Dokumen ini membahas aplikasi kode batang DNA untuk mengidentifikasi keanekaragaman hayati laut di Indonesia, pentingnya penggunaan kode batang DNA, dan tantangan yang dihadapi. Kode batang DNA merupakan alat baru untuk mengidentifikasi makhluk hidup hingga tingkat spesies menggunakan marka genetika. Penelitian menunjukkan manfaat kode batang DNA untuk konfirmasi identifikasi, menemukan spesies kriptik, dan mengidentifik

1. DNA BARCODES FOR
INDONESIAN MARINE BIODIVERSITY:
CURRENT APPLICATION,
IMPORTANCE, AND CHALLENGES
Adriani SUNUDDIN
ITK-FPIK, Institut Pertanian Bogor
Irma Shita ARLYZA
Puslit Osenografi, LIPI
disampaikan pada
Conference on Biodiversity Informatics in Indonesia
Depok, 15 September 2011
E-mails= sun.adriani@gmail.com; adriani@ipb.ac.id
Twit/YM-ID= @enam279
Mobile= +62811 1170649

2. HOW MANY SPECIES ARE THERE ON EARTH?
ADA BERAPA (JUTA) SPESIES DI BUMI INI?

3. DNA barcode / Kode batang DNA
• Novel tool untuk mengidentifikasi makhluk hidup sampai
pada tingkat spesies menggunakan marka genetika yang
identik dan spesifik.
• Marka genetika untuk hewan berasal dari mitokondria,
CO1 (cytochrome c oxydase-1) dengan panjang sekuens ~
648 pb.
• Marka genetika untuk tumbuhan diperoleh dari plastid ,
rbcL (ribulose-biphosphate carboxylase) dan matK
(maturaseK) dengan panjang sekuens ~500 bp dan ~700 bp
• Kajian yang semakin berkembang pesat sejak tahun 2004,
seiring pesatnya kemajuan di bidang teknologi sekuensing
DNA dan jejaring internet.

4. Platform manajemen & analisis data,
jejaring antar praktisi
http://www.barcoding.si.edu/
http://www.boldsystems.org/ http://connect.barcodeoflife.net

5. Hajibabaei et al. 2007

6. Kajian 2008-2010
APLIKASI KODE BATANG DNA DALAM
IDENTIFIKASI SUMBERDAYA HAYATI LAUT

7. Konfirmasi hasil T squamosa Pamegaran
T Crocea P1000 GB
identifikasi lapangan T maxima Pamegaran
T crocea Kaliage Kecil
Filogeni Tridacna dari Kepulauan Seribu T Crocea Sp GB
dan data GeneBank; model Kimura2- T Crocea GB
parameter (Bootstrap 1000), UPGMA T derasa Kaliage Kecil
T crocea Karang Congkak
T Crocea TSD GB
T crocea Gosong Pramuka
T Gigas GB
T maxima Sp GB
T maxima Tgn GB
T maxima Biak GB
T maxima Kaliage Kecil
T maxima Pdg GB
T gigas Kaliage Kecil
T squamosa Kaliage Kecil
T maxima P1000 GB
Sunuddin et al.,
unpublished data

8. Haliotis squamata
Identifikasi
spesies kriptik
Haliotis asinina
H discus discus(1)
Filogeni Haliotis dari Kepulauan Seribu
H discus hannai(1)
dan data GeneBank; model Kimura2-
H discus hannai(2)
parameter (Bootstrap 1000), UPGMA
H discus discus(3)
H discus discus(2)
H discus hannai(3)
Haliotis asinina(43) Karang Congkak
Haliotis asinina(61) Gosong Pramuka
Haliotis asinina(22) Kaliage Kecil
Haliotis asinina(23) Kaliage Kecil
Haliotis squamata(64) Gosong Pramuka
Sunuddin et al., unpublished data

9. Identifikasi stok C. undulatus Panggang ID5
C. undulatus South China Sea (FJ237973)
C. undulatus Harapan island5
C. undulatus Kelapa island1
C. undulatus Kongsi-Pari island1
C. undulatus Queenland (EF609322)
C. undulatus South China Sea (EU595072)
C. undulatus Panggang island N1
L. johnii South China Sea (EU600120)
L. johnii South China Sea (EU600121)
Filogeni Cheilinus undulatus dari Kepulauan Seribu
dan data GeneBank; model Kimura2-parameter Sunuddin et al. 2010,
(Bootstrap 1000), UPGMA in press

10. URGENSI APLIKASI KODE BATANG DNA
TERHADAP KEANEKARAGAMAN HAYATI LAUT
1. IDENTIFIKASI SPESIES
– Morfologi - Spesimen yang tidak lengkap
– Biogeografi - Spesies kriptik
– Diet/Fecal based
2. BASIS DATA BIODIVERSITAS LAUT YG SAHIH
3. STOK/STRUKTUR POPULASI SPESIES
4. PENGAWASAN PERDAGANGAN SPESIES
HIDUP/LANGKA
5. PENGAWASAN PRODUK MAKANAN LAUT
6. PENGAMANAN BIOLOGIS TERHADAP SPESIES
ASING DAN/ATAU INVASIF

11. TANTANGAN
• Perlu basis data keanekaragaman hayati yang
komprehensif dan terorganisasi baik, yang melibatkan
khalayak (contoh: WoRMS, Census of Marine Life, BOLD,
FishBase) dan terintegrasi dengan pustaka kode batang
DNA (Valentini etal. 08; Feral 02)
• Barcoding sumberdaya hayati mikroskopis (Frezal &
Leblois 2009)
• Ukuran sampel? (Zhang etal. 2009)
• Mempopulerkan kajian kode batang DNA
• Mem-bangun/perkuat jejaring peneliti/praktisi yang peduli
konservasi keanekaragaman hayati dan berminat
mengaplikasikan kode batang DNA di nusantara.

12. New Prediction of Species Diversity on Earth

13.   WHAT CAN WE
DO TO INDONESIAN
BIODIVERSITY?