3. L'interno barocco, a croce greca con braccio longitudinale lievemente allungato, presenta una ricca
decorazione marmorea realizzata dal Fanzago nel 1630. Sulle controfacciate sono presenti affreschi di
Francesco Solimena (navata centrale) e della sua scuola (laterali), mentre le volte a botte sono dipinte da
Belisario Corenzio e da Paolo De Matteis.
La tribuna è affrescata da Massimo Stanzione; nel transetto si osservano affreschi di Sant'Ignazio di
Loyola e San Francesco Saverio, opera di Belisario Corenzio e ridipinti da Paolo De Matteis.
La cupola, ricostruita da Ignazio di Nardo e consolidata da una struttura in calcestruzzo armato, presenta
una calotta sferica scandita dalle finestre lunettate; le decorazioni in stucco riprendono il motivo del
cassettonato e nei pennacchi della falsa cupola ci sono resti affrescati nel primo Seicento da Giovanni
Lanfranco.
Nella navata destra si aprono tre cappelle ed una cappella più grande che corrisponde alla parte
terminale del transetto: la prima cappella presenta decorazioni marmoree di Costantino Marassi e Vitale
Finelli e dipinti di Giovanni Bernardino Azzolino; la seconda è dedicata a San Giuseppe Moscati e
conserva un dipinto all'altare di Massimo Stanzione; il Cappellone di San Fracesco Saverio è ornato da
dipinti di Luca Giordano, la decorazione marmorea è di Giuliano Finelli, Donato Vannelli e Antonio Solaro
mentre le sculture sono di Michelangelo Naccherino e Cosimo Fanzago; la cappella a destra del
presbiterio è arricchita con decorazioni di Angelo Mozzillo e Sebastiano Conca, mentre i marmi furono
disegnati nel XVIII secolo da Giuseppe Astarita; la cappella che funge da abside destro presenta
ornamenti di Belisario Corenzio e marmi di Costantino Marassi.
La bomba inesplosa durante la seconda guerra mondialeNella navata sinistra, con stesso schema di
quella destra, si aprono le cappelle: la prima presenta una decorazione del Marassi, una tela dell'Azzolino
e affreschi di Corenzio; la seconda è impreziosita con decorazioni di Corenzio e di Girolamo Imparato ed
inoltre con statue di Michelangelo Naccherino, Pietro Bernini e Girolamo D'Auria; il Cappellone di
Sant'Ignazio fu decorato da Cosimo Fanzago, Costantino Marassi e Andrea Lazzaro, mentre le statue
furono eseguite dal Fanzago e le tele sono dello Spagnoletto e di Paolo De Matteis; la cappella di sinistra
del presbiterio ha decorazioni di Giovanni Battista Beniaschi e Francesco Mollica; la cappella che funge
da abside sinistro presenta marmi disegnati da Giuseppe Bastelli, Domenico di Nardo, Donato Gallone e
affreschi di Francesco Solimena.
L'abside e il transetto, dove peraltro sono presenti due organi sopraelevati del XVII secolo, sono i punti
piu disomogenei dell'edificio. L'abside fu realizzata a cavallo dei secoli XVII e XVIII da Cosimo Fanzago e
terminata da Domenico Antonio Vaccaro e dalla sua scuola; altre sculture sono di Matteo Bottiglieri e
Francesco Pagano. L'altare maggiore è un'opera eseguita molto più tardi dal gesuita Giuseppe Grossi