Support de cours de Maîtrise de l'information scientifique (MV401) pour les Master 1 Biologie moléculaire et cellulaire de l'UPMC.

1. MASTER 1 BMC
2010-2011
MAITRISE DE
L’INFORMATION
SCIENTIFIQUE
claire.sonnefraud@upmc.fr

2. Contenu de la formation
1 cours en salle info : 3h
1 examen : 1h
Formation à distance : vidéos, cours et
exercices disponibles sur Jubil
Dates des examens:
Semaine du 13 décembre 2010.
Notes des examens : les points au-dessus de 10 sont
divisés par deux et ajoutés à la note de l’oral de TP

3. Formation à distance
 Pour préparer le cours, il vous est demandé d’avoir lu ce diaporama et
regardé les tutoriels vidéo.
 La mention « Tutoriel vidéo » en bas à gauche d’une diapositive indique
qu’une vidéo est disponible sur le sujet.
 Pour retrouver les cours et les vidéos : aller sur Jubil
(http://jubil.upmc.fr), Guides de recherche > Formations et
autoformations à la recherche de documentation > Masters > Supports
de cours dans chaque discipline et Vidéos (tutoriels) en ligne
 Alternative à Jubil :
 Slideshare pour les diaporamas http://www.slideshare.net/BUPMCformM/presentations
 ITunes UPMC pour les vidéos (fonctionne avec le logiciel ITunes) :
http://deimos3.apple.com/WebObjects/Core.woa/Browse/upmc.fr.4263834776.042638
34781
ou :
http://itunes.upmc.fr Cours>Tutoriels vidéo de la Bibliothèque de l’Université Pierre et
Marie Curie (BUPMC)
 Pour compléter, il est conseillé de lire les supports de cours spécialisés
sur : Jubil ; PubMed ; Web of Science ; EndNote Web

4. Les tutoriels en ligne sur Jubil
http://jubil.upmc.fr
Rendez-vous dans la Rubrique « Guides
de Recherche » pour retrouver les cours
en ligne.

5. Plan du cours
1. Rechercher l’information
Ressources papier et électronique ; veille
documentaire
2. Évaluer l’information
Évaluer un site Internet ; principes de la bibliométrie
3. Présenter l’information
Logiciels de gestion bibliographique

6. RECHERCHER
L’INFORMATION

7. La recherche documentaire
Le réflexe de tout le monde : chercher sur
Google, Wikipédia
> recherche intuitive, Information non validée
Pour une information validée, suivre les étapes
de la recherche documentaire méthodique
 Définir le sujet et trouver les mots clés
 Cibler les documents : les différents
documents des bibliothèques

8. Limites de Google
 Avalanche de réponse, comment trier ?
 Algorithme de recherche protégé par le
secret commercial : pas de transparence sur
les résultats de recherche
 Le classement par popularité (PageRank)
peut être facilement détourné : les
« bombardements Google » (Google
bombing)
 Ne cherche pas dans le web invisible : bases
de données, etc. = 70 à 75% du web total !

9. Google : mieux l’utiliser
Les guillemets (Expression exacte)
Chercher une définition define:
Limiter la recherche à un site site:
ou à un type de fichier filetype:

10. WIKIPEDIA : une encyclopédie
collaborative
 Une communauté d'auteurs : quelques erreurs
mais une forte réactivité
 Une liberté de rédaction : signature,
structuration du document
 Une information fiable ?
 Prendre du recul : utiliser les onglets
« historique » et « discussion ».

11. Une méthode : les étapes de la
recherche documentaire
Du général 1. Définir son sujet
2. Trouver ses mots-clés
3. Rechercher des livres ou des
articles sur le sujet
Au spécialisé 4. Localiser les documents
5. Établir une bibliographie

12. Une méthode : les étapes de la
recherche documentaire
Général
Dictionnaires
Encyclopédies
Manuels
Ouvrages
Articles
Spécialisé

13. Une recherche documentaire
efficace, c’est …
Définition Cerner le
du sujet niveau
recherché
Temps imparti à la
recherche documentaire

14. Pourquoi définir son sujet ?
Objectif 1 :
Déterminer le contexte général de votre recherche et le
situer dans son champ disciplinaire, chronologique,
géographique, etc.
Cette définition des limites du sujet doit vous aider à
élaborer une question, une problématique.
Objectif 2 :
Trouver les mots qui serviront à interroger les outils
(moteurs de recherche, bases de données, etc.)

15. Les mots clés
Ce travail de questionnement sur le sujet permet de
trouver des mots, des expressions que l'on appelle
des mots clés. Ces mots doivent être sans
ambiguïté.
Exemple :
Pour un sujet sur la « bioéthique », on notera comme
mots clés : bioéthique, clonage, droits des
malades, éthique, éthique biomédicale, génétique,
bioethics, cloning, …
Pour trouver ces mots on utilise une encyclopédie,
un dictionnaire.

16. L'Encyclopædia universalis :
http://www.universalis-edu.com/
Points faibles :
Mise à jour assez lente, pas d'indication de la date de
rédaction de l'article
Points forts :
Information validée par un comité scientifique et
publiée, auteur connu
Sommaire, article structuré
Bibliographie
Une piste solide pour définir son sujet
de recherche

17. Pour trouver et traduire ses mots clés
http://www.granddictionnaire.com/
Grand dictionnaire terminologique
Dédié aux sciences et techniques
Bilingue : français/anglais
Définitions précises
Synonymes et expressions dérivées
Facile à utiliser
Gratuit

18. Trouver les traductions de mots-
clés
 Le dictionnaire TermSciences du CNRS
http://www.termsciences.fr/
 site du CISMeF : catalogue et index des
sites médicaux francophones, onglet
« Terminologie »
http://www.cismef.org/
> À partir de fin 2010, devient le Portail
Terminologique de santé : http://pts.chu-
rouen.fr/

19. Vocabulaire spécialisé : MeSH
- Mesh = Medical Subject Headings (descripteurs
médicaux)
- Thésaurus de mots-clés spécialisé en sciences
biomédicales
- Administré par la National library of Medicine
(NLM) et utilisé dans ses outils (PubMed, NLM
Gateway)
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
Traduction française par l’INSERM
Voir le support de cours sur PubMed

20. Après la définition : cibler des
documents
Définir le type d’information dont on a besoin
Donc définir le type de document utile au
travail en cours

21. Quels documents peut-on
trouver dans les
bibliothèques ?

22. Quels documents peut-on trouver
dans les bibliothèques ?
Livres (= monographies, ouvrages, etc.) :
contiennent des chapitres
Revues (= périodiques) : contiennent des
articles
Thèses : travail universitaire non publié
Cartes
Multimédia : CD-ROM, DVD, etc.
Bases de données bibliographiques
Tous ces types de documents peuvent exister sur papier ou en
numérique : e-books, revues en ligne, etc.

23. Rechercher des imprimés
Livres, revues, journaux papier
catalogue de la bibliothèque,
directement ou par le portail Jubil
http://jubil.upmc.fr
Permet la recherche et la localisation

24. Rechercher des articles
Attention : seule la recherche par titre de revue est
possible sur le catalogue.
Lire un état de collection :
vol. 1, n. 3 (1965) – …
vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975)
vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) ; vol. 12, n. 1
(1977) – …
La cote : identification du livre dans la bibliothèque,
son adresse.

25. Rechercher des articles
De plus en plus d’abonnements e-only
Des collections papier très riches
Vérifier la complémentarité des
abonnements papier et online :
Jubil.
Utiliser les bases de données bibliographiques
pour obtenir les références des articles.

26. Astuces de recherche
Opérateurs booléens (ou logiques)
- pour construire une équation de recherche
- fonctionnent selon un ordre de priorité :
() : associe deux termes et un opérateur
SAME : recherche dans la même phrase
NOT : exclusion
AND : intersection
OR : union

27. Astuces de recherche
Opérateurs booléens les plus courants
AND : intersection
OR : union
NOT : exclusion

28. Astuces de recherche
 Troncature
? 1 caractère seulement
* 0 ou plusieurs caractères
$ 1 ou 0 caractères
Gene* >>> Genes, General, Generation
Dosto?evsk* >>> Dostoyevsky, Dostoievskii

29. Astuces de recherche
Sur Internet :
* : troncature
« maladie d’Alzheimer » : recherche une
expression
+Alzheimer -maladie: exclure un mot
+Alzheimer +maladie : imposer un mot

30. Veille documentaire
 Pour rester informé des nouveautés dans un
domaine
 Revues généralistes :
 Nature, Science, Lab Times (gratuit, en ligne :
http://www.lab-times.org/)
 Revues de référence :
 Trends in… ; Annual reviews; Current topics in…
 Outils : alertes, fils RSS

31. Les outils de la recherche
d’information :
le portail Jubil

32. Pourquoi un « portail » ?
 Un point d’accès unique à la
documentation disponible à l’UPMC (papier
ou numérique)
 Un ensemble d’outils de recherche pour
accéder à cette documentation
 Un ensemble de services et d’informations
autour de cette documentation.

33. Accéder à Jubil :
http://jubil.upmc.fr
Par le portail
de l’UPMC ou
par Google en
cherchant jubil
(1er résultat)
Tutoriel vidéo

34. Jubil

35. Les Bibliothèques de Biologie de la
BUPMC
Biologie
Recherche
M–D–
Biologie Enseignants
Enseignement Chercheurs
L2-M1
WIFI (canal IP-UPMC)

36. Les Bibliothèques de Biologie de la
BUPMC
BE : Biologie Enseignement
Bât 31 - Rez-de-chaussée
Du lundi au vendredi de 9h à 19h
bibbe@upmc.fr – 01 44 27 43 68
BR : Biologie Recherche
Bâtiment C – 4e étage
Du lundi au vendredi de 9h à 18h
bibbr@upmc.fr – 01 44 27 53 48

37. Guides de recherche : tout sur la
recherche documentaire

38. Quelques ressources en
sciences de la vie

39.  Essentiel : Recherche dans des bases de données
d’articles
 PubMed : Medline et PubMed Central
http://www.pubmed.gov
http://www.pubmedcentral.nih.gov/
 Web of Science http://www.isiknowledge.com/wos
 Recherche dans les ressources du web
 Intute http://www.intute.ac.uk/
 Biology browser http://www.biologybrowser.org
 Recherche web et bases de données
 NLM Gateway http://gateway.nlm.nih.gov
 Scirus http://www.scirus.com/

40. Tutoriel vidéo

41. PubMed
MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographique en
sciences biologiques et biomédicales. 19
millions d’articles, tirés de 5 000 revues,
depuis les années 1950.
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
-Intérêt de l’outil : exhaustif en sciences
biomédicales
Tutoriel vidéo

42. Interroger PubMed
 Pour avoir des résultats pertinents,
rechercher en anglais
 Les articles sont indexés avec un système
de mots-clés hiérarchisés : le MeSH,
Medical Subject Headings
 Intérêt du MeSH : gère les synonymes
(Trisomy 21 = Down Syndrome =
Mongolism) et permet de réaliser des
recherches fines, en allant du général au
particulier
Tutoriel vidéo

43. PubMed Central
Tutoriel vidéo

44. PubMed Central
 Notion d’archive ouverte : publications des
chercheurs financés par l’état américain.
 Accès gratuit au plein texte. Barrière mobile.
 Administré par le National Center for
Biotechnology Information (NCBI) de la NLM
Tutoriel vidéo

45. Web of Science
Tutoriel vidéo

46. Web of Science
 Dépouillement de plus de 9200 revues
(depuis 1900) + Conference Proceedings
(depuis 2000).
 Nouveaux enregistrements par semaine :
plus de 20 000
 Nouvelles références citées chaque
semaine : + de 420 000
 L'accès aux articles (texte intégral) des
revues dépouillées est possible via un
abonnement de l'Université
Tutoriel vidéo

47. Intute

48. Intute
 Site alimenté par des membres de
l’éducation nationale du Royaume Uni
 Une sélection de sites par discipline
 Des présentations pour connaître et évaluer
l’information scientifique pour chaque
discipline (Tour/Discover/Judge/Success)

49. Biology Browser

50. Biology Browser
 Moteur de recherche gratuit de l’éditeur
Thomson Reuters (Web of Science)
 Possibilité de parcourir les sites par
organismes, thèmes et par lieu.
 Recherche par public (étudiant, chercheur,
etc.)

51. NLM Gateway
Tutoriel vidéo

52. NLM Gateway
 Portail d’accès aux ressources de la NLM
(Medline, PubMedCentral, encyclopédies,
etc.
 Recherche MeSH
 Gratuit
Tutoriel vidéo

53. Scirus
Tutoriel vidéo

54. Scirus
 Moteur de recherche généraliste en sciences,
gratuit, d’Elsevier.
 Cherche sur le web et dans des bases
spécifiques : bibliographiques comme
PubMed, d’articles comme ScienceDirect,
bases de brevets, thèses US, etc.
 Possibilité d’affiner par base, par thème et
par format de document.
Tutoriel vidéo

55. Consultation de revues en ligne et
ebooks
à la bibliothèque ou à distance sur identification
 ScienceDirect : éditeur Elsevier
http://www.sciencedirect.com/
 InterScience : éditeur Wiley-Blackwell
http://www3.interscience.wiley.com/
 SpringerLink : éditeur Springer
http://www.springerlink.com/
 Pour les autres éditeurs, vérifier si la bibliothèque
est abonnée dans Jubil > Ressources en ligne >
Revues de A à Z.

56. EVALUER
L’INFORMATION

57. Sur le Web :
Les deux étapes de l’évaluation
1. Identification
de l’organisation, du site
de l’auteur
de la nature du document et de l’information
2. Évaluation
source, auteur
contenu
structuration du site ou du document
accessibilité et aspects techniques
date de publication des informations
Tutoriel vidéo

58. Recherche et évaluation
d’information sur le Web
Une méthode intéressante : « DEBUSQUER
l’information »
Voir le site :
http://www.educnet.education.fr/dossier/rechercher/fil-
conducteur/debusquer
Différents outils
Esprit critique
Bookmark organisé
Url significative
Syntaxe de recherche
Questions préalables
Utilisation réfléchie
Evaluation
Règles à respecter

59. Recherche et évaluation
d’information sur le Web
Tutoriels vidéo :
- Conseils de l’INSA
- Grille d’analyse du réseau de
santé de Montréal
- NetScoring

60. Quelques sites utiles
 La page du guide de recherche documentaire Sapristi !
de l'Insa de Lyon :
http://csidoc.insa-lyon.fr/sapristi/index.php?rub=1004
 Comment évaluer de manière critiques les ressources
Internet :
http://users.skynet.be/ameurant/francinfo/validite/evaluer
.html Guide clair et précis de la Commission "français
et Informatique" de l'enseignement catholique belge (un
peu ancien).
[sites consultés le 16/07/2010]

61. Évaluation de la littérature
scientifique
 La validation par les pairs :
articles « peer-reviewed » : comité de
rédaction des revues
 La bibliométrie : évaluation mathématique du
volume et de l’impact des publications
 Outils : Scopus et Scimago ; Journal of Citation
Reports sur le Web of Knowledge

62. Les indicateurs de lecture :
Le facteur d’impact
Nombre de citations pour les années n-1 et n-2
I.F. année n = ----------------------------------------------------------------
Nombre d’articles publiés pour les années n-1 et n-2
nombre moyen de citation par article des deux
dernières années dans les publications de
l’année en étudiée
 Ex. : Impact factor 2009 de Journal of cell
biology
 Citations 2009 d’articles de 2008 : 3454
2007 : 4235 = 7689
 Articles publiés en 2008 : 393
2007 : 410 = 803
 IF : 7689/803 = 9,575

63. Problèmes liés au facteur
d’impact
 Le décalage temporel : paraît toujours une année après,
ne tient pas compte des évolutions récentes de la
politique éditoriale
 Le lissage par revue et par citation : les chiffres sont
donnés pour l’ensemble de la revue, pas pour tel ou tel
article ; les citations négatives sont sur le même plan
que les positives et que les autocitations
 La non prise en compte du degré de spécialisation : par
nature, les revues généralistes sont plus citées que les
revues très spécialisées, on peut difficilement les
comparer.

64. Autres indicateurs
 L’indice d’immédiateté : rapidité de
citation, présence dans l’actualité.
 La demi-vie de citation : validité de
l’information publiée à long-terme
 Eigenfactor : enlève les
autocitations et donne plus
d’importance aux citations dans des
revues très citées, sur le modèle du
PageRank de Google.

65. PRESENTER
L’INFORMATION

66. Vos objectifs
 Honnêteté scientifique: mentionner les sources
exactes et vérifiables qui ont permis de faire votre
travail.
 Validation: permettre à la personne qui vous lit de
vérifier ce que vous dites
 Évaluation: montrer que vous avez étudié la
question correctement
 Élargissement: permettre à ceux qui lisent votre
travail d’approfondir

67. Rédiger une bibliographie
 Un principe général : uniformiser la
présentation des références de façon
cohérente.

68. Comment faire ?
 Quel que soit le support (livre, article, site
Web), donner toutes les informations
permettant de le retrouver
 Choisir une présentation: une norme, parfois
imposée (prof, revue…)
 Cohérence: plus important que le choix de la
norme, le fait de s’y tenir
 Diversité de sources et de types de
documents (ouvrages, sites, articles…)

69. Rédiger une bibliographie
Informations nécessaires par type de
document :
 Livre : Nom de l’auteur, Titre, Edition, Lieu
d’édition, Editeur, Nombre de pages,
Année d’édition.
 Article : Nom de l’auteur, Titre de l’article,
Titre de la revue, Numéro de la revue,
Pages de l’article, Date de parution.
 Site Web : Auteur (personne ou
organisme), Titre de la page, URL, Date de
dernière consultation.

70. Rédiger une bibliographie
 Les normes de présentation (ponctuation,
ordre des informations, etc.) varient en
fonction des revues, des enseignants.
Demander au commanditaire du travail quelle
norme il faut utiliser.

71. Les logiciels de gestion
bibliographique
 Principes :
 Importer facilement des références
 Base de données
 Extraire les enregistrement pour générer
des notes dans un article et des références
présentées d’une façon uniforme

72. Les logiciels de gestion
bibliographique
 Quelques logiciels :
 Zotero (gratuit, plugin Firefox)
 JabRef (BibTex)
 EndNote et EndNote Web (lié au Web of
Science, UPMC abonnée) Tutoriels vidéo

73. Zotero
 Plug-in Firefox, gratuit, open source et extensible
 Stocker des références sur le disque dur et en lign
(synchronisation)
 Partager de références bibliographiques
 Collecter de références bibliographiques depuis des catalogues
de bibliothèques et des bases de données en ligne
 Stocker et gérer :
 des références bibliographiques
 les documents qu’elles décrivent
 des captures de pages Web et des annotations de pages Web
 des liens vers des pages Web
Pour en savoir plus : voir le support de cours

74. À bientôt à la bibliothèque !
claire.sonnefraud@upmc.fr