1. La Unidad de Bioinformática del INTA:
Nuestra experiencia en la formación de recursos humanos

2. Genómica del girasol
• Los estudios genómicos llevados a cabo son limitados para este
cultivo considerando su importancia económica, siendo uno de
los determinantes d este efecto el t
l d t i t de t f t l tamaño d su genoma y su
ñ de
complejidad taxonómica.
INRA de Toulousse (Francia) (Proyecto Cartisol: 1990 1997)
1990-1997).
Universidad de Oregon (USA).
Universidad de Davis (USA:http://compositdb.ucdavis.edu/).
IB INTA
IB-INTA Castelar comienza su primer proyecto de desarrollo
de microsatélites para girasol en el año 1996 (iniciativa
INTA/Consorcio de Empresas), continuando con un análisis
g
genómico del girasol en pequeña escala basado en
g p q
secuenciación de ESTs.
2

3. Demanda de procesos bioinformáticos
Proyecto genómico secuenciación ESTs en
girasol
Colaboración FIUBA
(Dr. Sergio Lew)

4. Un primer enfoque agrobioinformático
Preguntas Biológicas
– ¿Qué genes?
– ¿En qué órgano?
– ¿En qué proporción?
Herramientas:
e a e tas
Secuenciación de EST
Alineamientos / filtrado /etc.
Participantes:
FIUBA: expertise informático
INTA: conocimiento biológico

5. Colecciones diferenciales de EST’s
Análisis informático de secuencias moleculares
Rutina “trimming”
trimming Biopipeline Base de datos
(Fernandez y col. 2003) (Lew y col 2004) (Fernandez y col. 2003)
EST Limpieza de Análisis de Almacenam.
vector redundancia Clasific.
Funcionalidad Anotación
hipotética
BLAST Goblet
(Altschul y col. 1990) (Henning y col. 2003)
5

6. Instalación y puesta en funcionamiento del
servidor INTA01
6

7. Diseño, creación y mantenimiento de una
base de datos
b d d t
7

8. Diseño, creación y mantenimiento de una
base de datos
b d d t
8

10. CREACIÓN DE UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA
IB INTA CASTELAR
PPR245001: Bioinformática aplicada a proyectos de
interés agropecuario
agropecuario.
AEBIO245711: Análisis bioinformático, estadístico y
O 5 á s s b o o át co, estad st co
evolutivo de datos biológicos provenientes de
proyectos genómicos de interés agropecuario.
AEBIO245732: Minería de datos biológicos, gestión
de la información y los conocimientos derivados de
proyectos genómicos de interés agropecuario..

11. INCORPORACIÓN Y FORMACIÓN DE RRHH
Convenio marco FIUBA: régimen de pasantías
¿biólogos haciendo informática?
¿informáticos haciendo biología?
El objetivo primordial es responder las preguntas
biológicas a partir de la aplicación de tecnología
informática
i f áti
INTERDISCIPLINA

12. Formación de RRHH
F ió d
Año 2007
Curso Modelos lineales (EEA INTA Balcarce)
Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)
Curso Herramientas Aplicadas a la G ó
C Genómica Funcional (CIPF; Valencia, España)
(C )
Año 2008
Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)
Curso uso de Infostat® aplicado al análisis de microarreglos (UNCor)
Año 2009
Taller Análisis de Microarreglos y uso de Infostat® (UNCor)
Año 2010
Curso Filogenias Moleculares (FCEyN – UBA)
Curso Filogenia Molecular (Fund Miguel Lillo)
(Fund.
Taller Mapeo por Asociación (INTA)
Lic. en Bioinformática (UNER)

13. Cursos CABBIO (2002 y 2010)
C
Genómica y Bioinformática
Maestría en Biotecnología UBA - Fac. de Veterinaria (4 ediciones)
Genómica Aplicada (3 ediciones)
(Materia de Grado – FCEyN)
Postgrado Otras áreas
Año 2011
Entrenamiento en Bioinformática INIA Perú
Curso Bioinformática Proyecto Biotec Soja Sur
Bioinformática UADE

14. Participantes y colaboradores
Grupo INTA Castelar IB
G C t l UNCor:
• Julio Di Rienzo
• Paula Fernandez
• Norma Paniego
• Ruth Heinz
R th H i
• Esteban Hopp
Unidad de Bioinformática INTA:
FI-UBA • Darío Príncipi
• Sergio Gonzalez
• Sergio Lew
• Bernardo Clavijo
• Máximo Rivarola
FAUBA
• Marcelo Soria
CIPF (Valencia, España) CIFASIS (CONICET, Rosario)
• David Blesa (Unidad de Genómica) • Elizabeth T i
Eli b th Tapia
• Francisco García (U. de Bioinformática)
• Ana Conesa (U. de Bioinformática) • Laura Angelone
• Joaquín Dopazo (U. de Bioinformática) • Claudia Reynares
• Alfonso Pons
Fuentes de financiación:
PICT 0960
PIP CONICET 5788
AECID D/016099/0
AEBIO 245732/245711 14