Las energías renovables no son todas limpias. Algunas como la eólica y hidroeléctrica pueden causar problemas ambientales como dañar poblaciones de aves y peces. Si bien no producen gases de efecto invernadero durante su funcionamiento, su construcción y algunos sistemas de biomasa sí generan contaminación. No todas las energías renovables son completamente limpias aunque la mayoría contamina menos que los combustibles fósiles.

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5- ¿Son limpias las energías renovables?
No todas las energías renovables son limpias, tienen sus pros y contras, por lo
que entendemos que todas tienen sus problemas medioambientales y no son en
su totalidad limpias
“La primera ventaja de una cierta cantidad de fuentes de energía renovables es que no
producen gases de efecto invernadero ni otras emisiones, contrariamente a lo que ocurre
con los combustibles, sean fósiles o renovables. Algunas fuentes renovables no emiten
dióxido de carbono adicional, salvo los necesarios para su construcción y funcionamiento, y
no presentan ningún riesgo suplementario, tales como el riesgo nuclear.
No obstante, algunos sistemas de energía renovable generan problemas ecológicos
particulares. Así pues, los primeros aerogeneradores eran peligrosos para los pájaros, pues
sus aspas giraban muy deprisa, mientras que las centrales hidroeléctricas pueden crear
obstáculos a la emigración de ciertos peces, un problema serio en muchos ríos del mundo
(en los del noroeste de Norteamérica que desembocan en el océano Pacífico, se redujo la
población de salmones drásticamente).”
Fecha consulta: 4/ Marzo/ 2015
http://es.wikipedia.org/wiki/Energ%C3%ADa_renovable#Energ.C3.ADas_ecol.C3.B3gicas
Por energía limpia habría que entender aquélla que no contamina. La mayor parte de las
energías renovables son limpias, pero no todas. En particular todas aquellas que conllevan
la combustión de biomasas o biocombustibles. Aunque el balance de gases de efecto
invernadero (casi) se compense, siempre se emitirá algo de óxidos de azufre y de nitrógeno.
Por energía alternativa hay que entender aquella que emplea fuentes distintas de las
convencionales. Si las convencionales son los combustibles fósiles como el petróleo y el
carbón y la energía nuclear, entoncesalternativas sería prácticamente igual que renovables.
Pero puede haber alternativas que no sean renovables.
http://derechopositivo.blogspot.com.es/2012/02/energias-limpias-renovables-y.html