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Clasificación
Clasificación
Clasificación
Nucleoide    Citoplasma
                                   Membrana
Cápsula
                                    celular




                                        Pared
          Flagelo        Pili          celular
Reino Animalia
 Clasificación
 tradicional           Reino Plantae




Tres Reinos:
Sistema de Haeckel
(1894)
                       Protistas atípicos
  Reino             
                       Protozoa
  Protistas
                       Protophyta
  Reino Planta

  Reino Animal
Esquema de                         Dominio         Reino Bacteria
Margulis: dos                      Prokarya
     

dominios y 5 reinos
                                                   Reino Protoctista
     
(1988-1996)                                        Reino Fungi
                                   Dominio
                                   Eukarya         Reino Plantae
                                                   Reino Animalia




                      Dominio                 Subdominio Eubacteria
Cuatro                Prokaryota              Subdominio Archaebacteria
Subdominios           Dominio
 (Mayr 1990)          Eukaryota

                           Subdominio Protista
            
                           Subdominio
                                                 Reino Metaphyta (Plants)
                           Metabionta
                                                 Reino Fungi
                                                 Reino Animalia
                 Reino Mychota
Sistema de Copeland: cuatro
Reinos (1956)   
                              Reino Protoctista

                              Reino Plantae

                              Reino Animalia



                              Reino Monera

                              Reino Protista
 Whittaker: Cinco
 Reinos (1969)
               
                              Reino Plantae

                              Reino Fungi

                              Reino Animalia
Tres Dominios (Woese 1990)     Dominio Bacteria
                               Dominio Archaea
                              Dominio Eucarya




 Cavalier-Smith 1998         Superreino Prokaryota
                                 Reinos Bacteria
Suprareinos y Seis Reinos    Superreino Eukaryota
                                Reino Protozoa
                                Reino Animalia
                                Reino Fungi
                                Reino Plantae
                                Reino Chromista
La línea verde indica origen  bacteriano de los cloroplastos
La línea roja indica origen  bacteriano de las mitocondrias
DOMINIOS: Caracteres que los
               definen


              BACTERIA               ARCHEA          EUKARYA
 Células                procariotas                   eucariotas
Núcleo con                    NO                         SI
Membranas    enlazados por          enlaces eter,   enlazados por
 lipídicas        éster,             ramificado          éster,
             no ramificados                         no ramificados

organelas                     NO                         SI
     
ribosomas                     70S                        80S
Clasificación
Clasificación
Clasificación
La taxonomía es la ciencia de la clasificación, agrupa y separa los
organismos vivos de acuerdo a sus características fenotípicas o
genéticas. Para propósitos de clasificación, los organismos usualmente
son reconocidos en órdenes superiores, familias, géneros, especies y
subespecies.

 Es una ciencia ARTIFICIAL, influida por los avances en las
                ARTIFICIAL
 técnicas.


                            SE DIVIDE
                       2.   CLASIFICACION
                      3.    NOMENCLATURA
                       4.   IDENTIFICACION
“Es la ordenación de los microorganismos en grupos o taxones en
   función de semejanzas mutuas o de parentesco evolutivos”



    El objetivo es el de ser ESTABLE, OBJETIVA Y PREDICTIVA
“Es la asignación de un nombres específico a los grupos taxonómicos de
        acuerdo a criterios y normas preestablecidas y adminitidas
                            internacionalmente”
“Es la parte práctica de la taxonomía, dado que permite encuadrar un
determinado organismo en un grupo taxonómico previamente
establecido”
Las distintas categorías taxonómicas se definen por las propiedades y
características que poseen las bacterias que las integran.




Los datos reciben el nombre de caracteres taxonómicos. E incluyen
                                           taxonómicos
caracteres fenotípicos, genéticos y quimiotaxonómicos.
                                    quimiotaxonómicos
FENOTÍPICOS



•   1) MORFOLÓGICOS
•   2) BIOQUÍMICAS/FISIOLÓGICAS
•   3) SEROLÓGICAS
•   4) FAGOTIPIA
•   5) PRUEBAS DE INHIBICIÓN
GENÉTICOS



• 1 ) ADN / ARN: contenido de G+C, hibridación
  ADN-ADN, secuenciación del ARNr
QUIMIOTAXONÓMICOS


• 1) MEMBRANA CITOPLASMÁTICA: ácidos grasos,
  tipos de lípidos polares, presencia de ácidos
  micólicos
• 2) PARED CELULAR: tipos de peptidoglucano,
  presencia de ácidos teicoicos
• 3) PROTEÍNAS: comparación perfil proteínas,
  secuencia de aminoácidos
T
A
        ENFOQUE
X        CLÁSICO

O
N      TAXONOMÍA
        NUMÉRICA
O
M
Í   ENFOQUE GENÉTICO O
        MOLECULAR

A
RASGO O CARACTERISTICA
Forma                                Constituyentes de pared celular
Tamaño                               Fuente de energía
Morfología de colonia                Productos de fermentación
                                     Temperatura óptima de desarrollo y
Características ultraestructurales
                                     rango
Tinción                              Tolerancia osmótica
Mecanismo de motilidad               Relación con el oxígeno
Inclusiones celulares                pH óptimo y rango
                                     Sensibilidad a inhibidores y
Fuentes de carbono y nitrógeno
                                     antibióticos
Usa las características bioquímicas, morfológicas y culturales, así como
las susceptibilidad a los antibióticos y compuestos inorgánicos, para
determinar el grado de similitud entre organismos.




Se calcula luego un coeficiente o porcentaje de similitud.
                                                similitud




Se construye un dendrograma o matriz de similitudes entre los
organismos.
Ejemplo de codificación de datos


   Estados
 Característico Cepa A Cepa B Cepa C Cepa D
1      s          +      +      -      0
2                +      +      +       +
3                +      +      +       -
4                -      +      0       0
5                +      +      +       +
6                +      +       -      +
7                +      +       -      0
8                0      -      +       +
9                +      +      +       +
10               +      +      +       -
11               +      0       -      0
12               +      +      +       -
Coeficiente %S dispuesto de manera arbitraria

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    10   11   12
1    100 50    48   56   84   49   39   51   52   51   53   48
2    50 100 50      85   51   53   43   51   93   49   48   94
3    48   50 100 52      50   34   32   86   52   93   89   50
4    56   85   52 100 57      54   39   58   93   54   52   89
5    84   51   50   57 100 51      41   52   53   52   56   59
6    49   53   34   54   51 100 89      80   55   82   87   53
7    39   43   41   39   41   89 100 29      43   29   39   44
8    51   51   85   58   52   80   29 100 80      88   78   51
9    52   93   52   93   53   55   43   80 100 51      50   89
10   51   49   93   54   52   82   82   29   88 100 81      49
11   53   48   89   52   56   87   39   78   50   81 100 48
12   48   94   50   89   59   53   44   51   89   49   48 100
2
12   94
4    85   89                       %S agrupados
9    93   89   93
3    50   50   52   52
10   49   49   54   51   93
11   48   48   52   50   89   81
8    51   51   58   80   86   88   78
6    53   53   54   55   34   82   87   80
7    43   44   39   43   32   29   39   29   89
1    50   48   56   52   48   51   53   51   49   39
5    51   59   57   53   50   52   56   56   51   41   84
     2    12   4    9    3    10   11   8    6    7    1
DENDROGRAMA
                                                 GRUPO

50      60          70        80      90   100


                         C freundii               1
      Citrobacter

                         C diversus
                                                  2


     Escherichia coli
                                                  3
         GÉNERO Y ESPECIE
El significado ideal de la identificación y clasificación debe
 ser comparar la secuencia de cada secuencia de genes en una
 cepa dada, con la secuencia de genes para cada especie conocida.




 El método que se usa es la hibridización.
                            hibridización



Este método puede ser usado para medir el número de secuencias
de DNA que dos organismos cualesquiera tienen en común y para
estimar el porcentaje de divergencia dentro de las secuencias de DNA
que están relacionadas pero no son idénticas.
VEN
CLASI TAJAS DE
     FICAC       L
           ION G A
                ENETI
                     CA


                          • BRINDA UN CONCEPTO MÁS UNIFICADO
                          DE ESPECIE
                          • ES MÁS OBJETIVA Y ESTABLE
                          • SE PUEDEN ORGANIZAR ESQUEMAS DE
                          IDENTIFICACIÓN FIDEDIGNOS
                          • INDICA CÓMO EVOLUCIONARON LOS
                          MICROORGANISMOS Y CÓMO PUEDEN
                          AGRUPARSE
ESPECIE


Grupo taxonómico básico
Menos definido que para organismos superiores
Rasgos morfológicos no tan importantes
Puede ser considerada como una colección de cepas que
muestras    muchos    rasgos     en común  y   difieren
considerablemente de otras cepas
Una CEPA de una especie es considerada como CEPA TIPO
(comparar)
SUBESPECIE




Basada en variaciones fenotípicas y genotípicas
menores, pero constantes. Es la categoría más baja
aceptada oficialmente
CATEGORÍAS
                   INFRASUBESPECIE

Nombre preferido       Sinónimo       Cepas que tienen


    biovar              biotipo    prop bioquímicas o fisiológicas
                                             especiales

    serovar            serotipo     prop antigénicas distintivas


   patovar             patotipo    prop patogénicas para ciertos
                                            animales

   fagovar             fagotipo          lisis por ciertos fagos

   morfovar            morfotipo        rasgos morfológicos
                                            especiales
TIPOS DE CLASIFICACIÓN



• 1) FENÉTICAS O FENOTÍPICAS
• 2) FILOGENÉTICAS O FILÉTICAS
Clasificación
Se comparan macromoléculas que se comportan como
             “cronómetros evolutivos”.
               Sus característcias son:
              3.   distribución universal
4.   realizar la misma función en todos los seres vivos
5.   sus secuencias deben permitir la identificación de
         regiones de homología y heterogeneidad
     6. la tasa de cambio de la secuencia de la
     macromolécula debe estar en correlación con la
                  distancia evolutiva
EL USADO ES EL ARNr, Y DENTRO DE ELLOS EL 16S
A. TINCIÓN: Gram, AAR, Cápsula

B. MÉTODOS BIOQUÍMICOS: actividad enzimática, medios selectivos

C. MÉTODOS SEROLÓGICOS: aglutinación en porta, ELISA, IFI


D. TIPIFICACIÓN POR BACTERIÓFAGOS: altamente específicos (placa)

E. SECUECIACIÓN DE AMINOÁCIDOS

F. PERFIL DE ÁCIDOS GRASOS

G. COMPOSICIÓN DE BASES DEL DNA: % de G+C

 H. HIBRIDIZACIÓN DEL DNA
CULTIVO PURO




                     MORFOLOGÍA DE COLONIA Y GRAM




CARACTERÍSTICAS DE            PROPIEDADES              PROPIEDADES
                              BIOQUÍMICAS
  CRECIMIENTO                                           ANTIGÉNICAS




                CARACTERÍSTICAS GENÉTICAS O MOLECULARES




PORCENTAJE DE G+C             HIBRIDACION       ESTABILIDAD TÉRMICA
DIFICULTADES EN LA
                    IDENTIFICACIÓN



• Asegurarse que se trabaja con un cultivo PURO
• Trabajar desde categorías mayores a menores
• APLICAR EL SENTIDO COMÚN EN CADA PASO
• Usar el menor número de pruebas
• Comparar el aislamiento con cepas tipo o de
referencia
DIFICULTADES EN LA
                       IDENTIFICACIÓN


   CUANDO NO SE LOGRA IDENTIFICAR EL
            AISLAMIENTO:
• Controlar pureza
• Asegurarse que se han realizado las pruebas
apropiadas
• Controlar que los métodos sean confiables
• Que se han usado correctamente las distintas claves y
tablas
Diagnóstico                    Investigaciones
       Clínico                    No microbiológicas


                          Tomar correctamente
                    Rotular y embalar adecuadamente
                  Almacenar y transportar correctamente



         No teñidos o
     teñidos con Gram u
         otra tinción

                Característica de colonia,
             morfología, hemólisis, pigmento,
                           etc.

Por difusión en
    discos
                      Serología             Tecnologías
    o MIC                                     de DNA
Clasificación
CLASIFICACION DEL DOMINIO BACTERIA (Bergey 2001)

El Manual Bergey categoriza a las bacterias en taxones basados en la secuencia
                                   de ARNr
 Por otra parte lista características identificatorias de las bacterias tales como:
      morfología celular, coloración de Gram, requerimientos de oxígeno


        las bacterias del phylum Proteobacterias son Gram negativas
   • Alfa Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum crecen
     con niveles bajos de nutrientes (oligotróficos), algunos poseen
      prostecas (prolongaciones celulares) . Incluye a fijadores de
            nitrógeno, quimioautotrofos y quimioheterotrofos

  • Beta Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum habitan
    en el agua y suelo. Algunos son patógenos humanos, incluyen
   quimioautotrofos y quimioheterotrofos. Bordetella, Burkholderia,
                                Neisseria
• Gama Proteobacterias: incluye los ordenes Pseudomonadales,
     Legionellales, Vibrionales, Enterobacteriales, Pasteurellales,
                              Francisella




   • Delta Proteobacterias: incluye los géneros Myxococcus y
Bdellovibrio, parásitos de otras bacterias y el género Desulfovibrio




     • Epsilon Proteobacterias: incluye los patógenos humanos
                   Campylobacter y Helicobacter
Bacterias Gram negativas No-proteobacterias



Las phyla de bacterias Gram negativas no relacionadas filogeneticamente a
    Proteobacteria se clasifican en varios phyla de Gram negativas no
                              Proteobacterias



1. El phylum Cyanobacteria corresponde a los fotoautotrofos que utilizan la
     luz como fuente de energía y CO2 como fuente de carbono y producen
                          O2 durante la fotosíntesis



2. Los quimioheterotrofos incluyen Chlamydia (phylum Planctomyces),
        Bacteroides (phylum Bacteroides), Fusobacterium (phylum
  Fusobacteria) y Treponema, Borrelia y Leptospira (phylum Spirochetes).
                   Muchos de ellos patógenos humanos
El Manual Bergey divide a las bacterias Gram Positivas de
                     acuerdo a su contenido de G+C


1. Bacterias Gram Positivas de alto contenido de G+C (phylum Actinobacteria)
     incluye el importante género Mycobacterium y los géneros filamentosos
        Actinomyces y Streptomyces, formadores de conidiosporas. Los no
    formadores Nocardia y Frankia también se incluyen aquí. Corynebacterium,
                                Propionibacterium



 2. Bacterias Gram Positivas de bajo contenido de G+C (phylum Firmicutes)
    incluye a las bacterias del suelo, las lácticas y numerosos patógenos. Los
      órdenes Clostridiales (Clostridium), Bacillales (Bacillus) Lacobacilalles
  (Staphylococcus, Streptococcus, Listeria y Lactobacillus). También incluye a
     Micoplasmas (todavía clasificados como Gram negativos), pero como se
   tiñen débilmente por su falta de pared, se incluyen entre las bacterias Gram
                       positivas de bajo contenido de G+C
Las bacterias fotosintetizadoras verdes (sulfúreas y no sulfúreas) y las púrpuras
  (sulfúreas y no sulfúreas) son fotoautotrofas gram negativas que usan energía
luminosa y CO2 como fuente de carbono y no producen O2 (anoxigénicas). Se las
 clasifica por una parte dentro de dos sub-phyla diferentes de las Proteobacterias
                    y por otra dentro de las no Proteobacterias
Clasificación
“El estudio científico de los tipos y diversidad de
organismos y de cualquiera y todas las relaciones
          entre ellos " (Simpson, 1961)
REINOS


                                  Animalia
• 1753   C. Linnaeus   2 Reinos
                             Plantae


                                  Animalia
• 1800´s E. Haeckel    3 Reinos   Plantae
                                  Protista
REINOS
                                  Animalia
                                  Plantae
• 1969 H.R. Whitaker 5 Reinos     Protista
                                  Fungi
                                  Monera

                                 Eukaryotes
• 1977 C. Woese 3 Reinos        Archaebacteria


 Eubacteria
REINO                           Procaryotae
DIVISIÓN I: Gracilicutes
   CLASE I: Scotobacteria

   CLASE II: Anoxyphotobacteria
   CLASE III: Oxyphotobacteria

DIVISIÓN II: Firmicutes
   CLASE I: Firmibacteria
   CLASE II: Thallobacteria

DIVISIÓN III: Tenericutes
  CLASE I: Mollicutes

DIVISIÓN IV: Mendosicutes
  CLASE I: Archaobacteria
REINO                REINO

 Animalia             Procaryotae


Phylum: Cordata       Gracilicutes

Clase: Mammalia       Scotobacteria

Orden: Primates      Spirochaetales

Familia: Hominidae   Spirochaetaceae

Género: Homo           Treponema

Especie: sapiens         pallidum
Las Proteobacterias son uno de los principales grupos de bacterias.
Patógenas y de vida libre, e incluyen muchas de las bacterias responsables
de la fijación del nitrógeno.Gram negativas, con una pared celular formada
principalmente de lipopolisacáridos. Muchas se mueven utilizando flagelos.
La mayoría de las proteobacterias son anaerobias, pero hay muchas
excepciones. La nutrición es usualmente heterótrofa,pero hay grupos que
realizan fotosíntesis. Las proteobacterias se dividen en cinco grupos, usualmente
considerados clases, según los estudios de las secuencias de ARNr.
Estos grupos se denominan según las letras griegas de alpha a epsilon
Proteobacterias alpha
Las proteobacterias alpha abarcan la mayoría de los géneros fototrofos,
pero también varios géneros que metabolizan componentes C1,
simbiontes de plantas (por ejemplo, rhizobia) y de animales y un
grupo de patógenos peligrosos, Rickettsiaceae. Por otra parte, se
piensa que los precursores de las mitocondrias de la células
eucariotas se han originado en este grupo bacteriano.
Proteobacterias beta
Las proteobacterias beta abarcan varios grupos de las bacterias aerobias
o facultativas que son a menudo altamente versátiles en sus capacidades
de degradación, pero también contienen géneros quimiolitotróficos
y algunos fototrofos. Las Proteobacterias beta juegan un papel importante en la
fijación de nitrógeno en varios tipos de plantas, oxidando amonio para producir
nitrito, un producto químico importante para la función de las plantas.
Muchas de ellas se encuentran en muestras ambientales, tales como aguas residuales
o el suelo. Especies patógenas dentro de esta clase son Neisseriaceae
(que causa gonorrea y meningoencefalitis) y las especies del género Burkholderia.
Proteobacterias gamma
Las proteobacterias gamma abarcan varios grupos de bacterias importantes para
la ciencia y la medicina tales como Enterobacteriaceae, Vibrionaceae y
Pseudomonadaceae.
 Este grupo incluye varios patógenos importantes, como por ejemplo, Salmonella
(enteritis y fiebre tifoidea), Yersinia (peste), Vibrio (cólera), Pseudomonas aeruginosa
 (infecciones del pulmón en pacientes hospitalizados o con fibrosis quística).
Proteobacterias delta
Abarcan un grupo de géneros predominante aerobios, myxobacteria, que
forman cuerpos fructíferos y un grupo de géneros estrictamente anaerobios,
que contienen la mayor parte de las bacterias reductoras de sulfato y de las
bacterias reductoras de sulfuro junto con otras bacterias anaerobias con
diferente fisiología.
Proteobacterias epsilon
Comprenden solamente unos pocos géneros, principalmente Wolinella, Helicobacter y
Campylobacter,que tienen forma helicoidal. La mayor parte de las especies conocidas
habitan en el tracto digestivo de seres humanos y animales y proporcionan servicio como
simbiontes (Wolinella en el ganado vacuno) o son patógenos (Helicobacter en el
estómago, Campylobacter en el duodeno). También se han recuperado numerosas
secuencias ambientales de respiraderos fríos e hidrotermales.

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Clasificación

  • 4. Nucleoide Citoplasma Membrana Cápsula celular Pared Flagelo Pili celular
  • 5. Reino Animalia Clasificación tradicional Reino Plantae Tres Reinos: Sistema de Haeckel (1894) Protistas atípicos Reino     Protozoa Protistas Protophyta Reino Planta Reino Animal
  • 6. Esquema de Dominio Reino Bacteria Margulis: dos Prokarya   dominios y 5 reinos   Reino Protoctista   (1988-1996) Reino Fungi Dominio Eukarya Reino Plantae Reino Animalia Dominio Subdominio Eubacteria Cuatro Prokaryota Subdominio Archaebacteria Subdominios Dominio (Mayr 1990) Eukaryota Subdominio Protista     Subdominio Reino Metaphyta (Plants) Metabionta Reino Fungi Reino Animalia
  • 7.     Reino Mychota Sistema de Copeland: cuatro Reinos (1956)      Reino Protoctista     Reino Plantae     Reino Animalia     Reino Monera     Reino Protista Whittaker: Cinco Reinos (1969)      Reino Plantae     Reino Fungi     Reino Animalia
  • 8. Tres Dominios (Woese 1990) Dominio Bacteria Dominio Archaea Dominio Eucarya Cavalier-Smith 1998 Superreino Prokaryota Reinos Bacteria Suprareinos y Seis Reinos Superreino Eukaryota Reino Protozoa Reino Animalia Reino Fungi Reino Plantae Reino Chromista
  • 9. La línea verde indica origen  bacteriano de los cloroplastos La línea roja indica origen  bacteriano de las mitocondrias
  • 10. DOMINIOS: Caracteres que los definen BACTERIA ARCHEA EUKARYA Células  procariotas eucariotas Núcleo con NO SI Membranas enlazados por enlaces eter, enlazados por lipídicas éster,  ramificado éster, no ramificados no ramificados organelas NO SI   ribosomas 70S 80S
  • 14. La taxonomía es la ciencia de la clasificación, agrupa y separa los organismos vivos de acuerdo a sus características fenotípicas o genéticas. Para propósitos de clasificación, los organismos usualmente son reconocidos en órdenes superiores, familias, géneros, especies y subespecies. Es una ciencia ARTIFICIAL, influida por los avances en las ARTIFICIAL técnicas. SE DIVIDE 2. CLASIFICACION 3. NOMENCLATURA 4. IDENTIFICACION
  • 15. “Es la ordenación de los microorganismos en grupos o taxones en función de semejanzas mutuas o de parentesco evolutivos” El objetivo es el de ser ESTABLE, OBJETIVA Y PREDICTIVA
  • 16. “Es la asignación de un nombres específico a los grupos taxonómicos de acuerdo a criterios y normas preestablecidas y adminitidas internacionalmente”
  • 17. “Es la parte práctica de la taxonomía, dado que permite encuadrar un determinado organismo en un grupo taxonómico previamente establecido”
  • 18. Las distintas categorías taxonómicas se definen por las propiedades y características que poseen las bacterias que las integran. Los datos reciben el nombre de caracteres taxonómicos. E incluyen taxonómicos caracteres fenotípicos, genéticos y quimiotaxonómicos. quimiotaxonómicos
  • 19. FENOTÍPICOS • 1) MORFOLÓGICOS • 2) BIOQUÍMICAS/FISIOLÓGICAS • 3) SEROLÓGICAS • 4) FAGOTIPIA • 5) PRUEBAS DE INHIBICIÓN
  • 20. GENÉTICOS • 1 ) ADN / ARN: contenido de G+C, hibridación ADN-ADN, secuenciación del ARNr
  • 21. QUIMIOTAXONÓMICOS • 1) MEMBRANA CITOPLASMÁTICA: ácidos grasos, tipos de lípidos polares, presencia de ácidos micólicos • 2) PARED CELULAR: tipos de peptidoglucano, presencia de ácidos teicoicos • 3) PROTEÍNAS: comparación perfil proteínas, secuencia de aminoácidos
  • 22. T A ENFOQUE X CLÁSICO O N TAXONOMÍA NUMÉRICA O M Í ENFOQUE GENÉTICO O MOLECULAR A
  • 23. RASGO O CARACTERISTICA Forma Constituyentes de pared celular Tamaño Fuente de energía Morfología de colonia Productos de fermentación Temperatura óptima de desarrollo y Características ultraestructurales rango Tinción Tolerancia osmótica Mecanismo de motilidad Relación con el oxígeno Inclusiones celulares pH óptimo y rango Sensibilidad a inhibidores y Fuentes de carbono y nitrógeno antibióticos
  • 24. Usa las características bioquímicas, morfológicas y culturales, así como las susceptibilidad a los antibióticos y compuestos inorgánicos, para determinar el grado de similitud entre organismos. Se calcula luego un coeficiente o porcentaje de similitud. similitud Se construye un dendrograma o matriz de similitudes entre los organismos.
  • 25. Ejemplo de codificación de datos Estados Característico Cepa A Cepa B Cepa C Cepa D 1 s + + - 0 2 + + + + 3 + + + - 4 - + 0 0 5 + + + + 6 + + - + 7 + + - 0 8 0 - + + 9 + + + + 10 + + + - 11 + 0 - 0 12 + + + -
  • 26. Coeficiente %S dispuesto de manera arbitraria 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 100 50 48 56 84 49 39 51 52 51 53 48 2 50 100 50 85 51 53 43 51 93 49 48 94 3 48 50 100 52 50 34 32 86 52 93 89 50 4 56 85 52 100 57 54 39 58 93 54 52 89 5 84 51 50 57 100 51 41 52 53 52 56 59 6 49 53 34 54 51 100 89 80 55 82 87 53 7 39 43 41 39 41 89 100 29 43 29 39 44 8 51 51 85 58 52 80 29 100 80 88 78 51 9 52 93 52 93 53 55 43 80 100 51 50 89 10 51 49 93 54 52 82 82 29 88 100 81 49 11 53 48 89 52 56 87 39 78 50 81 100 48 12 48 94 50 89 59 53 44 51 89 49 48 100
  • 27. 2 12 94 4 85 89 %S agrupados 9 93 89 93 3 50 50 52 52 10 49 49 54 51 93 11 48 48 52 50 89 81 8 51 51 58 80 86 88 78 6 53 53 54 55 34 82 87 80 7 43 44 39 43 32 29 39 29 89 1 50 48 56 52 48 51 53 51 49 39 5 51 59 57 53 50 52 56 56 51 41 84 2 12 4 9 3 10 11 8 6 7 1
  • 28. DENDROGRAMA GRUPO 50 60 70 80 90 100 C freundii 1 Citrobacter C diversus 2 Escherichia coli 3 GÉNERO Y ESPECIE
  • 29. El significado ideal de la identificación y clasificación debe ser comparar la secuencia de cada secuencia de genes en una cepa dada, con la secuencia de genes para cada especie conocida. El método que se usa es la hibridización. hibridización Este método puede ser usado para medir el número de secuencias de DNA que dos organismos cualesquiera tienen en común y para estimar el porcentaje de divergencia dentro de las secuencias de DNA que están relacionadas pero no son idénticas.
  • 30. VEN CLASI TAJAS DE FICAC L ION G A ENETI CA • BRINDA UN CONCEPTO MÁS UNIFICADO DE ESPECIE • ES MÁS OBJETIVA Y ESTABLE • SE PUEDEN ORGANIZAR ESQUEMAS DE IDENTIFICACIÓN FIDEDIGNOS • INDICA CÓMO EVOLUCIONARON LOS MICROORGANISMOS Y CÓMO PUEDEN AGRUPARSE
  • 31. ESPECIE Grupo taxonómico básico Menos definido que para organismos superiores Rasgos morfológicos no tan importantes Puede ser considerada como una colección de cepas que muestras muchos rasgos en común y difieren considerablemente de otras cepas Una CEPA de una especie es considerada como CEPA TIPO (comparar)
  • 32. SUBESPECIE Basada en variaciones fenotípicas y genotípicas menores, pero constantes. Es la categoría más baja aceptada oficialmente
  • 33. CATEGORÍAS INFRASUBESPECIE Nombre preferido Sinónimo Cepas que tienen biovar biotipo prop bioquímicas o fisiológicas especiales serovar serotipo prop antigénicas distintivas patovar patotipo prop patogénicas para ciertos animales fagovar fagotipo lisis por ciertos fagos morfovar morfotipo rasgos morfológicos especiales
  • 34. TIPOS DE CLASIFICACIÓN • 1) FENÉTICAS O FENOTÍPICAS • 2) FILOGENÉTICAS O FILÉTICAS
  • 36. Se comparan macromoléculas que se comportan como “cronómetros evolutivos”. Sus característcias son: 3. distribución universal 4. realizar la misma función en todos los seres vivos 5. sus secuencias deben permitir la identificación de regiones de homología y heterogeneidad 6. la tasa de cambio de la secuencia de la macromolécula debe estar en correlación con la distancia evolutiva EL USADO ES EL ARNr, Y DENTRO DE ELLOS EL 16S
  • 37. A. TINCIÓN: Gram, AAR, Cápsula B. MÉTODOS BIOQUÍMICOS: actividad enzimática, medios selectivos C. MÉTODOS SEROLÓGICOS: aglutinación en porta, ELISA, IFI D. TIPIFICACIÓN POR BACTERIÓFAGOS: altamente específicos (placa) E. SECUECIACIÓN DE AMINOÁCIDOS F. PERFIL DE ÁCIDOS GRASOS G. COMPOSICIÓN DE BASES DEL DNA: % de G+C H. HIBRIDIZACIÓN DEL DNA
  • 38. CULTIVO PURO MORFOLOGÍA DE COLONIA Y GRAM CARACTERÍSTICAS DE PROPIEDADES PROPIEDADES BIOQUÍMICAS CRECIMIENTO ANTIGÉNICAS CARACTERÍSTICAS GENÉTICAS O MOLECULARES PORCENTAJE DE G+C HIBRIDACION ESTABILIDAD TÉRMICA
  • 39. DIFICULTADES EN LA IDENTIFICACIÓN • Asegurarse que se trabaja con un cultivo PURO • Trabajar desde categorías mayores a menores • APLICAR EL SENTIDO COMÚN EN CADA PASO • Usar el menor número de pruebas • Comparar el aislamiento con cepas tipo o de referencia
  • 40. DIFICULTADES EN LA IDENTIFICACIÓN CUANDO NO SE LOGRA IDENTIFICAR EL AISLAMIENTO: • Controlar pureza • Asegurarse que se han realizado las pruebas apropiadas • Controlar que los métodos sean confiables • Que se han usado correctamente las distintas claves y tablas
  • 41. Diagnóstico Investigaciones Clínico No microbiológicas Tomar correctamente Rotular y embalar adecuadamente Almacenar y transportar correctamente No teñidos o teñidos con Gram u otra tinción Característica de colonia, morfología, hemólisis, pigmento, etc. Por difusión en discos Serología Tecnologías o MIC de DNA
  • 43. CLASIFICACION DEL DOMINIO BACTERIA (Bergey 2001) El Manual Bergey categoriza a las bacterias en taxones basados en la secuencia de ARNr Por otra parte lista características identificatorias de las bacterias tales como: morfología celular, coloración de Gram, requerimientos de oxígeno las bacterias del phylum Proteobacterias son Gram negativas • Alfa Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum crecen con niveles bajos de nutrientes (oligotróficos), algunos poseen prostecas (prolongaciones celulares) . Incluye a fijadores de nitrógeno, quimioautotrofos y quimioheterotrofos • Beta Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum habitan en el agua y suelo. Algunos son patógenos humanos, incluyen quimioautotrofos y quimioheterotrofos. Bordetella, Burkholderia, Neisseria
  • 44. • Gama Proteobacterias: incluye los ordenes Pseudomonadales, Legionellales, Vibrionales, Enterobacteriales, Pasteurellales, Francisella • Delta Proteobacterias: incluye los géneros Myxococcus y Bdellovibrio, parásitos de otras bacterias y el género Desulfovibrio • Epsilon Proteobacterias: incluye los patógenos humanos Campylobacter y Helicobacter
  • 45. Bacterias Gram negativas No-proteobacterias Las phyla de bacterias Gram negativas no relacionadas filogeneticamente a Proteobacteria se clasifican en varios phyla de Gram negativas no Proteobacterias 1. El phylum Cyanobacteria corresponde a los fotoautotrofos que utilizan la luz como fuente de energía y CO2 como fuente de carbono y producen O2 durante la fotosíntesis 2. Los quimioheterotrofos incluyen Chlamydia (phylum Planctomyces), Bacteroides (phylum Bacteroides), Fusobacterium (phylum Fusobacteria) y Treponema, Borrelia y Leptospira (phylum Spirochetes). Muchos de ellos patógenos humanos
  • 46. El Manual Bergey divide a las bacterias Gram Positivas de acuerdo a su contenido de G+C 1. Bacterias Gram Positivas de alto contenido de G+C (phylum Actinobacteria) incluye el importante género Mycobacterium y los géneros filamentosos Actinomyces y Streptomyces, formadores de conidiosporas. Los no formadores Nocardia y Frankia también se incluyen aquí. Corynebacterium, Propionibacterium 2. Bacterias Gram Positivas de bajo contenido de G+C (phylum Firmicutes) incluye a las bacterias del suelo, las lácticas y numerosos patógenos. Los órdenes Clostridiales (Clostridium), Bacillales (Bacillus) Lacobacilalles (Staphylococcus, Streptococcus, Listeria y Lactobacillus). También incluye a Micoplasmas (todavía clasificados como Gram negativos), pero como se tiñen débilmente por su falta de pared, se incluyen entre las bacterias Gram positivas de bajo contenido de G+C
  • 47. Las bacterias fotosintetizadoras verdes (sulfúreas y no sulfúreas) y las púrpuras (sulfúreas y no sulfúreas) son fotoautotrofas gram negativas que usan energía luminosa y CO2 como fuente de carbono y no producen O2 (anoxigénicas). Se las clasifica por una parte dentro de dos sub-phyla diferentes de las Proteobacterias y por otra dentro de las no Proteobacterias
  • 49. “El estudio científico de los tipos y diversidad de organismos y de cualquiera y todas las relaciones entre ellos " (Simpson, 1961)
  • 50. REINOS Animalia • 1753 C. Linnaeus 2 Reinos Plantae Animalia • 1800´s E. Haeckel 3 Reinos Plantae Protista
  • 51. REINOS Animalia Plantae • 1969 H.R. Whitaker 5 Reinos Protista Fungi Monera Eukaryotes • 1977 C. Woese 3 Reinos Archaebacteria Eubacteria
  • 52. REINO Procaryotae DIVISIÓN I: Gracilicutes CLASE I: Scotobacteria CLASE II: Anoxyphotobacteria CLASE III: Oxyphotobacteria DIVISIÓN II: Firmicutes CLASE I: Firmibacteria CLASE II: Thallobacteria DIVISIÓN III: Tenericutes CLASE I: Mollicutes DIVISIÓN IV: Mendosicutes CLASE I: Archaobacteria
  • 53. REINO REINO Animalia Procaryotae Phylum: Cordata Gracilicutes Clase: Mammalia Scotobacteria Orden: Primates Spirochaetales Familia: Hominidae Spirochaetaceae Género: Homo Treponema Especie: sapiens pallidum
  • 54. Las Proteobacterias son uno de los principales grupos de bacterias. Patógenas y de vida libre, e incluyen muchas de las bacterias responsables de la fijación del nitrógeno.Gram negativas, con una pared celular formada principalmente de lipopolisacáridos. Muchas se mueven utilizando flagelos. La mayoría de las proteobacterias son anaerobias, pero hay muchas excepciones. La nutrición es usualmente heterótrofa,pero hay grupos que realizan fotosíntesis. Las proteobacterias se dividen en cinco grupos, usualmente considerados clases, según los estudios de las secuencias de ARNr. Estos grupos se denominan según las letras griegas de alpha a epsilon
  • 55. Proteobacterias alpha Las proteobacterias alpha abarcan la mayoría de los géneros fototrofos, pero también varios géneros que metabolizan componentes C1, simbiontes de plantas (por ejemplo, rhizobia) y de animales y un grupo de patógenos peligrosos, Rickettsiaceae. Por otra parte, se piensa que los precursores de las mitocondrias de la células eucariotas se han originado en este grupo bacteriano.
  • 56. Proteobacterias beta Las proteobacterias beta abarcan varios grupos de las bacterias aerobias o facultativas que son a menudo altamente versátiles en sus capacidades de degradación, pero también contienen géneros quimiolitotróficos y algunos fototrofos. Las Proteobacterias beta juegan un papel importante en la fijación de nitrógeno en varios tipos de plantas, oxidando amonio para producir nitrito, un producto químico importante para la función de las plantas. Muchas de ellas se encuentran en muestras ambientales, tales como aguas residuales o el suelo. Especies patógenas dentro de esta clase son Neisseriaceae (que causa gonorrea y meningoencefalitis) y las especies del género Burkholderia.
  • 57. Proteobacterias gamma Las proteobacterias gamma abarcan varios grupos de bacterias importantes para la ciencia y la medicina tales como Enterobacteriaceae, Vibrionaceae y Pseudomonadaceae. Este grupo incluye varios patógenos importantes, como por ejemplo, Salmonella (enteritis y fiebre tifoidea), Yersinia (peste), Vibrio (cólera), Pseudomonas aeruginosa (infecciones del pulmón en pacientes hospitalizados o con fibrosis quística).
  • 58. Proteobacterias delta Abarcan un grupo de géneros predominante aerobios, myxobacteria, que forman cuerpos fructíferos y un grupo de géneros estrictamente anaerobios, que contienen la mayor parte de las bacterias reductoras de sulfato y de las bacterias reductoras de sulfuro junto con otras bacterias anaerobias con diferente fisiología.
  • 59. Proteobacterias epsilon Comprenden solamente unos pocos géneros, principalmente Wolinella, Helicobacter y Campylobacter,que tienen forma helicoidal. La mayor parte de las especies conocidas habitan en el tracto digestivo de seres humanos y animales y proporcionan servicio como simbiontes (Wolinella en el ganado vacuno) o son patógenos (Helicobacter en el estómago, Campylobacter en el duodeno). También se han recuperado numerosas secuencias ambientales de respiraderos fríos e hidrotermales.