La microscopía confocal permite estudiar muestras tridimensionales mediante la detección de luz emitida por moléculas fluorescentes en un solo plano. Se usa principalmente para estudiar células, tejidos y embriones vivos a lo largo del tiempo, obteniendo películas que muestran el comportamiento de sistemas biológicos bajo tratamientos. Proporciona imágenes de mejor calidad que otros microscopios al enfocar la luz solo en un plano y eliminar la luz de planos fuera de foco.