RStudioを使用したパッケージのビルド方法についての備忘録です. はじめにRcppSMCパッケージを例にあげての説明を行います。 つぎに, あるRcppを用いたパッケージのC++関数を, Rcppのソースコード中で使用する方法を説明します. sourceCpp()を使用する場合と, 他のパッケージで使用する場合の2つについて記しています.(追記: Rcpp 0.10.2だとエラーが出るようです...)

1. RcppSMCパッケージのソースを使用して, 1からパッケージを作成する手順を以下に記
す.
RcppSMC: Rcpp bindings for Sequential Monte Carlo
http://cran.r-project.org/web/packages/RcppSMC/index.html
1. RcppMySMCパッケージを作成し, そのsrcディレクトリに以下を保存する.
RcppSMCの
・srcのcppファイル
・inst/includeのhファイル
RStudioによるRcppを使ったパッケージ作成が簡単に行える.
詳しくは
http://www.rstudio.com/ide/docs/advanced/using_rcpp
2. Clean and Rebuild(RStudio)
ビルドは通る.
ただし, RcppSMCの公開用の関数は公開されていない.
3. cppファイルの修正
Rcpp Attribute を用いて書き直す.
extern "C" となっているfunctionについて, extern "C" の使用をやめて
// [[Rcpp::export]] 属性を使う.
修正前
extern "C" SEXP pfLineartBS(SEXP dataS, SEXP partS, SEXP usefS, SEXP funS) {
修正後
// [[Rcpp::export]]
SEXP pfLineartBS(SEXP dataS, SEXP partS, SEXP usefS, SEXP funS) {
4. Build and Reload
compileAttributes()が実行され, Rcpp::exportを適用したfunctionがRに公開される.
==> Rcpp::compileAttributes() * Updated src/RcppExports.cpp
* Updated R/RcppExports.R
5. ヘッダファイルを専用のディレクトリに移す
他のパッケージのように,
inst/include
ディレクトリを作成し, ここに.hファイルをmvする.
このままClean and Rebuildするとエラーが出る. ヘッダファイルを参照出来ないためで
ある.

2. 6. src/Makevarsへの追記
ビルドオプションの変数を追記する. ヘッダファイルの場所はsrcの位置からの相対パス
で指定できる.
## combine with standard arguments for R
PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_LIBS += $(RCPP_LDFLAGS)
※Writing R Extentions
http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.pdf
の説明
The most common use of a ‘Makevars’ file is to set additional preprocessor options (for
example include paths) for C/C++ files via PKG_CPPFLAGS, and additional compiler
flags by
setting PKG_CFLAGS, PKG_CXXFLAGS, PKG_FFLAGS or PKG_FCFLAGS, for C,
C++, FORTRAN
or Fortran 9x respectively (see Section 5.5 [Creating shared objects], page 101).
NB: Include paths are preprocessor options, not compiler options, and must be set in
PKG_CPPFLAGS as otherwise platform-specific paths (e.g. ‘-I/usr/local/include’) will
take
precedence.
7. Clean and Rebuild
4と同じようにRに公開したいfunctionが公開出来る形態でビルドが完了する.
パッケージを作成する際に, 他のパッケージで用いられているC++の関数を使用したい
場合がある.
1. 被呼び出し関数の作成
以下のようなソースファイルを持つRcppを使ったパッケージRcppMyLib1をRStudioに
より作成・ビルドする.
hoge(), fuga()はrとcppの関数として公開される.
cppの関数として公開されるとは, inst/include直下にヘッダファイルが作成されるとい
うことである.

3. 他のパッケージから参照するときには, DESCRIPTIONファイルのDependsとLinkingTo
に
このパッケージ名を記述する.
interfaces Attributes で rを記述しないと, Rへの公開がなくなる.
Rへの公開はRディレクトリのRcppExports.Rファイルにて行われているので確認する
と良い.
whatで指定されている文字列の関数がRに公開される.
この例でloadModule対象となっているRcppMyLib1_RcppExportsは,
src直下に自動生成されるRcppExports.cppに記述されている「Rcppのモジュール」で
ある.
RCPP_MODULE(名前)で「名前のRcppモジュール」が生成される.
この「Rのモジュール」がRcpp::loadModuleによってロードされている.
[補足]
たとえばRcppを使ったパッケージならRcppの関数を参照できる必要がある.
その設定がRStudioによるパッケージ作成/wRcppで自動的に行われている.
DESCRIPTIONファイルにRcppという文字列があるが, これがその自動設定である.
2. 呼び出し方
2.1 sourceCpp()を使う場合
Rcpp::depends() attributesを用いる.

4. 警告が出るが, 実行出来る.
この警告についてきちんと理解しておきたいところである…
2.2 他のパッケージから呼ぶ場合
呼び出し主体のパッケージのDESCRIPTIONファイルに使用したいパッケージを記す.
呼び出し側ソースファイルについては, 2.1 sourceCpp()の場合と違って,
Rcpp::depends() attributes を外しておく.
2.1と同じ結果が得られる.
[参考文献]
Rcpp Attributes