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Investigación en patología de
            arroz

 Centro Internacional de Agricultura
            Tropical CIAT
     g.m.mosquera@cgiar.org



                              Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Introducción
Papel del CIAT en el sector arrocero Latinoamericano:
• Germoplasma base para los diferentes programas de
  mejoramiento
• Aliado estrategico de los programas regionales para
  fortalecer las capacidas de investigación

• Punto de convergencia entre los diferentes sectores
  que buscan mejorar el cultivo a nivel de America
  Latina y el Caribe (LAC)


                                      Eco-Efficient Agriculture for the Poor
A nivel especifico de area:
•Componente esencial para los programas de
mejoramiento en busca del desarrollo de mejores
variedades




                                   Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Nuestras fortalezas
• Infraestructura para la evaluación de germoplasma
  “hot spot” en Santa Rosa para multiples enfermedades,
  incluyendo Pirycularia
• Partners Locales FLAR (Latin America)
                   Fedearroz (Colombia)
                   Univerisidades (Colombia)
           Global IRRI
                   K-State University
                   CIRAD-INRA

                                       Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Principales objetivos

-Enfermedades de amplia distribucion y dificil manejo:

         Pirycularia

-Enfermedades emergentes que afectan la region:

         Vaneamiento del grano por Burkholderia glumae

-Estudio de las implicaciones del cambio climatico sobre la sanidad de la
planta

         Proyeccion a los problemas sanitarios que enfrentara el cultivo en
         el futuro




                                                    Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Pirycularia
• Ampliación de la base genética de la
  resistencia a Pirycularia
• Identificación de la estructura de razas del
  hongo en Colombia y en otros paises de LAC
• Actualización de los sistemas de evaluación de
  germoplasma (razas representativas)


                                  Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Pirycularia
Ampliación de la base genética de la resistencia a
Pirycularia

*Utilización de herramientas biotecnologicas
-Re-secuenciación de genotipos promisorios

-Análisis comparativo a nivel de genomas para
descubrir genes

-Diseño de marcadores moleculares funcionales




                                       Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Pirycularia
Identificación de la estructura de razas del hongo en
Colombia y en otros paises de LAC

*Utilizacion del sistema global de caracterización de razas
(IRRI-JIRCAS)

-24 Genes de resistencia sobre lineas monogenicas

-Colección actualizada de aislamientos del hongo

-Inoculaciones artificiales en invernadero CIAT, K-State


                                        Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Pirycularia
Actualización de los sistemas de evaluación de germoplasma
(razas representativas de cada localidad)




                                        Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Distribución del muestreo de Pirycularia en Colombia



                                       Sitios representados:

                                       Meta 6 sitios
                                       Tolima
                                       Casanare
                                       Cordoba
                                       N. Santander
                                       Sucre


                                       Isolates 20501 and 20504 from
                                       Casanare

                                                        variety
                                            Isolate     FED50     OL5       FED174
                                                  20501      2          S       2
                                                  20504      S          S       2




                                                     Eco-Efficient Agriculture for the Poor
A nivel de LAC

Estudios de Campo
Set de diferenciales evaluados en Colombia, Nicaragua, Costa Rica.

Estudios en Invernadero
Muestras de Costa Rica y Brasil están siendo procesados en K-State.

Otros países con presencia alta de Pirycularia deberían ser incluidos
en este estudio.




                                               Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Cuales son los resultados esperados?


*Re-secuenciación de genotipos altamente resistentes e identificación de
genes de R y sus marcadores respectivos.

*Mejorar las herramientas de selección de genotipos resistentes

*Construcción de un mapa de distribución de razas de Pirycularia para LAC

*Diseño de mejoramiento para resistencia a Pirycularia (sitio-especifico)




                                                         Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Vaneamiento por B. glumae

-Estudios de componentes determinantes de la
enfermedad ( Condiciones abioticas)

-Identificación de potenciales fuentes de tolerancia

*Utilización de herramientas biotecnológicas
-Re-secuenciación de genotipos promisorios

-Analisis comparativo a nivel de genomas para descubrir
genes

-Diseño de marcadores moleculares funcionales



                                           Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Vaneamiento por B. glumae

                          Analisis de muestras de campo con
                          vaneamiento
                                                          B. glumaed




                     Symptom type seeds        No. of       No. of
                                               tested      positives     (%)d
                                              samples      samples



                      Grain discoloration a     188          160         85.1

                       Grain   darkeningb       87            26         29.9

                         Symptomlessc           213           73         34.3

                               Total            488          256




                                                      Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Reproducción de síntomas en invernadero



90



60




35

30

25




                                    Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Alto potencial de daño en la producción

                                                              Adjusted weight to
      Bacterium   Strain code   Pigment Range   Damage (%)1
                                                                   14% MC

      B. glumae    3200-12       Dark yellow       93.8 a           0.60 b

                   3704-18        Pale yellow     73.1 bc           1.91 a

                    4228-2       Dark yellow       55.7 c           2.26 a



  Sterile Water                                      0              2.46a




                                                                             Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Cuales son los resultados esperados?


*Re-secuenciación de genotipos tolerantes e identificación de genes de R y
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                                                       Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Cambio climatico vs respuesta de defensa de la
planta
                    Utilización de metodologías mas precisas para el
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                                               Eco-Efficient Agriculture for the Poor
Grupo de Patología:


Gustavo Prado (Pirycularia)
Cristian Vallejos
Girlena Aricapa

Paola Fory (B. glumae)

Apoyo técnico

Carlos Home
Carlos Prado (FEDEARROZ)
Benjamin reinoso
Liliana Bolaños (FEDEARROZ)




                              Eco-Efficient Agriculture for the Poor
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Investigacion en patologia de arroz

  • 1. Investigación en patología de arroz Centro Internacional de Agricultura Tropical CIAT g.m.mosquera@cgiar.org Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 2. Introducción Papel del CIAT en el sector arrocero Latinoamericano: • Germoplasma base para los diferentes programas de mejoramiento • Aliado estrategico de los programas regionales para fortalecer las capacidas de investigación • Punto de convergencia entre los diferentes sectores que buscan mejorar el cultivo a nivel de America Latina y el Caribe (LAC) Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 3. A nivel especifico de area: •Componente esencial para los programas de mejoramiento en busca del desarrollo de mejores variedades Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 4. Nuestras fortalezas • Infraestructura para la evaluación de germoplasma “hot spot” en Santa Rosa para multiples enfermedades, incluyendo Pirycularia • Partners Locales FLAR (Latin America) Fedearroz (Colombia) Univerisidades (Colombia) Global IRRI K-State University CIRAD-INRA Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 5. Principales objetivos -Enfermedades de amplia distribucion y dificil manejo: Pirycularia -Enfermedades emergentes que afectan la region: Vaneamiento del grano por Burkholderia glumae -Estudio de las implicaciones del cambio climatico sobre la sanidad de la planta Proyeccion a los problemas sanitarios que enfrentara el cultivo en el futuro Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 6. Pirycularia • Ampliación de la base genética de la resistencia a Pirycularia • Identificación de la estructura de razas del hongo en Colombia y en otros paises de LAC • Actualización de los sistemas de evaluación de germoplasma (razas representativas) Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 7. Pirycularia Ampliación de la base genética de la resistencia a Pirycularia *Utilización de herramientas biotecnologicas -Re-secuenciación de genotipos promisorios -Análisis comparativo a nivel de genomas para descubrir genes -Diseño de marcadores moleculares funcionales Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 8. Pirycularia Identificación de la estructura de razas del hongo en Colombia y en otros paises de LAC *Utilizacion del sistema global de caracterización de razas (IRRI-JIRCAS) -24 Genes de resistencia sobre lineas monogenicas -Colección actualizada de aislamientos del hongo -Inoculaciones artificiales en invernadero CIAT, K-State Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 9. Pirycularia Actualización de los sistemas de evaluación de germoplasma (razas representativas de cada localidad) Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 10. Distribución del muestreo de Pirycularia en Colombia Sitios representados: Meta 6 sitios Tolima Casanare Cordoba N. Santander Sucre Isolates 20501 and 20504 from Casanare variety Isolate FED50 OL5 FED174 20501 2 S 2 20504 S S 2 Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 11. A nivel de LAC Estudios de Campo Set de diferenciales evaluados en Colombia, Nicaragua, Costa Rica. Estudios en Invernadero Muestras de Costa Rica y Brasil están siendo procesados en K-State. Otros países con presencia alta de Pirycularia deberían ser incluidos en este estudio. Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 12. Cuales son los resultados esperados? *Re-secuenciación de genotipos altamente resistentes e identificación de genes de R y sus marcadores respectivos. *Mejorar las herramientas de selección de genotipos resistentes *Construcción de un mapa de distribución de razas de Pirycularia para LAC *Diseño de mejoramiento para resistencia a Pirycularia (sitio-especifico) Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 13. Vaneamiento por B. glumae -Estudios de componentes determinantes de la enfermedad ( Condiciones abioticas) -Identificación de potenciales fuentes de tolerancia *Utilización de herramientas biotecnológicas -Re-secuenciación de genotipos promisorios -Analisis comparativo a nivel de genomas para descubrir genes -Diseño de marcadores moleculares funcionales Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 14. Vaneamiento por B. glumae Analisis de muestras de campo con vaneamiento B. glumaed Symptom type seeds No. of No. of tested positives (%)d samples samples Grain discoloration a 188 160 85.1 Grain darkeningb 87 26 29.9 Symptomlessc 213 73 34.3 Total 488 256 Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 15. Reproducción de síntomas en invernadero 90 60 35 30 25 Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 16. Alto potencial de daño en la producción Adjusted weight to Bacterium Strain code Pigment Range Damage (%)1 14% MC B. glumae 3200-12 Dark yellow 93.8 a 0.60 b 3704-18 Pale yellow 73.1 bc 1.91 a 4228-2 Dark yellow 55.7 c 2.26 a Sterile Water 0 2.46a Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 17. Cuales son los resultados esperados? *Re-secuenciación de genotipos tolerantes e identificación de genes de R y sus marcadores respectivos. *Mejorar las herramientas de selección de genotipos resistentes Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 18. Cambio climatico vs respuesta de defensa de la planta Utilización de metodologías mas precisas para el fenotipado Parámetros: temperaturas, humedad, etc Como interactúan los diferentes factores en la respuesta de la planta a diferentes patógenos? Que patógenos se verán favorecidos/afectados por las condiciones abióticas? Eco-Efficient Agriculture for the Poor
  • 19. Grupo de Patología: Gustavo Prado (Pirycularia) Cristian Vallejos Girlena Aricapa Paola Fory (B. glumae) Apoyo técnico Carlos Home Carlos Prado (FEDEARROZ) Benjamin reinoso Liliana Bolaños (FEDEARROZ) Eco-Efficient Agriculture for the Poor