChem Copy c¶ cöa sæ lμm viÖc HyperChem Full screen Copy c¶ mμn h×nh, kÓ c¶ c¸c cöa sæ kh¸c. Bitmap L−u kiÓu file cã ®u«i .bmp. Dïng File format mμu chuÈn. ThÝch hîp l−u cho biÓu (KiÓu file) diÔn ph©n tö kiÓu h×nh cÇu, c¸c biÓu ®å cña tÝnh to¸n ®iÓm ®¬n, tÝnh to¸n b¸n kinh nghiÖm. RGB Bitmap Gièng nh− .bmp, dïng ®ñ 24 mμu. Kh¸ h¹n chÕ trong c¸c øng dông kh¸c kh«ng cã chÕ ®é 24 mμu. Metafile File ®u«i më réng lμ .wmf. ThÝch hîp ®Ó l−u víi c¸c kiÓu biÓu diÔn ph©n tö nh− Sticks, Ball and Cylinder, Dots vμ Stick & Dots. Detination(N¬i File HyperChem l−u ¶nh cã phÇn ®u«i lμ ®Æt file) .bmp hay .wmf vμo trong file. Clipboard L−u ¶nh vμo bé nhí t¹m thêi, mçi lÇn ®−îc mét ¶nh. Color TÝch chän ®Ó l−u h×nh ¶nh víi mμu s¾c ®Çy ®ñ, nÕu kh«ng nã chØ cã 14
15.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 d¹ng ®en tr¾ng. Cursor TÝch chän ®Ó ®iÓm trá chuét cã trong ¶nh. Filename Dïng ®Ó ®Æt tªn vμ vÞ trÝ file ®Æt ¶nh. Tho¸t khái HyperChem Cã nhiÒu c¸ch ®Ó tho¸t khái ch−¬ng tr×nh lμm viÖc 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Exit trong Menu file 2. NhÊp Alt + F4 §äc thªm: Ch−¬ng 1 trong HyperChem for Windows Reference Manual. 15
16.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Bμi 2. VÏ vμ hiÖu chØnh VÏ nguyªn tö vμ liªn kÕt §Ó vÏ nguyªn tö ta cÇn cã b¶ng lùa chän c¸c nguyªn tè. Cã hai c¸ch ®Ó thùc hiÖn ®iÒu nμy 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Default Element trong Menu Build. 1. NhÊp liªn tôc hai lÇn chuét tr¸i (Double-click) vμo c«ng cô Vï B¶ng lùa chän c¸c nguyªn tè hiÖn ra nh− sau: §Ó lùa chän nguyªn tè nμo ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tè ®ã. 2. Muèn biÕt thuéc tÝnh cña tõng nguyªn tè ta chØ viÖc nhÊp vμo biÓu t−îng thuéc tÝnh (Properties) trong tho¹i, b¶ng c¸c thuéc tÝnh cña nguyªn tè sÏ xuÊt hiÖn. Sau khi ®· lùa chän nguyªn tè muèn vÏ, nhÊp tr¸i chuét lªn mμn lμm viÖc ta sÏ ®−îc nguyªn tè muèn vÏ. Mμn h×nh hiÖn ra cã d¹ng nh− sau: 16
17.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 3. Muèn vÏ liªn kÕt ta chØ viÖc nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nμy ®Õn vÞ trÝ kh¸c muèn vÏ. NÕu ®Çu kia lμ mét nguyªn tè kh¸c th× ta ph¶i lùa chän nguyªn tè l¹i sau ®ã còng nhÊn nót tr¸i chuét vμ rª tõ vÞ trÝ nguyªn tè ban ®Çu ®Õn vÞ trÝ mμ nguyªn tè thø hai muèn biÓu diÔn. 4. §Ó vÏ ph©n tö d¹ng vßng ta nhÊn vμ rª chuét nèi c¸c nguyªn tè víi nhau. 17
18.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 5. T¹o liªn kÕt ®«i, ba b»ng c¸ch nhÊp tr¸i chuét vμo chÝnh liªn kÕt ®ã. 6. T¹o vßng liªn hîp b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo liªn kÕt vßng ®· ®−îc vÏ. 7. Thªm nhanh nh÷ng nguyªn tö Hydro cßn thiÕu trong ph©n tö, nÕu cã b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn chuét tr¸i vμo biÓu t−îng c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. Chän nguyªn tö (Selecting Atoms) Trong phÇn nμy ta häc nh÷ng kü thuËt c¬ b¶n ®Ó lùa chän mét nguyªn tö, nhãm nguyªn tö hay mét tËp hîp nμo ®ã ®ang biÓu diÔn trªn trang lμm viÖc. §Ó ®Æt c¸c h×nh thøc chän cã mét sè b−íc sau: 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Select menu. Trªn mμn h×nh hiÖn ra nh− sau: 18
19.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 2. NÕu c¸c nguyªn tö ch−a ®−îc chän th× h·y nhÊp chuét tr¸i vμo Atoms ®Ó chän. TiÕp theo t¾t chän nhiÒu (Multiple Selections) b»ng c¸ch nhÊp chuét tr¸i bá dÊu tÝch (√). Khi ta tÝch chän Atoms, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän nguyªn tö, víi c«ng cô lùa chän, khi ®ã ta cã thÓ lùa chän c¸c nguyªn tö, liªn kÕt vμ gãc riªng. Giíi h¹n nμy vÉn ho¹t ®éng cho ®Õn khi ta chän Residures hoÆc Molecules. Chó ý: Sö dông lùa chän Atoms nÕu ta kh«ng muèn chän c¸c hîp phÇn hay c¸c ph©n tö. 19
20.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chän nguyªn tö 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän (select) trªn thanh c«ng cô, sau ®ã di chuyÓn con trá xuèng mμn lμm viÖc. 2. §Æt con trá chuét vμo nguyªn tö muèn chän vμ nhÊp tr¸i chuét. Nguyªn tö ®−îc chän sÏ ®−îc khoanh vïng s¸ng h¬n c¸c nguyªn tö kh¸c. 3. Muèn chän liªn kÕt nμo ta nhÊp tr¸i chuét vμo liªn kÕt ®ã. 4. Muèn chän tÊt c¶ c¸c nguyªn tö trong mμn lμm viÖc, ta thùc hiÖn b»ng c¸ch di chuyÓn chuét ®Õn kho¶ng trèng cña trang lμm viÖc vμ nhÊp ph¶i chuét (R-click) Chó ý: nguyªn tö ®−îc lùa chän ®−îc m« t¶ trªn dßng hiÖn tr¹ng: Sè chØ thø tù t¹o ra nguyªn tö trong ph©n tö Atom number Tªn nguyªn tè. Element name Tªn nguyªn tö, xuÊt hiÖn khi chän nguyªn tö trong Atom name protein hoÆc amino axit. Tr−êng lùc ¸p dông cho kiÓu nguyªn tö (amber, Force Field mm+, bio+ hoÆc opls). KiÓu nguyªn tö Atom type §iÖn tÝch nguyªn tö Charge To¹ ®é cña nguyªn tö theo hÖ to¹ ®é cña ph©n tö. Atomic coordinates 20
21.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chän nhãm nguyªn tö §Ó chän mét nhãm nguyªn tö ta dïng kiÓu chän h×nh ch÷ nhËt 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp ®ång thêi tr¸i vμ ph¶i chuét, gi÷a nh− vËy vμ rª t¹o h×nh ch÷ nhËt chøa c¸c nguyªn tö muèn chän. 3. Nh¶ chuét th× tÊt c¶ c¸c nguyªn tö trong h×nh ch÷ nhËt ®−îc chän Chän thªm mét nhãm nguyªn tö 1. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Multiple select trong Select menu 2. Rª chuét chän nhãm nguyªn tö míi theo h×nh ch÷ nhËt nh− trªn. Chän c¸c hîp phÇn (Residures) Khi ta tÝch chän Residures, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän c¸c hîp phÇn. Hîp phÇn ph¶i cã nguån gèc tõ Databases menu hoÆc tõ ng©n hμng d÷ liÖu Protein. HyperChem kh«ng nhËn ra nh÷ng hîp phÇn do ta vÏ tõ c¸c nguyªn tö. Chó ý: NÕu kh«ng cã hîp phÇn nμo trong ph©n tö th× Residures ho¹t ®éng nh− Atoms. 21
22.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 §Ó chän hîp phÇn ta cã c¸c c¸ch sau: 1. NhÊp tr¸i chuét vμo hîp phÇn ta muèn chän. NÕu c«ng cô lùa chän chän lªn mét ph©n tö, nã sÏ chän hîp phÇn gÇn nhÊt víi nã. 2. NhÊp ph¶i chuét vμo hîp phÇn ®Ó bá lùa chän nã. 3. Chän Muiltiple trong Select menu ®Ó chän nhiÒu mμ kh«ng ph¶i lo¹i bá bÊt kú lùa chän nμo tr−íc ®ã. 4. NhÊp tr¸i chuét vμo vïng trèng trªn mμn lμm viÖc ®Ó chän tÊt c¶ c¸c nguyªn tö trong hÖ ph©n tö. NhÊp ph¶i chuét vμo vïng trèng mμn lμm viÖc ®Ó lo¹i bá tÊt c¶ c¸c lùa chän. Hîp phÇn lùa chän ®−îc m« t¶ trªn dßng hiÖn tr¹ng: Sè thø tù t¹o hîp phÇn cã thÓ sÏ lμ 0 cho tÊt c¶ c¸c Number of hîp phÇn. residures selected §©y lμ tªn vμ thø tù nèi tiÕp cña hîp phÇn ta chän. Residure name and number Chän c¶ ph©n tö (Molecules) Khi ta tÝch chän Molecules, ®¬n vÞ lùa chän nhá nhÊt ®Ó chän ph©n tö riªng. H×nh thøc lùa chän nμy ho¹t ®éng cho ®Õn khi ta tÝch chän kiÓu chän kh¸c. C¸c kiÓu lùa chän ph©n tö gièng nh− ®èi víi lùa chän hîp phÇn vμ lùa chän nguyªn tö: 1. NhÊp tr¸i chuét lªn mét ph©n tö ®Ó chän nã. NÕu c«ng cô lùa chän ë gÇn hai ph©n tö th× nã sÏ chän ph©n tö gÇn nhÊt. 22
23.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Lo¹i bá lùa chän 1. NhÊp ph¶i chuét vμo nguyªn tö ®· chän, nÕu kh«ng muèn chän nguyªn tö ®ã n÷a. 2. NhÊp ph¶i chuét vμo gi÷a liªn kÕt nÕu muèn kh«ng chän liªn kÕt ®ã. 3. NhÊp ph¶i chuét vμo kho¶ng trèng trong trang lμm viÖc ®Ó lo¹i bá tÊt c¶ c¸c nguyªn tö ®· chän. Mμu s¾c biÓu diÔn khi lùa chän TÝch chän môc Select Color trong hép tho¹i Preferences. TÝch chän Thick line (§−êng ®Ëm) th× khi lùa chän c¸c ®−êng biÓu diÔn sù lùa chän sÏ ®Ëm h¬n: Chó ý: Khi ta chän c¸c mμu kh¸c th× khi lùa chän phÇn lùa chän sÏ cã 23
24.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 kiÓu mμu t−¬ng øng. Chän phÇn bï (Complement Selection) Ta thùc hiÖn chän phÇn bï ®Ó chän tÊt c¶ nh÷ng phÇn ch−a ®−îc chän vμ bá lùa chän ®èi víi phÇn ®· chän. C¸ch thùc hiÖn lμ nhÊp vμo Complement Selection trong Select menu. Hép tho¹i lùa chän (Select Dialog Box) Ta th−êng quan t©m ®Õn hép tho¹i lùa chän khi cã sù lùa chän ®Æc biªt, vÝ dô nh− chØ chän nguyªn tö nμo ®ã hoÆc chØ chän mét hîp phÇn nμo ®ã. Chän nguyªn tö víi gi¸ trÞ x¸c ®Þnh theo mét By string chuçi gi¸ trÞ kh¸c nhau. NhÊp tr¸i chuét vμo mét nót ®Ó xem chuçi gi¸ trÞ thÝch hîp trong « bªn ph¶i. Chuçi gi¸ trÞ kh¸c nhau m« t¶ tËp hîp c¸c nguyªn tö cã thÓ chän ®−îc nh− sau: Atom Symbol BiÓu t−îng nguyªn tè quy −íc cho mçi nguyªn tö, 24
25.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 nh− lμ C, N, O, F Tªn quy −íc cho mét nguyªn tö trong amino axit Atom Name hoÆc nucleic axit. ChØ ¸p dông cho cho tªn ®Þnh nghÜa trong c¸c mÉu ®èi víi c¸c thμnh phÇn cña ph©n tö lín. VÝ dô lμ CA, 1HA, 2HA ®èi víi cacbon alpha nèi víi hydro. KiÓu nguyªn tö trong c¬ häc ph©n tö nh− lμ CT, Atom Type HC Tªn cña mét hîp phÇn amino axit hoÆc nucleic Residue Name axit, nh− lμ GLY, ALA, TËp hîp hμm c¬ b¶n tÝnh theo Ab initio hoÆc DFT Basis Set quy cho nguyªn tö. VÝ dô: 6-31G*. Sù bÊt ®èi xøng, R hoÆc S, quy cho nguyªn tö bÊt Chirality ®èi. D·y c¸c phÇn lùa chän ®−îc ®Æt tªn tr−íc ®ã. D·y Named Selection nμy gåm cã c¸c lùa chän ®Þnh tr−íc nh− lμ LINE, POINT vμ PLANE, cã c¶ c¸c tªn theo biÓu t−îng nguyªn tè quy −íc nh− lμ C, N, O, F Lo¹i bá phÇn lùa chän ®−îc ®Æt tªn nμo ®ã khái Remove list. Chän mét nguyªn tö theo mét gi¸ trÞ x¸c ®Þnh By Number tõ mét d·y c¸c gi¸ trÞ sè kh¸c nhau. NhÊp tr¸i chuét vμo mét nót ®Ó chän kiÓu sè muèn chän sau ®ã ®¸nh gi¸ trÞ sè vμo c¸c « thÝch hîp ë bªn ph¶i. Chän nguyªn tö theo sè thø tù t¹o ra nã trong Atome Number ph©n tö. Chän hîp phÇn theo sè thø tù nèi tiÕp trong Residue Number ph©n tö. Theo thø tù t¹o ph©n tö. Molecule Number Theo khèi l−îng nguyªn tö Atomic Mass Theo sè thø tù nguyªn tö trong b¶ng hÖ thèng Atomic Number tuÇn hoμn. Theo ®iÖn tÝch nguyªn tö tÝnh trong c¬ häc Electric Charge l−îng tö. Chän theo c¨n bËc hai b×nh ph−¬ng trung b×nh RMS gradient cña gradient. Chän theo mËt ®é spin, dùa theo l−îng electron Spin Population alpha (h−íng lªn) vμ electrong beta(h−íng xuèng) 25
26.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Value Gi¸ trÞ sè dïng ®Ó ®Æt cho kiÓu lùa chän thÝch hîp. For Molecule(s) Chän tÊt c¶ c¸c ph©n tö, nÕu kh«ng tÝch th× sÏ giíi h¹n theo list. Chän theo chuçi (String) 1. Chän Select trong Select menu. 2. NhÊp tr¸i chuét chän By String trong hép tho¹i. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong c¸c nót thÝch hîp. 4. NhÊp tr¸i chuét vμo mét trong c¸c gi¸ trÞ biÓu diÔn ë « bªn ph¶i. 5. NhÊp OK ®Ó chän. Chän theo sè 1. Chän Select trong Select menu. 2. Chän By Number trong hép tho¹i. 3. TÝch chän vμo nót thÝch hîp ®Ó chän. 4. §¸nh gi¸ trÞ phï hîp theo kho¶ng hoÆc x¸c ®Þnh. 5. NÕu tÝch chän For Molecule (s) ®Ó x¸c ®Þnh mét tËp hîp hoÆc giíi h¹n c¸c ph©n tö. NÕu kh«ng tÝch chän tÊt c¶ c¸c ph©n tö lμ ngÇm ®Þnh. 6. NhÊp OK ®Ó chän. Tªn phÇn lùa chän (Name Selection) §Æt tªn phÇn lùa chän gióp ta dÔ dμng chän l¹i chóng vμo lÇn sau. Tªn phÇn lùa chän cã thÓ lμ: POINT, LINE, PLANE, REACTANT, PRODUCT, PLOT1, PLOT2, GHOST ATOMS, NMR ATOMS, QUANTUM ATOMS hoÆc tªn do ta ®Æt (tèi ®a 19 ký tù) T©m khèi cña c¸c nguyªn tö ®· chän. POINT §−êng th¼ng gi÷a hai hay nhiÒu nguyªn tö, hoÆc lμ LINE 26
27.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 trôc qu¸n tÝnh thø nhÊt. MÆt ph¼ng t¹o bëi trôc thø nhÊt vμ trôc qu¸n tÝnh thø PLANE hai cña c¸c nguyªn tö ®· chän Tªn phÇn c¸c nguyªn tö chÊt ph¶n øng. Dïng ®Ó t×m REACTANT tr¹ng th¸i chuyÓn tiÕp trong ph¶n øng. ChØ ho¹t ®éng khi ta chän mét nöa sè nguyªn tö trªn mμn lμm viÖc. Tªn c¸c nguyªn tö cña s¶n phÈm. Dïng ®Ó t×m tr¹ng PRODUCT th¸i chuyÓn tiÕp. Ho¹t ®éng ®ång thêi víi Reactant. Tªn chøa mét tËp hîp cña 2, 3 hay 4 nguyªn tö cïng PLOT1 x¸c ®Þnh mét ®é dμi liªn kÕt, mét gãc liªn kÕt hay mét xo¾n liªn kÕt ®Ó x¸c ®Þnh sù biÕn thiªn thÕ n¨ng trong kh«ng gian mét chiÒu hoÆc hai chiÒu. Dïng ®Ó x¸c ®Þnh sù biÕt thiªn thÕ n¨ng trong kh«ng PLOT2 gian hai chiÒu. Chøa tËp hîp c¸c nguyªn tö ®−îc coi lμ c¸c nguyªn tö GHOST mê (ma) khi tÝnh to¸n Ab initio hoÆc DFT. ATOMS Chøa c¸c nguyªn tö ®−îc quy cho spin nh©n vμ sö NMR ATOMS dông trong tÝnh to¸n HyperNMR. Chøa tËp hîp c¸c nguyªn tö ®−îc x¸c ®Þnh lμ c¸c QUANTUM nguyªn tö l−îng tö trong sù pha tréng gi÷a tÝnh to¸n ATOMS c¬ häc l−îng tö vμ c¬ häc ph©n tö (MM/QM). Tªn do ta ®Æt Other Xo¸ nguyªn tö Xo¸ mét nguyªn tö ®¬n hoÆc mét liªn kÕt ®¬n 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô vÏ trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp ph¶i chuét vμo nguyªn tö hoÆc vμo gi÷a liªn kÕt muèn xo¸. Khi ®ã nguyªn tö hoÆc liªn kÕt sÏ biÕn mÊt. Xo¸ nhiÒu nguyªn tö 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô chän trªn thanh c«ng cô. 2. Rª chuét chän nh÷ng nguyªn tö muèn xo¸. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo Clear (xo¸ s¹ch) trong Edit menu. Hép tho¹i xuÊt hiÖn hái cã thùc sù muèn xo¸ phÇn lùa chän kh«ng. 4. Chän Yes nÕu muèn xo¸. 5. Chän No nÕu kh«ng muèn xo¸. 27
28.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Copy nguyªn tö vμo bé nhí t¹m thêi (Clipboard) 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô chän trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo liªn kÕt hoÆc nguyªn tö muèn chän. 3. Chän Copy trong Edit menu. 4. Chän Paste trong Edit menu. Mét b¶n copy cña c¸c nguyªn tö ®· chän sÏ ®−îc d¸n vμo trong mμn lμm viÖc. §Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc cho nguyªn tö trong hÖ Ta hoμn toμn cã thÓ ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc cho mét nguyªn tö nμo ®ã trong ph©n tö. §iÖn tÝch h×nh thøc trong HyperChem ®Þnh s½n lμ c¸c gi¸ trÞ nguyªn. Nªó ta muèn ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc cho nguyªn tö nμo ®ã th× c¸ch lμm nh− sau: 1. Chän nguyªn tö muèn ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc. 2. NhÊp tr¸i chuét chän Set Formal Charge trong Build menu. Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn nh− sau: Ta cã thÓ ®Æt ®iÖn tÝch h×nh thøc thÝch hîp cho nguyªn tö ®· chän. 0-Neutral Trung tÝnh +1-Singly Positive D−¬ng mét -1-Singly Negative ¢m mét +2-Doubly Positive D−¬ng hai -2-Doubly Negative ¢m hai +3-Triply Positive D−¬ng ba -3-Triply Negative ¢m ba 28
29.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 NÕu nh− nhiÒu nguyªn tö ®−îc chän th× Set Formal Charge kh«ng ho¹t ®éng, khi ®ã ta cã kiÓu ®Æt ®iÖn tÝch kh¸c. Chó ý: §iÖn tÝch h×nh thøc chØ cã ý nghÜa biÓu diÔn, kh«ng cã gi¸ trÞ tÝnh to¸n. §Æt ®iÖn tÝch thùc HyperChem cã thÓ tÝnh to¸n ®iÖn tÝch cña tõng nguyªn tö riªng biÖt trong ph©n tö, nh−ng ta còng cã thÓ ®Æt ®iÖn tÝch theo ý muèn. C¸ch lμm nh− sau: 1. Chän nguyªn tö hay nhãm nguyªn tö muèn ®Æt ®iÖn tÝch. Hép tho¹i ®Æt ®iÖn tÝch xuÊt hiÖn: §¸nh gi¸ trÞ ®iÖn tÝch thÝch hîp mμ ta muèn. NhÊp OK ®Ó chän. Khi ®ã c¸c nguyªn tö ®· chän sÏ cã cïng ®iÖn tÝch mμ ta ®¸nh vμo. §Æt khèi l−îng nguyªn tö C¸ch lμm t−¬ng tù nh− ®Æt ®iÖn tÝch nguyªn tö ë trªn, b»ng c¸ch nhÊp tr¸i chuét vμo Set mass trong Build menu. §Æt ®é dμi liªn kÕt §Æt ®é dμi liªn kÕt cho phÐp ta ®Æt ®é dμi liªn kÕt ®· chän theo ý muèn. 1. NhÊp chän liªn kÕt muèn ®Æt l¹i ®é dμi. 2. NhÊp chän Set Bond Length trong Edit menu. §¸nh gi¸ trÞ muèn ®Æt vμo hép tho¹i lùa chän. NhÊp OK ®Ó thùc hiÖn thay ®æi ®é dμi liªn kÕt ®· chän. 29
30.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: Liªn kÕt chän ®Ó thay ®æi kh«ng ®−îc lμ liªn kÕt trong vßng. §Æt gãc liªn kÕt C¸ch lμm t−¬ng tù nh− ®Æt ®é dμi liªn kÕt trªn, nh−ng ta ph¶i chän gãc liªn kÕt vμ tÝch chän Set Bond Angle trong Edit menu ®Ó më hép tho¹i lùa chän. §Æt xo¾n liªn kÕt Ta còng thùc hiÖn nh− c¸ch ®Æt ®é dμi liªn kÕt trªn, nh−ng ta ph¶i chän bèn nguyªn tö liªn tiÕp t¹o gãc xo¾n muèn thay ®æi, tÝch chän Set Bond Torsion trong Edit menu. §Æt nh·n riªng Ta cã thÓ ghi chó nh·n tuú ý cho nguyªn tö lùa chän, c¸ch lμm t−¬ng tù nh− ®Æt ®iÖn tÝch nguyªn tö trªn. Ta tÝch chän Set Custom Label trong Build menu ®Ó më hép tho¹i vμ ®¸nh nh·n mμ m×nh muèn vμo ®ã. §Æt kiÓu nguyªn tö (Atom Type) KiÓu nguyªn tö chØ cã ý nghÜa khi ta thùc hiÖn tÝnh to¸n theo c¬ häc ph©n tö, kh«ng cã gi¸ trÞ g× khi ta tÝnh to¸n b¸n kinh nghiÖm. KiÓu nguyªn tö còng ®−îc ngÇm ®Þnh theo c¸c thiÕt lËp ®Þnh s½n nÕu ta kh«ng thay ®æi g×. Ta kh«ng nªn ®Æt l¹i kiÓu nguyªn tö nÕu kh«ng râ vÒ nã. C¸ch ®Æt kiÓu nguyªn tö nh− c¸ch ®Æt ®iÖn tÝch ë trªn, ta chän nguyªn tö muèn ®Æt l¹i kiÓu, tÝch chän Compile Type Rules trong Build menu. Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn vμ ta chän kiÓu nguyªn tö mμ m×nh mong muèn. §äc thªm: Atom types trang 177- ch−¬ng 11-quyÓn Computational Chemistry. Thay ®æi c¸c thuéc tÝnh h×nh häc C−ìng bøc h×nh häc Víi c¸c kiÓu c−ìng bøc trong HyperChem gióp ta uèn, thay ®æi gãc, ®é dμi liªn kÕt theo mong muèn. ViÖc c−ìng bøc nh− vËy lu«n ¶nh h−ëng ®Õn tÝnh to¸n vμ kÕt qu¶ cuèi cïng. Tuy nhiªn HyperChem kh«ng ph¶i lóc nμo còng 30
31.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 cho ta ®−îc ngay h×nh häc mong muèn, v× vËy ®©y lμ mét trong nh÷ng c«ng cô h÷u Ých. Chó ý: C−ìng bøc h×nh häc chØ ho¹t ®éng khi mét nguyªn tö ®−îc chän. §Ó c−ìng bøc h×nh häc ta lμm nh− sau: 1. Chän mét nguyªn tö trong hÖ. 2. TÝch chän Constrain Geometry trong Build menu. Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn: 3. TÝch chän h×nh thøc c−ìng bøc mμ ta muèn, nhÊp OK ®Ó chän. 4. Lo¹i bá lùa chän nguyªn tö. 5. NhÊp vμo Model Build ®Ó thùc hiÖn c−ìng bøc ®· chän. TÊt c¶ c¸c gãc liªn kÕt nèi víi nguyªn tö ®−îc chän sÏ chÞu c−ìng bøc. Chó ý: Ta còng cã thÓ bá nh÷ng c−ìng bøc võa thùc hiÖn b»ng c¸ch tÝch chän Computed trong hép tho¹i c−ìng bøc vμ nhÊp vμo Model Build trong Build Menu ®Ó x©y dùng l¹i cÊu tróc theo tr×nh x©y dùng. Kh«ng c−ìng bøc. Tr×nh x©y dùng quyÕt ®Þnh Computed h×nh häc. C−ìng bøc hai liªn kÕt t¹o gãc 1800.. Linear C−ìng bøc t¹o mÆt ph¼ng tam gi¸c, mçi cÆp Trigonal liªn kÕt t¹o gãc 1200. C−ìng bøc t¹o tø diÖn, mçi cÆp liªn kÕt t¹o Tetrahedral gãc 109.470. C−ìng bøc t¹o mÆt ph¼ng, mçi cÆp liªn kÕt Square Planar liÒn nhau t¹o t¹o gãc 900. T¹o hai chãp tam gi¸c chång lªn nhau. Bipyramidal T¹o b¸t diÖn. Octahedral 31
32.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C−ìng bøc ®é dμi liªn kÕt Ta cã thÓ giíi h¹n ®é dμi liªn kÕt theo ý muèn. C¸ch lμm nh− sau: 1. Chän liªn kÕt muèn thay ®æi ®é dμi. 2. NhÊp chän Constrain Bond Length trong Build menu. Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn: 3. TÝch chän Other vμ ®¸nh gi¸ trÞ ®é dμi mong muèn vμo. NhÊp OK ®Ó chän. 4. Bá chän liªn kÕt. 5. NhÊp chän Model Build trong Build menu ®Ó thùc hiÖn c−ìng bøc liªn kÕt. Chó ý: ViÖc c−ìng bøc liªn kÕt lu«n ¶nh h−ëng ®Õn tÝnh to¸n, ta chØ nªn ®Æt khi thÊy cÇn thiÕt. §Ó lo¹i bá c−ìng bøc ta chän l¹i liªn kÕt, tÝch chän Computed trong hép tho¹i c−ìng bøc vμ thùc hiÖn nh− víi c¸ch c−ìng bøc trªn. C−ìng bøc gãc liªn kÕt §Ó c−ìng bøc gãc liªn kÕt nμo ®ã ta lμm nh− sau: 1. Chän gãc liªn kÕt muèn thay ®æi. 2. Chän Constrain Bond Angle trong Build menu. 32
33.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn: 3. TÝch chän kiÓu gãc muèn thay ®æi. NhÊp OK ®Ó chän. 4. Bá chän gãc liªn kÕt. 5. NhÊp chän Model Build ®Ó thùc hiÖn c−ìng bøc. Chó ý: ViÖc c−ìng bøc gãc liªn kÕt cã ¶nh h−ëng ®Õn gi¸ trÞ tÝnh to¸n. §Ó lo¹i bá c−ìng bøc ta lμm t−¬ng tù nh− khi c−ìng bøc nh−ng tÝch chän Computed trong hép tho¹i lùa chän. C¸c kiÓu lùa chän gãc nh− sau: Computed Kh«ng c−ìng bøc 1800 Linear 1200 Trigonal 109.470 Tetrahedral 900 Orthogonal Tuú ®Æt gi¸ trÞ tõ –3600 ®Õn +3600 Other C−ìng bøc liªn kÕt xo¾n C¸ch lμm t−¬ng tù nh− kiÓu c−ìng bøc gãc liªn kÕt trªn. Tuy nhiªn ë ®©y ta ph¶i chän liªn kÕt xo¾n gåm Ýt nhÊt bèn nguyªn tö. Hép tho¹i lùa chän c−ìng bøc nh− sau: 33
34.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C¸c kiÓu lùa chän: Computed Kh«ng c−ìng bøc C−ìng bøc 1800 Trans 00 Cis 600 Gauche+ -600 Gauche- Tuú gi¸ trÞ ®Æt vμo tõ –1800 ®Õn Other +1800 34
35.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Bμi 3. T¹o nh÷ng ph©n tö nhá trong kh«ng gian hai chiÒu (2D) vμ ba chiÒu (3D). • C¸ch vÏ ph©n tö trong kh«ng gian hai chiÒu. • HiÖu chØnh liªn kÕt vμ c¸c nguyªn tö. • BiÓu diÔn ph©n tö trªn kh«ng gian ba chiÒu. • L−u cÊu tróc ph©n tö. VÏ ph©n tö trªn kh«ng gian hai chiÒu 1. NhÊp hai lÇn liªn tiÕp tr¸i chuét (Double-click) vμo c«ng cô vÏ. Hép tho¹i lùa chän nguyªn tè sÏ hiÖn ra. 2. TÝch (4) trong phÇn Allow Arbitrary Valence, vμ bá tÝch trong ph©n Explicit Hydrogens. NÕu ta kh«ng bá tÝch Explicit Hydrogens, th× hydro lu«n tù ®éng thªm vμo. 3. Chän nguyªn tè muèn vÏ, ë ®©y lÊy vÝ dô chän Carbon. 4. NhÊp tr¸i chuét, gi÷ vμ rª ®Õn c¸c ®iÓm theo c«ng thøc ph©n tö muèn vÏ. 35
36.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 L−u bøc vÏ vμo trong mét File Tr−íc khi thùc hiÖn söa ®æi bøc vÏ, ta h·y l−u bøc vÏ l¹i. §iÒu nμy gióp ta kh«ng ph¶i vÏ l¹i bøc vÏ ban ®Çu nÕu trong qu¸ tr×nh chØnh söa bÞ háng. C¸ch l−u nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Save (l−u) trong File menu. HyperChem sÏ hiÖn lªn hép tho¹i cã d¹ng nh− sau: 2. §¸nh tªn file mμ b¹n muèn ®Æt vμo môc File name. 3. §Æt kiÓu ®u«i HIN ®Ó l−u d¹ng ¶nh trong phÇn Save as type. 4. NhÊp tr¸i chuét vμo nót Save ®Ó l−u file. Lóc nμy hép tho¹i l−u tù ®éng tho¸t vμ ta ®· cã ®−îc h×nh ¶nh ph©n tö hiÖn t¹i ®· l−u. 5. Nh÷ng thao t¸c lóc sau trªn ph©n tö ®· vÏ, muèn l−u ta chØ viÖc nhÊp vμo Save. NÕu muèn l−u vμo tªn file kh¸c th× ta nhÊp vμo Save as trong File menu. Thay ®æi h×nh thøc liªn kÕt ViÖc söa ®æi gióp ta cã thÓ biÓu diÔn ph©n tö cã chøa c¸c liªn kÕt ®«i, ba hay lμ t¹o vßng benzen. 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô vÏ. 2. §Ó t¹o liªn kÕt ®«i ta chØ viÖc nhÊp tr¸i chuét vμo gi÷a liªn kÕt ®¬n ®· t¹o ra tr−íc ®ã. 36
37.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 3. T¹o liªn kÕt ba b»ng c¸ch nhÊp tiÕp tr¸i chuét vμo liªn kÕt ®«i ®· t¹o ra. 4. Chó ý: Muèn söa trë l¹i thμnh liªn kÕt ®¬n ta chØ viÖc lÇn l−ît nhÊp ph¶i chuét vμo gi÷a liªn kÕt ®«i, ba ®· t¹o ra.T¹o vßng benzen b»ng c¸ch nhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo m¹ch vßng. 37
38.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 BiÓu diÔn nguyªn tö d−íi c¸c d¹ng nh·n kh¸c nhau Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn c¸c nguyªn tö trªn trang lμm viÖc d−íi d¹ng biÓu t−îng, tªn, ®iÖn tÝch, khèi l−îng cña nã. C¸ch biÓu diÔn nh·n nguyªn tö 1.NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display menu. Hép tho¹i nh·n (label) hiÖn ra nh− sau: 38
39.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 2. TÝch vμo kiÓu nh·n mμ ta muèn biÓu diÔn. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo OK ®Ó chän. NÕu ta chän kiÓu biÓu t−îng (symbol) th× trªn mμn lμm viÖc c¸c nguyªn tö sÏ ®−îc biÓu diÔn d−íi d¹ng biÓu t−îng. ChØnh söa c¸c nguyªn tö NÕu trong ph©n tö ®· vÏ, ta muèn thay ®æi nguyªn tè nμy thμnh nguyªn tè kh¸c th× c¸ch lμm nh− sau. 1. NhÊp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô vÏ trªn thanh c«ng cô. B¶ng c¸c nguyªn tè sÏ hiÖn ra. 2. Chän nguyªn tè muèn thay thÕ. VÝ dô chän oxi. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö muèn thay thÕ trong ph©n tö ®· vÏ. VÝ dô nh− cacbon. 39
40.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Nguyªn tö cacbon sÏ ®−îc thay thÕ b»ng nguyªn tö oxi. Thªm nhanh hydro cßn thiÕu §Ó nhanh chãng thªm nh÷ng hydro cßn thiÕu trong ph©n tö ta cã thÓ thùc hiÖn dÔ dμng, cÊu tróc sau khi thªm hydro nhanh sÏ ë d¹ng kh«ng gian ba chiÒu. C¸ch lμm nh− sau. 1. NhÊp tr¸i chuét chän Add H & Model Build trong Build menu. HyperChem sÏ thùc hiÖn biÓu diÔn ph©n tö ta vÏ trªn kh«ng gian ba chiÒu vμ tù ®éng thªm nh÷ng hydro cßn thiÕu. 40
41.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 NÕu vÉn kh«ng thÊy hydro xuÊt hiÖn th× h·y tÝch (4) chän Show Hydrogens trong Display menu. 41
42.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Bμi 4. DÞch chuyÓn, quay vμ biÓu diÔn hÖ ph©n tö theo tû lÖ mμn lμm viÖc. • DÞch chuyÓn ph©n tö theo c¸c trôc. • Quay ph©n tö theo c¸c trôc. • Phãng to, thu nhá. • ChuyÓn ph©n tö thμnh nh÷ng l¸t nhá theo trôc z. HÖ to¹ ®é trong HyperChem HyperChem cã hai hÖ to¹ ®é ®Ó biÓu diÔn ph©n tö: HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t vμ hÖ to¹ ®é ph©n tö. Mçi hÖ to¹ ®é ®Òu cã c¸c trôc to¹ ®é Decac x, y vμ z. HÖ to¹ ®é ph©n tö tuú thuéc vμo ph©n tö , do ®ã khi dÞch chuyÓn ph©n tö th× hÖ to¹ ®é còng thay ®æi theo. Cßn hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t lμ kh«ng ®æi trong HyperChem, nã ®−îc biÓu diÔn nh− h×nh trªn. Trong HyperChem khi ta sö dông c¸c c«ng cô ta dïng nhÊp tr¸i chuét ®Ó dÞch chuyÓn, quay lμ thùc hiÖn theo hÖ to¹ ®é ng−êi quan s¸t, viÖc dÞch chuyÓn nμy x¶y ra cho toμn bé hÖ ph©n tö. Ta dïng ph¶i chuét ®Ó dÞch chuyÓn, quay theo hÖ to¹ ®é ph©n tö. ViÖc dÞch chuyÓn nμy chØ x¶y ra ®èi víi c¸c nguyªn tö, hîp phÇn, ph©n tö ®−îc chän. 42
43.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t (Viewer’s Coordinate System) ®Þnh râ vÞ trÝ cña c¸c nguyªn tö liªn hÖ víi ta, ng−êi quan s¸t. HÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t g¾n víi d¹ng h×nh häc mμn h×nh. Trôc y th¼ng ®øng, trôc x n»m ngang, trôc z th¼ng gãc víi mÆt ph¼ng mμn h×nh. Trong hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t, ta cã thÓ di chuyÓn ph©n tö mμ kh«ng lμm thay ®æi c¸c to¹ ®é nguyªn tö. Víi c¸c c«ng cô trong HyperChem, ta dïng tr¸i chuét ®Ó dÞch chuyÓn c¸c ph©n tö theo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t. C¸c ph©n tö dÞch chuyÓn nh− ta ®nag thay ®æi vÞ trÝ quan s¸t cña m×nh. Sù dÞch chuyÓn ¶nh h−ëng lªn toμn bé hÖ ph©n tö. Víi mét sè hép tho¹i lùc chän cña HyperChem, nh− lμ Align Viewer (§Æt th¼ng ng−êi quan s¸t), sù dÞch chuyÓn lμ tù ®éng theo to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t nÕu kh«ng cã nguyªn tö nμo ®−îc chän. Khi ta t¹o mét ph©n tö ®Çu tiªn, HyperChem ®Æt th¼ng hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t vμ hÖ to¹ ®é cña ph©n tö do ®ã c¸c trôc x, y vμ z lμ t−¬ng ®−¬ng nhau. Khi ta dÞch chuyÓn ph©n tö, c¸c hÖ to¹ ®é kh«ng cßn t−¬ng ®−¬ng nhau n÷a. Dïng Align Viewer trong Edit menu ®Ó dÞch chuyÓn hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t ®Ó nã t−¬ng øng víi hÖ to¹ ®é cña ph©n tö. Khi ta l−u hÖ ph©n tö vμo file HIN, HyperChem còng l−u c¶ hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t. Khi më l¹i file nμy ta sÏ cã ®óng hÖ to¹ ®é ®· l−u. HÖ to¹ ®é cña ph©n tö HÖ to¹ ®é cña ph©n tö g¾n liÒn víi hÖ ph©n tö vμ ®Þnh râ to¹ ®é cña c¸c nguyªn tö, c¸c täa ®é nμy ®−îc sö dông trong tÊt c¶ c¸c tÝnh to¸n ho¸ häc cña HyperChem. Ta cã thÓ x¸c ®Þnh to¹ ®é ph©n tö cña bÊt kú nguyªn tö nμo b»ng c¸ch lùa chän nguyªn tö ®ã. To¹ ®é cña nguyªn tö ®−îc chän xuÊt hiÖn trªn dßng hiÖn tr¹ng (status line). Víi c¸c c«ng cô cña HyperChem, ta dÞch chuyÓn c¸c nguyªn tö theo hÖ to¹ ®é ph©n tö b»ng c¸ch sö dông nót ph¶i chuét. ViÖc dÞch chuyÓn nμy chØ t¸c ®éng lªn c¸c nguyªn tö, hîp phÇn, vμ c¸c ph©n tö ®−îc chän. C«ng cô (Tool) Chøc n¨ng cña nót ph¶i chuét 43
44.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Quay theo XY ChØ quay khi c¶ ph©n tö ®−îc chän. Quay theo Z ChØ quay c¶ ph©n tö hay nh¸nh cã thÓ quay ®−îc. DÞch chuyÓn theo XY DÞch chuyÓn c¸c nguyªn tö hay ph©n tö ®· chän.(a) DÞch chuyÓn theo Z DÞch chuyÓn c¸c nguyªn tö hay ph©n tö ®· chän.(a) a. Chøc n¨ng cña nót ph¶i ®−îc giíi h¹n cho toμn bé ph©n tö nÕu Whole molecule translation trong môc Tool cña hép tho¹i Preferences (trong File menu) ®−îc tÝch chän. Víi c¸c hép tho¹i cña HyperChem, nh− lμ Align Molecules, sù dÞch chuyÓn tù ®éng theo hÖ to¹ ®é cña ph©n tö. Trôc qu¸n tÝnh §èi víi c¸c nguyªn tö hay c¶ hÖ ph©n tö ®−îc chän, HyperChem cã thÓ tÝnh to¸n sù chuyÓn ®éng theo qu¸n tÝnh vμ c¶ c¸c trôc qu¸n tÝnh. HyperChem b¸o sù chuyÓn ®éng theo qu¸n tÝnh trªn dßng hiÖn tr¹ng vμ biÓu diÔn c¸c trôc qu¸n tÝnh lμ c¸c ®−êng nÐt ®øt, cè ®Þnh trong hÖ to¹ ®é cña ph©n tö. Cã ba sù chuyÓn ®éng vμ ba trôc (trôc thø nhÊt, thø hai vμ thø ba) thùc hiÖn chøc n¨ng theo vÞ trÝ vμ khèi l−îng cña c¸c nguyªn tö. C¸c trôc qu¸n tÝnh phô thuéc vμo hÖ ph©n tö vμ kh«ng phô thuéc vμo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t lÉn hÖ to¹ ®é cña ph©n tö. TÝch chän Show inertial Axes trong Display menu ®Ó biÓu diÔn c¸c trôc qu¸n tÝnh. Cã sù trùc dao (vu«ng gãc) vμ ®−îc ®¸nh sè thø tù 1, 2 vμ 3 cho c¸c trôc thø nhÊt, thø hai vμ thø ba riªng. C¸c trôc vÉn hiÖn trªn mμn lμm viÖc cho ®Õn khi ta bá tÝch Show inertial Axes trong Display menu. Trôc qu¸n tÝnh thø nhÊt th−êng biÓu thÞ kho¶ng c¸ch dμi nhÊt qua hÖ ph©n tö, vμ trôc qu¸n tÝnh thø ba biÓu thÞ kho¶ng c¸ch ng¾n nhÊt. 44
45.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 HyperChem dïng c¸c trôc qu¸n tÝnh ®Ó bè trÝ c¸c ph©n tö (Xem “§Æt ph©n tö th¼ng trôc: Align Molecules”) trªn mμn lμm viÖc vμ khi ®Þnh râ POINT, LINE vμ PLANE (xem phÇn chän: Select). Nh÷ng sù ®Þnh râ nμy lμ trong c¸c sè h¹ng cña c¸c trôc qu¸n tÝnh. POINT §iÓn giao nhau cña c¸c trôc qu¸n tÝnh t¹i t©m khèi cña c¸c nguyªn tö ®· chän. LINE Trôc thø hai cña c¸c nguyªn tö ®· chän. (1) PLANE MÆt ph¼ng h×nh thμnh tõ trôc thø nhÊt vμ trôc thø hai, vu«ng gãc (trùc giao) víi trôc thø ba cña c¸c nguyªn tö ®· chän. (1) Trôc thø nhÊt øng víi gi¸ trÞ ®Æc tr−ng nhá nhÊt trong sù chuyÓn ®éng cña ma trËn qu¸n tÝnh. 45
46.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 §Æt chÕ ®é lμm viÖc cho c¸c c«ng cô TÝch chän Preferences trong File menu. TÝch chän môc Tool trong hép tho¹i Preferences. H×nh ¶nh hép tho¹i lóc nμy cã d¹ng nh− sau: C¸c lùa chän gióp ta trong qu¸ tr×nh sö dông c¸c c«ng cô quay, phãng to, dÞch chuyÓn trªn mμn lμm viÖc. Gi¸ trÞ ®Æt cho viÖc di chuyÓn chuét tõ mÐp nμy ®Õn mÐp ®èi diÖn trong mμn lμm viÖc. XY rotation NÕu ta ®Æt lμ 360 th× khi dÞch chuyÓn tõ mÐp nμy ®Õn mÐp ®èi diÖn ph©n tö sÏ quay ®−îc 3600. Môc nμy ®Æt ®−îc gi¸ trÞ tõ > 0 ®Õn 36000. §Æt ®−îc gi¸ trÞ tõ > 0 ®Õn 36000. Z rotation §Æt ®−îc gi¸ trÞ tõ > 0 ®Õn 1000A0. Z translation Zoom §Æt ®−îc tû lÖ tõ > 0 ®Õn 1000 lÇn. Clip §Æt ®−îc ®é dμi dÞch chuyÓn mÆt c¾t tõ > 0 ®Õn 1000A0. Fast Khi tÝch chän, gióp ta chuyÓn dÞch nhanh h×nh ¶nh hÖ translation ph©n tö. NÕu ta tÝch chän môc nμy th× khi dïng c«ng cô hay hép Whole tho¹i ®Òu dÞch chuyÓn ®−îc c¶ ph©n tö. NÕu kh«ng tÝch molecule chän thi khi dÞch chuyÓn theo to¹ ®é cña ph©n tö sÏ chØ translation dÞch chuyÓn ®−îc phÇn lùa chän trong ph©n tö. (DÞch chuyÓn ®Ó quan s¸t lμ nh− nhau khi ta tÝch hay kh«ng tÝch, chØ cã sù kh¸c nhau khi dÞch chuyÓn theo to¹ ®é ph©n tö) 46
47.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: T−¬ng tù ta còng ®Æt ®−îc chÕ ®é cho c¸c c«ng cô khi sö dông bμn phÝm b»ng c¸ch ®Æt c¸c lùa chän trong môc Key cña hép tho¹i Preferences. NghÞch chuyÓn (Invert: chuyÓn (ho¸) thμnh) NghÞch chuyÓn tiÕn hμnh chuyÓn ho¸ h×nh häc ph©n tö (nghÞch chuyÓn) qua mét ®iÓm (POINT). POINT lμ t©m khèi cña mét hay nhiÒu nguyªn tö ®· chän. Sö dông hép tho¹i Name Selection trong Select menu ®Ó x¸c ®Þnh POINT. NÕu to¹ ®é cña mét nguyªn tö lμ x, y vμ z (liªn hÖ víi POINT), Invert chuyÓn chóng thμnh –x, -y vμ -z. Khi ta thiÕt lËp mét POINT, ta cã thÓ nghÞch chuyÓn bÊt kú nguyªn tö nμo ®· chän, hoÆc nÕu kh«ng cã lùa chän th× sÏ nghÞch chuyÓn c¶ hÖ ph©n tö. Chó ý: Invert chuyÓn qua mμu x¸m ho¹t ®éng ®−îc khi hÖ ®· chän POINT trong Name Selection. §Ó nghÞch chuyÓn c¸c nguyªn tö vμ ph©n tö ta lμm nh− sau: 1. Chän mét hoÆc nhiÒu nguyªn tö ®Þnh nghÞch chuyÓn POINT. 2. Chän Name Selection trong Select menu. Sau ®ã tÝch chän POINT trong hép tho¹i nμy vμ nhÊp OK ®Ó chän. 3. Bá chän tÊt c¶ c¸c nguyªn tö. 4. Chän Invert trong Edit menu. Chó ý: NÕu ta nghÞch chuyÓn c¸c nguyªn tö chän trong mét ph©n tö HyperChem chØ nghÞch chuyÓn c¸c nguyªn tö nμy vμ cã thÓ bãp mÐo c¸c liªn kÕt nèi víi c¸c nguyªn tö ®ã tõ phÇn ®øng yªn cña ph©n tö. Ta nªn ®Æt Chirality trong hép tho¹i Labels ®Ó dÔ dμng quan s¸t sù nghÞch chuyÓn. VÝ dô: nghÞch chuyÓn amino axit alanine. Khi ®ã carbon alpha lμ mét t©m bÊt ®èi, sù nghÞch chuyÓn thay ®æi sù bÊt ®èi cña nguyªn tö nμy. 47
48.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Ta còng cã thÓ dïng sù nghÞch chuyÓn ®Ó nghÞch chuyÓn cÊu h×nh d¹ng ghÕ vÒ d¹ng thuyÒn. Ph¶n chiÕu (Reflect) Ph¶n chiÕu tiÕn hμnh chuyÓn ho¸ h×nh häc ph©n tö (sù ph¶n chiÕu) qua mét mÆt ph¼ng (PLANE). Sù chuyÓn ho¸ ph©n tö nμy cã thÓ t¹o ra mét h×nh ¶nh qua g−¬ng c¸c nguyªn tö hoÆc toμn bé ph©n tö ®· chän. NÕu PLANE lμ mÆt ph¼ng XY, khi ®ã Reflect chuyÓn to¹ ®é cña nguyªn tö tõ x, y vμ z (liªn hÖ víi PLANE) thμnh x, y vμ -z. Sö dông hép tho¹i Name Selection ®Ó ®Þnh râ PLANE. PLANE lμ mÆt ph¼ng ®−îc x¸c ®Þnh theo trôc qu¸n tÝnh thø nhÊt vμ thø hai cña c¸c nguyªn tö. Ph¶n chiÕu t¸c ®éng lªn c¸c ph©n tö ®−îc chän, hoÆc nÕu kh«ng chän th× nã t¸c ®éng lªn toμn bé hÖ ph©n tö. NÕu c¸c nguyªn tö ®−îc ph¶n chiÕu cã mét hay nhiÒu t©m bÊt ®èi, HyperChem lμm thay ®æi sù bÊt ®èi cña chóng. Chó ý: Ph¶n chiÕu chuyÓn qua mμu x¸m ho¹t ®éng ®−îc khi hÖ ph©n tö cã phÇn lùa chän víi tªn lμ PLANE. Ta nªn ®Æt Chirality trong hép tho¹i Labels ®Ó dÔ quan s¸t sù thay ®æi. §Ó ph¶n chiÕu c¸c nguyªn tö vμ ph©n tö ta lμm nh− sau: 1. Chän Ýt nhÊt ba nguyªn tö ®Ó ph¶n chiÕu PLANE. 2. Chän Name Selection trong Select menu. TÝch chän PLANE trong hép tho¹i vμ nhÊp OK ®Ó chän. 3. Bá lùa chän c¸c nguyªn tö. 4. Chän Reflect trong Edit menu. 48
49.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 VÝ dô: Ph¶n chiÕu mét nhãm bªn cña cyclohexane: DÞch chuyÓn ph©n tö theo trôc xy Ta cã thÓ dïng c«ng cô dÞch chuyÓn ®Ó dÞch chuyÓn ph©n tö ®Õn c¸c vÞ trÝ trªn mμn h×nh theo c¸c trôc X vμ Y. C¸ch tiÕn hμnh nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô dÞch chuyÓn. 2. Di chuyÓn con trá lªn mμn lμm viÖc. 3. NhÊp tr¸i chuét, gi÷ vμ rª ph©n tö ®Õn vÞ trÝ míi. 4. NÕu muèn dÞch chuyÓn ®Õn to¹ ®é cô thÓ ta cã thÓ dïng hép tho¹i ®Ó lùa chän. Cã hai c¸ch ®Ó lμm xuÊt hiÖn hép tho¹i nμy: 49
50.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 - NhÊp tr¸i chuét chän Translation trong Edit menu. - NhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô dÞch chuyÓn. Hép tho¹i xuÊt hiÖn nh− sau: 5. NhÊp tr¸i chuét vμo tõng lùa chän dx, dy, dz vμ ®¸nh sè thÝch hîp vμo ®ã. Cã thÓ dÞch chuyÓn gi÷a c¸c phÇn lùa chän kh¸c nhau ®Ó ®¸nh sè b»ng c¸c nhÊp phÝm Tab trªn bμn phÝm. 6. NhÊp OK ®Ó chän sau khi ®· ®¸nh c¸c sè theo ý muèn. C¸c môc trong hép tho¹i dÞch chuyÓn: DÞch chuyÓn toμn bé ph©n tö trong mμn lμm viÖc, Translate nh−ng cho phÐp to¹ ®é c¸c nguyªn tö kh«ng thay Viewer ®æi. §©y gièng nh− dïng nót tr¸i chuét víi c«ng (chuyÓn dÞch cô dÞch chuyÓn trªn mμn lμm viÖc. quan s¸t) L−îng chuyÓn sang ph¶i, A0. dx L−îng chuyÓn lªn trªn, A0. dy L−îng chuyÓn ra phÝa ng−êi quan s¸t, A0. dz ChuyÓn t©m khèi cña c¸c nguyªn tö ®−îc chän Translate ®Õn mét ®iÓm míi, lμm thay ®æi to¹ ®é nguyªn tö. Selection §©y gi«ng nh− dïng ph¶i chuét víi c«ng cô dÞch (ChuyÓn phÇn chuyÓn trªn mμn lμm viÖc. NÕu chØ mét phÇn ph©n lùa chän) tö ®−îc chän, vμ kh«ng cã tÝch chän Whole Molecule translation (trong môc Tool cña hép tho¹i Preferences) th× HyperChem sÏ chØ dÞch chuyÓn phÇn lùa chän. POINT DÞch chuyÓn ph©n tö hoÆc c¸c nguyªn tö ®· chän ®Õn POINT (®iÓm) x¸c ®Þnh trong hép tho¹i Name Selection. Origin DÞch chuyÓn ph©n tö hoÆc c¸c nguyªn tö ®· chän ®Õn hÖ to¹ ®é ban ®Çu. 50
51.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Other DÞch chuyÓn ph©n tö hoÆc c¸c nguyªn tö ®· chän ®Õn to¹ ®é míi do ta ®Æt. DÞch chuyÓn theo trôc Z Trong HyperChem thiÕt kÕ c«ng cô ®Ó ta dÞch chuyÓn nhanh ph©n tö theo trôc XY riªng vμ trôc Z riªng. Tuy nhiªn c¸ch lμm ®Òu gièng nhau. Nh−ng hép tho¹i ®Ó lùa chän cô thÓ to¹ ®é muèn dÞch chuyÓn lμ nh− nhau. C«ng cô dÞch chuyÓn nhanh theo trôc Z cã d¹ng sau: Chó ý: §Ó ®−a ph©n tö ®· dÞch chuyÓn trë l¹i trung t©m mμn lμm viÖc ta chØ cÇn nhÊp vμo phÝm trªn bμn phÝm. Sù dÞch chuyÓn chØ cã t¸c dông khi ta dÞch chuyÓn c«ng cô sao cho ph−¬ng däc theo c«ng cô lu«n song song víi trôc z ngÇm ®Þnh cña HyperChem, ®iÒu ®ã cã nghÜa lμ ta ph¶i dÞch chuyÓn c«ng cô lªn xuèng theo trôc th¼ng ®øng (trôc Y). Sö dông c«ng cô phãng to §«i khi ph¶i xem chi tiÕt vÞ trÝ nμo ®ã trªn ph©n tö ta cÇn phãng to vÞ trÝ ®ã, còng cã khi ta muèn xem toμn bé hÖ th× l¹i ph¶i thu nhá võa ph¶i. Do ®ã viÖc sö dông c«ng cô phãng to, thu nhá lμ cÇn thiÕt. C¸ch sö dông c«ng cô phãng to (zoom tool) 51
52.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 1. NhÊn phÝm Shift ®ång thêi nhÊp tr¸i chuét vμo gÇn ®Ønh ph¶i cña biÓu t−îng phãng to, gi÷ nh− vËy cho ®Õn khi ph©n tö trªn mμn h×nh nhá nh− mong muèn. 2. §Ó phãng to ta còng lμm t−¬ng tù nh−ng lóc nμy nhÊp tr¸i chuét vμo gãc d−íi bªn tr¸i cña biÓu t−îng phãng to. Ph©n tö ®−îc phãng to cã d¹ng nh−: Chó ý: chØ sö dông ®−îc víi phÝm Shift khi HyperChem trªn m¸y lμ cμi ®Æt. §èi víi phÇn mÒm chØ ®−îc copy gi÷a c¸c m¸y th× kh«ng thùc hiÖn ®−îc nh− vËy mμ ta ph¶i dïng c¸c ph−¬ng ph¸p kh¸c. Ta còng cã thÓ phãng to hay thu nhá b»ng c¸ch ®iÒu khiÓn trùc tiÕp chuét hoÆc sö dông hép tho¹i ®Ó chän kÝch cì cô thÓ. 1. Thao t¸c b»ng chuét - NhÊp tr¸i chuét vμo biÓu t−îng phãng to. - Di chuyÓn con trá xuèng mμn lμm viÖc. - NhÊp tr¸i chuét vμ rª theo ph−¬ng to-nhá cña biÓu t−îng ®Ó phãng to hay thu nhá ph©n tö. 2. Sö dông hép tho¹i - Ta nhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo biÓu t−îng phãng to trªn thanh c«ng cô hoÆc nhÊp vμo Zoom trong Edit menu. Hép tho¹i lùa chän hiÖn ra. - §¸nh vμo kÝch cì mμ ta muèn phãng to hay thu nhá. - NhÊp OK ®Ó chän. 52
53.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 +Zoom Factor: hÖ sè phãng to. §Æt ph©n tö trë l¹i t©m vμ biÓu diÔn theo tû lÖ Khi mét hÖ ph©n tö ®−îc më tõ File, nã ®−îc biÓu diÔn ë t©m mμn lμm viÖc theo kÝch cì chuÈn ®Þnh s½n. Nh−ng do qu¸ tr×nh thao t¸c lμm lÖch vÞ trÝ ban ®Çu cña nã ®i. Nh−ng ta hoμn toμn cã thÓ ®−a nã trë l¹i t©m mμn lμm viÖc víi tû lÖ chuÈn ®Þnh s½n. C¸ch lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét chän Scale to Fit trong Display menu, hoÆc nhÊp nót Spacebar trªn bμn phÝm. Ph©n tö sÏ ®−îc ®−a trë l¹i kÝch cì ban ®Çu vμ nã ®−îc ®Æt vμo t©m mμn lμm viÖc. Chó ý: Ta cã thÓ ®−a ph©n tö trë l¹i t©m víi kÝch cì chuÈn ban ®Çu b»ng c¸ch chän gi¸ trÞ 1 trong hép tho¹i cña c«ng cô phãng to. Quay ph©n tö theo ph−¬ng XY §Ó quay ph©n tö theo c¸c trôc x, y ta dïng c«ng cô quay. C¸ch lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô quay theo trôc XY. 2. Di chuyÓn con trá xuèng mμn lμm viÖc. 3. NhÊp tr¸i chuét, gi÷ vμ rª theo ph−¬ng x, y mμ ta muèn xoay ph©n tö. H×nh ¶nh trªn mμn h×nh cã d¹ng nh− sau: 53
54.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Quay ph©n tö theo trôc Z §Ó quay ph©n tö theo trôc z ta sö dông c«ng cô quay theo trôc z. C¸ch lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô quay theo trôc z. 2. §−a con trá xuèng mμn h×nh. 3. NhÊp tr¸i chuét vμ rª qua tr¸i hay ph¶i ®Ó xoay ph©n tö theo ý muèn. 54
55.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: Rª chuét theo chiÒu lªn xuèng kh«ng cã t¸c dông g× trong c¸ch quay nμy. Ta còng cã thÓ sö dông hép tho¹i lùa chän ®Ó quay. ViÖc nμy thùc hiÖn b»ng c¸ch nhÊp chän Rotate trong Edit menu hoÆc nhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô quay trªn thanh c«ng cô ®Ó hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn. Hép tho¹i lùa chän quay: Rotate About Ta cã thÓ quay c¸c nguyªn tö lùa chän, hoÆc kh«ng lùa chän, hoÆc c¶ hÖ ph©n tö quanh mét trôc theo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t hay hÖ to¹ ®é ph©n tö, hoÆc quanh mét LINE (®−êng). LINE lμ phÇn lùa chän ®−îc ®Æt tªn phô thuéc vμo hÖ ph©n tö. NÕu ta kh«ng thÓ quay c¸c nguyªn tö ®· chän, HyperChem biÓu diÔn mét dßng th«ng tin trªn thanh hiÖn tr¹ng. X Axis Lμ trôc trong mÆt ph¼ng n»m ngang cña mμn h×nh Y A xis Trôc trong mÆt ph¼ng th¼ng ®øng cña mμn h×nh Z Axis Trôc vu«ng gãc víi mÆt ph¼ng mμn h×nh LINE Lμ tªn cña phÇn lùa chän. Ta dïng Name Selection ®Ó ®Æt LINE chon hÖ ph©n tö. §Æt gãc quay. Gi¸ trÞ thay ®æi tõ –360 ®Õn +3600 Angle Apply to Quay c¸c nguyªn tö ®· chän hay toμn bé hÖ ph©n tö theo c¸c c¸ch: Molecules Quay theo hÖ to¹ ®é cña ph©n tö, lμm thay ®æi to¹ ®é cña c¸c nguyªn tö. Viewer Quay theo hÖ to¹ ®é cña ng−êi quan s¸t, to¹ ®é cña c¸c nguyªn tö kh«ng ®æi. C¾t ph©n tö thμnh tõng l¸t nhá theo trôc Z 55
56.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Víi c«ng cô c¾t ph©n tö theo trôc z sÏ gióp cho ta quan s¸t kü h¬n bªn trong ph©n tö tõ nh÷ng l¸t c¾t nhá C¸ch lμm nh− sau 1. Xoay ph©n tö b»ng c«ng cô xoay sao cho khi c¾t ta dÔ quan s¸t. 2. NhÊp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô c¾t theo trôc Z, hoÆc nhÊp tr¸i chuét vμo Z Clip trong Edit menu. Hép tho¹i lùa chän xuÊt hiÖn: 3. Ta cã thÓ kÐo thanh cuén hoÆc chän chØ sè thÝch hîp ®Ó c¾t ph©n tö theo ý muèn. Sau khi chän c¾t xong ta nhÊp OK ®Ó thùc hiÖn. H×nh ¶nh ph©n tö bÞ c¾t vÝ dô nh− sau: 56
57.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 4. Muèn c¾t tiÕp ta thùc hiÖn nhÊp l¹i vμo c«ng cô c¾t vμ thùc hiÖn nh− trªn. Chó ý: Ta còng cã thÓ thùc hiÖn c¾t ph©n tö b»ng chuét trªn mμn lμm viÖc. C¸ch lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét chän c«ng cô c¾t theo trôc Z trªn thanh c«ng cô vμ di chuyÓn c«ng cô c¾t lªn mμn lμm viÖc. 2. NhÊp tr¸i chuét gi÷ vμ rª th¼ng ®øng ®Ó ®iÒu chØnh vÞ trÝ c¾t mÆt ph¼ng phÝa tr−íc cña ph©n tö. 3. NhÊp Ph¶i chuét, gi÷ vμ rª th¼ng ®øng ®Ó ®iÒu chØnh vÞ trÝ c¾t mÆt sau cña ph©n tö. 57
58.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 4. Di chuyÓn chuét tõ mÐp trªn xuèng mÐp d−íi mμn lμm viÖc ta sÏ dÞch chuyÓn mÆt ph¼ng c¾t ®−îc kho¶ng 10A0 (NgÇm ®Þnh). Ta cã thÓ xem ®é dÞch chuyÓn trªn dßng hiÖn tr¹ng bªn d−íi cña sæ HyperChem. Chó ý: §Ó ®−a ph©n tö trë l¹i tr¹ng th¸i ban ®Çu ta chØ viÖc nhÊp vμo nót Spacebar trªn bμn phÝm. Chó thÝch hép tho¹i Z Clip VÞ trÝ xa nhÊt ë ®»ng tr−íc vμ ®»ng sau cña toμn bé System ph©n tö trªn mμn lμm viÖc. VÞ trÝ mÆt ph¼ng c¾t tr−íc vμ sau g¾n víi ng−êi quan Slab s¸t. Dïng c¸c d¹ng nªm (Wedge) ®Ó biÓu diÔn liªn kÕt trong kh«ng gian HyperChem cho phÐp ta biÓu diÔn c¸c liªn kÕt trong kh«ng gian b»ng c¸ch biÓu diÔn liªn kÕt d−íi d¹ng c¸c h×nh nªm. C¸c h×nh nªm ®−îc sö dông víi quy −íc nh− sau: 58
59.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C¸ch thùc hiÖn nh− sau: 1. NhÊp chän Rendering trong Display menu, sau ®ã chän môc Sticks vμ tÝch chän Wedges, nhÊp OK ®Ó ®ãng hép tho¹i. 2. NhÊp tr¸i chuét chän c«ng cô vÏ trªn thanh c«ng cô. 3. NhÊn phÝm Shift trªn bμn phÝm ®ång thêi nhÊp tr¸i chuét vμo liªn kÕt muèn biÓu diÔn cho ®Õn khi cã d¹ng mong muèn. 4. NhÊp liªn tiÕp hai lÇn tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô ®Ó dïng tr×nh x©y dùng biÓu diÔn l¹i cÊu tróc trong kh«ng gian, nÕu muèn. 59
60.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Bμi 5. Xem thuéc tÝnh cÊu tróc ph©n tö Trong bμi nμy ta häc c¸ch ®Ó ®o c¸c thuéc tÝnh cÊu tróc cña ph©n tö nh− lμ gãc liªn kÕt, ®é dμi liªn kÕt, gãc vÆn Xem thuéc tÝnh cña nguyªn tö C¸ch lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét tÝch vμo Atoms vμ bá tÝch ë Multiple Selections trong Select menu. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 3. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö muèn biÕt ®Æc tÝnh. Nguyªn tö ®−îc lùa chän sÏ s¸ng h¬n vμ ®Æc tÝnh cña ph©n tö hiÖn ra ë thanh hiÖn tr¹ng bªn d−íi. Dßng hiÖn tr¹ng cho ta biÕt sè nguyªn tö, tªn nguyªn tö, ®iÖn tÝch nguyªn tö theo tr−êng c¬ häc ph©n tö hiÖn t¹i, to¹ ®é theo c¸c ph−¬ng x, y vμ z. §o ®é dμi liªn kÕt Ta hoμn toμn cã thÓ x¸c ®Þnh ®−îc ®é dμi c¸c liªn kÕt trong ph©n tö. Gi¸ trÞ ®é dμi nμy tr×nh bμy trong dßng hiÖn tr¹ng bªn d−íi. C¸ch ®o nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 60
61.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 2. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö thø nhÊt muèn ®o kÐo ®Õn nguyªn tö thø hai råi nh¶ chuét ra. Liªn kÕt gi÷a hai nguyªn tö sÏ s¸ng h¬n, ®é dμi ®o ®−îc biÓu diÔn ë dßng hiÖn tr¹ng. Chó ý: Sau khi thùc hiÖn tÝnh to¸n tèi −u hÖ ph©n tö ta cã thÓ biÕt ®−îc gi¸ trÞ thuéc tÝnh kh¸c cña hÖ b»ng c¸ch nhÊp chän phÇn muèn xem hoÆc xem thuéc tÝnh c¶ hÖ (kh«ng cÇn chän phÇn nμo) tiÕp theo chän Propeties trong Computer menu. Mét hép tho¹i thuéc tÝnh h×nh häc xuÊt hiÖn trªn mμn lμm viÖc, víi c¶ hÖ cã thÓ cã c¶ c¸c gi¸ trÞ vÒ n¨ng l−îng toμn phÇn, nhiÖt h×nh thμnh, momen l−ìng cùc... §o gãc liªn kÕt §Ó ®o gãc liªn kÕt ta nhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö thø nhÊt vμ rª ®Õn nguyªn tö thø ba (theo thø tù lËp thμnh gãc). C¸ch ®o gãc liªn kÕt 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo nguyªn tö thø nhÊt rª ®Õn nguyªn tö thø ba (theo thø tù t¹o nªn gãc) råi nh¶ chuét. 61
62.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 §o gãc vÆn Ta cã thÓ ®o gãc vÆn b»ng c¸ch rª chuét chän hai ph©n tö ®Çu vμ cuèi trong bèn ph©n tö t¹o nªn gãc vÆn. C¸ch lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo ph©n tö ®Çu rª ®Õn ph©n tö thø t− trong bèn ph©n tö t¹o nªn gãc vÆn råi gi¶i phãng chuét. H×nh ¶nh vÝ dô nh− sau: 3. Gi¸ trÞ gãc vÆn hiÓn thÞ trong dßng t×nh tr¹ng ë d−íi. 62
63.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 §o kho¶ng c¸ch kh«ng liªn kÕt §Ó ®o kho¶ng c¸ch kh«ng liªn kÕt ta lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét tÝch vμo Multiple Selections trong Select menu. ViÖc bËt Multiple Selections cho phÐp ta chän nhiÒu nhãm, ngoμi ra khi ta lùa chän nhãm thø hai th× nhãm thø nhÊt vÉn ®−îc chän. 2. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 3. NhÊp ph¶i chuét vμo phÇn trèng trªn mμn lμm viÖc. ViÖc nμy gióp ta huû bá tÊt c¶ c¸c lùa chän tr−íc ®ã. 4. NhÊp tr¸i chuét lÇn l−ît vμo hai nguyªn tö kh«ng liªn kÕt. Kho¶ng c¸ch gi÷a chóng hiÖn thÞ trªn dßng hiÖn tr¹ng. Liªn kÕt Hydro §Ó gióp ta x¸c nhËn ®iÒu kiÖn t¹o liªn kÕt hydro, HyperChem cho phÐp ta tÝnh to¸n vμ biÓu diÔn liªn kÕt nμy. Liªn kÕt hydro ®−îc h×nh thμnh khi kho¶ng c¸ch tõ hydro cho ®Õn nguyªn tö nhËn bÐ h¬n 3,2 A0. §Ó biÓu diÔn liªn kÕt hydro ta lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 2. NhÊp ph¶i chuét vμo vïng trèng trªn trang lμm viÖc. 3. NhÊp tr¸i chuét tÝch vμo Show Hydrogen Bonds trong Display menu. 4. NhÊp tr¸i chuét chän Recompute H Bonds trong Display menu. HyperChem sÏ biÓu diÔn c¸c liªn kÕt hydro nÕu cã d−íi d¹ng ®−êng nÐt ®øt nh− sau: 63
64.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Liªn kÕt hydro kh«ng tù ®éng tÝnh to¸n ®ång thêi víi qu¸ tr×nh tèi −u h×nh häc ph©n tö. Do ®ã ta ph¶i tÝnh liªn kÕt hydro l¹i mçi khi cÇn thiÕt. Recompute Hydrogen Bonds TÝnh to¸n l¹i liªn kÕt hydro x¸c ®Þnh c¸c liªn kÕt hydro gi÷a c¸c ph©n tö ®· chän hoÆc nÕu kh«ng cã sù lùa chän, th× nã x¸c ®Þnh liªn kÕt hydro gi÷a tÊt c¶ c¸c nguyªn tö trong hÖ ph©n tö. HyperChem t¹o ra c¸c liªn kÕt hydro nÕu kho¶ng c¸ch gi÷a c¸c hydro cho vμ nguyªn tö nhËn bÐ h¬n 3.2A0 vμ gãc t¹o bëi liªn kÕt céng ho¸ trÞ tõ hydro cho ®Õn c¸c nguyªn tö nhËn lín h¬n 1500. Tuy nhiªn ta còng cã thÓ thay ®æi c¸c tiªu chuÈn nμy. BiÓu diÔn momen l−ìng cùc Khi ta tÝch chän Show Dipole Moment, HyperChem sÏ biÓu diÔn momen l−ìng cùc ®· tÝnh to¸n cho c¸c nguyªn tö ®−îc chän hoÆc cho c¶ hÖ ph©n tö. Show Dipole Moment chØ ho¹t ®éng sau khi ta thùc hiÖn tÝnh to¸n ®iÓm ®¬n. Momen l−ìng cùc biÓu diÔn trªn mμn h×nh d¹ng ®−êng nÐt ®øt ë t©m khèi cña c¸c nguyªn tö ®· chän. Dßng hiÖn tr¹ng cho biÕt tæng gi¸ trÞ cña momen l−ìng cùc vμ gi¸ trÞ momen theo c¸c trôc kh¸c nhau theo ®¬n vÞ Debye. 64
65.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 65
66.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Bμi 6. Databases Menu T¹o chuçi Polypeptide Nèi c¸c hîp phÇn l¹i víi nhau Thªm phÇn cßn thiÕu cho chuçi Thay ®æi hîp phÇn ë vÞ trÝ ®Æc biÖt Sö dông hép tho¹i lùa chän c¸c Amino Axit Hép tho¹i lùa chän chøa c¸c hîp phÇn amino axit cã cÊu tróc ho¸ häc chuÈn. Trong hép tho¹i ta chän c¸c cÊu h×nh bËc hai cña polypeptit (Xo¾n apha, m¶ng beta hay c¸c kiÓu gãc kh¸c ta ®Æt: gãc Phi, Psi vμ Omega). Ta chän ®Ó x©y dùng chuçi b¾t ®Çu tõ amino axit cã ®iÓm N cuèi (N-Terminus: §u«i nit¬). Trong hép tho¹i gåm cã: - 20 amino axit chuÈn. - Hai kiÓu trung tÝnh vμ mét kiÓu proton ho¸ cña histidine (Hid, Hie vμ His). ë ®é pH sinh lý, histidine cã thÓ mang ®iÖn tÝch d−¬ng hoÆc trung hoμ tuú thuéc vμo m«i tr−êng. - Half-Cyx (b¸n Cystine) dïng ®Ó t¹o liªn kÕt ngang ®i sunfua. - Mét nhãm cã ®iÓm N cuèi (N-teminal: Ace). Nã chØ ®−îc dïng ®Ó lμm hîp phÇn khëi ®Çu cho chuçi. - Mét nhãm cã ®iÓm C cuèi (C-teminal: Nme). Nã chØ ®−îc dïng ®Ó kÕt thóc chuçi. §Ó më hép tho¹i c¸ch lμm nh− sau 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Amino Acids trong Databases menu. Hép tho¹i Amino axit xuÊt hiÖn nh− sau: 66
67.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Hép tho¹i Amino axit hiÖn cho tíi khi nμo ta nhÊp vμo nót t¾t trªn gãc ph¶i. - Ala Alanine, thuéc chÊt bÐo trung tÝnh, kh«ng cùc. - Gly Glycine, trung tÝnh, cã cùc. - Ser Serine, trung tÝnh, cã cùc. - Thr Threorine, trung tÝnh, cã cùc. - Leu Leucine, trung tÝnh, thuéc chÊt bÐo, kh«ng cùc. - Ile Isoleucine, trung tÝnh, thuéc chÊt bÐo, kh«ng cùc. - Val Valine, trung tÝnh, thuéc chÊt bÐo, kh«ng cùc. - Asn Asparagine, trung tÝnh, cã cùc. - Gln Glutamine, trung tÝnh, cã cùc. - Arg Arginine, tÝch ®iÖn d−¬ng. - Hid Histidine, trung tÝnh, cã hydro ë nit¬ delta. - Hie Histidine, trung tÝnh, cã hydro ë nit¬ epsilon. - Hip, His Histidine, tÝch ®iÖn d−¬ng, cã hydro ë c¶ nit¬ delta vμ epsilon. - Trp Tryptophan, vßng th¬m trung tÝnh, kh«ng cùc. - Phe Phenylalanine, vßng th¬m trung tÝnh, kh«ng cùc. - Tyr Tyrosine, vßng th¬m trung tÝnh, cã cùc. - Glu Axit Glutamic, tÝch ®iÖn ©m. - Asp Axit Aspartic, tÝch ®iÖn ©m. - Lys Lysine, tÝch ®iÖn d−¬ng. - Pro Proline, trung tÝnh, kh«ng cùc. - Cys Cysteine, trung tÝnh, cã cùc. - Cyx B¸n Cystine, trung tÝnh, cã cùc. NÕu lÊy tõ file PDB ta sÏ cã hîp phÇn Cystine ®Çy ®ñ. - Met Methionine, trung tÝnh, kh«ng cùc. - Ace Acetyl, Nhãm cã ®iÓm N cuèi (N-teminal). - Nme N-Methyl amino, Nhãm cã ®iÓm C cuèi (C-teminal). T¹o dùng vμ biÓu diÔn chuçi Polypeptide C¸c chuçi Polypeptide th−êng cã h×nh d¸ng rÊt phøc t¹p. §Ó dÔ dμng trong viÖc t¹o dùng vμ quan s¸t ta ph¶i lùa chän h×nh d¸ng biÓu diÔn thÝch hîp c¶ vÒ mÆt ho¸ häc lÉn kh¶ n¨ng quan s¸t. Trong phÇn nμy ta häc c¸ch dùng cÊu tróc bËc hai cña polypeptide. Chó ý: Ta kh«ng thªm bít hay söa ®æi g× c¸c hîp phÇn b»ng c¸ch dïng c«ng cô vÏ. §Ó söa ®æi ta sÏ häc ë c¸c b−íc sau (xem Thay thÕ monome trong hîp phÇn b»ng amino axit kh¸c; T¹o ion l−ìng cùc). 67
68.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 HyperChem nèi kÕt c¸c hîp phÇn l¹i víi nhau theo thø tù ta chän chóng. Khi nhÊp chän hîp phÇn cã C-teminal (cßn gäi lμ n¾p bÞt: cap), nã sÏ ng¨n c¶n kh«ng cho nèi thªm c¸c hîp phÇn kh¸c vμo chuçi. NÕu ta chän tiÕp th× mét chuçi kh¸c sÏ ®−îc h×nh thμnh. Khi kÐo dμi chuçi, ta cã thÓ thay ®æi c¸c thuéc tÝnh cña c¸c hîp phÇn tiÕp theo: - CÊu tróc bËc hai(xo¾n alpha, m¶ng beta, hay c¸c gi¸ trÞ do ta ®Æt - Other) - CÊu h×nh cña liªn kÕt peptit (Omega) - §ång ph©n L hoÆc D cña mçi hîp phÇn. C¸ch lμm nh− sau: 1. NhÊp tr¸i chuét chän Amino Acids trong Databaes menu. 2. TÝch chän Beta sheet trong hép tho¹i Amino Acids. §iÒu nμy gióp biÓu diÔn c¸c gãc vÆn phi vμ psi ë 1800. 3. §Æt gãc vÆn omega lμ 1800. T¹o chuçi 1. NhÊp tr¸i chuét lÇn l−ît vμo c¸c amino axit mμ ta muèn nèi thªm vμo. VÝ dô nh− sau: Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Chó ý: Ta kh«ng sö dông tr×nh x©y dùng (Model Builder) ®Ó dùng l¹i toμn bé cÊu tróc chuçi. Tr×nh x©y dùng sÏ lμm háng cÊu tróc tèi −u cña ph©n tö vμ kh«ng thÓ lÊy l¹i chÝnh x¸c cÊu tróc ban ®Çu. Tuy nhiªn ta cã thÓ dïng tr×nh x©y dùng ®èi víi c¸c nguyªn tö ®−îc chän nμo ®ã. NÕu chuçi polypeptide kh«ng cã n¾p bÞt, ta cã thÓ thªm tiÕp c¸c hîp phÇn ®Õn hîp phÇn cã C-teminus. NÕu ta thùc hiÖn t¹o ion l−ìng cùc (Make Zwitterion), ta còng kh«ng thÓ thªm c¸c hîp phÇn ®−îc n÷a, khi chän thªm hîp phÇn th× mét chuçi kh¸c sÏ ®−îc x©y dùng. Hîp phÇn cña chuçi cã thÓ cã cÊu h×nh bËc hai kh¸c nhau. Chuçi polypeptide cã thÓ c¨ng ®−îc cÊu tróc xo¾n alpha, cÊu tróc gÊp beta còng nh− c¸c cÊu h×nh chuyÓn ho¸ kh¸c. 68
69.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 §Æt chuÈn c¸c gãc vÆn Phi vμ Psi lμ -58 vμ -470 Xo¾n Alpha (Alpha helix: cho xo¾n alpha, cïng víi liªn kÕt peptit chuyÓn tiÕp (transpeptide) (Omega = 1800). xo¾n èc alpha) §Æt chuÈn c¸c gãc Phi vμ Psi cïng lμ 1800 vμ còng M¶ng beta ®Æt tÊm gÊp khóc tÊm beta lμ 1800, cïng víi mçi (Beta sheet) liªn kÕt peptit chuyÓn tiÕp (Omega = 1800). Other ChÊp nhËn gi¸ trÞ kh«ng chuÈn cho c¸c gãc vÆn Phi, Psi vμ Omega. Phi Gãc vÆn (φ) cña C-N-Cα-C: Thay ®æi tõ –360 ®Õn +3600 Psi Gãc vÆn (ψ) cña N-Cα-C-N. Thay ®æ tõ –360 ®Õn +3600. Omega Gãc vÆn liªn kÕt peptit (ω),th−êng thay ®æi tö 170 ®Õn 69
70.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 1800. ¸p dông cho hîp phÇn amino axit tiÕp theo. Thay ®æi tõ –360 ®Õn +3600. Isomer Cho phÐp ta chän ®ång ph©n lËp thÓ L th«ng th−êng (Kh«ng ®èi xøng S) hoÆc ®ång ph©n lËp thÓ D (kh«ng ®èi xøng R). Chó ý: Ta cã thÓ dÞch chuyÓn hép tho¹i amino axit trªn mμn h×nh vμ sö dông ®−îc c¸c c«ng cô kh¸c (vÝ dô nh− ®Æt nh·n trong Display menu). T¹o ion l−ìng cùc (Make Zwitterion) Trong dung dÞch cã ®é pH trung tÝnh, c¸c polypeptide tån t¹i d−íi d¹ng c¸c ion l−ìng cùc, chøa c¸c nhãm ®u«i lμ -NH3+ vμ -COO-. Thùc hiÖn t¹o ion l−ìng tÝnh cho ph©n tö polypeptide ®· chän nh»m chuyÓn cÊu tróc theo file d÷ liÖu thμnh ion l−ìng tÝnh. NÕu kh«ng cã polypeptide nμo ®−îc chän th× Make Zwitterion sÏ thùc hiÖn cho tÊt c¶ c¸c polypeptide trong hÖ. C¸c polypeptide thùc hiÖn ®−îc Make Zwitterion ph¶i cã nhãm ®u«i th«ng th−êng (-NH vμ -CO) chø kh«ng ph¶i lμ c¸c nhãm n¾p bÞt (cap: Ace vμ Nme). Khi ta dùng chuçi peptit víi HyperChem, c¸c phÇn ®u«i ch−a ®Çy ®ñ (cßn lμ -N-H vμ -C-O). Make Zwitterion chuyÓn ®æi c¸c phÇn ®u«i thμnh –NH3+ vμ -COO-. C¸ch lμm nh− sau 1. Chän none (ë phÇn Atoms) trong hép tho¹i Labels ®Ó dÔ nh×n. 2. DÞch chuyÓn vμ quay ph©n tö polypeptide gióp ta dÔ quan s¸t. 70
71.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 3. NhÊp tr¸i chuét chän Make Zwitterion trong Databases menu. HyperChem sÏ thªm vμo oxi cßn thiÕu trªn nguyªn tö C. HyperChem còng thªm c¶ c¸c proton cßn thiÕu vμo nguyªn tö N. 71
72.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: C¸c hîp phÇn amino axit trong file d÷ liÖu (Trong Database hay File PDB) bao gåm c¸c nguyªn tö víi phÇn diÖn tÝch riªng. Khi thùc hiÖn Make Zwitterion sÏ lμm thay ®æi ®iÖn tÝch ë nhãm nguyªn tö ®u«i (Teminal). Nã kh«ng lμm thay ®æi ®iÖn tÝch cña c¸c nhãm biªn cña c¸c amino axit (vÝ dô xem c¸c nhãm biªn axit, baz¬ hay c¸c nhãm imi®o C3H4N2). Bá Ion c¸c ®u«i (Remove Ionic Ends) Bá ion ®u«i ng−îc l¹i víi kÕt qu¶ Make Zwitterion. §iÒu nμy tøc lμ chuyÓn c¸c nhãm –NH3+ vμ -COO- trong polypeptide thμnh –NH vμ -CO. Thay thÕ mét monome trong hîp phÇn b»ng mét amino axit kh¸c Thø tù cña c¸c amino axit trong chuçi ®ãng mét vai trß quan träng trong cÊu tróc chuçi. Mçi sù thay ®æi thø tù hay thay thÕ mét monome nμy b»ng mét monome kh¸c ®Òu dÉn thay ®æi cÊu tróc vμ thuéc tÝnh cña protein, do ®ã còng thay ®æi chøc n¨ng cña nã. 72
73.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 C¸ch lμm nh− sau Tr−íc tiªn cÇn ph¶i biÕt tªn vμ vÞ trÝ amino axit hîp phÇn cÇn thay thÕ. 1. NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display menu. 2. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Name + seq trong hép tho¹i Labels. NhÊp OK mμn h×nh sÏ hiÖn ra nh− sau. 3. NhÊp tr¸i chuét tÝch chän Residues trong Select menu. 4. NhÊp tr¸i chuét vμo c«ng cô lùa chän trªn thanh c«ng cô. 5. NhÊp ph¶i chuét vμo vïng trèng mμn lμm viÖc ®Ó lo¹i bá tÊt c¶ c¸c lùa chän cã thÓ cã tr−íc ®ã. 6. NhÊp tr¸i chuét vμo PHE 5. Hîp phÇn nμy sÏ s¸ng h¬n lªn. 7. NhÊp tr¸i chuét chän Mutate trong Databases menu. 73
74.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: Mutate sÏ kh«ng ho¹t ®éng nÕu ta ch−a tÝch chän Residues trong Select menu. 8. Trong hép tho¹i Mutate, kÐo thanh cuén chän amino axit muèn thay thÕ. VÝ dô chän Thr. §iÒu nμy cã nghÜa lμ phenylalanine ®· ®−îc thay thÕ b»ng threonine: Chó ý: Nhí l−u tªn ph©n tö mμ b¹n míi t¹o b»ng mét tªn thÝch hîp. §èi víi nucleic axit ta còng lμm t−¬ng tù. C¸c Axit Nucleic VÒ c¬ b¶n c¸ch x©y dùng chuçi polycucleotide t−¬ng tù nh− c¸ch x©y dùng polypeptide ë trªn. Ta sö dông c¸c Axit Nucleic ®Ó x©y dùng chuçi polynucleotide (AND vμ ARN). C¸c hîp phÇn nμy cã cÊu tróc ho¸ häc chuÈn. 74
75.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Trong hép tho¹i Nucleic Acids, ta cã thÓ chän c¸c cÊu tróc bËc hai cho c¸c hîp phÇn thªm vμo (A, B, Z hoÆc c¸c kiÓu gãc cÊu h×nh kh¸c mμ ta ®Æt). Ta cã thÓ t¹o chuçi polynucleotide b¾t ®Çu tõ c¸c ®u«i 5’ hoÆc 3’ b»ng c¸ch nhÊp chän c¸c hîp phÇn axit nucleic nμy: - Bèn deoxyribonucleotide (monophosphat) - Bèn ribonucleotide (monophosphat) - N¾p bÞt (Cap) A 3’ ®Ó c¶n trë kÐo dμi chuçi thªm. - N¾p bÞt A 5’ ®Ó c¶n trë kÐo dμi chuçi thªm. Chó ý: Ta kh«ng chØnh söa c¸c hîp phÇn b»ng c«ng cô vÏ. Ta cã thÓ thªm bít hay chØnh söa c¸c hîp phÇn nh− tr−êng hîp Amino axit trªn. HyperChem nèi kÕt c¸c hîp phÇn l¹i víi nhau theo thø tù ta chän c¸c hîp phÇn, b¾t ®Çu tõ phÇn ®u«i 5’. §©y lμ trËt tù tù nhiªn cña qu¸ tr×nh tæng hîp AND vμ ARN. NÕu ta muèn x©y dùng chuçi b¾t ®Çu tõ ®u«i 3’ th× ph¶i tÝch chän Backward (ng−îc) trong hép tho¹i. C¸c ®Çu bÞt (cap) ng¨n c¶n viÖc thªm tiÕp c¸c hîp phÇn kÓ c¶ c¸c hîp phÇn ®u«i 5’ vμ 3’. Sau khi thªm mét ®Çu bÞt, viÖc chän thªm hîp phÇn míi sÏ t¹o mét chuçi kh¸c. NÕu chuçi ch−a cã ®Çu bÞt, ta cã thÓ thªm ®−îc nhiÒu hîp phÇn n÷a cho ®Õn khi cã ®Çu bÞt. Khi kÐo dμi chuçi, ta cã thÓ thay ®æi thuéc tÝnh cña c¸c hîp phÇn tiÕp theo mμ ta thªm vμo: - CÊu h×nh bËc hai (A, B, Z hay c¸c kiÓu kh¸c). - KÓ c¶ kiÓu gÊp 2’ Endo (gÊp néi) hay 3’ Endo cho vßng ®−êng. KiÓu A cña AND th−êng chøa ®−êng deoxyribose d¹ng C3’-endo bÒn v÷ng h¬n. KiÓu B cña AND chøa ®−êng C2’-endo. - Double-Stranded (KÕt ®«i thμnh phÇn). TÝch chän phÇn nμy th× khi nhÊp chän axit, ngoμi axit ta chän cßn cã thªm baz¬ liªn hîp cña chÝnh nã, gi÷a chóng cã cÇu nèi hydro víi nhau (TÝch chän Recompute H Bonds trong Display menu ®Ó xem liªn kÕt hydro). HyperChem quan t©m chñ yÕu ®Õn cÆp baz¬; mét sè liªn kÕt trong hîp phÇn liªn hîp cã ®é dμi liªn kÕt kh«ng ®óng vμ mét sè cÆp baz¬ còng kh«ng cã c¸c gãc cuén chÝnh x¸c. Ta cÇn ph¶i tèi −u h×nh häc l¹i ®Ó söa c¸c lçi ®ã trong cÊu tróc. 75
76.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 Chó ý: Kh«ng sö dông tr×nh x©y dùng (Model Builder) ®èi víi polynucleotide ®· x©y dùng. Tr×nh x©y dùng sÏ lμm háng h×nh häc cña ph©n tö vμ kh«ng thÓ x©y dùng l¹i chÝnh x¸c ®−îc. C¸c lùa chän ta ®Æt cã ¶nh h−ëng ®Õn c¸c hîp phÇn sau cho ®Õn khi ta thay ®æi kiÓu lùa chän kh¸c. Ta kh«ng thÓ thay ®æi thuéc tÝnh sau khi ®· tÝch chän hîp phÇn ®ã. Hép tho¹i Nucleic Acids cã d¹ng nh− sau: C¸c kiÓu hîp phÇn trong hép tho¹i nh− sau: - dA Deoxyadenosine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña AND. - dT Deoxythymindine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña AND. - dC Deoxycytidine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña AND. - dG Deoxyguanosine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña DNA. - rA Adenosine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña ARN. - rU Uridine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña ARN. - rG Guanosine 5’- monophosphate, hîp phÇn cña ARN. - rC Cytidine 5’ – monophosphate, hîp phÇn cña ARN. - 5CAP §Çu bÞt kiÓu A (-OH) ®Ó kÕt thóc chuçi ë ®u«i 5’. - 3CAP §Çu bÞt kiÓu A (-OH) ®Ó kÕt thóc chuçi ë ®u«i 3’. C¸c lùa chän cho hîp phÇn nh− sau: Helix Form §Æt cÊu h×nh bËc hai cho c¸c hîp phÇn cña chuçi. (KiÓu xo¾n èc) Mçi d¹ng xo¾n èc cã gãc vÆn, cuén (sè vßng quay cña mçi phÇn) vμ ®é cao (ChiÒu cao cña mét vßng) ®Æc tr−ng riªng. A Form CÊu h×nh xo¾n ph¶i trong AND kÕt ®«i, khö n−íc, cã (KiÓu A) kho¶ng 11 hîp phÇn mçi vßng. 76
77.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 B Form CÊu h×nh xo¾n ph¶i trong AND kÕt ®«i, khö n−íc, (KiÓu B) víi kho¶ng 10 hîp phÇn mçi vßng. Z Form CÊu h×nh xo¾n ph¶i cña AND kÕt ®«i, víi kho¶ng 12 (KiÓu Z) hîp phÇn mçi vßng. Xen kÏ c¸c hîp phÇn (®−îc ®¸nh sè ch½n lÎ: odd, even) trong mçi phÇn cña Z AND cã c¸c gãc vÆn kh¸c nhau. Other NhËn c¸c gi¸ trÞ ta ®Æt cho gãc vÆn trong liªn kÕt (KiÓu kh¸c) khung chuçi polynuleotide. (α) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Alpha (β) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Beta (γ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Gama (χ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Chi (δ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Delta (ε) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Epsilon (ξ) Gãc vÆn. NhËn gi¸ trÞ tõ –360 ®Õn +3600. - Zeta 77
78.
H−íng dÉn sö
dông HyperChem 7.04 - Sugar Form CÊu h×nh cña vßng ribo. 2’ Endo C2’ lμ ngoμi mÆt ph¼ng vßng, trªn cïng mÆt ph¼ng nh− C5’. 3’ Endo C3’ lμ ngoμi mÆt ph¼ng vßng, trªn cïng mÆt ph¼ng nh− C5’. - Double Strand Khi phÇn nμy ®−îc tÝch chän, HyperChem thªm hîp phÇn liªn hîp cña chÝnh nã, theo quy t¾c cÆp baz¬ cña Watson-Crick, vμ dùng lªn mét polynucleotide kh«ng song song. Ta cã thÓ tÝch hoÆc kh«ng tÝch ®Ó dùng c¸c ph©n tö cã baz¬ kÕt ®«i mét phÇn. - Backward Khi tÝch chän phÇn nμy, HyperChem b¾t ®Çu x©y dùng chuçi tõ phÇn ®u«i 3’, thªm dÇn c¸c hîp phÇn ®Õn phÇn ®u«i 5’. §iÒu nμy ng−îc l¹i víi qu¸ tr×nh tæng hîp AND vμ ARN th«ng th−êng. ViÖc ®Æt nh− vËy ¶nh h−ëng ®Õn toμn bé chuçi, do ®ã ta ph¶i ®Æt nã tr−íc khi b¾t ®Çu x©y dùng chuçi. Chó ý: Ta vÉn cã thÓ sö dông c¸c c«ng cô kh¸c khi hép tho¹i Nucleic Acids cßn trªn mμn h×nh. Thªm c¸c ion tr¸i dÊu (Add Counter Ions) 78
Baixar agora