2. 2
SOMMAIRE
INTRODUCTION :
La phyllosphère.
COLLECTE DES ECHANTILLONS.
METHODES D’EXTRACTION.
TECHNIQUE D’ENSEMENCEMENT.
OBSERVATION MACROSCOPIQUE.
Observation des cultures.
Recherche de la faune.
OBSERVATION MICROSCOPIQUE.
Scotch® Test.
Etats Frais.
DISCUSSION.
CONCLUSION PERPECTIVES.
3. 3
INTRODUCTION
AOUT 2010
Découverte de dépôts sur certaines plantes
de la Foret Tropicale du Biodôme.
SEMPTEMBRE 2010 :
Recherche théorique :
Hypothèse : Présence d’une maladie ?
Premières observations des dépôts à la loupe
binoculaire.
Présence de nombreux organismes.
Conclusion : Découverte d’une phyllosphère.
11 AVRIL 2011 :
Identification des organismes
présents sur 4 échantillons de feuilles.
CREATION DU PROJET PHYLLOSPHERE
4. 4
INTRODUCTION
La phyllosphère.
Micro environnement localisé sur les feuilles, tiges, bourgeons
et les fruits des plantes.
3 Catégories d’organismes:
Bactéries &
Levures
Champignons
filamenteux
Algues Invertébrés
Bryophytes
épiphylles.
Epiphylles Epiphytes Endophytes
Insectes.
6. 6
COLLECTE DES ECHANTILLONS
8 cm
19,5 cm
14,5 cm
44 cm
Spathiphyllum freidrichsthalii.
Dieffenbachia spp.
5 Dépôts.
3 Dépôts.
FIGURE
6-7
Echantillon 2.
Echantillon 1.
7. 7
COLLECTE DES ECHANTILLONS
23 cm
6 cm
DESSUS
Psidium cattleianum.
3 Dépôts.
DESSOUS
8 cm
6 cm
DESSUS
Psidium guayava.
5 Dépôts.
DESSOUS
FIGURE
8-9
Echantillon 3.
Echantillon 4.
8. 8
METHODES D’EXTRACTION
Gravité.Par Vortex®.
Prélèvement du dépôt.
Mise en suspension dans
5 mL d’eau nanopure.
Agitation 10 secondes à la
main.
Transfert du surnageant et
du sédiment .
Agitation 10 secondes au
vortex®
Obtention d’une
suspension verte.
Par ultrason.
Agitation 10 secondes aux
ultrasons
Obtention d’une
suspension verte opaque.
A partir du dépôt vert de Spathiphyllum freidrichsthalii
15. 15
DISCUSSION
Identification trop simpliste.
Réaliser des extractions d’ADN des
organismes observé et réaliser un
séquençage ADN.
Comparaison des amplicons par un BLAST.
Absence de détection de bryophytes.
Absence de bryophytes sur les échantillons.
Absence d’ensemencement des bryophytes.
Mauvaise identification.
Le milieu de culture et les methodes
de détection ont permis de détecté
des organismes qui étaient pas
recherché au départ.
Realiser le même protocole sur plusieurs
échantillons de feuilles
de la Forêt Tropicale
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CONCLUSION - PERPECTIVE
La phyllosphère de la Forêt Tropical du Biodôme de Montréal est un micro-
habitat complexe.
Beaucoup d’aspects encore inconnus.
Plusieurs pistes de nouveaux sujets
Etude des rotifères.
Recherche plus poussé des bryophytes épiphylles.
Dénombrement des insectes.
Etc…
Perspective génomique :
Métagénome de la phyllosphère de la Forêt Tropical
Amazonienne.